More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sbal195_0036 on replicon NC_009997
Organism: Shewanella baltica OS195



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009997  Sbal195_0036  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  100 
 
 
188 aa  383  1e-105  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000121984 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0032  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  98.94 
 
 
188 aa  379  1e-104  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0036  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  98.94 
 
 
188 aa  379  1e-104  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  hitchhiker  7.7729e-08 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0029  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  98.4 
 
 
188 aa  378  1e-104  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.864856  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0037  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  98.94 
 
 
188 aa  379  1e-104  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0037  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  88.3 
 
 
188 aa  341  3e-93  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0032  translation factor SUA5  87.77 
 
 
188 aa  340  6e-93  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.86833  normal  0.0329561 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0034  translation factor SUA5  87.77 
 
 
188 aa  340  6e-93  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.12599  hitchhiker  0.00900731 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0040  translation factor SUA5  87.23 
 
 
188 aa  338  2e-92  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.123848  hitchhiker  4.48294e-06 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0029  SUA5/yciO/yrdC domain-containing protein  76.47 
 
 
188 aa  296  1e-79  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.480067  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0029  SUA5/yciO/yrdC-like protein  76.06 
 
 
188 aa  292  2e-78  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00284591  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0044  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  70.27 
 
 
185 aa  278  3e-74  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.268227  normal  0.36574 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0037  SUA5/yciO/yrdC domain-containing protein  68.45 
 
 
187 aa  271  4e-72  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0041  SUA5/YciO/YrdC/YwlC family protein  67.57 
 
 
185 aa  270  9e-72  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00240763  normal  0.264838 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3730  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  68.65 
 
 
185 aa  261  4e-69  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0238268  hitchhiker  0.00736647 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0049  SUA5/YciO/YrdC-like protein  68.45 
 
 
190 aa  256  1e-67  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal  0.251569 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00384  translation factor  53.49 
 
 
185 aa  199  3e-50  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002065  YrdC family protein  53.76 
 
 
185 aa  197  1e-49  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.694724  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3964  SUA5/yciO/yrdC domain protein  54.12 
 
 
189 aa  192  3e-48  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0237739  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2466  Sua5/YciO/YrdC family protein  51.98 
 
 
188 aa  192  3e-48  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00622558  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0443  SUA5/yciO/yrdC domain protein  55.88 
 
 
189 aa  190  1e-47  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.0414266  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3765  putative ribosome maturation factor  52.54 
 
 
205 aa  189  3e-47  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  5.51499e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3667  putative ribosome maturation factor  52.54 
 
 
205 aa  189  3e-47  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  3.09494e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3785  SUA5/yciO/yrdC domain protein  53.53 
 
 
189 aa  188  3e-47  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  decreased coverage  0.000349894  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3578  putative ribosome maturation factor  52.54 
 
 
190 aa  188  3e-47  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.000356689  normal  0.210928 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4605  putative ribosome maturation factor  52.54 
 
 
190 aa  188  4e-47  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.00037483  normal 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0431  SUA5/yciO/yrdC domain protein  52.54 
 
 
190 aa  188  4e-47  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  1.49236e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3476  putative ribosome maturation factor  52.54 
 
 
205 aa  188  4e-47  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  4.39267e-11  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0431  putative ribosome maturation factor  52.54 
 
 
190 aa  188  4e-47  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.000651725  hitchhiker  0.00293146 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03084  hypothetical protein  52.54 
 
 
190 aa  188  4e-47  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.017933  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03133  predicted ribosome maturation factor  52.54 
 
 
190 aa  188  4e-47  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.00993988  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4507  putative ribosome maturation factor  50.28 
 
 
189 aa  185  3e-46  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.000123843  hitchhiker  0.00015333 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3878  putative ribosome maturation factor  51.93 
 
 
190 aa  185  3e-46  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  5.21724e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0320  putative ribosome maturation factor  51.93 
 
 
190 aa  185  3e-46  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.00340055  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0621  putative ribosome maturation factor  51.93 
 
 
190 aa  185  3e-46  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  1.35377e-07  normal  0.0218454 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3714  putative ribosome maturation factor  51.98 
 
 
200 aa  184  6e-46  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.0011772  normal  0.0258765 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3599  putative ribosome maturation factor  53.11 
 
 
190 aa  184  7e-46  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0165088  normal  0.792171 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3598  putative ribosome maturation factor  53.11 
 
 
190 aa  184  8e-46  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  3.92621e-09  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3706  putative ribosome maturation factor  53.11 
 
 
190 aa  184  8e-46  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  hitchhiker  0.00895861  normal  0.0457985 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3769  putative ribosome maturation factor  53.11 
 
 
190 aa  184  8e-46  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.124598  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3671  putative ribosome maturation factor  51.98 
 
 
190 aa  181  4e-45  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.0413921  normal 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0082  hypothetical protein  50 
 
 
185 aa  179  2e-44  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.687702  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04048  Sua5/YciO/YrdC family protein  50 
 
 
187 aa  178  4e-44  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0360  SUA5/yciO/yrdC domain protein  51.76 
 
 
190 aa  176  1e-43  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  decreased coverage  0.00353678  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0028  SUA5/yciO/yrdC-like  50.57 
 
 
187 aa  175  3e-43  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0027  putative RNA-binding protein  47.09 
 
 
183 aa  167  9e-41  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.667549  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2328  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  48.28 
 
 
191 aa  164  7e-40  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0417  hypothetical protein  44.75 
 
