More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Nwi_1366 on replicon NC_007406
Organism: Nitrobacter winogradskyi Nb-255



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007406  Nwi_1366  50S ribosomal protein L23  100 
 
 
98 aa  197  6e-50  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.263915  normal  0.542737 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1547  50S ribosomal protein L23  92.86 
 
 
98 aa  182  1.0000000000000001e-45  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3446  50S ribosomal protein L23  88.66 
 
 
99 aa  172  9.999999999999999e-43  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.947767  normal  0.59426 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5068  50S ribosomal protein L23  84.54 
 
 
99 aa  170  6.999999999999999e-42  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.509861  normal  0.304969 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3665  50S ribosomal protein L23  84.54 
 
 
99 aa  163  5.9999999999999996e-40  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2297  50S ribosomal protein L23  83.51 
 
 
99 aa  162  1.0000000000000001e-39  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.192968 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3182  50S ribosomal protein L23  83.51 
 
 
99 aa  162  1.0000000000000001e-39  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1910  50S ribosomal protein L23  78.57 
 
 
98 aa  151  4e-36  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  decreased coverage  0.000483337  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0351  50S ribosomal protein L23  76.53 
 
 
98 aa  149  8.999999999999999e-36  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.368334  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1681  50S ribosomal protein L23  77.32 
 
 
102 aa  149  1e-35  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0570438  hitchhiker  0.0000115816 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2738  ribosomal protein L25/L23  75 
 
 
96 aa  146  8e-35  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.217238  normal  0.259663 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1356  ribosomal protein L25/L23  76.84 
 
 
103 aa  145  2.0000000000000003e-34  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.385939  normal  0.0499735 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0578  Ribosomal protein L25/L23  71.43 
 
 
102 aa  144  3e-34  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2220  50S ribosomal protein L23  72.45 
 
 
98 aa  142  1e-33  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2125  50S ribosomal protein L23  71.43 
 
 
98 aa  136  7.999999999999999e-32  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.966187  normal  0.432558 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2442  50S ribosomal protein L23  70.41 
 
 
98 aa  136  7.999999999999999e-32  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.369477  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2164  50S ribosomal protein L23  70.41 
 
 
98 aa  136  7.999999999999999e-32  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.561642 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1676  50S ribosomal protein L23  71.58 
 
 
97 aa  135  1e-31  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.62104  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1958  50S ribosomal protein L23  70.53 
 
 
97 aa  134  3.0000000000000003e-31  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0171198  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1231  50S ribosomal protein L23  70.53 
 
 
97 aa  134  4e-31  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.244915  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1194  50S ribosomal protein L23  70.53 
 
 
97 aa  134  4e-31  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.79866  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1432  50S ribosomal protein L23  67.37 
 
 
97 aa  128  2.0000000000000002e-29  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.11483  normal  0.0319487 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1334  50S ribosomal protein L23  67.37 
 
 
97 aa  128  2.0000000000000002e-29  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.212671  normal  0.17449 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2816  50S ribosomal protein L23  68.04 
 
 
102 aa  128  3e-29  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.947427  normal  0.439693 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1842  50S ribosomal protein L23  65.26 
 
 
97 aa  127  5.0000000000000004e-29  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  hitchhiker  0.00948056  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0585  50S ribosomal protein L23  65.31 
 
 
98 aa  124  3e-28  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal  0.720688 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0248  50S ribosomal protein L23  66.33 
 
 
98 aa  124  3e-28  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.529844  normal  0.684158 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0668  50S ribosomal protein L23  65.22 
 
 
97 aa  124  5e-28  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  hitchhiker  0.00000000142276  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0700  50S ribosomal protein L23  65.22 
 
 
97 aa  124  5e-28  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000143862  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0761  50S ribosomal protein L23  62.24 
 
 
98 aa  124  6e-28  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0679128  normal  0.485655 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0278  50S ribosomal protein L23  66.33 
 
 
98 aa  123  8.000000000000001e-28  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0988  50S ribosomal protein L23  64.21 
 
 
97 aa  122  1e-27  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.137365  normal  0.02544 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1616  50S ribosomal protein L23  63.27 
 
 
98 aa  121  3e-27  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.129787 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1251  50S ribosomal protein L23  65.62 
 
 
100 aa  120  8e-27  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.781143  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2686  50S ribosomal protein L23  63.74 
 
