More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Spea_0037 on replicon NC_009901
Organism: Shewanella pealeana ATCC 700345



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009901  Spea_0037  SUA5/yciO/yrdC domain-containing protein  100 
 
 
187 aa  375  1e-103  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0037  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  68.45 
 
 
188 aa  273  1.0000000000000001e-72  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0036  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  68.45 
 
 
188 aa  273  1.0000000000000001e-72  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000000077729 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0032  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  68.45 
 
 
188 aa  273  1.0000000000000001e-72  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0029  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  68.45 
 
 
188 aa  271  3e-72  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.864856  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0036  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  68.45 
 
 
188 aa  271  4.0000000000000004e-72  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000121984 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0040  translation factor SUA5  66.84 
 
 
188 aa  264  5e-70  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.123848  hitchhiker  0.00000448294 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0034  translation factor SUA5  66.31 
 
 
188 aa  264  7e-70  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.12599  hitchhiker  0.00900731 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0032  translation factor SUA5  66.31 
 
 
188 aa  264  7e-70  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.86833  normal  0.0329561 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0037  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  66.31 
 
 
188 aa  262  2e-69  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3730  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  69.19 
 
 
185 aa  258  3e-68  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0238268  hitchhiker  0.00736647 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0029  SUA5/yciO/yrdC domain-containing protein  62.03 
 
 
188 aa  250  7e-66  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.480067  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0044  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  63.24 
 
 
185 aa  250  1e-65  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.268227  normal  0.36574 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0029  SUA5/yciO/yrdC-like protein  63.1 
 
 
188 aa  248  3e-65  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00284591  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0041  SUA5/YciO/YrdC/YwlC family protein  62.16 
 
 
185 aa  247  6e-65  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00240763  normal  0.264838 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0049  SUA5/YciO/YrdC-like protein  56.68 
 
 
190 aa  228  6e-59  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal  0.251569 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002065  YrdC family protein  53.71 
 
 
185 aa  198  3.9999999999999996e-50  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.694724  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4507  putative ribosome maturation factor  55.88 
 
 
189 aa  195  4.0000000000000005e-49  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.000123843  hitchhiker  0.00015333 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00384  translation factor  52 
 
 
185 aa  194  5.000000000000001e-49  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0082  hypothetical protein  54.24 
 
 
185 aa  194  7e-49  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.687702  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3964  SUA5/yciO/yrdC domain protein  54.71 
 
 
189 aa  188  2.9999999999999997e-47  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0237739  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0027  putative RNA-binding protein  51.37 
 
 
183 aa  185  3e-46  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.667549  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3785  SUA5/yciO/yrdC domain protein  54.12 
 
 
189 aa  185  3e-46  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  decreased coverage  0.000349894  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0320  putative ribosome maturation factor  51.93 
 
 
190 aa  185  3e-46  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.00340055  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3878  putative ribosome maturation factor  51.93 
 
 
190 aa  185  3e-46  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.0000521724  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0621  putative ribosome maturation factor  51.93 
 
 
190 aa  185  3e-46  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.000000135377  normal  0.0218454 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3714  putative ribosome maturation factor  50.28 
 
 
200 aa  177  7e-44  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.0011772  normal  0.0258765 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3765  putative ribosome maturation factor  50.28 
 
 
205 aa  177  9e-44  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.0000551499  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3667  putative ribosome maturation factor  50.28 
 
 
205 aa  177  9e-44  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.0000309494  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03133  predicted ribosome maturation factor  50.28 
 
 
190 aa  176  1e-43  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.00993988  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0431  SUA5/yciO/yrdC domain protein  50.28 
 
 
190 aa  176  1e-43  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.0000149236  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3578  putative ribosome maturation factor  50.28 
 
 
190 aa  177  1e-43  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.000356689  normal  0.210928 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0431  putative ribosome maturation factor  50.28 
 
 
190 aa  176  1e-43  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.000651725  hitchhiker  0.00293146 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4605  putative ribosome maturation factor  50.28 
 
