More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputW619_4497 on replicon NC_010501
Organism: Pseudomonas putida W619



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010501  PputW619_4497  50S ribosomal protein L21  100 
 
 
104 aa  207  3e-53  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.200456  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0720  50S ribosomal protein L21  99.04 
 
 
104 aa  207  4e-53  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.456821  normal  0.0127169 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0688  50S ribosomal protein L21  99.04 
 
 
104 aa  207  4e-53  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.468756  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0720  50S ribosomal protein L21  99.04 
 
 
104 aa  207  4e-53  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.7553  normal  0.901329 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4860  50S ribosomal protein L21  92.16 
 
 
103 aa  193  8e-49  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.6007 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0701  50S ribosomal protein L21  92.16 
 
 
103 aa  192  2e-48  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.60997 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0797  ribosomal protein L21  91.18 
 
 
103 aa  191  3e-48  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3682  50S ribosomal protein L21  90.2 
 
 
103 aa  188  2e-47  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.885821  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_40790  50S ribosomal protein L21  87.25 
 
 
103 aa  182  2e-45  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.200722  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_60460  50S ribosomal protein L21  85.29 
 
 
103 aa  179  9e-45  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.0123186 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5208  50S ribosomal protein L21  85.29 
 
 
103 aa  179  1e-44  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.123983  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0855  50S ribosomal protein L21  79.41 
 
 
103 aa  167  3e-41  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0474  50S ribosomal protein L21P  69.61 
 
 
103 aa  151  3e-36  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.030685  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3323  50S ribosomal protein L21  69.61 
 
 
103 aa  150  5e-36  Shewanella baltica OS223  Bacteria  decreased coverage  3.3092e-08  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0967  50S ribosomal protein L21  69.61 
 
 
103 aa  150  5e-36  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  1.86548e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1036  50S ribosomal protein L21  69.61 
 
 
103 aa  150  5e-36  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  1.68941e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1069  50S ribosomal protein L21  69.61 
 
 
103 aa  150  5e-36  Shewanella baltica OS195  Bacteria  decreased coverage  1.90707e-07  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1008  50S ribosomal protein L21P  72 
 
 
103 aa  150  7e-36  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  1.2148e-11  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0954  50S ribosomal protein L21  69.61 
 
 
103 aa  149  1e-35  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.361102  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1004  50S ribosomal protein L21  69.61 
 
 
103 aa  148  2e-35  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  1.56676e-07  decreased coverage  3.56458e-06 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0245  50S ribosomal protein L21  67.65 
 
 
103 aa  148  3e-35  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  hitchhiker  2.76317e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4238  ribosomal protein L21  69.31 
 
 
102 aa  148  3e-35  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  decreased coverage  1.44419e-06  hitchhiker  2.01625e-07 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3089  50S ribosomal protein L21  69.61 
 
 
103 aa  147  4e-35  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0979  50S ribosomal protein L21  68.63 
 
 
103 aa  147  5e-35  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  1.28697e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0361  50S ribosomal protein L21  64.71 
 
 
103 aa  146  8e-35  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  hitchhiker  0.000287252  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0869  50S ribosomal protein L21  67.65 
 
 
103 aa  146  9e-35  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  2.45664e-09  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0895  50S ribosomal protein L21  67.65 
 
 
103 aa  145  1e-34  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  2.81262e-05  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3125  50S ribosomal protein L21  67.65 
 
 
103 aa  145  1e-34  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  1.93081e-07  normal 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2853  50S ribosomal protein L21  65.69 
 
 
103 aa  145  2e-34  Vibrio cholerae O395  Bacteria  decreased coverage  6.34591e-14  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2927  50S ribosomal protein L21  68.63 
 
 
103 aa  145  2e-34  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  7.89228e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00800  50S ribosomal protein L21  65.69 
 
 
103 aa  145  2e-34  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03731  50S ribosomal protein L21  64.71 
 
 
103 aa  145  2e-34  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  unclonable  2.30006e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001673  LSU ribosomal protein L21p  64.71 
 
