118 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TM1040_2526 on replicon NC_008044
Organism: Ruegeria sp. TM1040



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008044  TM1040_2526  carbon monoxide dehydrogenase subunit G  100 
 
 
181 aa  358  2e-98  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2879  hypothetical protein  64.04 
 
 
176 aa  224  7e-58  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.434233  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1141  carbon monoxide dehydrogenase subunit G  62.71 
 
 
178 aa  221  3e-57  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.654627  normal 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1525  carbon monoxide dehydrogenase subunit G  62.64 
 
 
176 aa  221  4e-57  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.187738  normal  0.0565449 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3377  carbon monoxide dehydrogenase subunit G  64.14 
 
 
155 aa  184  8e-46  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.370754  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2661  putative carbon monoxide dehydrogenase  70.47 
 
 
176 aa  174  9e-43  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.283506  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1630  carbon monoxide dehydrogenase subunit G  56.08 
 
 
155 aa  157  6e-38  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.442595  normal  0.5824 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5319  putative carbon monoxide dehydrogenase, coxG accessory protein  55.56 
 
 
148 aa  157  1e-37  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.500561 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1781  carbon monoxide dehydrogenase subunit G  51.72 
 
 
153 aa  146  1.0000000000000001e-34  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.378744 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3679  carbon monoxide dehydrogenase subunit G  51.72 
 
 
151 aa  145  2.0000000000000003e-34  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4327  carbon monoxide dehydrogenase subunit G  51.72 
 
 
154 aa  145  4.0000000000000006e-34  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.510988  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0470  carbon monoxide dehydrogenase subunit G  50.69 
 
 
213 aa  143  2e-33  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2963  carbon monoxide dehydrogenase subunit G  53.9 
 
 
216 aa  139  1.9999999999999998e-32  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.748718  normal  0.0394978 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2608  carbon monoxide dehydrogenase subunit G  51.43 
 
 
148 aa  139  3e-32  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3097  carbon monoxide dehydrogenase subunit G  52.86 
 
 
147 aa  138  4.999999999999999e-32  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.889249  normal  0.544468 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0023  carbon monoxide dehydrogenase subunit G  50.68 
 
 
152 aa  136  2e-31  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000137248 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1748  carbon monoxide dehydrogenase subunit G  52.48 
 
 
154 aa  134  9e-31  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1464  hypothetical protein  44.1 
 
 
213 aa  132  1.9999999999999998e-30  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.273128 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2206  carbon monoxide dehydrogenase subunit G  46.53 
 
 
148 aa  129  3e-29  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.0292084  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0573  carbon monoxide dehydrogenase subunit G  47.14 
 
 
197 aa  129  3e-29  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5438  carbon monoxide dehydrogenase subunit G  51.45 
 
 
154 aa  128  4.0000000000000003e-29  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.304437 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2253  carbon monoxide dehydrogenase subunit G  45.89 
 
 
243 aa  125  3e-28  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.0481685 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0006  carbon monoxide dehydrogenase subunit G  47.22 
 
 
156 aa  124  6e-28  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.35222  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3553  carbon monoxide dehydrogenase subunit G  50 
 
 
157 aa  124  8.000000000000001e-28  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.530671  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4535  carbon monoxide dehydrogenase subunit G  42.18 
 
 
202 aa  122  3e-27  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0420  carbon monoxide dehydrogenase subunit G  42.07 
 
 
182 aa  121  4e-27  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.110218  n/a   
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_5862  carbon monoxide dehydrogenase subunit G  45.91 
 
 
158 aa  121  4e-27  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.0618522 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0360  carbon monoxide dehydrogenase subunit G  46.09 
 
 
187 aa  119  3e-26  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1283  carbon monoxide dehydrogenase subunit G  47.86 
 
 
158 aa  119  3e-26  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.112632  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1445  carbon monoxide dehydrogenase subunit G  47.86 
 
 
158 aa  119  3e-26  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.101992  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1349  carbon monoxide dehydrogenase subunit G  41.72 
 
 
224 aa  118  4.9999999999999996e-26  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.224808  normal  0.101404 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1413  carbon monoxide dehydrogenase subunit G  41.72 
 
 
224 aa  118  4.9999999999999996e-26  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.271744  normal  0.135915 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2531  hypothetical protein  41.82 
 
 
161 aa  115  3e-25  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.0528604 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0056  carbon monoxide dehydrogenase subunit G  39.58 
 
 
151 aa  114  8.999999999999998e-25  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.752516  normal 
 
