More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Patl_0028 on replicon NC_008228
Organism: Pseudoalteromonas atlantica T6c



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008228  Patl_0028  SUA5/yciO/yrdC-like  100 
 
 
187 aa  387  1e-107  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00027  putative double-stranded RNA-binding protein with unique protein fold, with YrdC/RibB domain  57.3 
 
 
201 aa  224  4e-58  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3964  SUA5/yciO/yrdC domain protein  54.8 
 
 
189 aa  209  2e-53  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0237739  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3785  SUA5/yciO/yrdC domain protein  54.24 
 
 
189 aa  208  4e-53  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  decreased coverage  0.000349894  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4507  putative ribosome maturation factor  54.44 
 
 
189 aa  195  3e-49  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.000123843  hitchhiker  0.00015333 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0621  putative ribosome maturation factor  53.25 
 
 
190 aa  193  1e-48  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.000000135377  normal  0.0218454 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0320  putative ribosome maturation factor  53.25 
 
 
190 aa  193  1e-48  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.00340055  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3878  putative ribosome maturation factor  53.25 
 
 
190 aa  193  1e-48  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.0000521724  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03133  predicted ribosome maturation factor  52.38 
 
 
190 aa  190  1e-47  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.00993988  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0431  SUA5/yciO/yrdC domain protein  52.38 
 
 
190 aa  190  1e-47  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.0000149236  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3578  putative ribosome maturation factor  52.38 
 
 
190 aa  189  1e-47  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.000356689  normal  0.210928 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03084  hypothetical protein  52.38 
 
 
190 aa  190  1e-47  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.017933  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4605  putative ribosome maturation factor  52.38 
 
 
190 aa  189  1e-47  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.00037483  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3476  putative ribosome maturation factor  52.38 
 
 
205 aa  190  1e-47  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000439267  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0431  putative ribosome maturation factor  52.38 
 
 
190 aa  190  1e-47  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.000651725  hitchhiker  0.00293146 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3765  putative ribosome maturation factor  52.38 
 
 
205 aa  189  2e-47  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.0000551499  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3667  putative ribosome maturation factor  52.38 
 
 
205 aa  189  2e-47  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.0000309494  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0360  SUA5/yciO/yrdC domain protein  50.3 
 
 
190 aa  189  2e-47  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  decreased coverage  0.00353678  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3714  putative ribosome maturation factor  51.19 
 
 
200 aa  188  4e-47  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.0011772  normal  0.0258765 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0443  SUA5/yciO/yrdC domain protein  50.6 
 
 
189 aa  187  9e-47  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.0414266  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3769  putative ribosome maturation factor  50.3 
 
 
190 aa  186  1e-46  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.124598  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3671  putative ribosome maturation factor  49.7 
 
 
190 aa  186  1e-46  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.0413921  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3706  putative ribosome maturation factor  50.3 
 
 
190 aa  186  1e-46  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  hitchhiker  0.00895861  normal  0.0457985 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3598  putative ribosome maturation factor  50.3 
 
 
190 aa  186  1e-46  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.00000000392621  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3599  putative ribosome maturation factor  50.3 
 
 
190 aa  186  2e-46  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0165088  normal  0.792171 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2466  Sua5/YciO/YrdC family protein  47.67 
 
 
188 aa  184  9e-46  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00622558  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0041  SUA5/YciO/YrdC/YwlC family protein  51.18 
 
 
185 aa  183  1.0000000000000001e-45  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00240763  normal  0.264838 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00384  translation factor  46.47 
 
 
185 aa  182  3e-45  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0417  hypothetical protein  51.19 
 
 
198 aa  179  2e-44  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002065  YrdC family protein  46.47 
 
 
185 aa  178  2.9999999999999997e-44  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.694724  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0044  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  50.29 
 
 
185 aa  178  4e-44  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.268227  normal  0.36574 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0034  translation factor SUA5  51.72 
 
 
188 aa  177  7e-44  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.12599  hitchhiker  0.00900731 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0032  translation factor SUA5  51.72 
 
 
188 aa  177  7e-44  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.86833  normal  0.0329561 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0037  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  51.72 
 
 
188 aa  177  1e-43  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0037  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  50.57 
 
 
188 aa  176  2e-43  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0032  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  50.57 
 
 
188 aa  176  2e-43  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0036  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  50.57 
 
 
188 aa  176  2e-43  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000000077729 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0029  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  50.87 
 
 
188 aa  176  2e-43  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.864856  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0040  translation factor SUA5  51.15 
 
 
188 aa  176  2e-43  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.123848  hitchhiker  0.00000448294 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0036  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  50.57 
 
 
188 aa  175  3e-43  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000121984 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2864  SUA5/yciO/yrdC-like protein  50.3 
 
 
185 aa  175  3e-43  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0029  SUA5/yciO/yrdC domain-containing protein  50.29 
 
 
188 aa  173  9.999999999999999e-43  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.480067  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0029  SUA5/yciO/yrdC-like protein  49.12 
 
 
188 aa  171  3.9999999999999995e-42  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00284591  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0027  putative RNA-binding protein  49.71 
 
 
183 aa  168  4e-41  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.667549  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3730  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  48.84 
 
 
185 aa  168  5e-41  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0238268  hitchhiker  0.00736647 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04048  Sua5/YciO/YrdC family protein  45.99 
 
 
187 aa  167  1e-40  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0037  SUA5/yciO/yrdC domain-containing protein  48.26 
 
 
187 aa  161  4.0000000000000004e-39  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0058  SUA5/yciO/yrdC domain-containing protein  51.18 
 
 
185 aa  162  4.0000000000000004e-39  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3592  SUA5/yciO/yrdC domain  46.15 
 
 
196 aa  161  5.0000000000000005e-39  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.423964  normal 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0082  hypothetical protein  45.29 
 
