245 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sdel_R0010 on replicon NC_013512
Organism: Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013512  Sdel_R0010  tRNA-Tyr  100 
 
 		 85 bp  168  1e-40  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  decreased coverage  0.0000000473639  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_t07723  tRNA-Tyr  94.67 
 
 		 82 bp  117  3.9999999999999997e-25  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_2193  tRNA-Tyr  91.76 
 
 		 85 bp  113  7.000000000000001e-24  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  hitchhiker  0.0000544393  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_2231  tRNA-Tyr  91.76 
 
 		 85 bp  113  7.000000000000001e-24  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  unclonable  0.000000893857  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1328  tRNA-Tyr  90.59 
 
 		 85 bp  105  2e-21  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.044502  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_1675  tRNA-Tyr  100 
 
 		 85 bp  91.7  2e-17  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  hitchhiker  0.0000825492  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE_tRNA-Tyr-1  tRNA-Tyr  97.83 
 
 		 86 bp  83.8  0.000000000000006  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.63004  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1468  tRNA-Tyr  97.83 
 
 		 86 bp  83.8  0.000000000000006  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  decreased coverage  0.0000000829322  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1717  tRNA-Tyr  97.83 
 
 		 86 bp  83.8  0.000000000000006  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  hitchhiker  0.000000393409  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0437  tRNA-Tyr  97.83 
 
 		 83 bp  83.8  0.000000000000006  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  decreased coverage  0.0000000253794  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_R0058  tRNA-Tyr  100 
 
 		 86 bp  81.8  0.00000000000002  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.401108  normal  0.738165 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_R0026  tRNA-Tyr  97.67 
 
 		 82 bp  77.8  0.0000000000004  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_R0042  tRNA-Tyr  97.67 
 
 		 84 bp  77.8  0.0000000000004  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_R0072  tRNA-Tyr  97.67 
 
 		 81 bp  77.8  0.0000000000004  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_R0008  tRNA-Tyr  86.59 
 
 		 85 bp  75.8  0.000000000001  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_tTyr01  tRNA-Tyr  93.1 
 
 		 89 bp  75.8  0.000000000001  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  0.735952 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_R0013  tRNA-Tyr  91.23 
 
 		 85 bp  73.8  0.000000000006  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_R0038  tRNA-Tyr  86.42 
 
 		 86 bp  65.9  0.000000001  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.00000000481051  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_R0060  tRNA-Tyr  86.11 
 
 		 85 bp  63.9  0.000000006  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.500822  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_R0063  tRNA-Tyr  85 
 
 		 85 bp  63.9  0.000000006  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.0528292  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_R0044  tRNA-Tyr  86.11 
 
 		 85 bp  63.9  0.000000006  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.0000161525  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_R0050  tRNA-Tyr  85 
 
 		 85 bp  63.9  0.000000006  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.563652  normal  0.998749 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_R0043  tRNA-Tyr  86.49 
 
 		 87 bp  61.9  0.00000002  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  unclonable  0.0000000118909  n/a   
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0357  tRNA-Tyr  89.09 
 
 		 82 bp  61.9  0.00000002  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  0.189784  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_R0019  tRNA-Tyr  93.62 
 
 		 83 bp  61.9  0.00000002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  hitchhiker  0.00432304  decreased coverage  0.00738157 
 
 
-
 
NC_008309  HS_tTyr01  tRNA-Tyr  87.93 
 
 		 88 bp  60  0.00000009  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  hitchhiker  0.000000000618223  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_R0005  tRNA-Tyr  87.72 
 
 		 85 bp  58  0.0000003  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.434844  hitchhiker  0.00676871 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R89  tRNA-Tyr  87.72 
 
 		 85 bp  58  0.0000003  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000258457  normal  1 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_R0013  tRNA-Tyr  92.68 
 
 		 85 bp  58  0.0000003  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  hitchhiker  0.00000000305155  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2436  tRNA-Tyr  86.3 
 
 		 86 bp  58  0.0000003  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2438  tRNA-Tyr  86.3 
 
 		 86 bp  58  0.0000003  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2441  tRNA-Tyr  86.3 
 