 
103 aa  144  3e-34  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  2.80256e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3652  50S ribosomal protein L21  66.67 
 
 
103 aa  144  3e-34  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3219  50S ribosomal protein L21  66.67 
 
 
103 aa  144  3e-34  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  4.50477e-07  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0852  50S ribosomal protein L21  66.67 
 
 
103 aa  144  3e-34  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  2.65275e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2829  50S ribosomal protein L21  66.67 
 
 
103 aa  143  8e-34  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  unclonable  6.50093e-10  normal  0.344337 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3974  50S ribosomal protein L21  59.8 
 
 
103 aa  142  1e-33  Yersinia pestis Angola  Bacteria  unclonable  2.70537e-12  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3612  50S ribosomal protein L21  59.8 
 
 
103 aa  142  1e-33  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  decreased coverage  5.09393e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3757  50S ribosomal protein L21  59.8 
 
 
103 aa  142  1e-33  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  decreased coverage  6.20592e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0473  50S ribosomal protein L21  60.78 
 
 
103 aa  141  3e-33  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  unclonable  6.37379e-11  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0793  50S ribosomal protein L21  63.73 
 
 
103 aa  140  4e-33  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  2.36829e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0558  50S ribosomal protein L21  63.73 
 
 
103 aa  140  4e-33  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  unclonable  2.82146e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3479  50S ribosomal protein L21  63.73 
 
 
103 aa  140  6e-33  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  unclonable  6.47108e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3360  50S ribosomal protein L21  61.76 
 
 
103 aa  139  2e-32  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  hitchhiker  0.000107263  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3738  50S ribosomal protein L21  62.75 
 
 
103 aa  138  3e-32  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  9.15025e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4508  50S ribosomal protein L21  61.76 
 
 
103 aa  134  4e-31  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  unclonable  7.66256e-10  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03002  hypothetical protein  61.76 
 
 
103 aa  134  4e-31  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.00734484  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3496  50S ribosomal protein L21  61.76 
 
 
103 aa  134  4e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  decreased coverage  2.80512e-06  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3584  50S ribosomal protein L21  61.76 
 
 
103 aa  134  4e-31  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  unclonable  6.68689e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3482  50S ribosomal protein L21  61.76 
 
 
103 aa  134  4e-31  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  unclonable  2.16305e-10  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0514  50S ribosomal protein L21  61.76 
 
 
103 aa  134  4e-31  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  9.28168e-06  normal  0.0169565 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03051  50S ribosomal protein L21  61.76 
 
 
103 aa  134  4e-31  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.00856225  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3671  50S ribosomal protein L21  61.76 
 
 
103 aa  134  4e-31  Escherichia coli E24377A  Bacteria  unclonable  1.25607e-13  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3379  50S ribosomal protein L21  61.76 
 
 
103 aa  134  4e-31  Escherichia coli HS  Bacteria  unclonable  2.03555e-22  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0521  ribosomal protein L21  61.76 
 
 
103 aa  134  4e-31  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  1.11872e-09  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1119  50S ribosomal protein L21  64 
 
 
105 aa  134  5e-31  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3622  50S ribosomal protein L21  61.76 
 
 
103 aa  134  5e-31  Enterobacter sp. 638  Bacteria  unclonable  4.42245e-09  normal  0.259667 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3565  50S ribosomal protein L21  60.78 
 
 
103 aa  134  6e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  hitchhiker  0.00265959  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3601  50S ribosomal protein L21  60.78 
 
 
103 aa  134  6e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  unclonable  2.43272e-05  normal  0.724724 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3494  50S ribosomal protein L21  60.78 
 
 
103 aa  134  6e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  3.60043e-12  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0270  ribosomal protein L21  61.76 
 
 
103 aa  133  8e-31  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.656841  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4512  ribosomal protein L21  58.82 
 
 
103 aa  133  9e-31  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0496  50S ribosomal protein L21  64 
 
