More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rmet_3555 on replicon NC_007973
Organism: Cupriavidus metallidurans CH34



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007973  Rmet_3555  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 302 aa  599  1e-170  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6670  LysR family transcriptional regulator  62.37 
 
 		 311 aa  373  1e-102  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.128722  normal  0.169753 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5758  LysR family transcriptional regulator  41.22 
 
 		 300 aa  218  8.999999999999998e-56  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0665563  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4546  LysR family transcriptional regulator  41.22 
 
 		 300 aa  218  8.999999999999998e-56  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.471439  normal  0.18075 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3822  LysR family transcriptional regulator  41.22 
 
 		 300 aa  218  8.999999999999998e-56  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.563678  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1299  LysR family transcriptional regulator  40.88 
 
 		 300 aa  218  1e-55  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.713495  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4432  LysR family transcriptional regulator  40.88 
 
 		 300 aa  216  2.9999999999999998e-55  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3970  LysR family transcriptional regulator  40.88 
 
 		 300 aa  216  2.9999999999999998e-55  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.0489002 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0146  transcriptional regulator, LysR family  42.71 
 
 		 296 aa  213  2.9999999999999995e-54  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4103  LysR family transcriptional regulator  39.86 
 
 		 300 aa  213  2.9999999999999995e-54  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1301  transcriptional regulator, LysR family  40.91 
 
 		 301 aa  209  5e-53  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.828365  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A2219  LysR family transcriptional regulator  38.18 
 
 		 300 aa  201  9.999999999999999e-51  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1244  LysR family transcriptional regulator  38.18 
 
 		 300 aa  201  9.999999999999999e-51  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1940  LysR family transcriptional regulator  38.18 
 
 		 300 aa  201  9.999999999999999e-51  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0957  LysR family transcriptional regulator  38.18 
 
 		 300 aa  201  9.999999999999999e-51  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1663  LysR family transcriptional regulator  38.18 
 
 		 338 aa  200  1.9999999999999998e-50  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0296  LysR family transcriptional regulator  38.18 
 
 		 300 aa  201  1.9999999999999998e-50  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0206  LysR family transcriptional regulator  38.18 
 
 		 300 aa  201  1.9999999999999998e-50  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0218  LysR family transcriptional regulator  38.51 
 
 		 300 aa  201  1.9999999999999998e-50  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2711  LysR family transcriptional regulator  36.33 
 
 		 306 aa  193  2e-48  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2585  LysR family transcriptional regulator  36 
 
 		 306 aa  191  1e-47  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1518  transcriptional regulator, LysR family  38.1 
 
 		 316 aa  188  1e-46  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2956  LysR family transcriptional regulator  37.76 
 
 		 316 aa  182  7e-45  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.2285  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1826  LysR family transcriptional regulator  35.71 
 
 		 316 aa  182  8.000000000000001e-45  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0150451  hitchhiker  0.00784297 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2168  transcriptional regulator, LysR family  36.27 
 
 		 310 aa  181  1e-44  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6018  LysR family transcriptional regulator  36.05 
 
 		 320 aa  176  4e-43  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6318  LysR family transcriptional regulator  36.05 
 
 		 320 aa  176  5e-43  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.988548  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3819  LysR family transcriptional regulator  36.05 
 
 		 316 aa  175  9.999999999999999e-43  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.166193  normal  0.37605 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3205  LysR family transcriptional regulator  36.18 
 
 		 317 aa  166  4e-40  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.0988994 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5141  LysR family transcriptional regulator  35.57 
 
 		 317 aa  165  6.9999999999999995e-40  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.730925 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2599  LysR family transcriptional regulator  34.35 
 
 		 319 aa  164  2.0000000000000002e-39  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.888741  normal  0.833483 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4199  putative DNA-binding transcriptional regulator  31.6 
 
 		 298 aa  162  5.0000000000000005e-39  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6961  transcriptional regulator, LysR family  36.71 
 
