37 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sfri_3505 on replicon NC_008345
Organism: Shewanella frigidimarina NCIMB 400



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008345  Sfri_3505  major facilitator transporter  100 
 
 		 412 aa  819    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1824  major facilitator transporter  59.22 
 
 		 415 aa  479  1e-134  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.582867  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0981  hypothetical protein  54.39 
 
 		 415 aa  431  1e-119  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1438  major facilitator transporter  53.55 
 
 		 415 aa  409  1e-113  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2963  major facilitator superfamily MFS_1  50 
 
 		 421 aa  368  1e-100  Shewanella baltica OS223  Bacteria  decreased coverage  0.0000121972  normal  0.284618 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1261  major facilitator transporter  47.73 
 
 		 406 aa  355  1e-96  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1433  transporter, MFS superfamily  43.4 
 
 		 420 aa  323  2e-87  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.811642  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0306  major facilitator transporter  46.53 
 
 		 409 aa  308  1.0000000000000001e-82  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.338859  normal  0.158126 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3989  major facilitator transporter  27.59 
 
 		 406 aa  125  2e-27  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.0137476  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3819  major facilitator transporter  25.42 
 
 		 425 aa  120  3.9999999999999996e-26  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.000056973  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0066  major facilitator superfamily MFS_1  27.86 
 
 		 406 aa  114  2.0000000000000002e-24  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.574631  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0067  major facilitator transporter  27.86 
 
 		 406 aa  114  3e-24  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.37883  hitchhiker  0.00294151 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0062  major facilitator transporter  27.6 
 
 		 406 aa  114  4.0000000000000004e-24  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.7183  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3964  transporter, putative  25.63 
 
 		 407 aa  113  7.000000000000001e-24  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.000000000523123  normal  0.125467 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0065  major facilitator transporter  28.83 
 
 		 406 aa  112  1.0000000000000001e-23  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.596651  decreased coverage  0.0000000729069 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4287  major facilitator transporter  27.42 
 
 		 406 aa  112  1.0000000000000001e-23  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.0000504378  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0067  major facilitator transporter  28.57 
 
 		 406 aa  111  3e-23  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.700351  unclonable  0.0000000000855622 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0063  major facilitator transporter  28.57 
 
 		 406 aa  110  4.0000000000000004e-23  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0580428  unclonable  0.0000312687 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00677  transporter, putative  25.74 
 
 		 405 aa  109  8.000000000000001e-23  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  decreased coverage  0.00179637  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0962  major facilitator transporter  24.21 
 
 		 415 aa  95.9  1e-18  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.419565 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4329  major facilitator superfamily MFS_1  25.98 
 
 		 420 aa  54.3  0.000004  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.699497  normal  1 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6289  L-fucose transporter  22.49 
 
 		 457 aa  51.2  0.00003  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.642767 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1540  L-fucose permease  22.49 
 
 		 457 aa  51.2  0.00003  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.284647  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6949  L-fucose transporter  22.25 
 
 		 457 aa  50.4  0.00005  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0068  transporter, putative  20.3 
 
 		 391 aa  48.5  0.0002  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0065  major facilitator family transporter  20.4 
 
 		 388 aa  48.1  0.0003  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6905  L-fucose permease  22.44 
 
 		 457 aa  47.4  0.0004  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.499924 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1656  glucose/galactose transporter  24.11 
 
 		 458 aa  47.8  0.0004  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2076  major facilitator superfamily MFS_1  22.89 
 
 		 419 aa  47.4  0.0005  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1068  major facilitator transporter  21.81 
 
 		 395 aa  45.8  0.001  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  0.355091 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0130  major facilitator transporter  26.96 
 
 		 398 aa  45.4  0.002  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.453953  n/a   
 
 
-
 
NC_009068  PICST_28819  predicted protein  21.18 
 
 		 505 aa  45.1  0.002  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  1  hitchhiker  0.00143526 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0534  major facilitator transporter  25 
 
 		 391 aa  45.8  0.002  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.479778 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0005  major facilitator transporter  23.33 
 
 		 421 aa  45.4  0.002  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.0753564  normal  0.228788 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0562  glucose/galactose transporter  25.36 
 
 		 413 aa  43.5  0.007  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.336996 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2986  glucose/galactose transporter  19.37 
 
 		 412 aa  43.5  0.007  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3671  glucose/galactose transporter  21.72 
 
 		 435 aa  43.1  0.009  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>