More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Swoo_1254 on replicon NC_010506
Organism: Shewanella woodyi ATCC 51908



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010506  Swoo_1254  30S ribosomal protein S16  100 
 
 
83 aa  168  2e-41  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  unclonable  4.03035e-09  hitchhiker  4.50288e-05 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2920  30S ribosomal protein S16  93.98 
 
 
83 aa  159  1e-38  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.000279747  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1168  30S ribosomal protein S16  92.77 
 
 
83 aa  158  2e-38  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  1.11213e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1159  30S ribosomal protein S16  93.98 
 
 
83 aa  158  3e-38  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  1.21606e-08  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2754  30S ribosomal protein S16  92.77 
 
 
83 aa  158  3e-38  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  6.98821e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1049  30S ribosomal protein S16  92.77 
 
 
83 aa  157  4e-38  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  2.69195e-09  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1287  30S ribosomal protein S16  91.57 
 
 
83 aa  156  8e-38  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  4.57134e-05  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1210  30S ribosomal protein S16  91.57 
 
 
83 aa  156  8e-38  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  1.1785e-09  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3103  30S ribosomal protein S16  91.57 
 
 
83 aa  156  8e-38  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  4.32284e-08  normal  0.216318 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1254  30S ribosomal protein S16  91.57 
 
 
83 aa  156  8e-38  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  9.63986e-10  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1063  30S ribosomal protein S16  91.57 
 
 
83 aa  156  9e-38  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  1.83798e-05  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0889  30S ribosomal protein S16  90.36 
 
 
83 aa  155  1e-37  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  decreased coverage  9.79344e-06  normal  0.306742 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2838  30S ribosomal protein S16  90.24 
 
 
82 aa  154  5e-37  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  1.37634e-08  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2920  30S ribosomal protein S16  90.24 
 
 
82 aa  154  5e-37  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00011068  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3017  30S ribosomal protein S16  90.24 
 
 
82 aa  153  9e-37  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  3.0824e-06  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1357  30S ribosomal protein S16  90.24 
 
 
82 aa  153  9e-37  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1577  30S ribosomal protein S16  80.72 
 
 
83 aa  142  2e-33  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.473483  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1124  30S ribosomal protein S16  80.49 
 
 
82 aa  139  2e-32  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3364  30S ribosomal protein S16  79.27 
 
 
82 aa  137  5e-32  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.0117785  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3228  30S ribosomal protein S16  79.27 
 
 
82 aa  137  5e-32  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.132458  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0882  30S ribosomal protein S16  79.27 
 
 
82 aa  137  5e-32  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.256318  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3203  30S ribosomal protein S16  79.27 
 
 
82 aa  137  6e-32  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  hitchhiker  0.00186632  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0852  30S ribosomal protein S16  80.49 
 
 
82 aa  137  6e-32  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  8.04578e-07  hitchhiker  6.1806e-05 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0991  30S ribosomal protein S16  79.27 
 
 
82 aa  137  7e-32  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0194612  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002536  SSU ribosomal protein S16p  80.49 
 
 
82 aa  136  1e-31  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.01225  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03480  30S ribosomal protein S16  80.49 
 
 
82 aa  135  2e-31  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4069  ribosomal protein S16  77.78 
 
 
81 aa  134  3e-31  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  hitchhiker  0.00170773  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2860  ribosomal protein S16  76.83 
 
 
82 aa  132  1e-30  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0095  30S ribosomal protein S16  76.83 
 
 
82 aa  132  2e-30  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  3.15992e-10  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3770  ribosomal protein S16  73.17 
 
 
82 aa  130  8e-30  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  3.78706e-06  normal 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0649  30S ribosomal protein S16  78.05 
 
 
96 aa  129  9e-30  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.0268123  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0293  30S ribosomal protein S16  71.95 
 
 
82 aa  128  3e-29  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  hitchhiker  1.0375e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3016  SSU ribosomal protein S16P  71.08 
 
 
83 aa  127  6e-29  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  decreased coverage  0.00108733  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2768  30S ribosomal protein S16  74.39 
 
 
82 aa  125  2e-28  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  3.47369e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2998  30S ribosomal protein S16  74.39 
 
 
82 aa  125  2e-28  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.00134476  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3848  30S ribosomal protein S16  74.39 
 
 
82 aa  125  2e-28  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  6.63881e-05  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2761  30S ribosomal protein S16  74.39 
 
 
82 aa  125  2e-28  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0377761  normal  0.0321443 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1074  30S ribosomal protein S16  74.39 
 
 
82 aa  125  2e-28  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0314963  normal  0.014008 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2893  30S ribosomal protein S16  74.39 
 
 
82 aa  125  2e-28  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  1.12425e-06  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1065  ribosomal protein S16  74.39 
 
 
82 aa  125  2e-28  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.000286149  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02462  hypothetical protein  74.39 
 
 
82 aa  125  2e-28  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.014774  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02498  30S ribosomal protein S16  74.39 
 
 
82 aa  125  2e-28  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0245657  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3004  30S ribosomal protein S16  73.17 
 
 
82 aa  124  3e-28  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.0878334  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1203  30S ribosomal protein S16  69.51 
 
 
82 aa  125  3e-28  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.00503973  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2821  30S ribosomal protein S16  73.17 
 
 
82 aa  124  3e-28  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.00742306  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2871  30S ribosomal protein S16  73.17 
 
 
82 aa  124  3e-28  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.958206  normal  0.0386254 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2890  30S ribosomal protein S16  73.17 
 
