294 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pmen_2865 on replicon NC_009439
Organism: Pseudomonas mendocina ymp



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009439  Pmen_2865  periplasmic binding protein  100 
 
 
303 aa  602  1.0000000000000001e-171  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  hitchhiker  0.00082186  normal  0.0250097 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1535  periplasmic binding protein  31.71 
 
 
345 aa  127  2.0000000000000002e-28  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.118681  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1556  periplasmic binding protein  31.01 
 
 
345 aa  124  2e-27  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.243327  normal  0.668658 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1158  periplasmic binding protein  31.71 
 
 
341 aa  124  2e-27  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.360135  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1638  periplasmic binding protein  31.71 
 
 
341 aa  124  2e-27  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.120815  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1613  periplasmic binding protein  30.53 
 
 
341 aa  123  4e-27  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.109769  normal  0.0743729 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4784  ABC Fe3+-siderophore transporter, periplasmic ligand binding protein  30.53 
 
 
345 aa  122  9.999999999999999e-27  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.119601  normal  0.931379 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4069  periplasmic binding protein  30.21 
 
 
342 aa  116  3.9999999999999997e-25  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.423894 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1600  periplasmic binding protein  31.01 
 
 
344 aa  116  5e-25  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00243459 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0599  iron compound ABC transporter, iron compound-binding protein  25 
 
 
324 aa  115  6.9999999999999995e-25  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.717603  normal 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4264  iron compound ABC transporter, iron compound-binding protein  25 
 
 
324 aa  115  8.999999999999998e-25  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4641  iron compound ABC transporter, iron compound-binding protein  25 
 
 
324 aa  115  1.0000000000000001e-24  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_005945  BAS4424  iron compound ABC transporter iron compound-binding protein  25 
 
 
324 aa  115  1.0000000000000001e-24  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  unclonable  0.000000000518711  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4636  iron compound ABC transporter, iron compound-binding protein  25 
 
 
324 aa  115  1.0000000000000001e-24  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.471711  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4766  iron compound ABC transporter iron compound-binding protein  25 
 
 
324 aa  115  1.0000000000000001e-24  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.00286539  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4356  periplasmic binding protein  23.9 
 
 
324 aa  112  9e-24  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.200584  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4041  periplasmic binding protein  28.57 
 
 
341 aa  110  3e-23  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006348  BMA1185  iron compound ABC transporter, periplasmic iron-compound-binding protein  30.94 
 
 
342 aa  105  1e-21  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.145194  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1628  iron compound ABC transporter, periplasmic iron-compound-binding protein  30.94 
 
 
398 aa  105  1e-21  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.400123  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0291  iron compound ABC transporter, periplasmic iron-compound-binding protein  30.94 
 
 
398 aa  105  1e-21  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0133819  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0870  iron compound ABC transporter, periplasmic iron-compound-binding protein  30.94 
 
 
398 aa  105  1e-21  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.322201  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2083  iron compound ABC transporter, periplasmic iron-compound-binding protein  30.94 
 
 
429 aa  104  2e-21  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.108843  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1923  ABC-type Fe3+-hydroxamate transport system, periplasmic component  30.94 
 
 
398 aa  104  2e-21  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.1683  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1937  iron compound ABC transporter, periplasmic iron-compound-binding protein  30.94 
 
 
398 aa  104  2e-21  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.189462  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2421  iron compound ABC transporter, periplasmic iron-compound-binding protein  30.94 
 
 
419 aa  101  1e-20  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.231407  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0523  ABC Fe3+-hydroxamate transporter, periplasmic ligand binding protein  28.46 
 
 
276 aa  102  1e-20  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2829  twin-arginine translocation pathway signal  25.83 
 
 
300 aa  99.4  7e-20  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.582079  normal  0.501847 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1739  periplasmic binding protein  25.09 
 
 
352 aa  98.2  2e-19  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1738  periplasmic binding protein  23.81 
 
 
363 aa  97.4  3e-19  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.028401  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2421  periplasmic binding protein  27.54 
 
 
309 aa  94.4  2e-18  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3006  periplasmic binding protein  27.31 
 
 
323 aa  92  1e-17  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000872472 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1909  periplasmic binding protein  23.44 
 
