More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Jden_1909 on replicon NC_013174
Organism: Jonesia denitrificans DSM 20603



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013174  Jden_1909  periplasmic binding protein  100 
 
 
335 aa  669    Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_30480  ABC-type Fe3+-hydroxamate transport system, periplasmic component  41.27 
 
 
332 aa  223  4.9999999999999996e-57  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.178307  normal 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2294  periplasmic binding protein  39.49 
 
 
330 aa  197  2.0000000000000003e-49  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3006  periplasmic binding protein  36.98 
 
 
323 aa  193  3e-48  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000872472 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3867  periplasmic binding protein  34.94 
 
 
316 aa  184  3e-45  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.129858  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0297  periplasmic binding protein  35.46 
 
 
323 aa  182  7e-45  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2464  periplasmic binding protein  33.43 
 
 
351 aa  173  3.9999999999999995e-42  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4356  periplasmic binding protein  30.89 
 
 
324 aa  157  3e-37  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.200584  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0599  iron compound ABC transporter, iron compound-binding protein  29.97 
 
 
324 aa  155  6e-37  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.717603  normal 
 
 
-
 
NC_005945  BAS4424  iron compound ABC transporter iron compound-binding protein  29.97 
 
 
324 aa  155  9e-37  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  unclonable  0.000000000518711  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4641  iron compound ABC transporter, iron compound-binding protein  29.97 
 
 
324 aa  155  9e-37  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4766  iron compound ABC transporter iron compound-binding protein  29.97 
 
 
324 aa  155  9e-37  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.00286539  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4636  iron compound ABC transporter, iron compound-binding protein  29.97 
 
 
324 aa  155  1e-36  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.471711  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4264  iron compound ABC transporter, iron compound-binding protein  29.66 
 
 
324 aa  154  2.9999999999999998e-36  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_3055  periplasmic binding protein  35.71 
 
 
340 aa  152  5.9999999999999996e-36  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1739  periplasmic binding protein  32.65 
 
 
352 aa  145  1e-33  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1738  periplasmic binding protein  32.32 
 
 
363 aa  143  5e-33  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.028401  n/a   
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2754  periplasmic binding protein  33.33 
 
 
312 aa  140  3e-32  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2189  periplasmic binding protein  32.97 
 
 
309 aa  132  6.999999999999999e-30  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2829  twin-arginine translocation pathway signal  31.5 
 
 
300 aa  132  1.0000000000000001e-29  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.582079  normal  0.501847 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2421  periplasmic binding protein  30.74 
 
 
309 aa  130  4.0000000000000003e-29  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0151  ferrichrome-binding periplasmic protein  30.86 
 
 
296 aa  127  3e-28  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0229  iron-hydroxamate transporter substrate-binding subunit  31.34 
 
 
296 aa  124  2e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0210  iron-hydroxamate transporter substrate-binding subunit  30.97 
 
 
296 aa  124  3e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0211  iron-hydroxamate transporter substrate-binding subunit  30.97 
 
 
296 aa  123  4e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.687941  normal  0.911967 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0226  iron-hydroxamate transporter substrate-binding subunit  30.97 
 
 
296 aa  123  5e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0222  iron-hydroxamate transporter substrate-binding subunit  30.97 
 
 
296 aa  123  5e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0144  iron-hydroxamate transporter substrate-binding subunit  29.1 
 
 
296 aa  122  9e-27  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3450  periplasmic binding protein  29.1 
 
 
296 aa  121  1.9999999999999998e-26  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0202781  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3507  iron-hydroxamate transporter substrate-binding subunit  29.1 
 
 
296 aa  121  1.9999999999999998e-26  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  decreased coverage  0.000000933155  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0156  iron-hydroxamate transporter substrate-binding subunit  29.1 
 
 
296 aa  121  1.9999999999999998e-26  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00151  iron-hydroxamate transporter subunit  29.1 
 
 
296 aa  120  3e-26  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  decreased coverage  0.00000912024  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00150  hypothetical protein  29.1 
 
 
296 aa  120  3e-26  Escherichia coli BL21  Bacteria  decreased coverage  0.00000817605  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0162  iron-hydroxamate transporter substrate-binding subunit  29.1 
 
 
296 aa  120  3e-26  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0157  iron-hydroxamate transporter substrate-binding subunit  29.1 
 