 		 316 aa  159  6e-38  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5159  LysR family transcriptional regulator  32.54 
 
 		 318 aa  158  1e-37  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.169813 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5936  transcriptional regulator, LysR family  36.63 
 
 		 302 aa  155  1e-36  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3348  LysR family transcriptional regulator  33.88 
 
 		 306 aa  154  2e-36  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.0103811 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5134  LysR family transcriptional regulator  34.69 
 
 		 342 aa  154  2e-36  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.178908  normal  0.868057 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0396  putative DNA-binding transcriptional regulator  32.29 
 
 		 298 aa  152  5e-36  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4764  LysR family transcriptional regulator  37.35 
 
 		 306 aa  152  8e-36  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.6122  normal  1 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0377  LysR family transcriptional regulator  34.46 
 
 		 299 aa  151  1e-35  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1495  LysR family transcriptional regulator  34.46 
 
 		 299 aa  151  1e-35  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0603097  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0475  LysR family transcriptional regulator  34.46 
 
 		 299 aa  151  1e-35  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0793  LysR family transcriptional regulator  34.46 
 
 		 299 aa  151  1e-35  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1807  LysR family transcriptional regulator  34.46 
 
 		 299 aa  151  1e-35  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_2110  LysR family transcriptional regulator  34.46 
 
 		 299 aa  151  1e-35  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.136267  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5307  LysR family transcriptional regulator  36.95 
 
 		 306 aa  151  1e-35  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  decreased coverage  0.0037216  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0515  putative DNA-binding transcriptional regulator  29.07 
 
 		 298 aa  150  2e-35  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.523289  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4171  LysR family transcriptional regulator  32.89 
 
 		 305 aa  150  2e-35  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.632041  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0229  LysR family transcriptional regulator  33.44 
 
 		 306 aa  151  2e-35  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.983112 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4822  LysR family transcriptional regulator  32.89 
 
 		 329 aa  150  2e-35  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3344  LysR family transcriptional regulator  32.89 
 
 		 329 aa  150  2e-35  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0604334  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5423  LysR family transcriptional regulator  37.76 
 
 		 306 aa  150  3e-35  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0829573  normal  0.0352079 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5439  LysR family transcriptional regulator  37.76 
 
 		 306 aa  150  3e-35  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4846  LysR family transcriptional regulator  37.76 
 
 		 306 aa  150  3e-35  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0068  transcriptional regulator, LysR family  32.99 
 
 		 318 aa  147  2.0000000000000003e-34  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_26270  putative transcriptional regulator  34.92 
 
 		 329 aa  146  5e-34  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.338283  normal  0.903696 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2910  LysR family transcriptional regulator  32.11 
 
 		 309 aa  145  9e-34  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1765  LysR family transcriptional regulator  32.97 
 
 		 315 aa  144  1e-33  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.111845 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5236  LysR family transcriptional regulator  31.86 
 
 		 311 aa  143  4e-33  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.61001  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0795  LysR family transcriptional regulator  33.67 
 
 		 316 aa  142  9.999999999999999e-33  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.556779 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3700  LysR family transcriptional regulator  30.49 
 
 		 332 aa  140  3e-32  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0546971  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5811  LysR family transcriptional regulator  32.88 
 
 		 303 aa  139  7e-32  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.638559  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6604  LysR family transcriptional regulator  33.47 
 
 		 315 aa  137  2e-31  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0610737  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_7090  transcriptional regulator, LysR family  33.85 
 
 		 306 aa  135  8e-31  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0222  LysR family transcriptional regulator  33.22 
 
 		 307 aa  135  9.999999999999999e-31  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1783  putative DNA-binding transcriptional regulator  30.94 
 
 		 302 aa  133  3.9999999999999996e-30  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01316  predicted DNA-binding transcriptional regulator  30.58 
 
 		 302 aa  131  1.0000000000000001e-29  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.789583  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2305  transcriptional regulator, LysR family  30.58 
 
