214 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_4120 on replicon NC_012791
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_012791  Vapar_4120  Endonuclease/exonuclease/phosphatase  100 
 
 
250 aa  510  1e-144  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3633  endonuclease/exonuclease/phosphatase  72.31 
 
 
252 aa  354  8e-97  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0240015  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5450  endonuclease/exonuclease/phosphatase  70.66 
 
 
257 aa  348  4e-95  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0877  endonuclease/exonuclease/phosphatase  67.86 
 
 
255 aa  345  3e-94  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.23458  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0806  Endonuclease/exonuclease/phosphatase  67.86 
 
 
255 aa  345  3e-94  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.636912  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1327  endonuclease/exonuclease/phosphatase  69.17 
 
 
245 aa  340  9e-93  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.51669  hitchhiker  0.00270426 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1299  endonuclease/exonuclease/phosphatase  66.53 
 
 
252 aa  323  2e-87  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1072  hypothetical protein  60.32 
 
 
270 aa  288  4e-77  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.348031  normal  0.384131 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_4016  endonuclease/exonuclease/phosphatase  57.89 
 
 
276 aa  277  1e-73  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  7.34924e-06 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0442  endonuclease/exonuclease/phosphatase  47.35 
 
 
262 aa  197  1e-49  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0381  endonuclease/exonuclease/phosphatase  43.67 
 
 
251 aa  190  2e-47  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.853038  normal  0.111284 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0359  Endonuclease/exonuclease/phosphatase  44.13 
 
 
248 aa  182  4e-45  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0469  hypothetical protein  45.75 
 
 
248 aa  182  4e-45  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.744864  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0344  Endonuclease/exonuclease/phosphatase  44.13 
 
 
248 aa  182  6e-45  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3642  Endonuclease/exonuclease/phosphatase  42.86 
 
 
249 aa  181  1e-44  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.748827  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0606  endonuclease/exonuclease/phosphatase  41.94 
 
 
250 aa  175  6e-43  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.374942  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0445  endonuclease / exonuclease / phosphatase family protein  41.6 
 
 
251 aa  167  2e-40  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal  0.625659 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0048  hypothetical protein  41.3 
 
 
256 aa  166  4e-40  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  hitchhiker  0.00965819  normal  0.1661 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2495  endonuclease/exonuclease/phosphatase  40.57 
 
 
257 aa  164  1e-39  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3767  endonuclease/exonuclease/phosphatase  37.3 
 
 
252 aa  164  2e-39  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.0769557 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3265  endonuclease/exonuclease/phosphatase  40.57 
 
 
257 aa  163  2e-39  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.585826  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2380  endonuclease/exonuclease/phosphatase  39.75 
 
 
251 aa  162  3e-39  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal  0.835809 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2631  endonuclease/exonuclease/phosphatase  40.16 
 
 
257 aa  159  4e-38  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.363839 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2645  endonuclease/exonuclease/phosphatase  40.49 
 
 
261 aa  159  4e-38  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.150024  normal  0.299573 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_24830  Endonuclease/exonuclease/phosphatase  40.24 
 
 
276 aa  159  4e-38  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.669671  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0014  endonuclease/exonuclease/phosphatase  38.1 
 
 
277 aa  155  4e-37  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.241981 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3278  endonuclease/exonuclease/phosphatase  40.16 
 
 
261 aa  155  8e-37  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0026  endonuclease/exonuclease/phosphatase  37.01 
 
 
267 aa  152  6e-36  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5036  aminoacyl-tRNA hydrolase  37.7 
 
 
265 aa  149  5e-35  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.0185176 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3724  endonuclease/exonuclease/phosphatase  38.71 
 
 
279 aa  149  5e-35  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.236792  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4298  endonuclease/exonuclease/phosphatase  39.11 
 
 
259 aa  149  5e-35  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3007  Endonuclease/exonuclease/phosphatase  38.71 
 