 
115 aa  130  6e-30  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  unclonable  3.70473e-18  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1683  50S ribosomal protein L21  63 
 
 
115 aa  129  9e-30  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  unclonable  1.96723e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3206  ribosomal protein L21  60.78 
 
 
103 aa  129  1e-29  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.78407  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0525  ribosomal protein L21  58.82 
 
 
103 aa  129  2e-29  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006369  lpl2576  50S ribosomal protein L21  61 
 
 
103 aa  128  3e-29  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2704  50S ribosomal protein L21  60 
 
 
103 aa  126  8e-29  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2005  ribosomal protein L21  59 
 
 
103 aa  125  2e-28  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0864  50S ribosomal protein L21P  56.86 
 
 
103 aa  125  3e-28  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.0835554  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0845  50S ribosomal protein L21  59.8 
 
 
104 aa  124  5e-28  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1815  50S ribosomal protein L21  58 
 
 
103 aa  123  7e-28  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2958  50S ribosomal protein L21  56.86 
 
 
103 aa  123  7e-28  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.18334  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1584  50S ribosomal protein L21  58.82 
 
 
108 aa  122  1e-27  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3675  50S ribosomal protein L21  56.86 
 
 
103 aa  122  2e-27  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3470  50S ribosomal protein L21  57.84 
 
 
103 aa  122  2e-27  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.00235402  normal  0.37333 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0841  50S ribosomal protein L21  56.86 
 
 
103 aa  121  3e-27  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.498603 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0770  50S ribosomal protein L21  56.86 
 
 
103 aa  121  3e-27  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3067  50S ribosomal protein L21  56.86 
 
 
103 aa  121  4e-27  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.89662  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2657  50S ribosomal protein L21  56.86 
 
 
103 aa  121  4e-27  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0146122  normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2246  ribosomal protein L21  55.88 
 
 
103 aa  120  4e-27  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  hitchhiker  5.79103e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0194  50S ribosomal protein L21  60.78 
 
 
103 aa  120  4e-27  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  decreased coverage  3.99206e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3106  50S ribosomal protein L21  55.88 
 
 
103 aa  120  5e-27  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.744005  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2219  50S ribosomal protein L21P  59.8 
 
 
104 aa  120  6e-27  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  decreased coverage  1.52954e-09  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5486  ribosomal protein L21  56.86 
 
 
103 aa  120  6e-27  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.145587  normal  0.514082 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3277  50S ribosomal protein L21  56 
 
 
103 aa  120  7e-27  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00049339 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2822  50S ribosomal protein L21  55.88 
 
 
103 aa  120  8e-27  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  hitchhiker  0.00195381  normal  0.322563 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1633  50S ribosomal protein L21  56.86 
 
 
103 aa  120  8e-27  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.94154  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1527  50S ribosomal protein L21  57.84 
 
 
108 aa  120  9e-27  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0511  50S ribosomal protein L21  55.45 
 
 
103 aa  118  2e-26  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.0526818 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0212  50S ribosomal protein L21  59.8 
 
 
103 aa  119  2e-26  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  normal  0.237362 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4218  ribosomal protein L21  56 
 
 
103 aa  118  3e-26  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.7758  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0285  50S ribosomal protein L21  54.9 
 
 
103 aa  117  4e-26  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.253807  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0462  50S ribosomal protein L21  54.9 
 
 
103 aa  117  4e-26  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.953045  hitchhiker  0.00315446 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1613  ribosomal protein L21  52.43 
 
 
104 aa  117  5e-26  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  decreased coverage  1.43983e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0751  50S ribosomal protein L21  56 
 
 
103 aa  117  6e-26  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00510595 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0839  50S ribosomal protein L21  56 
 
 
103 aa  116  8e-26  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.236203  normal 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1848  50S ribosomal protein L21  54.9 
 
 
104 aa  115  2e-25  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3917  ribosomal protein L21  55 
 
 
103 aa  114  5e-25  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00841206 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>