 		 302 aa  131  1.0000000000000001e-29  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.661434  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2286  putative DNA-binding transcriptional regulator  30.58 
 
 		 302 aa  131  1.0000000000000001e-29  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1553  putative DNA-binding transcriptional regulator  30.58 
 
 		 302 aa  131  1.0000000000000001e-29  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.381755  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1986  putative DNA-binding transcriptional regulator  30.58 
 
 		 302 aa  131  1.0000000000000001e-29  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.388332 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01326  hypothetical protein  30.58 
 
 		 302 aa  131  1.0000000000000001e-29  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.688177  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1582  putative DNA-binding transcriptional regulator  30.58 
 
 		 302 aa  131  2.0000000000000002e-29  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0207  LysR family transcriptional regulator  33.46 
 
 		 306 aa  130  2.0000000000000002e-29  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1455  putative DNA-binding transcriptional regulator  30.22 
 
 		 302 aa  129  5.0000000000000004e-29  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_4296  LysR family transcriptional regulator  30.69 
 
 		 295 aa  129  6e-29  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5417  LysR family transcriptional regulator  31.37 
 
 		 302 aa  128  9.000000000000001e-29  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.826157  normal  0.396347 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1450  transcriptional regulator, LysR family  31.15 
 
 		 305 aa  121  9.999999999999999e-27  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.756367  normal  0.270362 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5895  LysR family transcriptional regulator  31.09 
 
 		 304 aa  122  9.999999999999999e-27  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.0445545 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4768  LysR family transcriptional regulator  31.93 
 
 		 304 aa  120  1.9999999999999998e-26  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.533402 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5515  LysR family transcriptional regulator  31.93 
 
 		 304 aa  120  1.9999999999999998e-26  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.664098  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3599  LysR family transcriptional regulator  31.93 
 
 		 304 aa  120  1.9999999999999998e-26  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.601039  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1408  transcriptional regulator, LysR family  31.13 
 
 		 312 aa  119  3.9999999999999996e-26  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0263821  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0947  LysR family transcriptional regulator  31.09 
 
 		 305 aa  118  9.999999999999999e-26  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.401348 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5523  transcriptional regulator, LysR family  31.93 
 
 		 322 aa  117  3e-25  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.553864 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4197  LysR family transcriptional regulator  30.77 
 
 		 310 aa  117  3e-25  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3958  transcriptional regulator, LysR family  29.66 
 
 		 325 aa  117  3e-25  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.00354063  normal  1 
 
 
-
 
NC_009036  Sbal_4446  LysR family transcriptional regulator  26.19 
 
 		 306 aa  110  2.0000000000000002e-23  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.553142  normal  1 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6374  LysR family transcriptional regulator  31.1 
 
 		 313 aa  109  5e-23  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.436439 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7451  LysR family transcriptional regulator  28.67 
 
 		 302 aa  109  6e-23  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5626  LysR family transcriptional regulator  31.1 
 
 		 316 aa  109  7.000000000000001e-23  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.0807108 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3202  LysR family transcriptional regulator  26.37 
 
 		 397 aa  108  1e-22  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.0185561 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3512  LysR family transcriptional regulator  29.01 
 
 		 304 aa  107  2e-22  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.069263  normal  0.384971 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0545  transcriptional regulator, LysR family  29.66 
 
 		 305 aa  107  2e-22  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2516  LysR family transcriptional regulator  27.14 
 
 		 397 aa  106  4e-22  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3287  LysR family transcriptional regulator  34.58 
 
 		 316 aa  106  4e-22  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4982  LysR family transcriptional regulator  30.58 
 
 		 307 aa  104  2e-21  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.960154 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1573  LysR family transcriptional regulator  29.63 
 
 		 297 aa  104  2e-21  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.117572  normal  0.71184 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6715  LysR family transcriptional regulator  28.86 
 
 		 316 aa  104  2e-21  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.674594  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3603  DNA-binding transcriptional activator TdcA  25.48 
 
 		 312 aa  103  2e-21  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.835154 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>