More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pfl01_0020 on replicon NC_007492
Organism: Pseudomonas fluorescens Pf0-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007492  Pfl01_0020  SUA5/yciO/yrdC-like  100 
 
 
185 aa  375  1e-103  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  3.04623e-05  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0070  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  87.03 
 
 
185 aa  336  9e-92  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0492893  hitchhiker  7.66437e-06 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0089  SUA5/yciO/yrdC domain-containing protein  87.03 
 
 
185 aa  336  1e-91  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.314093  hitchhiker  5.10467e-06 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0086  SUA5/yciO/yrdC domain-containing protein  85.95 
 
 
185 aa  335  3e-91  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.835524  hitchhiker  7.33254e-14 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0086  SUA5/yciO/yrdC domain-containing protein  86.49 
 
 
185 aa  334  5e-91  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.592452 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0022  SUA5/yciO/yrdC, N-terminal  84.15 
 
 
185 aa  328  2e-89  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0174  SUA5/yciO/yrdC family domain protein  83.06 
 
 
185 aa  325  3e-88  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_00240  hypothetical protein  74.05 
 
 
185 aa  291  3e-78  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0023  hypothetical protein  73.51 
 
 
185 aa  288  3e-77  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.841685  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0058  SUA5/yciO/yrdC domain-containing protein  75.41 
 
 
185 aa  287  6e-77  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_00200  RNA binding yrdC protein  70.81 
 
 
185 aa  274  4e-73  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  hitchhiker  0.0077597  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0024  translation factor SUA5  49.73 
 
 
191 aa  193  1e-48  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0046  SUA5/yciO/yrdC domain-containing protein  51.14 
 
 
190 aa  174  5e-43  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2328  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  47.78 
 
 
191 aa  172  3e-42  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0190  putative translation factor, SUA5/YciO/YrdC-like protein  52.25 
 
 
190 aa  165  4e-40  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2825  putative translation factor, SUA5/yciO/yrdC-like  46.96 
 
 
185 aa  164  1e-39  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  8.09913e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0360  SUA5/yciO/yrdC domain protein  49.19 
 
 
190 aa  163  2e-39  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  decreased coverage  0.00353678  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3785  SUA5/yciO/yrdC domain protein  50.86 
 
 
189 aa  162  3e-39  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  decreased coverage  0.000349894  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_2103  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  46.07 
 
 
186 aa  161  4e-39  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.345955  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0083  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  46.07 
 
 
186 aa  161  5e-39  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  0.00103971  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0028  SUA5/yciO/yrdC-like  49.71 
 
 
187 aa  161  6e-39  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3964  SUA5/yciO/yrdC domain protein  50.29 
 
 
189 aa  158  4e-38  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0237739  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00384  translation factor  43.02 
 
 
185 aa  156  1e-37  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3878  putative ribosome maturation factor  48.91 
 
 
190 aa  154  5e-37  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  5.21724e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0320  putative ribosome maturation factor  48.91 
 
 
190 aa  154  5e-37  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.00340055  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0621  putative ribosome maturation factor  48.91 
 
 
190 aa  154  5e-37  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  1.35377e-07  normal  0.0218454 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2864  SUA5/yciO/yrdC-like protein  46.93 
 
 
185 aa  154  5e-37  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0443  SUA5/yciO/yrdC domain protein  47.54 
 
 
189 aa  153  2e-36  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.0414266  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2466  Sua5/YciO/YrdC family protein  45.56 
 
 
188 aa  151  4e-36  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00622558  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04048  Sua5/YciO/YrdC family protein  44.33 
 
 
187 aa  150  1e-35  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0347  SUA5/yciO/yrdC-like protein  46.51 
 
 
180 aa  149  2e-35  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0082  hypothetical protein  47.22 
 
 
185 aa  148  4e-35  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.687702  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002065  YrdC family protein  43.33 
 
 
185 aa  147  1e-34  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.694724  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0044  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  42.2 
 
 
185 aa  146  1e-34  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.268227  normal  0.36574 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0732  SUA5/yciO/yrdC domain-containing protein  43.82 
 
 
185 aa  147  1e-34  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2838  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  42.08 
 
 
186 aa  145  3e-34  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3714  putative ribosome maturation factor  46.11 
 
 
200 aa  145  4e-34  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.0011772  normal  0.0258765 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00027  putative double-stranded RNA-binding protein with unique protein fold, with YrdC/RibB domain  44.02 
 
 
201 aa  145  5e-34  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3598  putative ribosome maturation factor  50 
 
 
190 aa  144  9e-34  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  3.92621e-09  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3769  putative ribosome maturation factor  50 
 
 
190 aa  144  9e-34  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.124598  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4507  putative ribosome maturation factor  47.62 
 
 
189 aa  144  9e-34  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.000123843  hitchhiker  0.00015333 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3706  putative ribosome maturation factor  50 
 
 
190 aa  144  9e-34  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  hitchhiker  0.00895861  normal  0.0457985 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3599  putative ribosome maturation factor  50 
 
 
190 aa  144  1e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0165088  normal  0.792171 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3671  putative ribosome maturation factor  50 
 
 
190 aa  144  1e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.0413921  normal 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0431  SUA5/yciO/yrdC domain protein  50 
 
 
190 aa  144  1e-33  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  1.49236e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03084  hypothetical protein  50 
 
 
190 aa  144  1e-33  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.017933  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3592  SUA5/yciO/yrdC domain  43.33 
 
 
196 aa  143  1e-33  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.423964  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0431  putative ribosome maturation factor  50 
 