 
-
 
NC_004310  BR0284  hypothetical protein  42.07 
 
 
150 aa  113  1.0000000000000001e-24  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.364944  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4356  putative carbon monoxide dehydrogenase, CoxG subunit  41.13 
 
 
232 aa  113  1.0000000000000001e-24  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0298  hypothetical protein  42.07 
 
 
150 aa  113  1.0000000000000001e-24  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.936429  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0365  carbon monoxide dehydrogenase subunit G  41.84 
 
 
198 aa  113  1.0000000000000001e-24  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0072  putative carbon monoxide dehydrogenase subunit G  40.43 
 
 
246 aa  112  2.0000000000000002e-24  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.766775  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1598  carbon monoxide dehydrogenase subunit G  40.67 
 
 
204 aa  113  2.0000000000000002e-24  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0040  carbon monoxide dehydrogenase subunit G  38.19 
 
 
151 aa  112  3e-24  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.269242 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0368  carbon monoxide dehydrogenase subunit G  39.42 
 
 
152 aa  104  8e-22  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0090  carbon monoxide dehydrogenase subunit G  37.67 
 
 
193 aa  103  1e-21  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1814  carbon monoxide dehydrogenase subunit G  41.09 
 
 
208 aa  98.2  6e-20  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.96745  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2090  carbon monoxide dehydrogenase subunit G  47.26 
 
 
151 aa  95.9  2e-19  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.679244  normal  0.391598 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2073  xanthine dehydrogenase, molybdenum binding subunit apoprotein  34.34 
 
 
980 aa  92  4e-18  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.576081  normal 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6673  aldehyde oxidase and xanthine dehydrogenase molybdopterin binding  36.84 
 
 
1019 aa  92  4e-18  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.581747  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2185  aldehyde oxidase and xanthine dehydrogenase molybdopterin binding  37.59 
 
 
1012 aa  92  4e-18  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2052  aldehyde oxidase and xanthine dehydrogenase molybdopterin binding  34.52 
 
 
1011 aa  92  4e-18  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.806962 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1744  aldehyde oxidase and xanthine dehydrogenase molybdopterin binding  34.52 
 
 
1011 aa  92  4e-18  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.919932 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C5890  xanthine dehydrogenase, molybdenum binding subunit apoprotein  34.52 
 
 
1012 aa  91.7  5e-18  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.614012  n/a   
 
 
-
 
NC_009955  Dshi_3719  aldehyde oxidase and xanthine dehydrogenase molybdopterin binding  39.71 
 
 
983 aa  85.5  4e-16  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3296  aldehyde oxidase and xanthine dehydrogenase molybdopterin binding  39.01 
 
 
987 aa  84.3  8e-16  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0204451  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0848  carbon-monoxide dehydrogenase  34.85 
 
 
997 aa  84  0.000000000000001  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.682595 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_20930  hypothetical protein  34.48 
 
 
221 aa  77.4  0.0000000000001  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.451934  normal  0.0186523 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0668  aldehyde oxidase and xanthine dehydrogenase, molybdopterin binding  32.76 
 
 
988 aa  75.9  0.0000000000003  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.295598  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1301  aldehyde oxidase and xanthine dehydrogenase molybdopterin binding  40.98 
 
 
988 aa  75.1  0.0000000000004  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.648743 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0971  carbon monoxide dehydrogenase subunit G  32.86 
 
 
269 aa  75.1  0.0000000000006  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  hitchhiker  0.00301105  normal  0.374469 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4723  carbon-monoxide dehydrogenase (acceptor)  38.35 
 
 
991 aa  73.6  0.000000000002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.102833  normal 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2235  carbon monoxide dehydrogenase subunit G  30.56 
 
 
152 aa  72.4  0.000000000003  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  decreased coverage  0.000000000688113  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0339  carbon monoxide dehydrogenase subunit G  30 
 
 
241 aa  69.7  0.00000000002  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal  0.30715 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2767  carbon monoxide dehydrogenase subunit G  35.17 
 
 
185 aa  68.9  0.00000000003  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0168  carbon monoxide dehydrogenase subunit G  33.53 
 
 
220 aa  67  0.0000000001  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_1231  carbon monoxide dehydrogenase subunit G  25.52 
 
 
150 aa  66.6  0.0000000002  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.99571  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1874  carbon monoxide dehydrogenase subunit G  29.61 
 
 
223 aa  66.2  0.0000000003  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0844  carbon monoxide dehydrogenase subunit G  28.57 
 
