299 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Swol_R0003 on replicon NC_008346
Organism: Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008346  Swol_R0003  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  153  7e-36  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  hitchhiker  0.00889349  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_R0069  tRNA-Arg  93.51 
 
 		 77 bp  113  6e-24  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.0196822  normal  0.911508 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_R0047  tRNA-Arg  92.21 
 
 		 77 bp  105  1e-21  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000151392  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0021  tRNA-Arg  92.21 
 
 		 77 bp  105  1e-21  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  decreased coverage  0.0000000063734  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0022  tRNA-Arg  92.21 
 
 		 77 bp  105  1e-21  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  decreased coverage  0.00000000656086  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_R0068  tRNA-Arg  90.91 
 
 		 77 bp  97.6  4e-19  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.754645  normal  0.377618 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_R0054    90.91 
 
 		 77 bp  97.6  4e-19  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_R0013  tRNA-Arg  90.91 
 
 		 77 bp  97.6  4e-19  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.249758  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_R0001  tRNA-Arg  90.91 
 
 		 77 bp  97.6  4e-19  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.336526  hitchhiker  0.00896286 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_R0006  tRNA-Arg  90.91 
 
 		 77 bp  97.6  4e-19  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_R0009  tRNA-Arg  90.91 
 
 		 77 bp  97.6  4e-19  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0891708  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_R0067  tRNA-Arg  90.91 
 
 		 77 bp  97.6  4e-19  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.645419 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_R0010  tRNA-Arg  90.91 
 
 		 77 bp  97.6  4e-19  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.312192  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_R0058  tRNA-Arg  90.91 
 
 		 77 bp  97.6  4e-19  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_R0011  tRNA-Arg  90.91 
 
 		 77 bp  97.6  4e-19  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_R0064  tRNA-Arg  90.91 
 
 		 77 bp  97.6  4e-19  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.294983  normal  0.0656653 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_R0019  tRNA-Arg  89.61 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.737932  normal  0.0155784 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_tRNA32  tRNA-Arg  89.61 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.377477  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_R0012  tRNA-Arg  89.61 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.802134  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_R0029  tRNA-Arg  89.61 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_R0023  tRNA-Arg  89.47 
 
 		 77 bp  87.7  3e-16  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0598975  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_R0006  tRNA-Arg  89.19 
 
 		 77 bp  83.8  0.000000000000005  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0288  tRNA-Arg  89.19 
 
 		 77 bp  83.8  0.000000000000005  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.528519  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_R0031  tRNA-Arg  89.04 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.501356  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR_t05  tRNA-Arg  91.8 
 
 		 74 bp  81.8  0.00000000000002  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_R0049  tRNA-Arg  88.31 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  hitchhiker  0.00000247527  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_R0010  tRNA-Arg  88.31 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000576852 
 
 
-
 
NC_006368  lppt19  tRNA-Arg  88.31 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_R0011  tRNA-Arg  88.31 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00060097 
 
 
-
 
NC_006369  lplt18  tRNA-Arg  88.31 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_R0034  tRNA-Arg  88.31 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.00000000620516  normal  1 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_R0036  tRNA-Arg  89.04 
 
 		 74 bp  81.8  0.00000000000002  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  unclonable  1.49468e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_R0006  tRNA-Arg  89.04 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_R0020  tRNA-Arg  88.31 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.845791  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_R0033  tRNA-Arg  89.04 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_R0012  tRNA-Arg  88.31 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000569995 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_R0023  tRNA-Arg  88.31 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_R0052  tRNA-Arg  88.31 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.717648  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_11730  tRNA-Arg  89.39 
 
 		 77 bp  75.8  0.000000000001  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.827241  normal  0.87857 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_R0029  tRNA-Arg  87.84 
 
 		 77 bp  75.8  0.000000000001  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.320042  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_R0030  tRNA-Arg  87.84 
 
 		 77 bp  75.8  0.000000000001  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.324137  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_R0028  tRNA-Arg  87.84 
 