 
279 aa  149  5e-35  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3504  endonuclease/exonuclease/phosphatase family protein  37.66 
 
 
237 aa  143  2e-33  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.40759  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_36680  hypothetical protein  38.59 
 
 
245 aa  143  2e-33  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.21271  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3150  hypothetical protein  38.71 
 
 
245 aa  144  2e-33  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.610238  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00757  predicted DNase  35.34 
 
 
253 aa  142  3e-33  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2853  endonuclease/exonuclease/phosphatase  35.34 
 
 
253 aa  142  3e-33  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00512011 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00774  hypothetical protein  35.34 
 
 
253 aa  142  3e-33  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0844  endonuclease/exonuclease/phosphatase family protein  35.34 
 
 
253 aa  142  3e-33  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0854  endonuclease/exonuclease/phosphatase family protein  34.94 
 
 
253 aa  142  4e-33  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0938  endonuclease/exonuclease/phosphatase family protein  35.34 
 
 
253 aa  142  4e-33  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0813  endonuclease/exonuclease/phosphatase family protein  35.34 
 
 
253 aa  142  5e-33  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0192282  normal  0.85473 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0013  Endonuclease/exonuclease/phosphatase  37.7 
 
 
242 aa  142  5e-33  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.914403  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2852  Endonuclease/exonuclease/phosphatase  35.34 
 
 
253 aa  142  5e-33  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.350943  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1158  endonuclease/exonuclease/phosphatase family protein  35.1 
 
 
255 aa  142  6e-33  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.426304  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0534  hypothetical protein  35.08 
 
 
257 aa  141  9e-33  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0510  hypothetical protein  35.08 
 
 
257 aa  141  9e-33  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0080  hypothetical protein  32.11 
 
 
302 aa  140  2e-32  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0086  endonuclease/exonuclease/phosphatase  32.11 
 
 
257 aa  140  2e-32  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1028  endonuclease/exonuclease/phosphatase family protein  34.69 
 
 
255 aa  139  5e-32  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2515  Endonuclease/exonuclease/phosphatase  34.92 
 
 
256 aa  138  8e-32  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.764021  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2562  endonuclease/exonuclease/phosphatase family protein  34.94 
 
 
253 aa  137  2e-31  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2424  Endonuclease/exonuclease/phosphatase  34.68 
 
 
253 aa  137  2e-31  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.123297  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4056  endonuclease/exonuclease/phosphatase  37.75 
 
 
264 aa  137  2e-31  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1787  endonuclease/exonuclease/phosphatase  37.75 
 
 
264 aa  137  2e-31  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.717183  normal  0.757673 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2284  endonuclease/exonuclease/phosphatase  37.75 
 
 
262 aa  136  3e-31  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0656369  hitchhiker  0.000754964 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_2238  endonuclease/exonuclease/phosphatase  31.45 
 
 
251 aa  136  4e-31  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3655  endonuclease/exonuclease/phosphatase  37.75 
 
 
264 aa  135  7e-31  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.0227458 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3616  endonuclease/exonuclease/phosphatase  36.11 
 
 
287 aa  134  1e-30  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0876  endonuclease/exonuclease/phosphatase family protein  33.87 
 
 
252 aa  133  2e-30  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0961  endonuclease/exonuclease/phosphatase family protein  33.87 
 
 
252 aa  133  2e-30  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0848  endonuclease/exonuclease/phosphatase family protein  33.87 
 
 
252 aa  133  2e-30  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0940  endonuclease/exonuclease/phosphatase family protein  33.87 
 
 
252 aa  133  2e-30  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  hitchhiker  0.00426171  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0908  endonuclease/exonuclease/phosphatase family protein  33.87 
 
 
252 aa  133  2e-30  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.0916506  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1281  endonuclease/exonuclease/phosphatase  34.54 
 
 
253 aa  133  3e-30  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2538  endonuclease/exonuclease/phosphatase  36.69 
 
 
260 aa  133  3e-30  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.446377 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1391  endonuclease/exonuclease/phosphatase  33.2 
 
