128 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ppha_R0055 on replicon NC_011060
Organism: Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007514  Cag_t09  tRNA-Tyr  100 
 
 
85 bp  163  8.000000000000001e-39  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  hitchhiker  0.000014277  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_R0055  tRNA-Tyr  100 
 
 
82 bp  163  8.000000000000001e-39  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000670702  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_R0024  tRNA-Tyr  97.59 
 
 
83 bp  141  3e-32  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_R0011  tRNA-Tyr  95.18 
 
 
83 bp  125  2e-27  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  hitchhiker  0.0000214053  hitchhiker  0.00323075 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_R0016  tRNA-Tyr  95.18 
 
 
83 bp  125  2e-27  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  hitchhiker  0.00000723443  decreased coverage  0.0000959662 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_R0004  tRNA-Tyr  97.06 
 
 
83 bp  111  3e-23  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.216119  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_R0015  tRNA-Tyr  92.77 
 
 
83 bp  109  1e-22  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  decreased coverage  0.0000000839238  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0308  tRNA-Tyr  93.75 
 
 
85 bp  71.9  0.00000000002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  unclonable  0.0000522223  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_R0044  tRNA-Tyr  93.75 
 
 
85 bp  71.9  0.00000000002  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.0000011625  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_R0004  tRNA-Tyr  93.75 
 
 
85 bp  71.9  0.00000000002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  hitchhiker  0.0000291052  hitchhiker  0.00000658966 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_R0010  tRNA-Tyr  93.48 
 
 
85 bp  67.9  0.0000000003  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  7.29414e-23  normal  0.0775658 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_R0005  tRNA-Tyr  90.91 
 
 
85 bp  56  0.000001  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.434844  hitchhiker  0.00676871 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_AR0018  tRNA-Tyr  90.91 
 
 
85 bp  56  0.000001  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_R0024  tRNA-Tyr  89.58 
 
 
85 bp  56  0.000001  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_R0067  tRNA-Tyr  89.58 
 
 
85 bp  56  0.000001  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00323795 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_R0008  tRNA-Tyr  89.58 
 
 
85 bp  56  0.000001  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0166209  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_R0016  tRNA-Tyr  89.58 
 
 
85 bp  56  0.000001  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00000373252  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_R0010  tRNA-Tyr  90.91 
 
 
85 bp  56  0.000001  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  decreased coverage  0.0000000473639  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_R0011  tRNA-Tyr  89.58 
 
 
85 bp  56  0.000001  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0587696  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_R0050  tRNA-Tyr  89.13 
 
 
85 bp  52  0.00002  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.563652  normal  0.998749 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_R0005  tRNA-Tyr  89.8 
 
 
86 bp  50.1  0.00008  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.309794  hitchhiker  0.000058152 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_R0037  tRNA-Tyr  88.89 
 
 
85 bp  50.1  0.00008  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.0466069  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_R0023  tRNA-Tyr  96.55 
 
 
87 bp  50.1  0.00008  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  unclonable  0.00000000432297  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA_tRNA-Tyr-1  tRNA-Tyr  88.64 
 
 
85 bp  48.1  0.0003  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  decreased coverage  0.00106012  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  tRNA-Tyr-1  tRNA-Tyr  93.75 
 
 
83 bp  48.1  0.0003  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  0.074992  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_t074  tRNA-Tyr  88.64 
 
 
85 bp  48.1  0.0003  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00586158  normal  0.155604 
 
 
-
 
NC_004347  SO_t006  tRNA-Tyr  88.64 
 
 
85 bp  48.1  0.0003  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_t045  tRNA-Tyr  88.64 
 
 
85 bp  48.1  0.0003  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_t046  tRNA-Tyr  88.64 
 
 
85 bp  48.1  0.0003  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_t047  tRNA-Tyr  88.64 
 
 
85 bp  48.1  0.0003  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_t07723  tRNA-Tyr  88.64 
 
 
82 bp  48.1  0.0003  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lplt04  tRNA-Tyr  88.64 
 
 
85 bp  48.1  0.0003  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_R0014  tRNA-Tyr  87.5 
 
