189 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Swoo_1993 on replicon NC_010506
Organism: Shewanella woodyi ATCC 51908



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010506  Swoo_1993  phosphoribulokinase/uridine kinase  100 
 
 		 695 aa  1414    Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.0026662 
 
 
-
 
NC_008817  P9515_14051  hypothetical protein  31.87 
 
 		 682 aa  316  9.999999999999999e-85  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.213497  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2748  phosphoribulokinase/uridine kinase  28.68 
 
 		 716 aa  266  1e-69  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0975  phosphoribulokinase/uridine kinase  38.04 
 
 		 343 aa  141  3e-32  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.151442  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0781  phosphoribulokinase  37.57 
 
 		 334 aa  137  6.0000000000000005e-31  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  unclonable  0.0000000000028784  unclonable  0.0000000817454 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3931  phosphoribulokinase  37.99 
 
 		 332 aa  135  1.9999999999999998e-30  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3980  phosphoribulokinase  37.99 
 
 		 332 aa  135  1.9999999999999998e-30  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  unclonable  0.00000234967  decreased coverage  0.00010781 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_5200  phosphoribulokinase  38.12 
 
 		 334 aa  136  1.9999999999999998e-30  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    unclonable  1.4377100000000002e-24 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4240  phosphoribulokinase  36.15 
 
 		 334 aa  135  1.9999999999999998e-30  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  unclonable  0.00000329747  hitchhiker  0.0000174575 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0275  phosphoribulokinase/uridine kinase  36.22 
 
 		 321 aa  131  5.0000000000000004e-29  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.0719547  normal  1 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0977  phosphoribulokinase  36.87 
 
 		 333 aa  130  6e-29  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  unclonable  0.000000000000194465  normal  0.0613033 
 
 
-
 
NC_014213  Mesil_3252  ribulose-phosphate 3-epimerase  34.83 
 
 		 322 aa  129  2.0000000000000002e-28  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.570797  normal  1 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_0113  phosphoribulokinase/uridine kinase  34.47 
 
 		 312 aa  129  2.0000000000000002e-28  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0169  phosphoribulokinase  34.13 
 
 		 313 aa  129  2.0000000000000002e-28  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.0629486  normal  0.335494 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4429  phosphoribulokinase  34.9 
 
 		 313 aa  128  3e-28  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  unclonable  0.00000782103  normal  0.086912 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_3654  phosphoribulokinase  35.75 
 
 		 336 aa  125  2e-27  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  0.152324 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_4839  Phosphoribulokinase  35.36 
 
 		 333 aa  125  2e-27  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  unclonable  0.00000156566  n/a   
 
 
-
 
NC_009358  OSTLU_45513  predicted protein  33.84 
 
 		 381 aa  123  9e-27  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.011186  n/a   
 
 
-
 
NC_011671  PHATR_50773  phosphoribulokinase  33.02 
 
 		 396 aa  122  1.9999999999999998e-26  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0167  phosphoribulokinase  28.92 
 
 		 322 aa  119  1.9999999999999998e-25  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.0318519  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1845  phosphoribulokinase  33.17 
 
 		 311 aa  119  1.9999999999999998e-25  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.0997041  normal  1 
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_1332  phosphoribulokinase/uridine kinase  34.38 
 
 		 321 aa  119  1.9999999999999998e-25  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1650  phosphoribulokinase/uridine kinase  32.29 
 
 		 315 aa  117  6.9999999999999995e-25  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.00630764  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0794  phosphoribulokinase/uridine kinase  33.14 
 
 		 323 aa  112  3e-23  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.0142464  normal  0.211437 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1934  phosphoribulokinase/uridine kinase  33.14 
 
 		 340 aa  108  3e-22  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.0863853  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1862  phosphoribulokinase/uridine kinase  31.02 
 
 		 299 aa  108  4e-22  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_1447  phosphoribulokinase/uridine kinase  34.41 
 
 		 325 aa  105  2e-21  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0635  phosphoribulokinase/uridine kinase  32.04 
 
 		 291 aa  102  2e-20  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.996805  normal  1 
 