 
296 aa  120  3.9999999999999996e-26  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0164  iron-hydroxamate transporter substrate-binding subunit  28.73 
 
 
296 aa  119  6e-26  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3977  iron-hydroxamate transporter substrate-binding subunit  30.04 
 
 
302 aa  113  4.0000000000000004e-24  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2813  iron-hydroxamate transporter substrate-binding subunit  31.64 
 
 
301 aa  113  5e-24  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.137068  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1050  periplasmic binding protein  31.85 
 
 
308 aa  112  9e-24  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.637791  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2582  iron(III) ABC transporter, periplasmic iron-compound-binding protein  28.72 
 
 
319 aa  109  9.000000000000001e-23  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00742029  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06298  ABC-type Fe3+-hydroxamate transport system periplasmic component  29.47 
 
 
317 aa  108  1e-22  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4041  periplasmic binding protein  31.02 
 
 
341 aa  108  1e-22  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_50340  iron(III)-siderophore-binding periplasmic protein  30.26 
 
 
292 aa  108  2e-22  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.318256  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0692  iron-hydroxamate transporter substrate-binding subunit  30.42 
 
 
290 aa  107  3e-22  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.40073  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3461  iron-hydroxamate transporter substrate-binding subunit  31.15 
 
 
350 aa  106  6e-22  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3332  iron-hydroxamate transporter substrate-binding subunit  31.27 
 
 
303 aa  106  7e-22  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0997  iron-hydroxamate transporter substrate-binding subunit  31.27 
 
 
303 aa  105  7e-22  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001282  ferrichrome-binding periplasmic protein precursor  29.63 
 
 
309 aa  104  3e-21  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.0287347  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1158  periplasmic binding protein  29.56 
 
 
341 aa  104  3e-21  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.360135  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1638  periplasmic binding protein  29.56 
 
 
341 aa  104  3e-21  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.120815  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1600  periplasmic binding protein  31.12 
 
 
344 aa  103  4e-21  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00243459 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1535  periplasmic binding protein  29.43 
 
 
345 aa  102  7e-21  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.118681  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3108  iron-hydroxamate transporter substrate-binding subunit  29.47 
 
 
308 aa  102  8e-21  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_2208  periplasmic binding protein  28.79 
 
 
327 aa  101  2e-20  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.970371  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_2246  periplasmic binding protein  28.79 
 
 
327 aa  101  2e-20  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.13483  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1556  periplasmic binding protein  29.43 
 
 
345 aa  100  3e-20  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.243327  normal  0.668658 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4069  periplasmic binding protein  31.72 
 
 
342 aa  99  1e-19  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.423894 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3767  periplasmic binding protein  30.8 
 
 
296 aa  93.6  5e-18  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.0570173 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0523  ABC Fe3+-hydroxamate transporter, periplasmic ligand binding protein  30.26 
 
 
276 aa  92.8  7e-18  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1613  periplasmic binding protein  29.93 
 
 
341 aa  91.3  2e-17  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.109769  normal  0.0743729 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4784  ABC Fe3+-siderophore transporter, periplasmic ligand binding protein  30.14 
 
 
345 aa  91.3  2e-17  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.119601  normal  0.931379 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1170  iron-hydroxamate transporter substrate-binding subunit  28.17 
 
 
308 aa  90.1  4e-17  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1628  iron compound ABC transporter, periplasmic iron-compound-binding protein  29.9 
 
 
398 aa  89.7  6e-17  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.400123  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0291  iron compound ABC transporter, periplasmic iron-compound-binding protein  29.9 
 
 
398 aa  89.7  6e-17  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0133819  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1937  iron compound ABC transporter, periplasmic iron-compound-binding protein  30.24 
 
 
398 aa  89.7  6e-17  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.189462  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0870  iron compound ABC transporter, periplasmic iron-compound-binding protein  29.9 
 
 
398 aa  89.7  6e-17  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.322201  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1185  iron compound ABC transporter, periplasmic iron-compound-binding protein  29.9 
 
 
342 aa  89.4  7e-17  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.145194  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2083  iron compound ABC transporter, periplasmic iron-compound-binding protein  30.24 
 
 
429 aa  89.7  7e-17  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.108843  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1923  ABC-type Fe3+-hydroxamate transport system, periplasmic component  30 
 