 
85 bp  48.1  0.0003  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  6.64782e-19  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0005  tRNA-Tyr  88.64 
 
 
85 bp  48.1  0.0003  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.000000000002791  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0074  tRNA-Tyr  88.64 
 
 
85 bp  48.1  0.0003  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.700319  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0075  tRNA-Tyr  88.64 
 
 
85 bp  48.1  0.0003  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0076  tRNA-Tyr  88.64 
 
 
85 bp  48.1  0.0003  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0357  tRNA-Tyr  88.64 
 
 
82 bp  48.1  0.0003  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  0.189784  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_R0023  tRNA-Tyr  88.64 
 
 
86 bp  48.1  0.0003  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.0238179  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_R0077  tRNA-Tyr  88.64 
 
 
85 bp  48.1  0.0003  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  unclonable  0.00000000407125  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_tTyr01  tRNA-Tyr  88.64 
 
 
88 bp  48.1  0.0003  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  hitchhiker  0.000000000618223  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0013  tRNA-Tyr  88.64 
 
 
85 bp  48.1  0.0003  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  unclonable  0.000000000242624  normal  0.0244003 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0095  tRNA-Tyr  88.64 
 
 
85 bp  48.1  0.0003  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000654361  normal  0.984962 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0096  tRNA-Tyr  88.64 
 
 
85 bp  48.1  0.0003  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00070521  normal  0.980641 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0013  tRNA-Tyr  88.64 
 
 
85 bp  48.1  0.0003  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.0000911406  hitchhiker  0.00984378 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0093  tRNA-Tyr  88.64 
 
 
85 bp  48.1  0.0003  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00406786  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0094  tRNA-Tyr  88.64 
 
 
85 bp  48.1  0.0003  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  decreased coverage  0.000412805  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0095  tRNA-Tyr  88.64 
 
 
85 bp  48.1  0.0003  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  decreased coverage  0.000439573  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0015  tRNA-Tyr  87.5 
 
 
85 bp  48.1  0.0003  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0010  tRNA-Tyr  88.64 
 
 
85 bp  48.1  0.0003  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.00000000604621  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0067  tRNA-Tyr  88.64 
 
 
85 bp  48.1  0.0003  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.439921  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0068  tRNA-Tyr  88.64 
 
 
85 bp  48.1  0.0003  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.314206  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0069  tRNA-Tyr  88.64 
 
 
85 bp  48.1  0.0003  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.304114  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0013  tRNA-Tyr  88.64 
 
 
85 bp  48.1  0.0003  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.00000000166479  normal  0.0855349 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0092  tRNA-Tyr  88.64 
 
 
85 bp  48.1  0.0003  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000450413  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0093  tRNA-Tyr  88.64 
 
 
85 bp  48.1  0.0003  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000411147  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0094  tRNA-Tyr  88.64 
 
 
85 bp  48.1  0.0003  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000444037  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0011  tRNA-Tyr  88.64 
 
 
85 bp  48.1  0.0003  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00000044302  hitchhiker  0.000585411 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0070  tRNA-Tyr  88.64 
 
 
85 bp  48.1  0.0003  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.157981  normal  0.850187 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0071  tRNA-Tyr  88.64 
 
 
85 bp  48.1  0.0003  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0977282  normal  0.857098 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0072  tRNA-Tyr  88.64 
 
 
85 bp  48.1  0.0003  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0964412  normal  0.850187 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_R0027  tRNA-Tyr  87.5 
 
 
85 bp  48.1  0.0003  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.645758  n/a   
 
 
-
 
NC_009035  Sbal_t04  tRNA-Tyr  88.64 
 
 
85 bp  48.1  0.0003  Shewanella baltica OS155  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009035  Sbal_t05  tRNA-Tyr  88.64 
 
 
85 bp  48.1  0.0003  Shewanella baltica OS155  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009035  Sbal_t06  tRNA-Tyr  88.64 
 
 
85 bp  48.1  0.0003  Shewanella baltica OS155  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0048  tRNA-Tyr  88.64 
 
 
85 bp  48.1  0.0003  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.293169  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0049  tRNA-Tyr  88.64 
 
