More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Spea_0165 on replicon NC_009901
Organism: Shewanella pealeana ATCC 700345



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009901  Spea_0165  glutamate racemase  100 
 
 
268 aa  536  1e-151  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  unclonable  1.22262e-09  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3509  glutamate racemase  62.59 
 
 
268 aa  327  1e-88  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00151792  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4177  glutamate racemase  60.22 
 
 
274 aa  325  3e-88  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  4.86061e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0177  glutamate racemase  59.85 
 
 
274 aa  325  5e-88  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000496539  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0181  glutamate racemase  60.22 
 
 
274 aa  324  9e-88  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  2.4601e-06  hitchhiker  0.0092557 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4075  glutamate racemase  59.12 
 
 
274 aa  321  7e-87  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.000696712  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0180  glutamate racemase  60 
 
 
273 aa  319  3e-86  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  1.77762e-05  normal  0.815538 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0174  glutamate racemase  59.85 
 
 
272 aa  316  3e-85  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.000222817  normal  0.0305567 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0179  glutamate racemase  59.48 
 
 
272 aa  315  6e-85  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  unclonable  3.77093e-09  normal  0.781333 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4709  glutamate racemase  62.16 
 
 
266 aa  312  3e-84  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  5.83223e-06  normal  0.0898893 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0194  glutamate racemase  59.38 
 
 
266 aa  312  3e-84  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  1.0481e-05  normal  0.0134241 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0126  glutamate racemase  61.87 
 
 
259 aa  311  6e-84  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  unclonable  1.53552e-09  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4337  glutamate racemase  61.65 
 
 
282 aa  311  1e-83  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  3.57145e-08  hitchhiker  1.47212e-06 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0232  glutamate racemase  59.11 
 
 
277 aa  303  2e-81  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  5.08837e-09  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0207  glutamate racemase  57.89 
 
 
302 aa  301  7e-81  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0139  glutamate racemase  57.42 
 
 
266 aa  283  2e-75  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  6.84264e-07  normal  0.0718658 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4769  glutamate racemase  46.9 
 
 
287 aa  240  2e-62  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  5.10238e-07  normal  0.0239463 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4463  glutamate racemase  49.38 
 
 
260 aa  234  1e-60  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  unclonable  1.70429e-05  hitchhiker  5.95997e-12 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4342  glutamate racemase  51.35 
 
 
260 aa  234  1e-60  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  unclonable  5.13683e-07  normal  0.657896 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4373  glutamate racemase  47.67 
 
 
260 aa  234  1e-60  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  5.18556e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4537  glutamate racemase  51.35 
 
 
260 aa  234  1e-60  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  hitchhiker  0.00762513  hitchhiker  4.62365e-11 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00256  glutamate racemase  50.39 
 
 
268 aa  234  1e-60  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0133  glutamate racemase  47.86 
 
 
290 aa  233  2e-60  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  hitchhiker  0.00475482  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4460  glutamate racemase  50.9 
 
 
260 aa  232  4e-60  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  hitchhiker  0.00398465  hitchhiker  0.000459053 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002158  glutamate racemase  49.61 
 
 
267 aa  232  4e-60  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  4.702e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0193  glutamate racemase  47.64 
 
 
285 aa  231  1e-59  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  decreased coverage  0.00438881  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0199  glutamate racemase  47.64 
 
 
285 aa  231  1e-59  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  0.000337886  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2339  glutamate racemase  47.69 
 
 
265 aa  227  1e-58  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  1.77868e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4453  glutamate racemase  51.8 
 
 
262 aa  225  6e-58  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  decreased coverage  1.14143e-09  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4019  glutamate racemase  51.8 
 
 
285 aa  224  8e-58  Escherichia coli DH1  Bacteria  decreased coverage  5.48786e-11  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03801  hypothetical protein  51.8 
 
 
285 aa  224  8e-58  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.000631879  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03852  glutamate racemase  51.8 
 
 
285 aa  224  8e-58  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.000349509  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4201  glutamate racemase  51.8 
 
 
285 aa  224  1e-57  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  6.37876e-09  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5431  glutamate racemase  51.8 
 
 
262 aa  224  1e-57  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.000134929  normal  0.011427 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3782  glutamate racemase  47.64 
 
 
295 aa  224  1e-57  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  hitchhiker  1.54676e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4414  glutamate racemase  51.8 
 
 
262 aa  224  1e-57  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  3.86576e-06  hitchhiker  0.00203904 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4508  glutamate racemase  51.8 
 
 
285 aa  224  1e-57  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  7.39162e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4049  glutamate racemase  51.8 
 
 
262 aa  224  2e-57  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  decreased coverage  9.85082e-05  hitchhiker  0.00105289 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0143  glutamate racemase  44.92 
 
 
287 aa  221  1e-56  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  5.47214e-14  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_4019  glutamate racemase  52.29 
 
 
283 aa  221  1e-56  Enterobacter sp. 638  Bacteria  unclonable  3.94018e-08  decreased coverage  0.00413197 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_4072  glutamate racemase  45.14 
 
 
287 aa  219  3e-56  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  unclonable  3.83263e-11  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2884  glutamate racemase  53.39 
 
 
265 aa  211  8e-54  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  hitchhiker  0.00254237  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1453  glutamate racemase  51.6 
 
 
267 aa  209  3e-53  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.010969  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0629  glutamate racemase  46.72 
 
 
268 aa  204  1e-51  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0781  glutamate racemase  40 
 
