More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shewmr4_0085 on replicon NC_008321
Organism: Shewanella sp. MR-4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008321  Shewmr4_0085  MerR family transcriptional regulator  100 
 
 
117 aa  235  2e-61  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0086  MerR family transcriptional regulator  99.15 
 
 
117 aa  233  6e-61  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0082  MerR family transcriptional regulator  99.15 
 
 
117 aa  233  6e-61  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1798  regulatory protein, MerR  44.35 
 
 
118 aa  96.3  1e-19  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0455207  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2733  MerR family transcriptional regulator  40.87 
 
 
135 aa  94.7  4e-19  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1151  MerR family transcriptional regulator  40 
 
 
133 aa  73.9  8e-13  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.100669  hitchhiker  3.11334e-07 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0563  DNA-binding transcriptional regulator CueR  36.97 
 
 
138 aa  70.9  5e-12  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.620757  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0607  DNA-binding transcriptional regulator CueR  36.97 
 
 
138 aa  70.9  5e-12  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0546  DNA-binding transcriptional regulator CueR  36.97 
 
 
138 aa  70.9  5e-12  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0553  DNA-binding transcriptional regulator CueR  36.97 
 
 
138 aa  70.9  5e-12  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.985745  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3871  MerR family transcriptional regulator  45.33 
 
 
117 aa  70.5  6e-12  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0548  DNA-binding transcriptional regulator CueR  36.97 
 
 
138 aa  69.7  1e-11  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00443  hypothetical protein  36.13 
 
 
135 aa  67.8  4e-11  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0566  DNA-binding transcriptional regulator CueR  36.13 
 
 
135 aa  67.8  4e-11  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3129  DNA-binding transcriptional regulator CueR  36.13 
 
 
135 aa  67.8  4e-11  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.943376  hitchhiker  7.53695e-05 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0526  DNA-binding transcriptional regulator CueR  36.13 
 
 
135 aa  67.8  4e-11  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0422  DNA-binding transcriptional regulator CueR  36.13 
 
 
135 aa  67.8  4e-11  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00438  DNA-binding transcriptional activator of copper-responsive regulon genes  36.13 
 
 
135 aa  67.8  4e-11  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3123  transcriptional regulator, MerR family  36.13 
 
 
135 aa  67.8  4e-11  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.856714  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000328  HTH-type transcriptional regulator CueR  39.42 
 
 
128 aa  67.4  6e-11  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  7.37909e-11  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0963  DNA-binding transcriptional regulator CueR  35.54 
 
 
136 aa  67.4  7e-11  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.55262  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1504  MerR family transcriptional regulator  36.73 
 
 
166 aa  66.2  1e-10  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0530  DNA-binding transcriptional regulator CueR  35.29 
 
 
135 aa  66.2  1e-10  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0586  DNA-binding transcriptional regulator CueR  35.29 
 
 
135 aa  66.2  1e-10  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal  0.775911 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06131  Zn(II)-responsive regulator of ZntA  38.46 
 
 
128 aa  66.2  1e-10  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1032  transcriptional regulator, MerR family  35.51 
 
 
144 aa  66.2  1e-10  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.920994  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3026  Cu(I)-responsive transcriptional regulator  35.24 
 
 
139 aa  65.9  2e-10  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1498  MerR family transcriptional regulator  36.73 
 
 
163 aa  65.5  2e-10  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2847  transcriptional regulator, MerR family  36.73 
 
 
169 aa  65.9  2e-10  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.444422  hitchhiker  1.60217e-05 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1534  MerR family transcriptional regulator  36.73 
 
 
182 aa  65.9  2e-10  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3026  transcriptional regulator, MerR family  38.1 
 
 
137 aa  65.9  2e-10  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1266  Cu(I)-responsive transcriptional regulator  35.24 
 
 
139 aa  65.1  3e-10  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal  0.0668949 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0905  MerR family transcriptional regulator  47.06 
 