 		 74 bp  75.8  0.000000000001  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.00106807  normal  0.150294 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_R0007  tRNA-Arg  87.01 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.173702  normal  0.696884 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_R0020  tRNA-Arg  87.01 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.0000000211793  normal  0.0116052 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_R0062  tRNA-Arg  93.88 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_R0004  tRNA-Arg  87.01 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.979842 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_R0070  tRNA-Arg  87.67 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.00000571368  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_R0024  tRNA-Arg  87.01 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_R0025  tRNA-Arg  87.01 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_R0045  tRNA-Arg  87.01 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000739134 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_R0029  tRNA-Arg  87.01 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.304599 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_R0051  tRNA-Arg  87.67 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.524822  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_R0037  tRNA-Arg  88.16 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_R0035  tRNA-Arg  87.5 
 
 		 77 bp  71.9  0.00000000002  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_R0053  tRNA-Arg  87.32 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.531886  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1045  tRNA-Arg  88.89 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1047  tRNA-Arg  88.89 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.249423  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_R0059  tRNA-Arg  86.67 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_R0015  tRNA-Arg  93.62 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0303  tRNA-Arg  93.48 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_R0001  tRNA-Arg  93.48 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_R0009  tRNA-Arg  87.84 
 
 		 78 bp  67.9  0.0000000003  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  unclonable  0.0000000000000133621  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_R0049  tRNA-Arg  97.37 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.000000230813  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_R0001  tRNA-Arg  93.48 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.286753 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4595  tRNA-Arg  93.48 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.372122  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_R0001  tRNA-Arg  93.48 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  tRNA-Arg-1  tRNA-Arg  91.84 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE_tRNA-Arg-3  tRNA-Arg  86.3 
 
 		 74 bp  65.9  0.000000001  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  unclonable  0.000000000427256  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1046  tRNA-Arg  88.52 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.65202  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1005  tRNA-Arg  85.71 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_R0056  tRNA-Arg  91.84 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.159336  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_AR0037  tRNA-Arg  85.71 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_R0056  tRNA-Arg  85.71 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.0000671008  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_R0037  tRNA-Arg  86.3 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0828388  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_R0039  tRNA-Arg  86.3 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.0291069  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0903  tRNA-Arg  85.71 
 
 		 79 bp  65.9  0.000000001  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_R0030  tRNA-Arg  86.3 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.0160344  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_R0024  tRNA-Arg  85.71 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00738285 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_R0018  tRNA-Arg  87.01 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  decreased coverage  0.00000528633  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_R0041  tRNA-Arg  85.71 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0106412  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0027  tRNA-Arg  86.11 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.000000223271  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0028  tRNA-Arg  86.11 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  0.0000000000331563  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_t025  tRNA-Arg  86.11 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_R0049  tRNA-Arg  86.11 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.00000000822334  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_4320  tRNA-Arg  95 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.438611  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0039  tRNA-Arg  86.11 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Shewanella baltica OS185  Bacteria  unclonable  0.000000000000965131  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0086  tRNA-Arg  86.11 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00000000221106  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_R0026  tRNA-Arg  95 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.0422227  normal  0.1826 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_R0059  tRNA-Arg  85.53 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  unclonable  0.000000000245079  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_R0044  tRNA-Arg  95 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.709803  normal  0.0256075 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_t096  tRNA-Arg  86.11 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Shewanella baltica OS223  Bacteria  unclonable  0.0000000000747728  normal  0.0921402 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_R0003  tRNA-Arg  95 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_R0021  tRNA-Arg  100 
 
 		 73 bp  61.9  0.00000002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.191091  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_R0056  tRNA-Arg  86.57 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_R0053  tRNA-Arg  88.14 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00000000106477  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_R0041  tRNA-Arg  85.33 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.225323  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_R0022  tRNA-Arg  85.92 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  hitchhiker  0.00548684  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_R0023  tRNA-Arg  85.92 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  hitchhiker  0.00552371  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_R0064  tRNA-Arg  87.93 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.00996897  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0043  tRNA-Arg  87.93 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00000076274  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>