More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Psyc_0164 on replicon NC_007204
Organism: Psychrobacter arcticus 273-4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007204  Psyc_0164  hypothetical protein  100 
 
 
525 aa  1051  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.156481  unclonable  1.74204e-06 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0175  tRNA(Ile)-lysidine synthetase-like  75 
 
 
535 aa  778  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0336  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  39.38 
 
 
525 aa  305  1e-81  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.0816942  hitchhiker  1.05658e-08 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_17280  hypothetical protein  35.12 
 
 
442 aa  155  2e-36  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1360  PP-loop  35.08 
 
 
445 aa  150  4e-35  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0977  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  33.33 
 
 
438 aa  148  3e-34  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0861  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  30.15 
 
 
442 aa  142  1e-32  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1805  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  31.06 
 
 
439 aa  139  2e-31  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.193318  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4065  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  33.44 
 
 
426 aa  137  4e-31  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000422892 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3036  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  34.56 
 
 
440 aa  137  5e-31  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.0244601 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1163  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  33.04 
 
 
427 aa  136  1e-30  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.114234  normal  0.932043 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2619  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  33.23 
 
 
474 aa  136  1e-30  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1692  tRNA(Ile)-lysidine synthase  29.73 
 
 
449 aa  135  2e-30  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0475  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  29.73 
 
 
449 aa  135  2e-30  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1645  cell cycle protein MesJ  29.59 
 
 
464 aa  134  4e-30  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1551  cell cycle protein mesJ, putative  33 
 
 
455 aa  133  1e-29  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01899  tRNA(Ile)-lysidine synthase (tRNA(Ile)-lysidinesynthetase) (tRNA(Ile)-2-lysyl-cytidine synthase)  34.19 
 
 
434 aa  132  2e-29  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1608  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  33.02 
 
 
427 aa  130  5e-29  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1084  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  28.67 
 
 
460 aa  130  6e-29  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0918  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  27.54 
 
 
445 aa  130  8e-29  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4169  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  35.47 
 
 
427 aa  129  2e-28  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.911807 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3147  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  29.01 
 
 
442 aa  128  3e-28  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1031  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  28.44 
 
 
451 aa  127  4e-28  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3417  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  28.44 
 
 
460 aa  127  4e-28  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006369  lpl0825  hypothetical protein  26.88 
 
 
431 aa  126  1e-27  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1364  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  29.21 
 
 
465 aa  125  2e-27  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1834  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  27.91 
 
 
440 aa  125  2e-27  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1237  GntR family transcriptional regulator  32.74 
 
 
429 aa  125  2e-27  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2962  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  28.64 
 
 
448 aa  125  2e-27  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0850  hypothetical protein  26.67 
 
 
431 aa  125  2e-27  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1572  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  27.51 
 
 
462 aa  125  3e-27  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.685949  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0959  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  32.69 
 
 
425 aa  124  4e-27  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1289  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  33.46 
 
 
436 aa  124  4e-27  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal  0.7067 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3087  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  32.99 
 
 
325 aa  124  4e-27  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2960  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  30.82 
 
 
460 aa  123  6e-27  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal  0.0827717 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1118  hypothetical protein  34.77 
 
 
442 aa  123  8e-27  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1501  hypothetical protein  35.22 
 
 
439 aa  122  1e-26  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1466  Fis family transcriptional regulator  36.16 
 
 
476 aa  121  2e-26  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2886  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  36.16 
 
 
496 aa  122  2e-26  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0664509  normal  0.0502291 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1461  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  36.16 
 
 
491 aa  121  3e-26  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0934  cell-cycle protein  27.69 
 
 
427 aa  120  4e-26  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.504247  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1497  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  36.16 
 
 
491 aa  120  5e-26  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1263  PP-loop  31.15 
 
 
420 aa  119  9e-26  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2799  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  35.24 
 
 
465 aa  119  1e-25  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal  0.772923 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002764  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  28.74 
 
 
436 aa  119  1e-25  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2869  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  27.66 
 
 
469 aa  119  1e-25  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1286  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  27.23 
 
 
488 aa  119  1e-25  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.170507  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2692  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  35.24 
 
 
465 aa  118  2e-25  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  unclonable  4.85637e-05 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0640  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  26.99 
 
 
456 aa  118  2e-25  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.180708  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2625  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  35.24 
 
 
465 aa  118  3e-25  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal  0.0104928 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1980  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  27.74 
 