 
190 aa  176  1e-43  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.00037483  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3476  putative ribosome maturation factor  50.28 
 
 
205 aa  177  1e-43  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000439267  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03084  hypothetical protein  50.28 
 
 
190 aa  176  1e-43  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.017933  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0443  SUA5/yciO/yrdC domain protein  52.94 
 
 
189 aa  175  3e-43  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.0414266  n/a   
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0417  hypothetical protein  48.89 
 
 
198 aa  173  9.999999999999999e-43  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2466  Sua5/YciO/YrdC family protein  48.6 
 
 
188 aa  173  1.9999999999999998e-42  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00622558  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3598  putative ribosome maturation factor  50.28 
 
 
190 aa  172  1.9999999999999998e-42  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.00000000392621  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3706  putative ribosome maturation factor  50.28 
 
 
190 aa  172  1.9999999999999998e-42  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  hitchhiker  0.00895861  normal  0.0457985 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3769  putative ribosome maturation factor  50.28 
 
 
190 aa  172  1.9999999999999998e-42  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.124598  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3599  putative ribosome maturation factor  50.28 
 
 
190 aa  172  2.9999999999999996e-42  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0165088  normal  0.792171 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3671  putative ribosome maturation factor  49.17 
 
 
190 aa  170  1e-41  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.0413921  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0190  putative translation factor, SUA5/YciO/YrdC-like protein  50.85 
 
 
190 aa  169  2e-41  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0072  ribosome maturation factor  47.78 
 
 
191 aa  169  2e-41  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0360  SUA5/yciO/yrdC domain protein  49.13 
 
 
190 aa  164  5e-40  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  decreased coverage  0.00353678  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0028  SUA5/yciO/yrdC-like  48.26 
 
 
187 aa  161  4.0000000000000004e-39  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04048  Sua5/YciO/YrdC family protein  45.45 
 
 
187 aa  162  4.0000000000000004e-39  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00027  putative double-stranded RNA-binding protein with unique protein fold, with YrdC/RibB domain  48.26 
 
 
201 aa  161  6e-39  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2278  SUA5/yciO/yrdC domain protein  46.59 
 
 
197 aa  160  8.000000000000001e-39  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.940208  normal  0.0280741 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2328  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  47.19 
 
 
191 aa  155  2e-37  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2838  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  45.76 
 
 
186 aa  155  4e-37  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2864  SUA5/yciO/yrdC-like protein  46.67 
 
 
185 aa  155  5.0000000000000005e-37  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1935  hypothetical protein  42.46 
 
 
209 aa  152  2.9999999999999998e-36  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1870  SUA5/yciO/yrdC domain-containing protein  41.9 
 
 
209 aa  149  3e-35  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0174  SUA5/yciO/yrdC family domain protein  45 
 
 
185 aa  147  7e-35  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0058  SUA5/yciO/yrdC domain-containing protein  46.07 
 
 
185 aa  147  8e-35  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2091  SUA5/yciO/yrdC domain protein  44.32 
 
 
185 aa  147  8e-35  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.0858595  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0022  SUA5/yciO/yrdC, N-terminal  43.89 
 
 
185 aa  145  3e-34  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2825  putative translation factor, SUA5/yciO/yrdC-like  42.37 
 
 
185 aa  145  3e-34  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.000000809913  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0007  Sua5 family translation factor  42.94 
 
 
192 aa  144  5e-34  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3592  SUA5/yciO/yrdC domain  45.98 
 
 
196 aa  143  1e-33  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.423964  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0023  hypothetical protein  45.2 
 
 
185 aa  143  2e-33  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.841685  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_00240  hypothetical protein  44.63 
 
 
185 aa  142  3e-33  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0083  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  41.57 
 
 
186 aa  142  4e-33  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  0.00103971  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_2103  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  41.57 
 
 
186 aa  141  6e-33  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.345955  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0024  translation factor SUA5  43.86 
 