 
104 aa  117  3.9999999999999996e-26  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0258195  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1718  50S ribosomal protein L23  70.41 
 
 
98 aa  115  1.9999999999999998e-25  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.0786377  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0363  50S ribosomal protein L23  70.41 
 
 
98 aa  115  1.9999999999999998e-25  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.674139  normal 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1793  50S ribosomal protein L23  61.22 
 
 
98 aa  112  2.0000000000000002e-24  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.346044  normal  0.0641385 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2532  50S ribosomal protein L23  69.39 
 
 
98 aa  110  9e-24  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.128178  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1944  50S ribosomal protein L23  64.84 
 
 
113 aa  110  9e-24  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2968  50S ribosomal protein L23  63.74 
 
 
111 aa  109  1.0000000000000001e-23  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.307651  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1351  50S ribosomal protein L23  58.33 
 
 
104 aa  109  1.0000000000000001e-23  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.144858 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00732  50S ribosomal protein L23  60.67 
 
 
100 aa  93.2  1e-18  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001740  LSU ribosomal protein L23p (L23Ae)  60.67 
 
 
100 aa  93.2  1e-18  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.000000423409  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2172  50S ribosomal protein L23  59.55 
 
 
100 aa  91.3  4e-18  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000000000267938  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3903  50S ribosomal protein L23  48.96 
 
 
101 aa  88.2  4e-17  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0460  50S ribosomal protein L23P  56.52 
 
 
99 aa  87.4  6e-17  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0962  50S ribosomal protein L23  56.32 
 
 
98 aa  86.3  1e-16  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.0000402083  hitchhiker  0.00000137402 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0201  50S ribosomal protein L23  57.3 
 
 
101 aa  85.5  2e-16  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00000698801  unclonable  0.0000000000184888 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0196  50S ribosomal protein L23  57.3 
 
 
101 aa  85.5  2e-16  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.000848979  decreased coverage  0.000284829 
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_5126  Ribosomal protein L25/L23  52.22 
 
 
96 aa  85.5  2e-16  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0322  50S ribosomal protein L23  56.18 
 
 
100 aa  85.1  3e-16  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  hitchhiker  0.00637694  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0201  50S ribosomal protein L23  57.3 
 
 
101 aa  84.7  3e-16  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.00000000118285  hitchhiker  0.00000000127878 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0233  50S ribosomal protein L23  57.3 
 
 
101 aa  84.7  4e-16  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0871  50S ribosomal protein L23  58.82 
 
 
100 aa  84.3  5e-16  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0198  50S ribosomal protein L23  57.3 
 
 
101 aa  84.3  5e-16  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000000795974  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3757  50S ribosomal protein L23  57.3 
 
 
101 aa  84.3  5e-16  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.0000000228479  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0172  50S ribosomal protein L23  57.3 
 
 
100 aa  84.3  5e-16  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.000000000243767  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0202  50S ribosomal protein L23  57.3 
 
 
101 aa  84.3  5e-16  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.000000251497  unclonable  0.00000770372 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4054  50S ribosomal protein L23  57.3 
 
 
101 aa  84.3  5e-16  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.000001282  unclonable  0.00000000000566696 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4168  50S ribosomal protein L23  57.3 
 
 
101 aa  84.3  5e-16  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00000000463544  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0297  ribosomal L23 protein  50.59 
 
 
98 aa  84  7e-16  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.000000230523  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2644  50S ribosomal protein L23  52.33 
 
 
96 aa  83.6  8e-16  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.302905  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4917  50S ribosomal protein L23  48.45 
 
 
98 aa  83.6  8e-16  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.0776922  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0955  ribosomal protein L25/L23  50.52 
 
 
101 aa  83.6  9e-16  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  hitchhiker  0.00000594054  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0325  Ribosomal protein L25/L23  48.28 
 
 
97 aa  82.8  0.000000000000001  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  unclonable  0.00000179883  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3022  50S ribosomal protein L23  48.28 
 
 
94 aa  82  0.000000000000002  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.395888  hitchhiker  0.00706162 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0186  50S ribosomal protein L23  55.06 
 
 
100 aa  82  0.000000000000002  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.000102577  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0564  Ribosomal protein L25/L23  49.43 
 