 		 86 bp  58  0.0000003  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2146  tRNA-Tyr  86.3 
 
 		 86 bp  58  0.0000003  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2148  tRNA-Tyr  86.3 
 
 		 86 bp  58  0.0000003  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2151  tRNA-Tyr  86.3 
 
 		 86 bp  58  0.0000003  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_R0054  tRNA-Tyr  92.68 
 
 		 86 bp  58  0.0000003  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  decreased coverage  0.00000000219013  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_R0015  tRNA-Tyr  92.68 
 
 		 86 bp  58  0.0000003  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000666826  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_R0027  tRNA-Tyr  86.89 
 
 		 85 bp  58  0.0000003  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.645758  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_R0012  tRNA-Tyr  85.19 
 
 		 86 bp  58  0.0000003  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  unclonable  0.0000000000201631  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_R0054  tRNA-Tyr  92.68 
 
 		 86 bp  58  0.0000003  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  decreased coverage  0.000000000756603  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_rna4  tRNA-Tyr  92.68 
 
 		 86 bp  58  0.0000003  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.619166  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE_tRNA-Tyr-1  tRNA-Tyr  89.58 
 
 		 82 bp  56  0.000001  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_R0013  tRNA-Tyr  96.88 
 
 		 84 bp  56  0.000001  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000444451  normal  0.406861 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_t09  tRNA-Tyr  90.91 
 
 		 85 bp  56  0.000001  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  hitchhiker  0.000014277  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_R0014  tRNA-Tyr  96.88 
 
 		 84 bp  56  0.000001  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.673141  normal  1 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_R0055  tRNA-Tyr  90.91 
 
 		 82 bp  56  0.000001  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000670702  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_R0065  tRNA-Tyr  84.72 
 
 		 85 bp  56  0.000001  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.0000000135481  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_R0010  tRNA-Tyr  96.88 
 
 		 87 bp  56  0.000001  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  decreased coverage  0.0000000367926  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_R0045  tRNA-Tyr  94.29 
 
 		 86 bp  54  0.000005  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.00000000011189  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_R0008  tRNA-Tyr  85.71 
 
 		 82 bp  54  0.000005  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_R0021  tRNA-Tyr  85.71 
 
 		 82 bp  54  0.000005  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.000000249749  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_R0023  tRNA-Tyr  88.14 
 
 		 86 bp  54  0.000005  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000280598  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_R0065  tRNA-Tyr  88.14 
 
 		 86 bp  54  0.000005  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.560905  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_R0024  tRNA-Tyr  85.14 
 
 		 87 bp  54  0.000005  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  unclonable  0.00000000000291994  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_t00025  tRNA-Tyr  86.21 
 
 		 85 bp  52  0.00002  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.413695  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_t00026  tRNA-Tyr  86.21 
 
 		 85 bp  52  0.00002  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.593643  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_t00075  tRNA-Tyr  86.21 
 
 		 85 bp  52  0.00002  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  decreased coverage  0.0000048411  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0050  tRNA-Tyr  86.21 
 
 		 85 bp  52  0.00002  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00114696  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0093  tRNA-Tyr  86.21 
 
 		 85 bp  52  0.00002  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000017829  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1949  tRNA-Tyr  86.21 
 
 		 87 bp  52  0.00002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_R0108  tRNA-Tyr  86.21 
 
 		 85 bp  52  0.00002  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.00000394419  hitchhiker  0.00222111 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_R0015  tRNA-Tyr  90 
 
 		 83 bp  52  0.00002  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  decreased coverage  0.0000000839238  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1892  tRNA-Tyr  86.21 
 
 		 87 bp  52  0.00002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.729122  normal  0.381192 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4663  tRNA-Tyr  86.21 
 
 		 85 bp  52  0.00002  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  6.25071e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_t05  tRNA-Tyr  89.13 
 
 		 85 bp  52  0.00002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.347448  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4288  tRNA-Tyr  86.21 
 
 		 85 bp  52  0.00002  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  1.10215e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA69  tRNA-Tyr  89.13 
 