 
117 aa  65.1  3e-10  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.131454  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3164  MerR family transcriptional regulator  35.24 
 
 
139 aa  65.1  3e-10  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2967  MerR family transcriptional regulator  42.65 
 
 
127 aa  64.3  5e-10  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2788  MerR family transcriptional regulator  42.65 
 
 
127 aa  64.3  5e-10  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.291885  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1687  MerR family transcriptional regulator  37.37 
 
 
129 aa  64.3  5e-10  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1667  regulatory protein, MerR  47.76 
 
 
136 aa  63.9  6e-10  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2655  MerR family transcriptional regulator  36.36 
 
 
129 aa  63.9  6e-10  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_4039  MerR family transcriptional regulator  37.37 
 
 
130 aa  63.9  7e-10  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.576602  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2588  MerR family transcriptional regulator  36.36 
 
 
129 aa  63.5  9e-10  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal  0.0158199 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3892  MerR family transcriptional regulator  35.09 
 
 
149 aa  63.2  1e-09  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  decreased coverage  0.00526993  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2538  MerR family transcriptional regulator  34.71 
 
 
157 aa  62.8  1e-09  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_02170  predicted transcriptional regulator  43.28 
 
 
133 aa  62.4  2e-09  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2762  MerR family transcriptional regulator  35.35 
 
 
129 aa  62.4  2e-09  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1385  transcriptional regulator of MerR family protein  34.91 
 
 
153 aa  62.4  2e-09  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_6040  MerR family transcriptional regulator  36.94 
 
 
128 aa  62.4  2e-09  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1407  MerR family transcriptional regulator  36.36 
 
 
133 aa  62.4  2e-09  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4898  MerR family transcriptional regulator  36 
 
 
147 aa  61.6  3e-09  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.627224  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2691  Cu(I)-responsive transcriptional regulator  37.11 
 
 
154 aa  61.6  3e-09  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.455022  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2526  MerR family transcriptional regulator  45.71 
 
 
115 aa  61.6  4e-09  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.120952  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1339  transcriptional regulator of MerR family protein  37.62 
 
 
130 aa  61.2  4e-09  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02024  Cd(II)/Pb(II)-responsive transcriptional regulator  34.58 
 
 
138 aa  61.2  4e-09  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.675487  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2024  MerR family transcriptional regulator  32.17 
 
 
129 aa  60.8  5e-09  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0713  MerR family transcriptional regulator  33.33 
 
 
125 aa  60.8  5e-09  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.979534  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1328  Cu(I)-responsive transcriptional regulator  33.06 
 
 
142 aa  60.8  6e-09  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.185828  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2836  transcriptional regulator, MerR family  33.64 
 
 
135 aa  60.5  7e-09  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.906455  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2814  transcriptional regulator, MerR family  36.08 
 
 
138 aa  60.5  8e-09  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3218  transcriptional regulator, MerR family  41.18 
 
 
138 aa  60.5  8e-09  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4049  MerR family transcriptional regulator  34.95 
 
 
149 aa  60.5  8e-09  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2453  transcriptional regulator, MerR family  35.78 
 
 
155 aa  59.7  1e-08  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  hitchhiker  1.00878e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0812  MerR family transcriptional regulator  37.72 
 
 
143 aa  60.1  1e-08  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2322  MerR family transcriptional regulator  39.73 
 
 
139 aa  59.7  1e-08  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1098  transcriptional regulator, MerR family  41.18 
 
 
134 aa  59.7  1e-08  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3339  MerR family transcriptional regulator  31.9 
 
 
157 aa  59.7  1e-08  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.88053  normal  0.266963 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3979  MerR family transcriptional regulator  33.62 
 
 
174 aa  60.1  1e-08  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  decreased coverage  0.00581953  normal  0.426596 
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4217  MerR family transcriptional regulator  33.63 
 