 
82 aa  124  3e-28  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.0294051  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2892  30S ribosomal protein S16  73.17 
 
 
82 aa  124  3e-28  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.155389  normal  0.381108 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3090  30S ribosomal protein S16  75.61 
 
 
82 aa  123  7e-28  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.248883  normal  0.0593615 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01705  30S ribosomal protein S16  67.47 
 
 
83 aa  120  5e-27  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.397905  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2280  30S ribosomal protein S16  70.89 
 
 
79 aa  120  6e-27  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0111517  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0392  ribosomal protein S16  68.75 
 
 
84 aa  120  8e-27  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0647  ribosomal protein S16  68.75 
 
 
80 aa  120  9e-27  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.596483  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0884  SSU ribosomal protein S16P  67.47 
 
 
117 aa  119  1e-26  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3367  ribosomal protein S16  68.29 
 
 
82 aa  117  4e-26  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_39560  30S ribosomal protein S16  65.06 
 
 
83 aa  116  1e-25  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.768221  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0846  ribosomal protein S16  66.25 
 
 
84 aa  116  1e-25  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_15970  30S ribosomal protein S16  65.06 
 
 
83 aa  115  2e-25  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0228176  normal  0.469508 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1374  30S ribosomal protein S16  65.06 
 
 
83 aa  115  3e-25  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.696619  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2334  SSU ribosomal protein S16P  65.85 
 
 
82 aa  114  3e-25  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  1.03344e-08  normal  0.0568349 
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0198  ribosomal protein S16  65.82 
 
 
88 aa  114  5e-25  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1153  30S ribosomal protein S16  65.06 
 
 
86 aa  114  5e-25  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1104  30S ribosomal protein S16  63.86 
 
 
86 aa  114  5e-25  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0569  30S ribosomal protein S16  67.06 
 
 
87 aa  113  7e-25  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.495753  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0681  30S ribosomal protein S16  62.65 
 
 
86 aa  113  7e-25  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0427  ribosomal protein S16  65.06 
 
 
85 aa  114  7e-25  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4157  30S ribosomal protein S16  66.23 
 
 
83 aa  113  7e-25  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.29802  normal  0.39086 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3066  SSU ribosomal protein S16P  63.1 
 
 
84 aa  112  1e-24  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  6.18527e-10  hitchhiker  4.96657e-07 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1629  30S ribosomal protein S16  64.2 
 
 
181 aa  112  2e-24  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  hitchhiker  9.66466e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1462  30S ribosomal protein S16  64.94 
 
 
83 aa  112  2e-24  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.065689  normal  0.177487 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4259  30S ribosomal protein S16  64.94 
 
 
83 aa  112  2e-24  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1067  30S ribosomal protein S16  64.94 
 
 
83 aa  112  2e-24  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.521683  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2781  30S ribosomal protein S16  65.06 
 
 
83 aa  112  2e-24  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0552  30S ribosomal protein S16  64.2 
 
 
137 aa  112  2e-24  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  4.62972e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2006  ribosomal protein S16  64.29 
 
 
86 aa  111  3e-24  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  hitchhiker  3.32773e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2260  ribosomal protein S16  64.94 
 
 
80 aa  110  5e-24  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.0142579  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0530  ribosomal protein S16  59.26 
 
 
86 aa  109  2e-23  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1282  30S ribosomal protein S16  61.45 
 
 
85 aa  108  2e-23  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1019  30S ribosomal protein S16  61.45 
 
 
83 aa  108  2e-23  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.247082  normal  0.536168 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3401  30S ribosomal protein S16  63.64 
 
 
83 aa  108  2e-23  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.587693 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1473  ribosomal protein S16  60.24 
 
 
85 aa  108  2e-23  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.34731  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2322  30S ribosomal protein S16  61.45 
 
 
89 aa  108  2e-23  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_2019  30S ribosomal protein S16  61.45 
 
 
89 aa  108  2e-23  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.137656  normal  0.994387 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0466  30S ribosomal protein S16  57.32 
 
 
86 aa  107  4e-23  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0748  30S ribosomal protein S16P  63.86 
 
 
109 aa  107  4e-23  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006369  lpl0442  30S ribosomal protein S16  57.32 
 
 
86 aa  107  4e-23  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0073  30S ribosomal protein S16  60.24 
 
 
86 aa  107  6e-23  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0087  30S ribosomal protein S16  60.24 
 
 
86 aa  107  7e-23  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0200  30S ribosomal protein S16  63.16 
 
 
87 aa  106  1e-22  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  1.98975e-05  normal  0.0587542 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0875  30S ribosomal protein S16  62.65 
 
 
84 aa  104  5e-22  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.511627  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1690  SSU ribosomal protein S16P  60.24 
 
 
83 aa  104  5e-22  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0804  30S ribosomal protein S16  64.29 
 
 
84 aa  103  7e-22  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2540  30S ribosomal protein S16  64.29 
 
 
84 aa  103  7e-22  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02147  30S ribosomal protein S16  57.83 
 
 
85 aa  103  8e-22  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.918801  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0933  30S ribosomal protein S16  63.1 
 
 
84 aa  103  8e-22  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.054663 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1402  ribosomal protein S16  60.24 
 
 
83 aa  103  8e-22  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1461  ribosomal protein S16  61.54 
 
 
91 aa  103  1e-21  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0949  30S ribosomal protein S16  62.96 
 
 
84 aa  103  1e-21  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1028  30S ribosomal protein S16  62.96 
 
 
84 aa  103  1e-21  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4183  30S ribosomal protein S16  62.96 
 
 
84 aa  103  1e-21  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>