 
85 bp  48.1  0.0003  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.293169  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0050  tRNA-Tyr  88.64 
 
 
85 bp  48.1  0.0003  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.399527  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_R0007  tRNA-Tyr  88.64 
 
 
85 bp  48.1  0.0003  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  decreased coverage  0.0000000171771  normal  0.0302346 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_R0071  tRNA-Tyr  88.64 
 
 
85 bp  48.1  0.0003  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal  0.676805 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_R0072  tRNA-Tyr  88.64 
 
 
85 bp  48.1  0.0003  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal  0.926918 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_R0073  tRNA-Tyr  88.64 
 
 
85 bp  48.1  0.0003  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal  0.92183 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0055  tRNA-Tyr  88.64 
 
 
85 bp  48.1  0.0003  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.337665  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0056  tRNA-Tyr  88.64 
 
 
85 bp  48.1  0.0003  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.229214  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0126  tRNA-Tyr  88.64 
 
 
85 bp  48.1  0.0003  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  decreased coverage  0.000000000986876  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_R0063  tRNA-Tyr  88.64 
 
 
85 bp  48.1  0.0003  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  hitchhiker  0.0069349  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_R0051  tRNA-Tyr  100 
 
 
88 bp  48.1  0.0003  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.0589159  unclonable  6.439e-24 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0012  tRNA-Tyr  88.64 
 
 
85 bp  48.1  0.0003  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000467845  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0056  tRNA-Tyr  88.64 
 
 
85 bp  48.1  0.0003  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.153406  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0057  tRNA-Tyr  88.64 
 
 
85 bp  48.1  0.0003  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.172076  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0058  tRNA-Tyr  88.64 
 
 
85 bp  48.1  0.0003  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.17611  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_t076  tRNA-Tyr  88.64 
 
 
85 bp  48.1  0.0003  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00524716  normal  0.153954 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1874  tRNA-Tyr  88.64 
 
 
81 bp  48.1  0.0003  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.0618202  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_t006  tRNA-Tyr  88.64 
 
 
85 bp  48.1  0.0003  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00000000887423  normal  0.123776 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0014  tRNA-Tyr  88.64 
 
 
85 bp  48.1  0.0003  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00000000039467  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0113  tRNA-Tyr  88.64 
 
 
85 bp  48.1  0.0003  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.532695  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0114  tRNA-Tyr  88.64 
 
 
85 bp  48.1  0.0003  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.524989  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0115  tRNA-Tyr  88.64 
 
 
85 bp  48.1  0.0003  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.542258  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0116  tRNA-Tyr  88.64 
 
 
85 bp  48.1  0.0003  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.427011  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0117  tRNA-Tyr  88.64 
 
 
85 bp  48.1  0.0003  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.439512  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_R0014  tRNA-Tyr  88.64 
 
 
85 bp  48.1  0.0003  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.00000000873726  hitchhiker  0.00049281 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_R0066  tRNA-Tyr  88.64 
 
 
85 bp  48.1  0.0003  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.119149  normal  0.555945 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_R0067  tRNA-Tyr  88.64 
 
 
85 bp  48.1  0.0003  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.11453  normal  0.549704 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_R0068  tRNA-Tyr  88.64 
 
 
85 bp  48.1  0.0003  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.112006  normal  0.55842 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0315  tRNA-Tyr  88.64 
 
 
87 bp  48.1  0.0003  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000171426  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0069  tRNA-Tyr  88.64 
 
 
85 bp  48.1  0.0003  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.548705  normal  0.0555108 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0070  tRNA-Tyr  88.64 
 
 
85 bp  48.1  0.0003  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.531794  normal  0.0573662 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0071  tRNA-Tyr  88.64 
 
 
85 bp  48.1  0.0003  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.719638  normal  0.0567471 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0072  tRNA-Tyr  88.64 
 
 
85 bp  48.1  0.0003  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.554165  normal  0.0570473 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0155  tRNA-Tyr  88.64 
 
 
85 bp  48.1  0.0003  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.0000000720201  hitchhiker  0.000109312 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>