More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sfri_1234 on replicon NC_008345
Organism: Shewanella frigidimarina NCIMB 400



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008345  Sfri_1234  redoxin domain-containing protein  100 
 
 
167 aa  343  7e-94  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1818  redoxin domain-containing protein  43.67 
 
 
165 aa  166  2e-40  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.165387  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3551  thiol:disulfide interchange protein DsbE, putative  43.45 
 
 
173 aa  151  2.9999999999999998e-36  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal  0.571735 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1221  peroxiredoxin-like protein  40.69 
 
 
173 aa  150  8.999999999999999e-36  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0547  peroxiredoxin-like protein  44.12 
 
 
168 aa  149  2e-35  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1566  hypothetical protein  38.19 
 
 
172 aa  121  4e-27  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2330  redoxin domain-containing protein  33.76 
 
 
182 aa  112  2.0000000000000002e-24  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0220843  normal  0.114358 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2011  redoxin domain-containing protein  38.78 
 
 
174 aa  112  3e-24  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0343225 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0861  alkyl hydroperoxide reductase/ Thiol specific antioxidant/ Mal allergen  34.97 
 
 
189 aa  110  7.000000000000001e-24  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.155376  hitchhiker  0.00638708 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1356  thiol-disulfide oxidoreductase  33.33 
 
 
173 aa  110  1.0000000000000001e-23  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1598  thiol-disulfide oxidoreductase  33.33 
 
 
173 aa  109  2.0000000000000002e-23  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.966744  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1396  thiol-disulfide oxidoreductase  35.29 
 
 
173 aa  108  3e-23  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0023  redoxin domain-containing protein  38.46 
 
 
167 aa  108  5e-23  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.239793  normal 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1355  thiol-disulfide oxidoreductase  34.45 
 
 
173 aa  107  6e-23  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1954  thioredoxin  37.06 
 
 
184 aa  107  7.000000000000001e-23  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1634  thiol-disulfide oxidoreductase  32.61 
 
 
173 aa  106  1e-22  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0577  redoxin  30.49 
 
 
172 aa  105  2e-22  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.786564  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS1383  thiol-disulfide oxidoreductase  33.61 
 
 
173 aa  103  8e-22  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3817  thiol-disulfide oxidoreductase  31.88 
 
 
173 aa  103  8e-22  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000000000000518727 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1494  thiol-disulfide oxidoreductase  33.61 
 
 
173 aa  103  8e-22  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0399  thiol-disulfide oxidoreductase  35.48 
 
 
174 aa  103  8e-22  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0325  alkyl hydroperoxide reductase/ Thiol specific antioxidant/ Mal allergen  34.27 
 
 
189 aa  103  9e-22  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal  0.0365546 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1223  hypothetical protein  31.01 
 
 
172 aa  103  1e-21  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1528  thiol-disulfide oxidoreductase  31.88 
 
 
173 aa  103  1e-21  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1358  alkyl hydroperoxide reductase/ Thiol specific antioxidant/ Mal allergen  40.16 
 
 
179 aa  103  1e-21  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  hitchhiker  0.000315647  hitchhiker  0.00000356135 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4448  alkyl hydroperoxide reductase/ Thiol specific antioxidant/ Mal allergen  34.81 
 
 
382 aa  103  1e-21  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.510113  normal 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1566  thiol-disulfide oxidoreductase  32.77 
 
 
173 aa  102  2e-21  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.62392e-19 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1890  alkyl hydroperoxide reductase/ Thiol specific antioxidant/ Mal allergen  34.45 
 
 
171 aa  102  3e-21  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.326681  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1197  thiol-disulfide oxidoreductase  33.07 
 
 
173 aa  101  4e-21  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1572  hypothetical protein  34.78 
 
 
194 aa  101  6e-21  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal  0.0149339 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2222  thiol-disulfide oxidoreductase  33.57 
 
 
174 aa  101  6e-21  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.00000493791  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0525  alkyl hydroperoxide reductase/ Thiol specific antioxidant/ Mal allergen  34.68 
 
 
178 aa  100  7e-21  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  unclonable  0.000000136072  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1223  Redoxin domain protein  35 
 
 
170 aa  100  8e-21  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.337108  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1851  cytochrome c biogenesis protein transmembrane region  36.29 
 
 
409 aa  100  9e-21  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4550  alkyl hydroperoxide reductase/ Thiol specific antioxidant/ Mal allergen  34.04 
 