 
335 aa  86.7  5e-16  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2754  periplasmic binding protein  25.66 
 
 
312 aa  85.9  8e-16  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0151  ferrichrome-binding periplasmic protein  28.14 
 
 
296 aa  85.5  0.000000000000001  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2189  periplasmic binding protein  30.31 
 
 
309 aa  84.3  0.000000000000002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3580  ABC transporter substrate binding protein (ferrichrome)  30.2 
 
 
277 aa  80.5  0.00000000000003  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1119  periplasmic binding protein  23.31 
 
 
319 aa  80.1  0.00000000000004  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  unclonable  0.000000565066  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1097  periplasmic binding protein  23.31 
 
 
319 aa  80.1  0.00000000000004  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  hitchhiker  0.00000153945  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0297  periplasmic binding protein  23.72 
 
 
323 aa  78.6  0.0000000000001  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1043  periplasmic binding protein  27.46 
 
 
340 aa  77.4  0.0000000000003  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4780  periplasmic binding protein  26.62 
 
 
305 aa  77  0.0000000000004  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0667  iron-dicitrate transporter substrate-binding subunit  27.49 
 
 
306 aa  76.6  0.0000000000005  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.968152 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0692  iron-hydroxamate transporter substrate-binding subunit  25.81 
 
 
290 aa  76.6  0.0000000000005  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.40073  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1784  hypothetical protein  27.86 
 
 
309 aa  75.9  0.0000000000007  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.933909 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2813  iron-hydroxamate transporter substrate-binding subunit  26.09 
 
 
301 aa  75.1  0.000000000001  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.137068  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2416  periplasmic binding protein  29.21 
 
 
311 aa  74.7  0.000000000002  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002976  SERP1777  iron compound ABC transporter, iron compound-binding protein  23.33 
 
 
331 aa  73.9  0.000000000003  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_50340  iron(III)-siderophore-binding periplasmic protein  30.94 
 
 
292 aa  73.9  0.000000000003  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.318256  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3867  periplasmic binding protein  22.76 
 
 
316 aa  73.6  0.000000000004  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.129858  normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2409  periplasmic binding protein  29.41 
 
 
333 aa  73.6  0.000000000004  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.0140485  normal 
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2757  periplasmic binding protein  29.2 
 
 
309 aa  73.2  0.000000000006  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1050  periplasmic binding protein  25.99 
 
 
308 aa  72.4  0.000000000008  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.637791  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02106  hypothetical protein  26.24 
 
 
327 aa  72  0.00000000001  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001282  ferrichrome-binding periplasmic protein precursor  25.54 
 
 
309 aa  72  0.00000000001  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.0287347  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0763  iron(III) dicitrate transport system, periplasmic iron-binding protein FecB  27.52 
 
 
306 aa  71.6  0.00000000002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001069  iron(III) dicitrate transport system iron-binding protein fecB  35.92 
 
 
307 aa  71.2  0.00000000002  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3332  iron-hydroxamate transporter substrate-binding subunit  25.6 
 
 
303 aa  70.5  0.00000000003  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3461  iron-hydroxamate transporter substrate-binding subunit  25.6 
 
 
350 aa  70.9  0.00000000003  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0997  iron-hydroxamate transporter substrate-binding subunit  25.6 
 
 
303 aa  70.5  0.00000000003  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0102  periplasmic binding protein  29.17 
 
 
330 aa  70.1  0.00000000004  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  unclonable  0.00000014163  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0106  periplasmic binding protein  29.17 
 
 
330 aa  70.1  0.00000000004  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  hitchhiker  0.0000100605  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1987  periplasmic binding protein  38.71 
 
 
324 aa  69.7  0.00000000005  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.0000000125239  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0222  iron-hydroxamate transporter substrate-binding subunit  25.68 
 
 
296 aa  69.3  0.00000000008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0226  iron-hydroxamate transporter substrate-binding subunit  25.39 
 
 
296 aa  69.3  0.00000000008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0210  iron-hydroxamate transporter substrate-binding subunit  25.39 
 
 
296 aa  68.9  0.00000000009  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0211  iron-hydroxamate transporter substrate-binding subunit  25.39 
 