 
-
 
NC_003912  CJE1606  haloacid dehalogenase-like hydrolase  26.78 
 
 		 433 aa  85.9  0.000000000000003  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.397459  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1192  Phosphoribulokinase  27.44 
 
 		 304 aa  68.9  0.0000000003  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0642635 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0562  phosphoribulokinase  28.24 
 
 		 290 aa  68.2  0.0000000005  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  unclonable  0.000000247732  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2386  uridine kinase  26.56 
 
 		 209 aa  67  0.000000001  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.000000694748  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0920  Phosphoribulokinase  27.83 
 
 		 286 aa  66.2  0.000000002  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.714097 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0944  Phosphoribulokinase  27.83 
 
 		 286 aa  66.2  0.000000002  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.373427  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3921  phosphoribulokinase  26.54 
 
 		 289 aa  65.5  0.000000003  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002950  PG1781  uridine kinase  27.49 
 
 		 209 aa  65.1  0.000000004  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2826  phosphoribulokinase  28.64 
 
 		 290 aa  65.1  0.000000004  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  unclonable  0.0000000000454104  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3627  phosphoribulokinase/uridine kinase  25.69 
 
 		 290 aa  64.3  0.000000006  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.694975  normal  0.715068 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0980  phosphoribulokinase  27.83 
 
 		 286 aa  64.3  0.000000007  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.231179 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2404  phosphoribulokinase  26.98 
 
 		 292 aa  63.5  0.00000001  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.154071  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0910  phosphoribulokinase  26.29 
 
 		 290 aa  63.9  0.00000001  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1498  Phosphoribulokinase  27.65 
 
 		 291 aa  63.5  0.00000001  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.95909  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6400  phosphoribulokinase  25.21 
 
 		 291 aa  63.9  0.00000001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2693  phosphoribulokinase/uridine kinase  26.05 
 
 		 290 aa  62  0.00000003  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.091078  normal  1 
 
 
-
 
NC_007959  Nham_4047  phosphoribulokinase/uridine kinase  25.64 
 
 		 290 aa  62.4  0.00000003  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.762728  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3753  phosphoribulokinase  25.64 
 
 		 290 aa  62.4  0.00000003  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.917457  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_1281  uridine kinase  27.81 
 
 		 209 aa  61.6  0.00000004  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1933  phosphoribulokinase/uridine kinase  24.47 
 
 		 215 aa  62  0.00000004  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.0037389  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3200  phosphoribulokinase/uridine kinase  27.72 
 
 		 218 aa  61.6  0.00000005  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007633  MCAP_0422  uridine kinase  29.22 
 
 		 207 aa  61.6  0.00000005  Mycoplasma capricolum subsp. capricolum ATCC 27343  Bacteria  normal  0.174111  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0320  phosphoribulokinase/uridine kinase  28.3 
 
 		 286 aa  61.2  0.00000005  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.562289  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_17331  phosphoribulokinase  25.86 
 
 		 300 aa  61.6  0.00000005  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5125  Phosphoribulokinase  25.81 
 
 		 291 aa  61.2  0.00000006  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3025  Phosphoribulokinase  26.82 
 
 		 292 aa  60.8  0.00000007  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0147784  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6493  phosphoribulokinase  26.64 
 
 		 290 aa  60.1  0.0000001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.0819827 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_09761  phosphoribulokinase  25.86 
 
 		 300 aa  60.1  0.0000001  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  1  normal  0.0122412 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2449  phosphoribulokinase  25.96 
 
 		 290 aa  60.1  0.0000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.671024  normal  0.517835 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2789  phosphoribulokinase  26.58 
 
 		 292 aa  60.5  0.0000001  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.23487  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0884  phosphoribulokinase/uridine kinase  23.94 
 
 		 218 aa  60.5  0.0000001  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.668931  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2898  phosphoribulokinase  25.93 
 
 		 291 aa  59.3  0.0000002  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.40634  normal  0.065685 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2482  uridine kinase  25.55 
 
 		 211 aa  59.3  0.0000002  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006055  Mfl306  uridine kinase  27.41 
 