 
249 aa  62.8  0.000000002  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.777561  hitchhiker  0.00161698 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1492  carbon monoxide dehydrogenase subunit G  34.07 
 
 
216 aa  61.6  0.000000005  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.619524  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6656  carbon monoxide dehydrogenase subunit G  28.48 
 
 
222 aa  62  0.000000005  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3597  carbon monoxide dehydrogenase subunit G  27.7 
 
 
254 aa  59.7  0.00000002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0237636  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3210  carbon monoxide dehydrogenase subunit G  29.05 
 
 
237 aa  59.7  0.00000002  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.924727  normal 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2227  carbon monoxide dehydrogenase subunit G  27.78 
 
 
229 aa  59.3  0.00000003  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal  0.237222 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1377  carbon monoxide dehydrogenase subunit G  28.26 
 
 
149 aa  59.3  0.00000003  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.667187  normal  0.46376 
 
 
-
 
NC_009440  Msed_0644  carbon monoxide dehydrogenase subunit G  25.34 
 
 
141 aa  58.9  0.00000004  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  0.0290775  normal  0.389247 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1563  carbon monoxide dehydrogenase subunit G  27.81 
 
 
234 aa  58.2  0.00000006  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_5354  carbon monoxide dehydrogenase subunit G  30.63 
 
 
204 aa  57.8  0.00000008  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0213  carbon monoxide dehydrogenase subunit G  28.57 
 
 
154 aa  57.8  0.00000009  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_0569  carbon monoxide dehydrogenase subunit G  28.08 
 
 
148 aa  57  0.0000001  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  normal  0.0217411 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1865  carbon monoxide dehydrogenase subunit G  24.29 
 
 
254 aa  56.2  0.0000002  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1564  carbon monoxide dehydrogenase, large subunit apoprotein  26.71 
 
 
1027 aa  56.6  0.0000002  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.151361  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4106  carbon monoxide dehydrogenase subunit G  26.39 
 
 
208 aa  55.8  0.0000003  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.875742  normal  0.142553 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1217  hypothetical protein  31.62 
 
 
289 aa  53.9  0.000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.0793988 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10374  oxidoreductase  27.21 
 
 
200 aa  52.4  0.000004  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  hitchhiker  0.00057735  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0704  hypothetical protein  24.83 
 
 
253 aa  51.6  0.000006  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3262  carbon monoxide dehydrogenase subunit G  24.18 
 
 
253 aa  51.6  0.000006  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.234433  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0494  carbon monoxide dehydrogenase subunit G  29.73 
 
 
222 aa  51.2  0.000007  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.462994  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0505  carbon monoxide dehydrogenase subunit G  29.73 
 
 
222 aa  51.2  0.000007  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.746959  normal  0.248334 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0483  carbon monoxide dehydrogenase subunit G  29.73 
 
 
222 aa  51.2  0.000007  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.237703  normal 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0593  carbon monoxide dehydrogenase subunit G  25.85 
 
 
244 aa  51.2  0.000008  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2034  carbon monoxide dehydrogenase subunit G  24.83 
 
 
241 aa  50.8  0.00001  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0321774  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3140  carbon monoxide dehydrogenase subunit G  26.11 
 
 
182 aa  50.8  0.00001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.0169757  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1636  carbon monoxide dehydrogenase subunit G  27.52 
 
 
237 aa  50.1  0.00002  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0875  hypothetical protein  44.16 
 
 
87 aa  50.1  0.00002  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0407732  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2147  putative carbon monoxide dehydrogenase, CoxG subunit  25.35 
 
 
208 aa  49.3  0.00003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.295033  normal  0.334057 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_13140  hypothetical protein  30.18 
 
 
262 aa  49.3  0.00003  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2694  carbon monoxide dehydrogenase subunit G  24.82 
 
 
153 aa  49.3  0.00003  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.0998879  normal  0.661336 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3032  carbon monoxide dehydrogenase subunit G  24.49 
 
 
182 aa  48.5  0.00005  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.128419  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0032  putative carbon monoxide dehydrogenase, CoxG subunit  25.95 
 
 
206 aa  47  0.0001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.262475 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0119  carbon monoxide dehydrogenase subunit G  24.66 
 
 
147 aa  46.6  0.0002  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.128418  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2945  carbon monoxide dehydrogenase subunit G  23.81 
 
 
182 aa  46.2  0.0003  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.0435616  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3032  carbon monoxide dehydrogenase subunit G  23.08 
 
 
225 aa  46.2  0.0003  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.0343994  normal  0.0106587 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>