 
250 aa  126  3e-28  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0570  Endonuclease/exonuclease/phosphatase  33.61 
 
 
250 aa  125  7e-28  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.98478  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6399  endonuclease/exonuclease/phosphatase  31.5 
 
 
271 aa  99  6e-20  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.462892 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_3096  endonuclease/exonuclease/phosphatase  30.98 
 
 
271 aa  99  7e-20  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2962  endonuclease/exonuclease/phosphatase  30.98 
 
 
271 aa  99  7e-20  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.780318 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4337  putative metal-dependent hydrolase  30.4 
 
 
265 aa  97.8  1e-19  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0384  Endonuclease/exonuclease/phosphatase  30.92 
 
 
265 aa  97.1  2e-19  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2438  endonuclease/exonuclease/phosphatase  30.4 
 
 
271 aa  96.7  3e-19  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_3052  endonuclease/exonuclease/phosphatase  30.4 
 
 
271 aa  96.7  3e-19  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_3071  endonuclease/exonuclease/phosphatase  30.4 
 
 
271 aa  96.7  3e-19  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.51453 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2394  endonuclease/exonuclease/phosphatase  34.77 
 
 
240 aa  95.9  5e-19  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.0672115  normal  0.448912 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_3049  endonuclease/exonuclease/phosphatase  30.47 
 
 
271 aa  95.9  5e-19  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.687036  normal 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0429  endonuclease/exonuclease/phosphatase family protein  31.23 
 
 
270 aa  95.9  6e-19  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0125577  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3386  endonuclease/exonuclease/phosphatase family protein  31.23 
 
 
270 aa  95.9  6e-19  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0235  endonuclease/exonuclease/phosphatase family protein  31.23 
 
 
270 aa  95.9  6e-19  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.102348  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0247  endonuclease/exonuclease/phosphatase family protein  31.23 
 
 
270 aa  95.9  6e-19  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.324157  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2128  hypothetical protein  31.23 
 
 
270 aa  95.9  6e-19  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1473  hypothetical protein  34.41 
 
 
273 aa  95.9  6e-19  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.257293  normal 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2960  hypothetical protein  31.23 
 
 
270 aa  95.9  6e-19  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2124  endonuclease/exonuclease/phosphatase  34.54 
 
 
240 aa  95.1  1e-18  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.908976 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0472  hypothetical protein  34.54 
 
 
240 aa  95.1  1e-18  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0102  endonuclease/exonuclease/phosphatase  30.35 
 
 
265 aa  94  2e-18  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0213  hypothetical protein  33.94 
 
 
230 aa  93.6  3e-18  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA3294  hypothetical protein  37.65 
 
 
230 aa  93.2  4e-18  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3930  Endonuclease/exonuclease/phosphatase  31.28 
 
 
247 aa  92.8  5e-18  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.0720293 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0201  endonuclease/exonuclease/phosphatase  32.41 
 
 
264 aa  92  7e-18  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0383  endonuclease/exonuclease/phosphatase  30.12 
 
 
266 aa  91.3  2e-17  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6090  endonuclease/exonuclease/phosphatase  34.58 
 
 
258 aa  90.9  2e-17  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.18128  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0496  endonuclease/exonuclease/phosphatase  31.62 
 
 
246 aa  90.9  2e-17  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1328  endonuclease/exonuclease/phosphatase  34.17 
 
 
263 aa  89.7  4e-17  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.42531  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6501  endonuclease/exonuclease/phosphatase  34.17 
 
 
263 aa  89.7  4e-17  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.126817  normal 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2520  endonuclease/exonuclease/phosphatase  30.49 
 
 
232 aa  89  6e-17  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5493  endonuclease/exonuclease/phosphatase  34.02 
 
 
278 aa  88.2  1e-16  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.306278  hitchhiker  0.00234729 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5005  hypothetical protein  33.2 
 
 
245 aa  87.8  2e-16  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>