 
191 aa  141  7e-33  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2460  translation factor SUA5  39.88 
 
 
188 aa  140  8e-33  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_00200  RNA binding yrdC protein  45.45 
 
 
185 aa  140  9.999999999999999e-33  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  hitchhiker  0.0077597  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0046  SUA5/yciO/yrdC domain-containing protein  44.94 
 
 
190 aa  139  1.9999999999999998e-32  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0020  SUA5/yciO/yrdC-like  42.7 
 
 
185 aa  137  7e-32  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000304623  normal 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0019  SUA5/yciO/yrdC-like  40.45 
 
 
186 aa  137  8.999999999999999e-32  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2633  SUA5/yciO/yrdC-like protein  43.58 
 
 
190 aa  136  2e-31  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0106917  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0070  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  40.78 
 
 
185 aa  135  4e-31  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0492893  hitchhiker  0.00000766437 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0086  SUA5/yciO/yrdC domain-containing protein  40.78 
 
 
185 aa  135  4e-31  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.835524  hitchhiker  0.0000000000000733254 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0089  SUA5/yciO/yrdC domain-containing protein  40.78 
 
 
185 aa  135  5e-31  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.314093  hitchhiker  0.00000510467 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0086  SUA5/yciO/yrdC domain-containing protein  40.22 
 
 
185 aa  132  1.9999999999999998e-30  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.592452 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0347  SUA5/yciO/yrdC-like protein  40.57 
 
 
180 aa  131  5e-30  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0732  SUA5/yciO/yrdC domain-containing protein  40.34 
 
 
185 aa  129  3e-29  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3463  translation factor SUA5  40.44 
 
 
211 aa  122  3e-27  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.0993793  normal 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2262  Sua5/YciO/YrdC family protein  39.08 
 
 
186 aa  120  9.999999999999999e-27  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.682974  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1909  SUA5/yciO/yrdC domain  39.08 
 
 
186 aa  120  9.999999999999999e-27  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2462  SUA5/yciO/yrdC-like  36 
 
 
214 aa  104  6e-22  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal  0.303461 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3846  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  35.71 
 
 
347 aa  104  8e-22  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.00967711  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2757  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  35.48 
 
 
225 aa  103  1e-21  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_2134  hypothetical protein  36.5 
 
 
214 aa  102  3e-21  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  normal  0.437121 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0067  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  33.72 
 
 
338 aa  101  6e-21  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  hitchhiker  0.0048533  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP1722  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  32.78 
 
 
347 aa  100  1e-20  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.231595  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_2190  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  34.5 
 
 
357 aa  100  1e-20  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.970506  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_2152  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  34.5 
 
 
357 aa  100  1e-20  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1782  translation factor SUA5  33.33 
 
 
337 aa  100  1e-20  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5452  sua5/yciO/yrdC/ywlC family protein  34.62 
 
 
346 aa  99.4  3e-20  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.0228845  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_5123  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  34.07 
 
 
346 aa  99  3e-20  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.401349  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3895  translation factor SUA5  37.25 
 
 
314 aa  98.6  4e-20  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal  0.12833 
 
 
-
 
NC_005945  BAS5174  sua5/yciO/yrdC/ywlC family protein  34.62 
 
 
346 aa  98.6  5e-20  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_5009  sua5/yciO/yrdC/ywlC family protein  34.62 
 
 
346 aa  98.6  5e-20  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  decreased coverage  0.0000874149  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK5025  sua5/yciO/yrdC/ywlC family protein  34.62 
 
 
346 aa  98.6  5e-20  Bacillus cereus E33L  Bacteria  decreased coverage  0.00487742  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_5568  sua5/yciO/yrdC/ywlC family protein  34.62 
 
 
346 aa  98.6  5e-20  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.00343157  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5503  sua5/yciO/yrdC/ywlC family protein  34.62 
 
 
346 aa  98.6  5e-20  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00000113963  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>