65 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Patl_1824 on replicon NC_008228
Organism: Pseudoalteromonas atlantica T6c



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008228  Patl_1824  major facilitator transporter  100 
 
 		 415 aa  822    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.582867  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3505  major facilitator transporter  59.22 
 
 		 412 aa  494  9.999999999999999e-139  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0981  hypothetical protein  56.17 
 
 		 415 aa  442  1e-123  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1438  major facilitator transporter  56.84 
 
 		 415 aa  421  1e-116  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2963  major facilitator superfamily MFS_1  50.38 
 
 		 421 aa  375  1e-103  Shewanella baltica OS223  Bacteria  decreased coverage  0.0000121972  normal  0.284618 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1261  major facilitator transporter  48.63 
 
 		 406 aa  358  9.999999999999999e-98  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1433  transporter, MFS superfamily  46.56 
 
 		 420 aa  346  5e-94  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.811642  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0306  major facilitator transporter  47.9 
 
 		 409 aa  318  1e-85  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.338859  normal  0.158126 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3989  major facilitator transporter  30.33 
 
 		 406 aa  151  2e-35  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.0137476  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0067  major facilitator transporter  30.2 
 
 		 406 aa  138  1e-31  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.37883  hitchhiker  0.00294151 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0062  major facilitator transporter  29.7 
 
 		 406 aa  137  2e-31  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.7183  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3964  transporter, putative  29.04 
 
 		 407 aa  138  2e-31  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.000000000523123  normal  0.125467 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4287  major facilitator transporter  30.45 
 
 		 406 aa  137  4e-31  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.0000504378  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0066  major facilitator superfamily MFS_1  30.2 
 
 		 406 aa  137  5e-31  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.574631  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3819  major facilitator transporter  28.65 
 
 		 425 aa  133  6.999999999999999e-30  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.000056973  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0063  major facilitator transporter  30.03 
 
 		 406 aa  129  8.000000000000001e-29  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0580428  unclonable  0.0000312687 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0067  major facilitator transporter  30.03 
 
 		 406 aa  129  8.000000000000001e-29  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.700351  unclonable  0.0000000000855622 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0065  major facilitator transporter  29.77 
 
 		 406 aa  128  2.0000000000000002e-28  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.596651  decreased coverage  0.0000000729069 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00677  transporter, putative  27.86 
 
 		 405 aa  122  1.9999999999999998e-26  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  decreased coverage  0.00179637  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0962  major facilitator transporter  28.08 
 
 		 415 aa  115  1.0000000000000001e-24  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.419565 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0005  major facilitator transporter  24.61 
 
 		 421 aa  69.3  0.0000000001  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.0753564  normal  0.228788 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4329  major facilitator superfamily MFS_1  25.54 
 
 		 420 aa  59.3  0.0000001  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.699497  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3671  glucose/galactose transporter  26.18 
 
 		 435 aa  57  0.0000006  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6584  major facilitator superfamily MFS_1  26.62 
 
 		 420 aa  54.7  0.000003  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2040  glucose/galactose transporter  23.46 
 
 		 423 aa  54.7  0.000003  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.441952  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5715  L-fucose transporter  22.84 
 
 		 417 aa  53.9  0.000005  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.988636  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2298  glucose/galactose transporter  23.18 
 
 		 423 aa  53.5  0.000007  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00747197  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2087  glucose/galactose transporter  23.18 
 
 		 423 aa  53.5  0.000007  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2286  glucose/galactose transporter  23.18 
 
 		 423 aa  53.5  0.000007  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009035  Sbal_4572  hypothetical protein  23.18 
 
 		 423 aa  53.5  0.000007  Shewanella baltica OS155  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2208  glucose/galactose transporter  22.54 
 
 		 423 aa  53.1  0.000008  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2389  glucose/galactose transporter family protein  23.72 
 
 		 436 aa  52.8  0.00001  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.706169  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2132  glucose/galactose transporter  22.54 
 
 		 423 aa  52.8  0.00001  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3292  glucose/galactose transporter  25.57 
 
 		 428 aa  52.4  0.00002  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2076  major facilitator superfamily MFS_1  21.72 
 
 		 419 aa  51.6  0.00003  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2310  glucose/galactose transporter  23.46 
 
 		 423 aa  49.7  0.00009  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.788662  normal  1 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0065  major facilitator family transporter  19.27 
 
 		 388 aa  49.3  0.0001  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0068  transporter, putative  19.27 
 
 		 391 aa  48.5  0.0002  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03795  glucose/galactose transporter family protein  25.07 
 
 		 420 aa  48.9  0.0002  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.268682  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3368  L-fucose transporter  22.97 
 
 		 413 aa  48.5  0.0002  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1420  major facilitator transporter  22.14 
 
 		 467 aa  48.5  0.0002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1827  glucose/galactose transporter  22.71 
 
 		 408 aa  48.1  0.0003  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_04150  glucose/galactose transporter protein  24.69 
 
 		 429 aa  48.1  0.0003  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.311164  n/a   
 
 
-
 
BN001303  ANIA_08768  conserved hypothetical protein  22.44 
 
 		 433 aa  47.4  0.0004  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.0863373  normal  0.186532 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2211  glucose/galactose transporter  23.5 
 
 		 424 aa  47.8  0.0004  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.17788  hitchhiker  0.00147708 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1890  glucose/galactose transporter  23.61 
 
 		 421 aa  47  0.0006  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.621908  normal  0.769175 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0364  glucose/galactose transporter family protein  22.02 
 
 		 408 aa  47  0.0006  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  0.000000442276  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1068  major facilitator transporter  24 
 
 		 395 aa  47  0.0006  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  0.355091 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0716  glucose/galactose transporter  26.69 
 
 		 429 aa  46.6  0.0008  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0534  major facilitator transporter  28.77 
 
 		 391 aa  46.6  0.0009  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.479778 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5388  glucose/galactose transporter  23.97 
 
 		 424 aa  46.6  0.0009  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0838  major facilitator family transporter  30.3 
 
 		 397 aa  46.6  0.0009  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2649  glucose/galactose transporter family protein  23.48 
 
 		 428 aa  46.2  0.001  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  unclonable  0.000985214  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1017  glucose/galactose transporter  22.95 
 
 		 428 aa  46.2  0.001  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5644  L-fucose transporter  23.2 
 
 		 417 aa  45.1  0.002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.183274  normal  0.735779 
 
 
-
 
NC_009068  PICST_28819  predicted protein  26.7 
 
 		 505 aa  45.4  0.002  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  1  hitchhiker  0.00143526 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0137  major facilitator transporter  26.44 
 
 		 427 aa  45.1  0.002  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.0711872  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0805  glucose/galactose transporter  26.22 
 
 		 429 aa  45.1  0.002  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1829  major facilitator superfamily MFS_1  32.89 
 
 		 414 aa  44.7  0.003  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1656  glucose/galactose transporter  23.88 
 
 		 458 aa  45.1  0.003  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1148  glucose/galactose transporter  23.18 
 
 		 428 aa  44.3  0.004  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0931456  normal  0.671302 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3665  major facilitator transporter  30.77 
 
 		 415 aa  43.5  0.007  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1549  major facilitator transporter  21.34 
 
 		 363 aa  43.1  0.008  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_3400  major facilitator superfamily MFS_1  25.34 
 
 		 404 aa  43.1  0.008  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3689  major facilitator transporter  22.1 
 
 		 395 aa  43.1  0.009  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.890108  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>