 
487 aa  100  9e-21  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.00323854  normal  0.0631256 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2790  putative electron transfer protein  31.91 
 
 
184 aa  100  1e-20  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0371  thioredoxin  32.59 
 
 
187 aa  100  1e-20  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2903  alkyl hydroperoxide reductase/ Thiol specific antioxidant/ Mal allergen  32.52 
 
 
184 aa  100  1e-20  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0403  alkyl hydroperoxide reductase/ Thiol specific antioxidant/ Mal allergen  32.54 
 
 
174 aa  100  1e-20  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1947  redoxin  38.28 
 
 
198 aa  100  1e-20  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.489864  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1680  thioredoxin family protein  30.6 
 
 
173 aa  100  1e-20  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0732573  normal  0.832163 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1857  alkyl hydroperoxide reductase/ Thiol specific antioxidant/ Mal allergen  33.59 
 
 
280 aa  99  2e-20  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1768  alkyl hydroperoxide reductase/ Thiol specific antioxidant/ Mal allergen  31.08 
 
 
446 aa  99.4  2e-20  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.197214  normal  0.508736 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2403  Redoxin domain protein  31.37 
 
 
155 aa  99  3e-20  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.000463478  hitchhiker  0.00393062 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1890  redoxin domain-containing protein  31.37 
 
 
155 aa  99  3e-20  Shewanella baltica OS155  Bacteria  decreased coverage  0.0000501621  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1895  redoxin domain-containing protein  30.72 
 
 
189 aa  99  3e-20  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal  0.132277 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1923  redoxin domain-containing protein  31.37 
 
 
155 aa  99  3e-20  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00232148  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1916  redoxin domain-containing protein  31.37 
 
 
155 aa  99  3e-20  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000172621  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1843  thioredoxin-like  33.82 
 
 
164 aa  98.2  4e-20  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1124  redoxin domain-containing protein  31.95 
 
 
181 aa  98.2  5e-20  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.65139  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2408  hypothetical protein  32.31 
 
 
160 aa  97.8  6e-20  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.908805  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3405  ahpC/TSA family protein  32.62 
 
 
191 aa  97.8  6e-20  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3367  AhpC/TSA family protein  32.62 
 
 
191 aa  97.8  6e-20  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.0144546  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3674  ahpC/TSA family protein  32.62 
 
 
191 aa  97.8  6e-20  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.309572  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3623  ahpC/TSA family protein  32.62 
 
 
191 aa  97.8  6e-20  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000131744 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0760  alkyl hydroperoxide reductase/ Thiol specific antioxidant/ Mal allergen  33.87 
 
 
228 aa  97.8  7e-20  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal  0.173874 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3317  AhpC/TSA family protein  32.62 
 
 
191 aa  97.4  8e-20  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1248  redoxin  38.21 
 
 
192 aa  97.1  9e-20  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  normal  0.525672 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2801  thiol-disulfide interchange protein  35.83 
 
 
153 aa  96.7  1e-19  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  decreased coverage  0.00941693  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_18200  alkyl hydroperoxide reductase/ Thiol specific antioxidant/ Mal allergen  38.26 
 
 
178 aa  97.1  1e-19  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.000397372  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3455  alkyl hydroperoxide reductase/ Thiol specific antioxidant/ Mal allergen  29.63 
 
 
168 aa  97.1  1e-19  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.61185  normal  0.0436894 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2095  alkyl hydroperoxide reductase/ Thiol specific antioxidant/ Mal allergen  34.51 
 
 
288 aa  96.3  2e-19  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.411423  normal  0.210806 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2219  redoxin domain-containing protein  27.63 
 
 
171 aa  95.9  2e-19  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.231269  hitchhiker  0.0012501 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6578  alkyl hydroperoxide reductase/ Thiol specific antioxidant/ Mal allergen  30.87 
 
 
185 aa  96.3  2e-19  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.861573 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1898  alkyl hydroperoxide reductase/ Thiol specific antioxidant/ Mal allergen  38.84 
 
 
187 aa  95.9  3e-19  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3720  ahpC/TSA family protein  30.5 
 
 
191 aa  95.1  4e-19  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3298  alkyl hydroperoxide reductase/ Thiol specific antioxidant/ Mal allergen  31.21 
 