 
468 aa  117  4e-25  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1442  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  30.03 
 
 
440 aa  117  5e-25  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0580  tRNA(Ile)-lysidine synthetase-like protein  32.18 
 
 
430 aa  117  6e-25  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.0306545  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3415  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  27.13 
 
 
432 aa  117  6e-25  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1570  tRNA(Ile)-lysidine synthetase-like protein  34.67 
 
 
476 aa  116  8e-25  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1809  hypothetical protein  29.94 
 
 
472 aa  116  9e-25  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2110  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  27.74 
 
 
473 aa  116  9e-25  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3472  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  26.9 
 
 
432 aa  116  1e-24  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.878016  normal  0.473347 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0181  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  26.9 
 
 
432 aa  116  1e-24  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0190  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  26.67 
 
 
432 aa  115  1e-24  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.781391  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0192  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  26.9 
 
 
432 aa  115  2e-24  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1842  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  31.83 
 
 
445 aa  115  2e-24  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.2555  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3265  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  35.43 
 
 
470 aa  115  2e-24  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.867953  normal  0.290599 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_38820  PP-loop-tRNA(Ile)-lysidine synthetase  33.24 
 
 
435 aa  114  3e-24  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1179  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  35.23 
 
 
464 aa  114  6e-24  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.34468  normal 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1464  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  35.23 
 
 
464 aa  114  6e-24  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.727377  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1125  PP-loop  32.88 
 
 
484 aa  114  6e-24  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  hitchhiker  0.00891393  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0198  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  26.9 
 
 
431 aa  113  7e-24  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3342  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  32.54 
 
 
439 aa  113  7e-24  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0079  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  30.35 
 
 
509 aa  113  1e-23  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2861  tRNA(Ile)-lysidine synthetase-like  32.23 
 
 
326 aa  112  2e-23  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0199  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  26.44 
 
 
432 aa  112  2e-23  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0726  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  28.21 
 
 
426 aa  112  2e-23  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.238503  normal 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_2060  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  30.11 
 
 
471 aa  112  2e-23  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.0862311  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00186  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  26.67 
 
 
432 aa  112  2e-23  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.445968  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00185  hypothetical protein  26.67 
 
 
432 aa  112  2e-23  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.434611  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1155  cell cycle protein MesJ  31.63 
 
 
497 aa  111  3e-23  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2138  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  30.43 
 
 
436 aa  110  7e-23  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.87877  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01389  cell cycle protein MesJ  28.91 
 
 
441 aa  109  1e-22  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.683525  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0144  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  32.18 
 
 
472 aa  109  1e-22  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  1.75887e-10  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1249  tRNA(Ile)-lysidine synthetase-like protein  32.58 
 
 
425 aa  109  1e-22  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal  0.686873 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A3159  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  38.2 
 
 
489 aa  108  2e-22  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.765148  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1429  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  38.2 
 
 
489 aa  108  2e-22  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.431978  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2156  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  38.2 
 
 
489 aa  108  2e-22  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1810  cell cycle protein MesJ, putative  32.71 
 
 
471 aa  108  2e-22  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0106411  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2542  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  38.2 
 
 
489 aa  108  2e-22  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1653  cell cycle protein mesJ  38.2 
 
 
489 aa  108  2e-22  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  decreased coverage  0.000820354  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03220  hypothetical protein  25.73 
 
 
448 aa  108  3e-22  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2678  cell cycle protein mesJ  38.2 
 
 
492 aa  108  3e-22  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0688879  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1673  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  29.33 
 
 
457 aa  108  3e-22  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2593  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  38.2 
 
 
492 aa  108  3e-22  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1105  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  27.71 
 
 
472 aa  107  4e-22  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.340413  normal  0.54377 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1556  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  26.82 
 
 
306 aa  107  5e-22  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1944  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  36.36 
 
 
494 aa  107  6e-22  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3145  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  26.35 
 
 
494 aa  106  9e-22  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal  0.0165615 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1011  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  28.18 
 
 
472 aa  106  1e-21  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.258759  normal  0.14023 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1088  tRNA(Ile)-lysidine synthetase-like protein  32.7 
 
 
487 aa  106  1e-21  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00200666  normal  0.0296865 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2075  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  29.66 
 
 
473 aa  105  2e-21  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6002  tRNA(Ile)-lysidine synthetase-like  29.66 
 
 
473 aa  105  2e-21  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1178  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  27.7 
 
 
419 aa  105  2e-21  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.509041  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>