176 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPC_1266 on replicon NC_007925
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB18



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007925  RPC_1266  excinuclease ABC subunit C  100 
 
 		 109 aa  227  5e-59  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0720825  normal  0.107878 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1053  excinuclease ABC, C subunit  76.15 
 
 		 110 aa  175  2e-43  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.175656  normal  0.959304 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3151  excinuclease ABC subunit C  68.09 
 
 		 96 aa  140  8e-33  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0891506  normal  0.0226516 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4335  Excinuclease ABC C subunit domain protein  64.13 
 
 		 95 aa  127  5.0000000000000004e-29  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0231895  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0003  excinuclease ABC subunit C  59.78 
 
 		 95 aa  124  5e-28  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.164369  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1409  excinuclease ABC subunit C  57.78 
 
 		 95 aa  119  1.9999999999999998e-26  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0706  excinuclease ABC subunit C  60 
 
 		 101 aa  116  9.999999999999999e-26  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.200173  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3175  excinuclease ABC subunit C  57.3 
 
 		 95 aa  112  2.0000000000000002e-24  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  decreased coverage  0.00936772  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3180  excinuclease ABC subunit C  58.43 
 
 		 95 aa  112  2.0000000000000002e-24  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.734981  normal  0.84005 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0916  excinuclease ABC subunit C  57.14 
 
 		 95 aa  112  2.0000000000000002e-24  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.0453236 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1362  excinuclease ABC subunit C  58.14 
 
 		 107 aa  110  5e-24  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.679973  normal  1 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1984  Excinuclease ABC C subunit domain protein  53.33 
 
 		 100 aa  110  6e-24  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.569269  normal  0.376959 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3382  excinuclease ABC subunit C  58.89 
 
 		 120 aa  109  1.0000000000000001e-23  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.114521  hitchhiker  0.00379668 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0771  excinuclease ABC subunit C  55.56 
 
 		 95 aa  109  1.0000000000000001e-23  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.959878 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2226  excinuclease ABC subunit C  50 
 
 		 119 aa  108  2.0000000000000002e-23  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.163339  normal  0.805615 
 
 
-
 
NC_002978  WD0358  endo/excinuclease amino terminal domain-containing protein  50.55 
 
 		 96 aa  108  3e-23  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0285  excinuclease ABC subunit C  55.32 
 
 		 95 aa  108  3e-23  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.722146  normal  0.992997 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3101  endo/excinuclease amino terminal domain-containing protein  51.06 
 
 		 95 aa  107  4.0000000000000004e-23  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5085  Excinuclease ABC C subunit domain protein  55.06 
 
 		 95 aa  107  5e-23  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.88934 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2170  excinuclease ABC subunit C  51.61 
 
 		 98 aa  106  9.000000000000001e-23  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.013295  normal  0.490255 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4225  Excinuclease ABC C subunit domain protein  54.02 
 
 		 95 aa  105  2e-22  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  decreased coverage  0.0073463  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4684  excinuclease ABC subunit C  48.45 
 
 		 99 aa  104  5e-22  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.365942 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3124  Excinuclease ABC C subunit domain protein  57.47 
 
 		 96 aa  103  1e-21  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.80236  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7339  putative excinuclease ABC, C subunit  53.33 
 
 		 101 aa  103  1e-21  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2181  excinuclease ABC subunit C  45.83 
 
 		 113 aa  102  2e-21  Caulobacter sp. K31  Bacteria  decreased coverage  0.00892068  normal  0.804262 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0767  excinuclease ABC subunit C  50.56 
 
 		 102 aa  102  2e-21  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.464931  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4056  excinuclease ABC subunit C  52.81 
 
 		 130 aa  102  2e-21  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.366291  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2878  excinuclease ABC subunit C  50 
 
 		 95 aa  102  2e-21  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  decreased coverage  0.00418139  hitchhiker  0.000396722 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1328  excinuclease ABC subunit C  50.56 
 
 		 95 aa  101  3e-21  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0294  hypothetical cytosolic protein  46.81 
 
 		 96 aa  101  4e-21  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.479939  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2599  excinuclease ABC subunit C  48.31 
 