 
191 aa  95.1  4e-19  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.61408  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2087  redoxin domain-containing protein  30.92 
 
 
155 aa  95.1  4e-19  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0109878  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3632  ahpC/TSA family protein  31.21 
 
 
191 aa  94.4  6e-19  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.0183092  n/a   
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_5008  Redoxin domain protein  33.04 
 
 
248 aa  94.4  6e-19  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.437471  normal 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3390  hypothetical protein  33.33 
 
 
182 aa  94  8e-19  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0746  alkyl hydroperoxide reductase/ Thiol specific antioxidant/ Mal allergen  34.51 
 
 
200 aa  93.6  1e-18  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.204935  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2869  alkyl hydroperoxide reductase/ Thiol specific antioxidant/ Mal allergen  35.85 
 
 
200 aa  93.6  1e-18  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2704  hypothetical protein  33.04 
 
 
205 aa  93.2  2e-18  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.396222  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3638  ahpC/TSA family protein  31.21 
 
 
191 aa  92.8  2e-18  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00315479  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0403  alkyl hydroperoxide reductase/ Thiol specific antioxidant/ Mal allergen  30.54 
 
 
174 aa  92.8  2e-18  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.000117414  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3412  alkyl hydroperoxide reductase/ Thiol specific antioxidant/ Mal allergen  37.07 
 
 
169 aa  93.2  2e-18  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3474  alkyl hydroperoxide reductase/ Thiol specific antioxidant/ Mal allergen  37.07 
 
 
169 aa  92.8  2e-18  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.163841 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3819  redoxin domain-containing protein  30.94 
 
 
155 aa  92.4  2e-18  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0554152  hitchhiker  0.000365745 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_4444  alkyl hydroperoxide reductase/ Thiol specific antioxidant/ Mal allergen  32.26 
 
 
196 aa  92.8  2e-18  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal  0.133035 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1533  alkyl hydroperoxide reductase/ Thiol specific antioxidant/ Mal allergen  36.84 
 
 
193 aa  92  3e-18  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0735  redoxin domain-containing protein  37.4 
 
 
211 aa  92  3e-18  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0721  cytochrome C biogenesis protein  35.77 
 
 
403 aa  92  3e-18  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3240  redoxin domain-containing protein  33.88 
 
 
198 aa  91.7  4e-18  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0181  alkyl hydroperoxide reductase  34.88 
 
 
183 aa  92  4e-18  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.0243778  normal  0.461108 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2509  putative thiol:disulfide interchange protein  28.75 
 
 
165 aa  91.3  5e-18  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.343954  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0284  alkyl hydroperoxide reductase/ Thiol specific antioxidant/ Mal allergen  36.97 
 
 
188 aa  91.3  5e-18  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.503124  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2803  putative thioredoxin  36.28 
 
 
172 aa  91.3  5e-18  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.482325  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU3280  thioredoxin-related protein  30.71 
 
 
171 aa  91.3  6e-18  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3229  thioredoxin-related protein  29.45 
 
 
170 aa  91.3  6e-18  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.0000047722  normal  0.231945 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1860  cytochrome c biogenesis protein, thiol-disulfide interchange protein  33.33 
 
 
173 aa  90.9  6e-18  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008703  Mkms_5746  redoxin domain-containing protein  34.71 
 
 
188 aa  90.9  7e-18  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.487229  normal 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0926  Redoxin domain protein  33.6 
 
 
199 aa  90.9  8e-18  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0739  putative cytochrome C-type biogenesis protein  34.96 
 
 
403 aa  90.9  8e-18  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.0112308  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1596  ahpC/TSA family protein  29.79 
 
 
191 aa  90.5  9e-18  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.613915  hitchhiker  0.000293615 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1661  alkyl hydroperoxide reductase/ Thiol specific antioxidant/ Mal allergen  35.71 
 
 
192 aa  90.5  9e-18  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0240  Redoxin domain protein  32.84 
 
 
188 aa  90.1  1e-17  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1180  RecJ exonuclease  30.12 
 
 
160 aa  90.1  1e-17  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal  0.0271144 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1612  redoxin domain-containing protein  30.07 
 
 
180 aa  89.7  1e-17  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal  0.422443 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0364  alkyl hydroperoxide reductase/ Thiol specific antioxidant/ Mal allergen  32.14 
 
 
170 aa  90.1  1e-17  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00000189648  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>