 
100 aa  82.4  0.000000000000002  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4319  Ribosomal protein L25/L23  48.94 
 
 
99 aa  82.4  0.000000000000002  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0589  Ribosomal protein L25/L23  55.06 
 
 
100 aa  81.6  0.000000000000003  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.185358  normal  0.768573 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0849  50S ribosomal protein L23P  48.91 
 
 
99 aa  81.6  0.000000000000003  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000828313  decreased coverage  0.0000112275 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03169  50S ribosomal protein L23  52.81 
 
 
100 aa  81.3  0.000000000000004  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.000759178  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0395  Ribosomal protein L25/L23  52.81 
 
 
100 aa  81.3  0.000000000000004  Escherichia coli DH1  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000000225919  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3749  50S ribosomal protein L23  52.81 
 
 
100 aa  81.3  0.000000000000004  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.0000048697  hitchhiker  0.00429034 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4542  50S ribosomal protein L23  52.81 
 
 
100 aa  81.6  0.000000000000004  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00000000172317  hitchhiker  0.00176531 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0395  50S ribosomal protein L23  52.81 
 
 
100 aa  81.3  0.000000000000004  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.0000080861  hitchhiker  0.00030352 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1183  50S ribosomal protein L23  48.39 
 
 
94 aa  81.6  0.000000000000004  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03120  hypothetical protein  52.81 
 
 
100 aa  81.3  0.000000000000004  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.000565358  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3703  50S ribosomal protein L23  52.81 
 
 
100 aa  81.3  0.000000000000004  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.00000000225733  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3999  50S ribosomal protein L23  53.93 
 
 
100 aa  81.3  0.000000000000004  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  0.0000101961  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3613  50S ribosomal protein L23  52.81 
 
 
100 aa  81.3  0.000000000000004  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.00000847098  hitchhiker  0.00309782 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3801  50S ribosomal protein L23  52.81 
 
 
100 aa  81.3  0.000000000000004  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.000000749996  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4641  50S ribosomal protein L23  52.81 
 
 
100 aa  81.3  0.000000000000004  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0287124  normal  0.0460173 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3820  50S ribosomal protein L23  53.93 
 
 
100 aa  81.3  0.000000000000004  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  unclonable  0.0000460172  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3512  50S ribosomal protein L23  52.81 
 
 
100 aa  81.3  0.000000000000004  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.000000000392959  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3522  ribosomal protein L25/L23  52.13 
 
 
99 aa  81.3  0.000000000000004  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  hitchhiker  0.00000457129  hitchhiker  0.00000622944 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1522  Ribosomal protein L25/L23  50.55 
 
 
94 aa  80.9  0.000000000000005  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.800617  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3634  50S ribosomal protein L23  52.81 
 
 
100 aa  81.3  0.000000000000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  hitchhiker  0.00980054  normal  0.223242 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3336  50S ribosomal protein L23  50 
 
 
101 aa  80.9  0.000000000000005  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  decreased coverage  0.000000112822  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3634  50S ribosomal protein L23  52.81 
 
 
100 aa  81.3  0.000000000000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.0000000793915  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3742  50S ribosomal protein L23  52.81 
 
 
100 aa  81.3  0.000000000000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.344368  normal  0.0150111 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3805  50S ribosomal protein L23  52.81 
 
 
100 aa  81.3  0.000000000000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  hitchhiker  0.000686351  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3707  50S ribosomal protein L23  52.81 
 
 
100 aa  81.3  0.000000000000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  hitchhiker  0.000802937  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0285  50S ribosomal protein L23  50.56 
 
 
100 aa  80.9  0.000000000000006  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.000000248684  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0586  50S ribosomal protein L23  50.56 
 
 
100 aa  80.9  0.000000000000006  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.00000000108369  normal  0.186609 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0215  50S ribosomal protein L23  56.47 
 
 
100 aa  80.9  0.000000000000006  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.000000957762  unclonable  0.00000693674 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3913  50S ribosomal protein L23  50.56 
 
 
100 aa  80.9  0.000000000000006  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  unclonable  1.78804e-19  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0150  50S ribosomal protein L23  55.06 
 
 
100 aa  80.5  0.000000000000007  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.00000000125205  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0721  50S ribosomal protein L23  50.57 
 
 
97 aa  80.1  0.000000000000008  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  hitchhiker  0.0000131875  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>