 
291 aa  190  2e-47  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.264959 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0124  glutamate racemase  42.86 
 
 
240 aa  189  3e-47  Yersinia pestis Angola  Bacteria  decreased coverage  2.84892e-07  normal  0.0743553 
 
 
-
 
NC_004310  BR1195  glutamate racemase  44.69 
 
 
277 aa  187  2e-46  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1996  glutamate racemase  44.05 
 
 
278 aa  186  4e-46  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1157  glutamate racemase  45.13 
 
 
277 aa  185  6e-46  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.553374  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1338  glutamate racemase  41.76 
 
 
267 aa  179  4e-44  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.537109  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0357  glutamate racemase  41 
 
 
312 aa  179  6e-44  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.264447  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2251  glutamate racemase  41.53 
 
 
290 aa  178  7e-44  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0194593  normal  0.0243965 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2226  glutamate racemase  44.44 
 
 
281 aa  177  2e-43  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3847  glutamate racemase  42.01 
 
 
305 aa  176  3e-43  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.671121  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1326  glutamate racemase  41.63 
 
 
287 aa  174  1e-42  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.219508  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3412  glutamate racemase  43.24 
 
 
286 aa  174  1e-42  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3217  glutamate racemase  43.24 
 
 
291 aa  173  3e-42  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1916  glutamate racemase  39.53 
 
 
269 aa  172  4e-42  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3541  glutamate racemase  43.24 
 
 
286 aa  172  6e-42  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.476153 
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0153  glutamate racemase  41.63 
 
 
274 aa  171  8e-42  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  hitchhiker  0.000846216  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1768  glutamate racemase  45.95 
 
 
266 aa  169  5e-41  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.454909  normal  0.641778 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1780  glutamate racemase  40.72 
 
 
264 aa  168  7e-41  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5384  glutamate racemase  40.99 
 
 
265 aa  167  1e-40  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.571769  normal  0.572623 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1269  glutamate racemase  42.92 
 
 
274 aa  167  2e-40  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.888431  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0827  glutamate racemase  43.05 
 
 
271 aa  166  5e-40  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.0389659  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1516  glutamate racemase  41.01 
 
 
271 aa  164  1e-39  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1799  glutamate racemase  41.74 
 
 
277 aa  162  4e-39  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.627391  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3824  glutamate racemase  42.2 
 
 
264 aa  162  7e-39  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0482316  normal  0.0601496 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0396  glutamate racemase  36.88 
 
 
279 aa  162  8e-39  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.971705 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1606  glutamate racemase  45.87 
 
 
265 aa  160  1e-38  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3000  glutamate racemase  40.99 
 
 
270 aa  160  2e-38  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1207  glutamate racemase  41.26 
 
 
268 aa  158  7e-38  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2160  glutamate racemase  37.55 
 
 
267 aa  158  8e-38  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0454609  normal  0.382904 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1949  glutamate racemase  40 
 
 
266 aa  157  1e-37  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.513252  normal  0.377399 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3694  glutamate racemase  41.96 
 
 
264 aa  157  1e-37  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1613  glutamate racemase  42.2 
 
 
272 aa  156  3e-37  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.572761  normal  0.655413 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_2085  glutamate racemase  41.12 
 
 
271 aa  154  2e-36  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0055  glutamate racemase  38.74 
 
 
272 aa  149  6e-35  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.0124044  normal  0.0422358 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3138  glutamate racemase  35.56 
 
 
295 aa  148  9e-35  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.478139  normal  0.0235103 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2832  glutamate racemase  38.64 
 
 
275 aa  147  3e-34  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.0609148  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1521  glutamate racemase  36 
 
 
272 aa  145  6e-34  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  hitchhiker  0.00432739  normal  0.0343831 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1295  glutamate racemase  37.21 
 
 
276 aa  144  1e-33  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.0764463 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1755  glutamate racemase  41.48 
 
 
266 aa  143  2e-33  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.000954192  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1411  glutamate racemase  36.77 
 
 
284 aa  143  3e-33  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.426181  normal  0.11306 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1687  glutamate racemase  37.1 
 
 
259 aa  142  5e-33  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1645  glutamate racemase  36.18 
 
 
265 aa  142  5e-33  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0621  glutamate racemase  35.15 
 
 
290 aa  142  8e-33  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.158475  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_04380  Glutamate racemase  33.33 
 
 
263 aa  141  1e-32  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1934  glutamate racemase  35.15 
 
 
290 aa  141  1e-32  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0524  glutamate racemase  35.15 
 
 
290 aa  141  1e-32  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1063  glutamate racemase  34.71 
 
 
263 aa  140  2e-32  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2022  glutamate racemase  37.23 
 
 
288 aa  140  2e-32  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1140  glutamate racemase  36.52 
 
 
268 aa  140  3e-32  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1240  glutamate racemase  38.22 
 
 
282 aa  140  3e-32  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2274  glutamate racemase  34.96 
 
 
270 aa  139  4e-32  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0643046  hitchhiker  0.00406767 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1080  glutamate racemase  34.55 
 
 
292 aa  138  1e-31  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.878635  normal 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0754  glutamate racemase  37.14 
 
 
268 aa  137  2e-31  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4623  glutamate racemase  31.62 
 
 
269 aa  136  3e-31  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.000438915  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A2060  glutamate racemase  34.73 
 
 
290 aa  136  3e-31  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0796  glutamate racemase  34.73 
 
 
290 aa  136  3e-31  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>