 		 100 aa  101  4e-21  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.515816  normal  1 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1899  GIY-YIG catalytic domain-containing protein  46.81 
 
 		 96 aa  101  4e-21  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2430  excinuclease ABC subunit C  50.56 
 
 		 102 aa  100  6e-21  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.595425  normal  0.650072 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2352  excinuclease ABC subunit C  52.22 
 
 		 110 aa  100  7e-21  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.51382  normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lpp1144  hypothetical protein  50.59 
 
 		 97 aa  100  8e-21  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0101  excinuclease ABC subunit C  50 
 
 		 95 aa  99.4  1e-20  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.873181  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2889  excinuclease ABC subunit C  50 
 
 		 95 aa  99  2e-20  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0492999  normal  0.0570349 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0651  excinuclease ABC subunit C  51.14 
 
 		 115 aa  98.6  2e-20  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0670127  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2855  Excinuclease ABC C subunit domain protein  54.02 
 
 		 96 aa  99  2e-20  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0675434  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0814  excinuclease ABC subunit C  47.31 
 
 		 111 aa  98.2  4e-20  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.683613  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0733  excinuclease ABC subunit C  49.44 
 
 		 104 aa  97.4  5e-20  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.579236  normal  0.484774 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2602  Excinuclease ABC C subunit domain protein  47.67 
 
 		 97 aa  96.7  1e-19  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  unclonable  0.0000000820325  normal  0.0436651 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2291  excinuclease ABC subunit C  51.06 
 
 		 95 aa  96.7  1e-19  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.361879  normal  0.317834 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2227  excinuclease ABC subunit C  48.84 
 
 		 107 aa  96.3  1e-19  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  decreased coverage  0.0000408802  hitchhiker  0.0000527007 
 
 
-
 
NC_006368  lpp2055  hypothetical protein  46.81 
 
 		 96 aa  95.9  2e-19  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2524  excinuclease ABC subunit C  46.67 
 
 		 100 aa  95.5  2e-19  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0331  hypothetical protein  50.56 
 
 		 97 aa  94.7  3e-19  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0039  hypothetical protein  50.56 
 
 		 97 aa  94.7  4e-19  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0717  hypothetical protein  50.56 
 
 		 97 aa  94.7  4e-19  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0882  hypothetical protein  50.56 
 
 		 97 aa  94.7  4e-19  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1812  hypothetical protein  50.56 
 
 		 97 aa  94.7  4e-19  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1852  hypothetical protein  50.56 
 
 		 97 aa  94.7  4e-19  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1944  hypothetical protein  50.56 
 
 		 97 aa  94.7  4e-19  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2051  hypothetical protein  50.56 
 
 		 97 aa  94.7  4e-19  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2896  hypothetical protein  50.56 
 
 		 97 aa  94.7  4e-19  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2317  excinuclease ABC subunit C  49.44 
 
 		 98 aa  94.7  4e-19  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.0365776  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2997  excinuclease ABC subunit C  50.56 
 
 		 95 aa  94.4  4e-19  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.867299  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1965  excinuclease ABC subunit C  50.54 
 
 		 95 aa  94  6e-19  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.70444 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2057  excinuclease ABC subunit C  51.16 
 
 		 113 aa  93.6  8e-19  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.405746 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2807  excinuclease ABC subunit C  50 
 
 		 118 aa  92  2e-18  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.171123  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0877  excinuclease ABC subunit C  50.57 
 
 		 125 aa  92  2e-18  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1975  excinuclease ABC subunit C  46.07 
 
 		 118 aa  92.4  2e-18  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3672  excinuclease ABC subunit C  50 
 
 		 118 aa  92  2e-18  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.246174  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0957  excinuclease ABC subunit C  48.91 
 
 		 118 aa  91.7  3e-18  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  hitchhiker  0.00735212  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0883  excinuclease ABC subunit C  47.19 
 
 		 114 aa  92  3e-18  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.227593  normal  0.430619 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4264  excinuclease ABC subunit C  46.74 
 
 		 95 aa  91.7  3e-18  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.604611  normal  0.787059 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4673  excinuclease ABC subunit C  47.78 
 