 
198 aa  164  9e-40  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1935  hypothetical protein  47.37 
 
 
209 aa  164  1e-39  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1870  SUA5/yciO/yrdC domain-containing protein  46.78 
 
 
209 aa  160  1e-38  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0190  putative translation factor, SUA5/YciO/YrdC-like protein  46.55 
 
 
190 aa  159  2e-38  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00027  putative double-stranded RNA-binding protein with unique protein fold, with YrdC/RibB domain  46.47 
 
 
201 aa  159  2e-38  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0072  ribosome maturation factor  45.36 
 
 
191 aa  159  3e-38  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3592  SUA5/yciO/yrdC domain  47.37 
 
 
196 aa  155  2e-37  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.423964  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2864  SUA5/yciO/yrdC-like protein  47.22 
 
 
185 aa  151  4e-36  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0046  SUA5/yciO/yrdC domain-containing protein  48.02 
 
 
190 aa  151  5e-36  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0058  SUA5/yciO/yrdC domain-containing protein  45.71 
 
 
185 aa  151  5e-36  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2825  putative translation factor, SUA5/yciO/yrdC-like  45.98 
 
 
185 aa  151  6e-36  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  8.09913e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_00200  RNA binding yrdC protein  46.82 
 
 
185 aa  150  1e-35  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  hitchhiker  0.0077597  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0083  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  41.9 
 
 
186 aa  147  7e-35  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  0.00103971  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2278  SUA5/yciO/yrdC domain protein  43.82 
 
 
197 aa  146  1e-34  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.940208  normal  0.0280741 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_00240  hypothetical protein  44.83 
 
 
185 aa  147  1e-34  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2460  translation factor SUA5  43.93 
 
 
188 aa  146  2e-34  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_2103  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  41.34 
 
 
186 aa  145  3e-34  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.345955  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0007  Sua5 family translation factor  38.59 
 
 
192 aa  145  5e-34  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0023  hypothetical protein  44.83 
 
 
185 aa  144  5e-34  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.841685  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0347  SUA5/yciO/yrdC-like protein  43.5 
 
 
180 aa  144  1e-33  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2838  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  43.5 
 
 
186 aa  143  2e-33  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0174  SUA5/yciO/yrdC family domain protein  42.05 
 
 
185 aa  140  1e-32  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0022  SUA5/yciO/yrdC, N-terminal  42.61 
 
 
185 aa  140  2e-32  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0024  translation factor SUA5  43.93 
 
 
191 aa  139  2e-32  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0070  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  41.71 
 
 
185 aa  138  6e-32  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0492893  hitchhiker  7.66437e-06 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0732  SUA5/yciO/yrdC domain-containing protein  42.13 
 
 
185 aa  137  1e-31  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0019  SUA5/yciO/yrdC-like  44 
 
 
186 aa  137  1e-31  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2091  SUA5/yciO/yrdC domain protein  41.71 
 
 
185 aa  137  1e-31  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.0858595  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0086  SUA5/yciO/yrdC domain-containing protein  41.14 
 
 
185 aa  136  2e-31  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.835524  hitchhiker  7.33254e-14 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0086  SUA5/yciO/yrdC domain-containing protein  41.14 
 
 
185 aa  135  2e-31  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.592452 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0089  SUA5/yciO/yrdC domain-containing protein  41.71 
 
 
185 aa  135  2e-31  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.314093  hitchhiker  5.10467e-06 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0020  SUA5/yciO/yrdC-like  43.1 
 
 
185 aa  133  1e-30  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  3.04623e-05  normal 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1909  SUA5/yciO/yrdC domain  42.41 
 
 
186 aa  132  3e-30  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2262  Sua5/YciO/YrdC family protein  42.41 
 
 
186 aa  132  3e-30  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.682974  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2633  SUA5/yciO/yrdC-like protein  39.31 
 
 
190 aa  127  1e-28  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0106917  normal 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_2190  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  36.6 
 
 
357 aa  112  3e-24  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.970506  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_2152  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  36.6 
 
 
357 aa  112  3e-24  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3463  translation factor SUA5  39.43 
 
 
211 aa  111  7e-24  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.0993793  normal 
 
 
-
 
NC_002976  SERP1722  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  34.02 
 
 
347 aa  108  5e-23  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.231595  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0067  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  34.48 
 
 
338 aa  108  6e-23  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  hitchhiker  0.0048533  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2757  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  34.08 
 
 
225 aa  107  1e-22  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1267  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  39.74 
 
 
326 aa  104  6e-22  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_1813  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  36.9 
 
 
366 aa  104  1e-21  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  decreased coverage  0.00420003  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_2151  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  36.14 
 
 
358 aa  103  1e-21  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_0281  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  37.87 
 
 
358 aa  103  1e-21  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  hitchhiker  0.000413141 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_4181  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  35.63 
 
 
343 aa  102  4e-21  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  8.33844e-08  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2463  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  35.09 
 
 
312 aa  102  4e-21  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.201158 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2395  translation factor SUA5  36.46 
 
 
352 aa  101  5e-21  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal  0.311309 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2287  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  36.52 
 
 
346 aa  101  6e-21  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.036585  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3846  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  35.96 
 
 
347 aa  100  1e-20  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.00967711  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0460  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  32 
 
 
198 aa  99.4  3e-20  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2462  SUA5/yciO/yrdC-like  33.16 
 
 
214 aa  97.8  8e-20  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal  0.303461 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0901  translation factor SUA5  36.69 
 
 
367 aa  97.4  9e-20  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>