More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pput_4167 on replicon NC_009512
Organism: Pseudomonas putida F1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011138  MADE_03082  CTP synthetase  74.21 
 
 
543 aa  803  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  unclonable  7.72842e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1327  CTP synthetase  62.87 
 
 
559 aa  704  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1185  CTP synthetase  62.71 
 
 
566 aa  700  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.279088  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1000  CTP synthetase  62.18 
 
 
552 aa  696  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0969  CTP synthetase  64.17 
 
 
553 aa  707  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.471871  normal  0.0231208 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2195  CTP synthetase  66.91 
 
 
553 aa  723  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.136999  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2653  CTP synthetase  61.36 
 
 
554 aa  690  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.476334  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2562  CTP synthetase  65.69 
 
 
557 aa  716  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.542571  normal  0.0982923 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1439  CTP synthetase  69.44 
 
 
551 aa  794  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.0767506  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3093  CTP synthetase  70.11 
 
 
545 aa  770  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.106381  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1441  CTP synthetase  65.87 
 
 
553 aa  717  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0566  CTP synthetase  66.48 
 
 
554 aa  741  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.796665  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0052  CTP synthetase  55.82 
 
 
554 aa  638  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal  0.431062 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2845  CTP synthetase  62.48 
 
 
555 aa  703  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008826  Mpe_B0218  CTP synthetase  60.77 
 
 
557 aa  663  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.682216 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A3123  CTP synthetase  66.73 
 
 
553 aa  721  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.839664  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2019  CTP synthetase  65.81 
 
 
552 aa  718  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.0440235 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3128  CTP synthetase  70 
 
 
545 aa  766  Shewanella baltica OS155  Bacteria  decreased coverage  1.12535e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1511  CTP synthetase  58.85 
 
 
547 aa  660  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.174656  decreased coverage  0.000112124 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0919  CTP synthetase  80.19 
 
 
542 aa  900  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0668  CTP synthetase  71.21 
 
 
545 aa  796  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  hitchhiker  0.00226842  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1114  CTP synthetase  71.3 
 
 
546 aa  773  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  unclonable  1.31384e-07  normal  0.869869 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1185  CTP synthetase  71.11 
 
 
546 aa  771  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  decreased coverage  0.000285694  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1841  CTP synthetase  71.24 
 
 
540 aa  802  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.41222  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1051  CTP synthetase  68.52 
 
 
545 aa  752  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.333074  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1408  CTP synthetase  58.15 
 
 
542 aa  635  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.0617949  hitchhiker  1.24662e-05 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2146  CTP synthetase  65.63 
 
 
552 aa  717  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.64728  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_17290  CTP synthetase  89.3 
 
 
542 aa  1018  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3111  CTP synthetase  70.74 
 
 
545 aa  778  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3150  CTP synthetase  71.54 
 
 
545 aa  778  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.0858121  normal  0.288938 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2109  CTP synthetase  66 
 
 
552 aa  717  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0532575  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2075  CTP synthetase  57.14 
 
 
557 aa  650  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.138589  normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1557  CTP synthetase  60.89 
 
 
547 aa  674  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.591143  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1115  CTP synthetase  71.3 
 
 
546 aa  773  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  8.91455e-05  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3169  CTP synthetase  71.54 
 
 
545 aa  779  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.0659472  normal  0.252968 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1448  CTP synthetase  67.4 
 
 
554 aa  721  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00174  CTP synthetase  67.4 
 
 
554 aa  746  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.142517  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1035  CTP synthetase  70.79 
 
 
545 aa  780  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.946581  normal 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2579  CTP synthetase  66.91 
 
 
570 aa  723  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2633  CTP synthetase  66.91 
 
 
553 aa  723  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.267072  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1468  CTP synthetase  66.91 
 
 
553 aa  723  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.915674  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0980  CTP synthetase  71.54 
 
 
545 aa  771  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.0184119  normal 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1872  CTP synthetase  67.53 
 
 
555 aa  763  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1161  CTP synthetase  66.67 
 
 
553 aa  722  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00650114 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5105  CTP synthetase  63.69 
 
 
552 aa  709  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.298058 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3280  CTP synthetase  70 
 
 
545 aa  766  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  2.22232e-06  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1298  CTP synthetase  75.19 
 
 
544 aa  825  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1502  CTP synthetase  89.3 
 
 
542 aa  1018  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3137  CTP synthetase  70 
 
 
545 aa  766  Shewanella baltica OS185  Bacteria  unclonable  1.10473e-09  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0341  CTP synthetase  60.19 
 