 		 85 bp  52  0.00002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  hitchhiker  0.00000487503  normal  0.622642 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_R0010  tRNA-Tyr  89.13 
 
 		 85 bp  52  0.00002  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  7.29414e-23  normal  0.0775658 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4471  tRNA-Tyr  86.21 
 
 		 85 bp  52  0.00002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  hitchhiker  0.0000736073  hitchhiker  0.00060065 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_AR0018  tRNA-Tyr  89.13 
 
 		 85 bp  52  0.00002  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4384  tRNA-Tyr  86.21 
 
 		 85 bp  52  0.00002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  unclonable  0.000000000000011593  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4352  tRNA-Tyr  86.21 
 
 		 85 bp  52  0.00002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  hitchhiker  0.000000588121  normal  0.720037 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1910  tRNA-Tyr  86.21 
 
 		 87 bp  52  0.00002  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0178107  normal  0.179459 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_R0058  tRNA-Tyr  86.21 
 
 		 85 bp  52  0.00002  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000141914 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_R0020  tRNA-Tyr  86.21 
 
 		 85 bp  52  0.00002  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.230904  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1446  tRNA-Tyr  86.21 
 
 		 87 bp  52  0.00002  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1886  tRNA-Tyr  86.21 
 
 		 87 bp  52  0.00002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.0997724 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1947  tRNA-Tyr  86.21 
 
 		 87 bp  52  0.00002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4474  tRNA-Tyr  86.21 
 
 		 85 bp  52  0.00002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  unclonable  0.00000330783  hitchhiker  0.00000000000000918445 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1884  tRNA-Tyr  86.21 
 
 		 87 bp  52  0.00002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.162729 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4231  tRNA-Tyr  86.21 
 
 		 87 bp  52  0.00002  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.011802  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1890  tRNA-Tyr  86.21 
 
 		 87 bp  52  0.00002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.710503  normal  0.374202 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1387  tRNA-Tyr  86.21 
 
 		 87 bp  52  0.00002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.0734169  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1568  tRNA-Tyr  86.21 
 
 		 87 bp  52  0.00002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1385  tRNA-Tyr  86.21 
 
 		 87 bp  52  0.00002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.0321672  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_5031  tRNA-Tyr  86.21 
 
 		 85 bp  52  0.00002  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.0188651  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_5101  tRNA-Tyr  86.21 
 
 		 85 bp  52  0.00002  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000185347  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_R0064  tRNA-Tyr  86.21 
 
 		 85 bp  52  0.00002  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.390421  hitchhiker  0.000177122 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_R0012  tRNA-Tyr  86.21 
 
 		 85 bp  52  0.00002  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00000806893  normal  0.021037 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_R0006  tRNA-Tyr  86.21 
 
 		 85 bp  52  0.00002  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  decreased coverage  0.00000863158  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2800  tRNA-Tyr  86.21 
 
 		 85 bp  52  0.00002  Yersinia pestis Angola  Bacteria  unclonable  0.00000000000115343  normal  0.0987715 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_R0056  tRNA-Tyr  86.21 
 
 		 85 bp  52  0.00002  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000133037 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_R0007  tRNA-Tyr  89.13 
 
 		 85 bp  52  0.00002  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000000312079  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_R0004  tRNA-Tyr  86.21 
 
 		 85 bp  52  0.00002  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.00000458141  normal  0.383106 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_R0047  tRNA-Tyr  86.21 
 
 		 85 bp  52  0.00002  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_R0048  tRNA-Tyr  86.21 
 
 		 85 bp  52  0.00002  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4425  tRNA-Tyr  86.21 
 
 		 85 bp  52  0.00002  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.00000000181979  hitchhiker  0.0000468307 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1911  tRNA-Tyr  86.21 
 
 		 87 bp  52  0.00002  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0172015  normal  0.172303 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_R0021  tRNA-Tyr  86.21 
 
 		 85 bp  52  0.00002  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.173415  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2336  tRNA-Tyr  86.21 
 
 		 87 bp  52  0.00002  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.00000102833  normal  0.0356366 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>