 
296 aa  68.9  0.00000000009  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.687941  normal  0.911967 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0550  periplasmic binding protein  25.23 
 
 
313 aa  68.9  0.0000000001  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3977  iron-hydroxamate transporter substrate-binding subunit  23.6 
 
 
302 aa  68.6  0.0000000001  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0778  lipoprotein  28.67 
 
 
316 aa  68.9  0.0000000001  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.662712  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3767  periplasmic binding protein  29.93 
 
 
296 aa  68.6  0.0000000001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.0570173 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2591  ferric siderophore ABC transporter, periplasmic siderophore-binding protein  27.37 
 
 
340 aa  68.2  0.0000000002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.619611  normal  0.118224 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0229  iron-hydroxamate transporter substrate-binding subunit  25.29 
 
 
296 aa  68.2  0.0000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6475  periplasmic binding protein  28.32 
 
 
292 aa  67  0.0000000004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.99145  normal 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2264  periplasmic binding protein  37.63 
 
 
324 aa  66.6  0.0000000004  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0157  iron-hydroxamate transporter substrate-binding subunit  23.22 
 
 
296 aa  66.6  0.0000000004  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2582  iron(III) ABC transporter, periplasmic iron-compound-binding protein  25.17 
 
 
319 aa  67  0.0000000004  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00742029  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2464  periplasmic binding protein  24.48 
 
 
351 aa  65.9  0.0000000007  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0525  iron(III) dicitrate ABC transporter, periplasmic protein  23.95 
 
 
321 aa  65.5  0.0000000009  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.0000000268482  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2424  periplasmic binding protein  33.92 
 
 
318 aa  65.1  0.000000001  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0463  periplasmic binding protein  37 
 
 
308 aa  65.5  0.000000001  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_005945  BAS0581  iron compound ABC transporter iron compound-binding protein  23.95 
 
 
321 aa  65.5  0.000000001  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.0000000673134  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0144  iron-hydroxamate transporter substrate-binding subunit  22.85 
 
 
296 aa  65.1  0.000000001  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0615  iron compound ABC transporter iron compound-binding protein  23.95 
 
 
321 aa  65.5  0.000000001  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.0000000282355  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2011  periplasmic binding protein  25 
 
 
662 aa  65.1  0.000000001  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  hitchhiker  0.00756421  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0413  periplasmic binding protein  24.25 
 
 
319 aa  65.5  0.000000001  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0529  periplasmic binding protein  23.95 
 
 
322 aa  65.5  0.000000001  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.00029355  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1523  periplasmic binding protein  25.09 
 
 
313 aa  64.7  0.000000002  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3450  periplasmic binding protein  22.85 
 
 
296 aa  64.7  0.000000002  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0202781  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1626  periplasmic binding protein  28.18 
 
 
322 aa  64.7  0.000000002  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3507  iron-hydroxamate transporter substrate-binding subunit  22.85 
 
 
296 aa  64.7  0.000000002  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  decreased coverage  0.000000933155  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0162  iron-hydroxamate transporter substrate-binding subunit  23.22 
 
 
296 aa  64.7  0.000000002  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_3055  periplasmic binding protein  28.78 
 
 
340 aa  64.7  0.000000002  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0743  iron compound ABC transporter, iron compound-binding protein  23.57 
 
 
321 aa  65.1  0.000000002  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.000000897265  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2122  periplasmic binding protein  26.32 
 
 
298 aa  64.7  0.000000002  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.10692  normal  0.278949 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0156  iron-hydroxamate transporter substrate-binding subunit  22.85 
 
 
296 aa  64.3  0.000000002  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2782  periplasmic binding protein  29.5 
 
 
301 aa  65.1  0.000000002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.179972 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3666  periplasmic binding protein  24.62 
 
 
333 aa  64.7  0.000000002  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.500239  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2440  periplasmic binding protein  25.78 
 
 
348 aa  63.9  0.000000003  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000012115 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00150  hypothetical protein  22.47 
 
 
296 aa  63.9  0.000000003  Escherichia coli BL21  Bacteria  decreased coverage  0.00000817605  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2777  periplasmic binding protein  24.82 
 
 
290 aa  63.9  0.000000003  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>