 		 95 aa  90.9  5e-18  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0203068  normal  0.740164 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_05230  hypothetical protein  44.19 
 
 		 100 aa  89  2e-17  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.610254  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0827  excinuclease ABC subunit C  47.19 
 
 		 121 aa  85.1  3e-16  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000437312 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0893  excinuclease ABC subunit C  44.09 
 
 		 99 aa  84.3  4e-16  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0841998  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_05260  endo/excinuclease amino terminal domain protein  44.58 
 
 		 98 aa  84.7  4e-16  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.509703  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0895  Excinuclease ABC C subunit domain protein  42.55 
 
 		 99 aa  84.3  5e-16  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00270858 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2914  excinuclease ABC subunit C  43.16 
 
 		 101 aa  81.6  0.000000000000003  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  hitchhiker  0.00677745  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_05250  endo/excinuclease amino terminal domain protein  43.96 
 
 		 107 aa  81.3  0.000000000000004  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_05270  hypothetical protein  46.34 
 
 		 100 aa  81.6  0.000000000000004  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4036  hypothetical protein  48.68 
 
 		 79 aa  80.5  0.000000000000006  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.420287  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_1277  Excinuclease ABC C subunit domain protein  44.32 
 
 		 96 aa  80.1  0.00000000000001  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  0.129449  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1655  excinuclease ABC subunit C  47.31 
 
 		 98 aa  77  0.00000000000007  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_09001  hypothetical protein  40.28 
 
 		 80 aa  65.5  0.0000000002  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.410175  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01100  hypothetical protein  39.68 
 
 		 67 aa  62  0.000000002  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3906  excinuclease ABC subunit C  46.03 
 
 		 141 aa  55.8  0.0000002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.647444  normal  0.105898 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_3752  Excinuclease ABC C subunit domain protein  39.74 
 
 		 84 aa  54.7  0.0000004  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_1952  Excinuclease ABC C subunit domain protein  38.16 
 
 		 130 aa  54.3  0.0000006  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1431  GIY-YIG domain-containing protein  37.35 
 
 		 96 aa  53.9  0.0000008  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  hitchhiker  0.00206814  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1913  hypothetical protein  36.05 
 
 		 116 aa  53.5  0.000001  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.915766  normal  1 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1697  GIY-YIG domain-containing protein  37.97 
 
 		 97 aa  53.1  0.000001  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  hitchhiker  0.00497401  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0838  type I restriction-modification system, R subunit  39.74 
 
 		 1210 aa  52.4  0.000002  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4762  excinuclease ABC subunit C  41.33 
 
 		 95 aa  52.4  0.000002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  unclonable  0.0000000128421 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0133  excinuclease ABC subunit C  39.73 
 
 		 119 aa  52  0.000003  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_1603  Excinuclease ABC C subunit domain protein  35.62 
 
 		 88 aa  51.2  0.000005  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  hitchhiker  0.000000181458  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_1139  Excinuclease ABC C subunit domain protein  40 
 
 		 80 aa  50.8  0.000005  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.138973  normal  1 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0800  O-methyltransferase  32.5 
 
 		 338 aa  50.8  0.000006  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000866383  hitchhiker  1.55907e-17 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_2636  Excinuclease ABC C subunit domain protein  40.3 
 
 		 77 aa  50.4  0.000008  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  0.303825  normal  0.812434 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2225  hypothetical protein  52.63 
 
 		 116 aa  50.4  0.000008  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.525865  normal  0.528424 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0115  excinuclease ABC subunit C  37.33 
 
 		 90 aa  49.7  0.00001  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3592  GIY-YIG nuclease superfamily protein  30.93 
 
 		 113 aa  49.7  0.00001  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.394656  normal  0.0895016 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4370  excinuclease ABC subunit C  40 
 
 		 84 aa  48.9  0.00002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4401  endo/excinuclease amino terminal domain-containing protein  38.96 
 
 		 95 aa  48.9  0.00002  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1103  excinuclease ABC subunit C  38.46 
 
 		 87 aa  49.3  0.00002  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4217  excinuclease ABC subunit C  38.67 
 
 		 163 aa  48.9  0.00002  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>