 
398 aa  87.8  2e-16  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.1683  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1009  periplasmic binding protein  27.4 
 
 
295 aa  87.4  3e-16  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2421  iron compound ABC transporter, periplasmic iron-compound-binding protein  30.58 
 
 
419 aa  87  4e-16  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.231407  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2283  substrate-binding family protein, putative  24.85 
 
 
321 aa  86.7  5e-16  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.00918063  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2038  iron(III) dicitrate-binding protein  25.15 
 
 
320 aa  86.7  6e-16  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  decreased coverage  0.000000000324878  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2865  periplasmic binding protein  23.44 
 
 
303 aa  86.7  6e-16  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  hitchhiker  0.00082186  normal  0.0250097 
 
 
-
 
NC_005945  BAS2099  substrate-binding family protein  24.85 
 
 
320 aa  84.7  0.000000000000002  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  unclonable  0.000000000270129  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2280  putative iron compound-binding protein  24.85 
 
 
320 aa  84.7  0.000000000000002  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.1737099999999999e-45 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2255  substrate-binding family protein  24.85 
 
 
320 aa  84.7  0.000000000000002  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.00818777  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2782  periplasmic binding protein  29.6 
 
 
301 aa  85.1  0.000000000000002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.179972 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2365  putative iron compound-binding protein  24.62 
 
 
320 aa  83.6  0.000000000000004  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00267184  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2078  periplasmic binding protein  24.09 
 
 
320 aa  82  0.00000000000001  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0923581  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP1777  iron compound ABC transporter, iron compound-binding protein  27.88 
 
 
331 aa  81.6  0.00000000000002  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2036  iron(III) dicitrate-binding protein  24.55 
 
 
320 aa  81.6  0.00000000000002  Bacillus cereus E33L  Bacteria  decreased coverage  0.0000000010516  n/a   
 
 
-
 
NC_011738  PCC7424_5759  periplasmic binding protein  25.08 
 
 
331 aa  81.3  0.00000000000002  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3087  putative iron compound-binding protein  24.39 
 
 
320 aa  81.3  0.00000000000002  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.32473  hitchhiker  9.18537e-17 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1784  hypothetical protein  27.84 
 
 
309 aa  80.9  0.00000000000003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.933909 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1305  periplasmic binding protein  27.72 
 
 
323 aa  80.5  0.00000000000004  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2011  periplasmic binding protein  26.83 
 
 
662 aa  80.1  0.00000000000005  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  hitchhiker  0.00756421  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1097  periplasmic binding protein  26.73 
 
 
319 aa  79.7  0.00000000000006  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  hitchhiker  0.00000153945  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1119  periplasmic binding protein  26.73 
 
 
319 aa  79.7  0.00000000000006  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  unclonable  0.000000565066  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0581  iron compound ABC transporter iron compound-binding protein  26.1 
 
 
321 aa  79.7  0.00000000000007  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.0000000673134  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0615  iron compound ABC transporter iron compound-binding protein  26.1 
 
 
321 aa  79.7  0.00000000000007  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.0000000282355  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1987  periplasmic binding protein  24.84 
 
 
324 aa  78.2  0.0000000000002  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.0000000125239  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0652  iron compound ABC transporter, iron compound-binding protein  26.65 
 
 
322 aa  77  0.0000000000004  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.000476646  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4685  iron compound ABC transporter, iron compound-binding protein  26.02 
 
 
322 aa  75.1  0.000000000002  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.0132289  hitchhiker  2.7045999999999996e-21 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2491  periplasmic binding protein  30.8 
 
 
316 aa  74.3  0.000000000002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.655345 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2264  periplasmic binding protein  25 
 
 
324 aa  75.1  0.000000000002  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4510  periplasmic binding protein  25.98 
 
 
317 aa  74.3  0.000000000002  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal  0.145248 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0525  iron(III) dicitrate ABC transporter, periplasmic protein  25.57 
 
 
321 aa  74.3  0.000000000003  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.0000000268482  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0667  iron-dicitrate transporter substrate-binding subunit  31.56 
 
 
306 aa  74.3  0.000000000003  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.968152 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2237  putative iron compound-binding protein  23.79 
 
 
305 aa  74.3  0.000000000003  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.0793747  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>