 
190 aa  144  1e-33  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.000651725  hitchhiker  0.00293146 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4605  putative ribosome maturation factor  50 
 
 
190 aa  143  1e-33  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.00037483  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03133  predicted ribosome maturation factor  50 
 
 
190 aa  144  1e-33  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.00993988  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3476  putative ribosome maturation factor  50 
 
 
205 aa  144  1e-33  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  4.39267e-11  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3765  putative ribosome maturation factor  49.4 
 
 
205 aa  142  2e-33  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  5.51499e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3667  putative ribosome maturation factor  49.4 
 
 
205 aa  142  2e-33  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  3.09494e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0041  SUA5/YciO/YrdC/YwlC family protein  41.04 
 
 
185 aa  142  3e-33  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00240763  normal  0.264838 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3578  putative ribosome maturation factor  49.4 
 
 
190 aa  142  3e-33  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.000356689  normal  0.210928 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1870  SUA5/yciO/yrdC domain-containing protein  41.4 
 
 
209 aa  139  2e-32  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2278  SUA5/yciO/yrdC domain protein  41.57 
 
 
197 aa  139  3e-32  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.940208  normal  0.0280741 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2091  SUA5/yciO/yrdC domain protein  42.22 
 
 
185 aa  139  3e-32  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.0858595  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0037  SUA5/yciO/yrdC domain-containing protein  42.7 
 
 
187 aa  137  7e-32  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0027  putative RNA-binding protein  42.46 
 
 
183 aa  137  8e-32  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.667549  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1935  hypothetical protein  40.86 
 
 
209 aa  137  9e-32  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3730  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  44.25 
 
 
185 aa  137  1e-31  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0238268  hitchhiker  0.00736647 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0040  translation factor SUA5  44.12 
 
 
188 aa  136  2e-31  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.123848  hitchhiker  4.48294e-06 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0032  translation factor SUA5  43.53 
 
 
188 aa  135  2e-31  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.86833  normal  0.0329561 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0034  translation factor SUA5  43.53 
 
 
188 aa  135  2e-31  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.12599  hitchhiker  0.00900731 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2462  SUA5/yciO/yrdC-like  39.3 
 
 
214 aa  135  3e-31  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal  0.303461 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2460  translation factor SUA5  42.69 
 
 
188 aa  135  3e-31  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2633  SUA5/yciO/yrdC-like protein  40.44 
 
 
190 aa  135  4e-31  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0106917  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0032  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  43.1 
 
 
188 aa  134  6e-31  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0029  SUA5/yciO/yrdC domain-containing protein  42.05 
 
 
188 aa  134  6e-31  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.480067  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0037  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  43.1 
 
 
188 aa  134  6e-31  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0036  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  43.1 
 
 
188 aa  134  6e-31  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  hitchhiker  7.7729e-08 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0029  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  43.27 
 
 
188 aa  134  7e-31  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.864856  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0029  SUA5/yciO/yrdC-like protein  43.35 
 
 
188 aa  134  9e-31  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00284591  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0037  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  42.35 
 
 
188 aa  133  1e-30  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_2134  hypothetical protein  39.41 
 
 
214 aa  134  1e-30  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  normal  0.437121 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0036  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  43.1 
 
 
188 aa  133  1e-30  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000121984 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0049  SUA5/YciO/YrdC-like protein  41.62 
 
 
190 aa  131  5e-30  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal  0.251569 
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0417  hypothetical protein  41.99 
 
 
198 aa  131  5e-30  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0072  ribosome maturation factor  36.7 
 
 
191 aa  129  4e-29  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0007  Sua5 family translation factor  37.43 
 
 
192 aa  127  7e-29  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0019  SUA5/yciO/yrdC-like  39.23 
 
 
186 aa  126  2e-28  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2262  Sua5/YciO/YrdC family protein  39.89 
 
 
186 aa  117  1e-25  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.682974  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1909  SUA5/yciO/yrdC domain  39.89 
 
 
186 aa  117  1e-25  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_2376  SUA5/yciO/yrdC domain-containing protein  32.05 
 
 
262 aa  111  8e-24  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0460  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  32 
 
 
198 aa  100  1e-20  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2862  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  32.79 
 
 
367 aa  99.8  2e-20  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  hitchhiker  5.66964e-06 
 
 
-
 
CP001800  Ssol_1722  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  33.97 
 
 
358 aa  97.8  8e-20  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3463  translation factor SUA5  38.41 
 
 
211 aa  96.7  2e-19  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.0993793  normal 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_4181  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  39.33 
 
 
343 aa  95.9  3e-19  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  8.33844e-08  normal 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0735  hypothetical protein  30.57 
 
 
325 aa  95.5  4e-19  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2395  translation factor SUA5  33.52 
 
 
352 aa  95.5  4e-19  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal  0.311309 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0607  Sua5/YciO/YrdC/YwlC  36.48 
 
 
364 aa  95.1  5e-19  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.97472  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_3166  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  34.81 
 
 
354 aa  94.4  9e-19  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.0126434  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2395  hypothetical protein  33.14 
 
 
318 aa  94  1e-18  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.0210108  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0075  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  34.62 
 
 
335 aa  93.6  1e-18  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.000138931  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0075  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  33.97 
 
 
335 aa  94.4  1e-18  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2757  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  36.93 
 
 
225 aa  94  1e-18  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_0281  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  32.05 
 
 
358 aa  93.2  2e-18  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  hitchhiker  0.000413141 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0231  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  35.37 
 
 
349 aa  93.2  2e-18  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.0434156  normal  0.320696 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>