 
553 aa  677  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.524344  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1184  CTP synthetase  69.44 
 
 
546 aa  754  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0154566  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4318  CTP synthetase  57.86 
 
 
555 aa  639  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.13902 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0794  CTP synthetase  70.6 
 
 
545 aa  769  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0895398  normal  0.701374 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3317  CTP synthetase  71.54 
 
 
545 aa  771  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.00384789  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1289  CTP synthetase  70 
 
 
545 aa  764  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.934915  hitchhiker  2.80114e-09 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3084  CTP synthetase  70.11 
 
 
545 aa  770  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  6.46787e-09  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2924  CTP synthetase  70.11 
 
 
545 aa  770  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  1.6445e-15  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03526  CTP synthetase  72.1 
 
 
546 aa  788  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1670  CTP synthetase  67.4 
 
 
543 aa  768  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.0004808  normal 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2304  CTP synthetase  57.01 
 
 
533 aa  639  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.0258787  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1164  CTP synthetase  99.82 
 
 
542 aa  1117  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.309398  normal 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0899  CTP synthetase  65.38 
 
 
558 aa  717  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.995561  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1204  CTP synthetase  70.19 
 
 
545 aa  766  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  decreased coverage  0.000204322  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1176  CTP synthetase  61.2 
 
 
563 aa  674  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.413679 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_3181  CTP synthetase  57.51 
 
 
533 aa  653  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  decreased coverage  1.27982e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0945  CTP synthetase  64.9 
 
 
553 aa  712  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0614  CTP synthetase  66.48 
 
 
554 aa  740  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3234  CTP synthetase  71.54 
 
 
545 aa  777  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.108478  normal  0.167491 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2758  CTP synthetase  70.74 
 
 
545 aa  770  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  unclonable  2.21418e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3035  CTP synthetase  92.42 
 
 
543 aa  1040  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0036123 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2026  CTP synthetase  71.72 
 
 
545 aa  783  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  4.06175e-10  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2127  CTP synthetase  66 
 
 
552 aa  717  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0913295  normal  0.042023 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3351  CTP synthetase  69.07 
 
 
545 aa  747  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  1.38422e-06  hitchhiker  2.52338e-05 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2918  CTP synthetase  70.11 
 
 
545 aa  770  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.000134002  normal  0.938704 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0932  CTP synthetase  70.11 
 
 
545 aa  770  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.000109112  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3447  CTP synthetase  71.54 
 
 
545 aa  771  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.125216  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_2180  CTP synthetase  59.78 
 
 
540 aa  660  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4167  CTP synthetase  100 
 
 
542 aa  1119  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.675672 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0320  CTP synthetase  67.9 
 
 
555 aa  768  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02625  CTP synthetase  70.11 
 
 
545 aa  770  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  5.05271e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0619  CTP synthetase  67.22 
 
 
546 aa  755  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.626167  normal  0.390298 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02587  hypothetical protein  70.11 
 
 
545 aa  770  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  4.48332e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1088  CTP synthetase  64.96 
 
 
550 aa  714  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0817  CTP synthetase  71.3 
 
 
545 aa  774  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.351659  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3387  CTP synthetase  71.67 
 
 
545 aa  775  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0942417  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2366  CTP synthetase  66.73 
 
 
546 aa  748  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.863535  normal  0.823957 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1641  CTP synthetase  69.52 
 
 
544 aa  776  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.118223  hitchhiker  2.54043e-05 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1361  CTP synthetase  93.35 
 
 
543 aa  1053  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0802006  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0851  CTP synthetase  71.24 
 
 
545 aa  776  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.718725  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1065  CTP synthetase  63.8 
 
 
553 aa  707  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.242214  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3443  CTP synthetase  63.57 
 
 
559 aa  714  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4064  CTP synthetase  97.79 
 
 
542 aa  1102  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  hitchhiker  3.00969e-05 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_3337  CTP synthetase  57.3 
 
 
531 aa  646  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5415  CTP synthetase  65.81 
 
 
550 aa  717  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.295707  normal 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1945  CTP synthetase  57.01 
 
 
534 aa  655  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  4.98786e-12  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1119  CTP synthetase  95.38 
 
 
543 aa  1072  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0850  CTP synthetase  68.02 
 
 
550 aa  761  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2713  CTP synthetase  66.91 
 
 
553 aa  723  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1190  CTP synthetase  71.03 
 
 
545 aa  778  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1184  CTP synthetase  70.84 
 
 
545 aa  773  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>