 
137 aa  58.9  2e-08  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2918  transcriptional regulator, MerR family  36.08 
 
 
154 aa  59.3  2e-08  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.247446  normal  0.104462 
 
 
-
 
NC_009467  Acry_3237  MerR family transcriptional regulator  33.67 
 
 
137 aa  59.3  2e-08  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_35820  predicted transcriptional regulator  38.81 
 
 
134 aa  59.3  2e-08  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3523  MerR family transcriptional regulator  34.69 
 
 
139 aa  59.3  2e-08  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1534  transcriptional regulator, MerR family  33.65 
 
 
249 aa  58.5  3e-08  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.0334786  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3373  MerR family transcriptional regulator  32.65 
 
 
136 aa  58.5  3e-08  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.0297855  normal  0.469131 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3375  MerR family transcriptional regulator  33.67 
 
 
149 aa  58.5  3e-08  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_7842  transcriptional regulator, MerR family  34.95 
 
 
149 aa  58.5  3e-08  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3209  MerR family transcriptional regulator  30 
 
 
138 aa  58.5  3e-08  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4072  transcriptional regulator, MerR family  29.41 
 
 
140 aa  58.5  3e-08  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.44146 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_3133  MerR family transcriptional regulator  30.91 
 
 
139 aa  58.2  4e-08  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.845727  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0653  regulatory protein, MerR  36.94 
 
 
132 aa  58.2  4e-08  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2848  MerR family transcriptional regulator  36.76 
 
 
142 aa  58.2  4e-08  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1484  MerR family transcriptional regulator  43.94 
 
 
126 aa  57.8  5e-08  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.944176  normal  0.368372 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3726  MerR family transcriptional regulator  30.91 
 
 
140 aa  57.8  5e-08  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3439  MerR family transcriptional regulator  40.21 
 
 
136 aa  57.8  5e-08  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0802  transcriptional regulator, MerR family  32.5 
 
 
142 aa  57.8  5e-08  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1739  MerR family transcriptional regulator  33.91 
 
 
141 aa  57.4  6e-08  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  normal  0.784519 
 
 
-
 
NC_014159  Tpau_4307  transcriptional regulator, MerR family  43.75 
 
 
141 aa  57.4  6e-08  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  decreased coverage  0.00729055  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0453  MerR family transcriptional regulator  35.59 
 
 
131 aa  57.4  7e-08  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012849  Rpic12D_5359  transcriptional regulator, MerR family  33.33 
 
 
142 aa  57.4  7e-08  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0901  MerR family transcriptional regulator  35.04 
 
 
125 aa  57.4  7e-08  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal  0.0327374 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0912  MerR family transcriptional regulator  35.04 
 
 
125 aa  57.4  7e-08  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0895  MerR family transcriptional regulator  35.04 
 
 
125 aa  57.4  7e-08  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0393  Cu(I)-responsive transcriptional regulator  31.45 
 
 
154 aa  57  8e-08  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.493726  hitchhiker  2.73635e-17 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0407  Cu(I)-responsive transcriptional regulator  31.45 
 
 
154 aa  57  8e-08  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  hitchhiker  2.67625e-06 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4350  transcriptional regulator, MerR family  45.16 
 
 
131 aa  57  8e-08  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0388  Cu(I)-responsive transcriptional regulator  31.45 
 
 
154 aa  57  8e-08  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2198  MerR family transcriptional regulator  31.03 
 
 
135 aa  57  8e-08  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0448  Cu(I)-responsive transcriptional regulator  31.45 
 
 
154 aa  57  8e-08  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  hitchhiker  1.17179e-17 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3242  transcriptional regulator, MerR family  35.35 
 
 
132 aa  57  8e-08  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3486  transcriptional regulator, MerR family  43.28 
 
 
135 aa  57  8e-08  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3210  MerR family transcriptional regulator  36.14 
 
 
136 aa  57  9e-08  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.303617  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>