 		 208 aa  58.9  0.0000003  Mesoplasma florum L1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000466982  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_08251  phosphoribulokinase  25.32 
 
 		 300 aa  59.3  0.0000003  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  0.298725  normal  0.584517 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3558  phosphoribulokinase  27.01 
 
 		 286 aa  58.9  0.0000003  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.968442  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2364  uridine kinase  25.28 
 
 		 219 aa  58.5  0.0000004  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0446  phosphoribulokinase  25.93 
 
 		 295 aa  58.2  0.0000005  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.515173  normal  0.0634362 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2281  phosphoribulokinase  27.36 
 
 		 286 aa  57.8  0.0000007  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  hitchhiker  0.00866934  normal  0.0119473 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0948  phosphoribulokinase  25 
 
 		 291 aa  57  0.000001  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1392  phosphoribulokinase  25.35 
 
 		 292 aa  57.4  0.000001  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1051  phosphoribulokinase  26.82 
 
 		 291 aa  57  0.000001  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.382948  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2833  phosphoribulokinase  26.51 
 
 		 292 aa  57  0.000001  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.313018  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1914  phosphoribulokinase  25 
 
 		 291 aa  57  0.000001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.469914 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1385  uridine kinase  23.68 
 
 		 209 aa  56.6  0.000001  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3240  Phosphoribulokinase  25.57 
 
 		 296 aa  56.2  0.000002  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  unclonable  0.000000913358  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1284  phosphoribulokinase  25.93 
 
 		 290 aa  55.5  0.000003  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1983  phosphoribulokinase  25 
 
 		 294 aa  55.8  0.000003  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.784052  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1049  phosphoribulokinase  24.58 
 
 		 295 aa  55.8  0.000003  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  decreased coverage  0.0000381881  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2943  phosphoribulokinase  25.93 
 
 		 290 aa  55.5  0.000003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0970  uridine kinase  26.11 
 
 		 211 aa  55.8  0.000003  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2714  phosphoribulokinase  25.46 
 
 		 290 aa  55.5  0.000004  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0693  Phosphoribulokinase  25.59 
 
 		 290 aa  55.1  0.000005  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  unclonable  0.00000000130691  unclonable  0.000000000121362 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0536  phosphoribulokinase  25.59 
 
 		 290 aa  55.1  0.000005  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  unclonable  0.00207145  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1512  phosphoribulokinase/uridine kinase  24.54 
 
 		 294 aa  54.7  0.000006  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00000087167  decreased coverage  0.0000773868 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0822  phosphoribulokinase  25.93 
 
 		 291 aa  54.7  0.000006  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.60628  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0294  phosphoribulokinase  25.11 
 
 		 289 aa  53.9  0.00001  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3699  phosphoribulokinase 1  25.47 
 
 		 289 aa  53.5  0.00001  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0202  uridine kinase  26.23 
 
 		 204 aa  53.5  0.00001  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1482  phosphoribulokinase  25.57 
 
 		 291 aa  53.5  0.00001  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.793248 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0254  phosphoribulokinase  25.47 
 
 		 289 aa  53.5  0.00001  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1668  uridine kinase  28.03 
 
 		 207 aa  53.5  0.00001  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1702  uridine kinase  28.03 
 
 		 207 aa  53.5  0.00001  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.69825  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3942  putative phosphoribulokinase  25.47 
 
 		 289 aa  53.5  0.00001  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00074  phosphoribulokinase  25.58 
 
 		 289 aa  52.8  0.00002  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002280  Phosphoribulokinase  26.03 
 
 		 289 aa  53.1  0.00002  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS2856  uridine kinase  25.68 
 
 		 223 aa  52  0.00003  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3070  uridine kinase  25.68 
 
 		 223 aa  52  0.00003  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2183  uridine kinase  27.07 
 
 		 221 aa  52.4  0.00003  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.630907  normal  0.666717 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0823  uridine kinase  23.76 
 
 		 219 aa  52  0.00004  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2828  uridine kinase  25.82 
 
 		 223 aa  52  0.00004  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3754  phosphoribulokinase  24.53 
 
 		 294 aa  51.2  0.00006  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>