 
185 aa  161  6e-39  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.687702  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0020  SUA5/yciO/yrdC-like  49.71 
 
 
185 aa  161  6e-39  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000304623  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0072  ribosome maturation factor  44.12 
 
 
191 aa  160  1e-38  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0174  SUA5/yciO/yrdC family domain protein  49.71 
 
 
185 aa  159  3e-38  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1870  SUA5/yciO/yrdC domain-containing protein  47.06 
 
 
209 aa  158  3e-38  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0022  SUA5/yciO/yrdC, N-terminal  48.85 
 
 
185 aa  158  4e-38  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_00200  RNA binding yrdC protein  50.59 
 
 
185 aa  158  4e-38  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  hitchhiker  0.0077597  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_2103  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  45.29 
 
 
186 aa  158  5e-38  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.345955  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0086  SUA5/yciO/yrdC domain-containing protein  47.95 
 
 
185 aa  157  6e-38  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.592452 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0083  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  45.29 
 
 
186 aa  157  6e-38  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  0.00103971  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0070  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  47.95 
 
 
185 aa  157  9e-38  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0492893  hitchhiker  0.00000766437 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0190  putative translation factor, SUA5/YciO/YrdC-like protein  50 
 
 
190 aa  157  9e-38  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_00240  hypothetical protein  50 
 
 
185 aa  157  1e-37  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0086  SUA5/yciO/yrdC domain-containing protein  47.37 
 
 
185 aa  155  3e-37  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.835524  hitchhiker  0.0000000000000733254 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2460  translation factor SUA5  43.02 
 
 
188 aa  155  4e-37  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0089  SUA5/yciO/yrdC domain-containing protein  48.54 
 
 
185 aa  155  4e-37  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.314093  hitchhiker  0.00000510467 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1935  hypothetical protein  46.47 
 
 
209 aa  155  4e-37  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2328  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  46.45 
 
 
191 aa  154  9e-37  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0049  SUA5/YciO/YrdC-like protein  45.09 
 
 
190 aa  154  9e-37  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal  0.251569 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0023  hypothetical protein  49.41 
 
 
185 aa  152  2e-36  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.841685  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2633  SUA5/yciO/yrdC-like protein  45.4 
 
 
190 aa  152  2e-36  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0106917  normal 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2825  putative translation factor, SUA5/yciO/yrdC-like  45.03 
 
 
185 aa  152  4e-36  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.000000809913  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0046  SUA5/yciO/yrdC domain-containing protein  46.24 
 
 
190 aa  149  2e-35  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2091  SUA5/yciO/yrdC domain protein  47.4 
 
 
185 aa  146  1.0000000000000001e-34  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.0858595  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2278  SUA5/yciO/yrdC domain protein  43.53 
 
 
197 aa  147  1.0000000000000001e-34  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.940208  normal  0.0280741 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2838  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  44.12 
 
 
186 aa  144  6e-34  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0347  SUA5/yciO/yrdC-like protein  41.76 
 
 
180 aa  144  7.0000000000000006e-34  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0024  translation factor SUA5  45.93 
 
 
191 aa  140  9.999999999999999e-33  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0007  Sua5 family translation factor  41.76 
 
 
192 aa  139  3e-32  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0019  SUA5/yciO/yrdC-like  40.12 
 
 
186 aa  135  3.0000000000000003e-31  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0732  SUA5/yciO/yrdC domain-containing protein  44.72 
 
 
185 aa  133  1.9999999999999998e-30  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_2134  hypothetical protein  41.03 
 
 
214 aa  131  3.9999999999999996e-30  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  normal  0.437121 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2462  SUA5/yciO/yrdC-like  40 
 
 
214 aa  127  9.000000000000001e-29  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal  0.303461 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2262  Sua5/YciO/YrdC family protein  37.65 
 
 
186 aa  117  9.999999999999999e-26  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.682974  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1909  SUA5/yciO/yrdC domain  37.65 
 
 
186 aa  117  9.999999999999999e-26  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_2376  SUA5/yciO/yrdC domain-containing protein  33.48 
 
 
262 aa  107  8.000000000000001e-23  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3463  translation factor SUA5  39.38 
 
 
211 aa  101  5e-21  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.0993793  normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0844  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  36.64 
 
 
218 aa  88.2  6e-17  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.021666 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0735  hypothetical protein  33.77 
 
 
325 aa  87  2e-16  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0067  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  32.7 
 
 
338 aa  85.9  3e-16  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  hitchhiker  0.0048533  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_06115  hypothetical protein  34.56 
 
 
186 aa  85.5  4e-16  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2289  translation factor SUA5  34.97 
 
 
210 aa  84  0.000000000000001  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_739  translation factor SUA5  32.24 
 
 
213 aa  83.2  0.000000000000002  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  hitchhiker  0.000000652312  n/a   
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_1813  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  34.67 
 
 
366 aa  82.8  0.000000000000002  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  decreased coverage  0.00420003  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_17950  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  32.93 
 
 
364 aa  82  0.000000000000004  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.0108517  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_2151  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  33.56 
 
 
358 aa  82  0.000000000000004  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0835  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  32.24 
 
 
213 aa  82  0.000000000000005  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  unclonable  0.00000200463  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_3319  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  36.13 
 
 
348 aa  81.6  0.000000000000006  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.831205  n/a   
 
 
-
 
CP001800  Ssol_1722  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  34.21 
 
 
358 aa  81.3  0.000000000000007  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0607  Sua5/YciO/YrdC/YwlC  31.79 
 
 
364 aa  81.3  0.000000000000008  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.97472  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2023  translation factor SUA5  33.7 
 
 
339 aa  80.9  0.000000000000009  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.161833  normal  0.111129 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>