143 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pmen_3767 on replicon NC_009439
Organism: Pseudomonas mendocina ymp



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009439  Pmen_3767  periplasmic binding protein  100 
 
 
296 aa  581  1.0000000000000001e-165  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.0570173 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06298  ABC-type Fe3+-hydroxamate transport system periplasmic component  42.91 
 
 
317 aa  224  2e-57  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001282  ferrichrome-binding periplasmic protein precursor  39.11 
 
 
309 aa  201  9.999999999999999e-51  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.0287347  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2582  iron(III) ABC transporter, periplasmic iron-compound-binding protein  38.49 
 
 
319 aa  192  7e-48  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00742029  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1050  periplasmic binding protein  33.7 
 
 
308 aa  139  7.999999999999999e-32  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.637791  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3108  iron-hydroxamate transporter substrate-binding subunit  33.85 
 
 
308 aa  135  8e-31  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2189  periplasmic binding protein  33.08 
 
 
309 aa  133  3.9999999999999996e-30  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1170  iron-hydroxamate transporter substrate-binding subunit  35.77 
 
 
308 aa  132  6.999999999999999e-30  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_50340  iron(III)-siderophore-binding periplasmic protein  35.74 
 
 
292 aa  129  6e-29  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.318256  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0210  iron-hydroxamate transporter substrate-binding subunit  34.23 
 
 
296 aa  128  1.0000000000000001e-28  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0211  iron-hydroxamate transporter substrate-binding subunit  34.23 
 
 
296 aa  127  2.0000000000000002e-28  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.687941  normal  0.911967 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0226  iron-hydroxamate transporter substrate-binding subunit  34.23 
 
 
296 aa  127  2.0000000000000002e-28  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0222  iron-hydroxamate transporter substrate-binding subunit  34.23 
 
 
296 aa  127  2.0000000000000002e-28  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0151  ferrichrome-binding periplasmic protein  31.14 
 
 
296 aa  127  2.0000000000000002e-28  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0692  iron-hydroxamate transporter substrate-binding subunit  33.82 
 
 
290 aa  127  3e-28  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.40073  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0229  iron-hydroxamate transporter substrate-binding subunit  33.85 
 
 
296 aa  126  4.0000000000000003e-28  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0144  iron-hydroxamate transporter substrate-binding subunit  34.23 
 
 
296 aa  126  5e-28  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00151  iron-hydroxamate transporter subunit  34.23 
 
 
296 aa  125  6e-28  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  decreased coverage  0.00000912024  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00150  hypothetical protein  34.23 
 
 
296 aa  125  6e-28  Escherichia coli BL21  Bacteria  decreased coverage  0.00000817605  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3450  periplasmic binding protein  34.23 
 
 
296 aa  125  7e-28  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0202781  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0157  iron-hydroxamate transporter substrate-binding subunit  33.85 
 
 
296 aa  125  7e-28  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3507  iron-hydroxamate transporter substrate-binding subunit  34.23 
 
 
296 aa  125  7e-28  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  decreased coverage  0.000000933155  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0156  iron-hydroxamate transporter substrate-binding subunit  34.23 
 
 
296 aa  125  8.000000000000001e-28  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0164  iron-hydroxamate transporter substrate-binding subunit  34.23 
 
 
296 aa  125  1e-27  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0162  iron-hydroxamate transporter substrate-binding subunit  34.23 
 
 
296 aa  124  1e-27  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3977  iron-hydroxamate transporter substrate-binding subunit  32.82 
 
 
302 aa  122  6e-27  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2782  periplasmic binding protein  34.23 
 
 
301 aa  122  9e-27  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.179972 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2813  iron-hydroxamate transporter substrate-binding subunit  33.68 
 
 
301 aa  119  7e-26  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.137068  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3332  iron-hydroxamate transporter substrate-binding subunit  34.08 
 
 
303 aa  116  3.9999999999999997e-25  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0997  iron-hydroxamate transporter substrate-binding subunit  34.08 
 
 
303 aa  116  3.9999999999999997e-25  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3461  iron-hydroxamate transporter substrate-binding subunit  34.08 
 
 
350 aa  116  3.9999999999999997e-25  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2829  twin-arginine translocation pathway signal  30.11 
 
 
300 aa  114  2.0000000000000002e-24  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.582079  normal  0.501847 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4802  periplasmic binding protein  30.77 
 
 
277 aa  104  2e-21  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2754  periplasmic binding protein  31.73 
 
 
312 aa  101  1e-20  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0599  iron compound ABC transporter, iron compound-binding protein  26.77 
 
 
324 aa  101  1e-20  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.717603  normal 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4641  iron compound ABC transporter, iron compound-binding protein  26.77 
 
 
324 aa  101  2e-20  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_005945  BAS4424  iron compound ABC transporter iron compound-binding protein  26.77 
 
 
324 aa  101  2e-20  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  unclonable  0.000000000518711  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4264  iron compound ABC transporter, iron compound-binding protein  26.77 
 
 
324 aa  101  2e-20  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4766  iron compound ABC transporter iron compound-binding protein  26.77 
 
 
324 aa  101  2e-20  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.00286539  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4636  iron compound ABC transporter, iron compound-binding protein  26.77 
 
 
324 aa  100  2e-20  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.471711  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3580  ABC transporter substrate binding protein (ferrichrome)  30.77 
 
 
277 aa  99.8  5e-20  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4356  periplasmic binding protein  26.39 
 
 
324 aa  99.4  7e-20  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.200584  n/a   
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6475  periplasmic binding protein  28.73 
 
 
292 aa  97.8  2e-19  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.99145  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1009  periplasmic binding protein  26.19 
 
 
295 aa  97.8  2e-19  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1305  periplasmic binding protein  29.64 
 
 
323 aa  96.3  6e-19  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0297  periplasmic binding protein  28.52 
 
 
323 aa  95.9  8e-19  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003569  ferrichrome-binding periplasmic protein precursor  27.09 
 
 
259 aa  94.4  2e-18  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1909  periplasmic binding protein  29.93 
 
 
335 aa  92.4  8e-18  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2464  periplasmic binding protein  29.27 
 
 
351 aa  86.3  5e-16  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_0754  FecB protein  22.81 
 
 
274 aa  86.7  5e-16  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  0.036257  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1739  periplasmic binding protein  29.93 
 
 
352 aa  85.1  0.000000000000001  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3867  periplasmic binding protein  24.91 
 
 
316 aa  80.9  0.00000000000002  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.129858  normal 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2421  periplasmic binding protein  27.11 
 
 
309 aa  80.9  0.00000000000002  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3006  periplasmic binding protein  25.69 
 
 
323 aa  80.9  0.00000000000002  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000872472 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1158  periplasmic binding protein  29.45 
 
 
341 aa  78.6  0.0000000000001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.360135  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1535  periplasmic binding protein  29.45 
 
 
345 aa  78.6  0.0000000000001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.118681  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1638  periplasmic binding protein  29.45 
 
 
341 aa  78.6  0.0000000000001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.120815  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_30480  ABC-type Fe3+-hydroxamate transport system, periplasmic component  29.56 
 
 
332 aa  79  0.0000000000001  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.178307  normal 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1097  periplasmic binding protein  29.83 
 
 
319 aa  77.4  0.0000000000003  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  hitchhiker  0.00000153945  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1119  periplasmic binding protein  29.83 
 
 
319 aa  77.4  0.0000000000003  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  unclonable  0.000000565066  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1556  periplasmic binding protein  29.45 
 
 
345 aa  77  0.0000000000003  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.243327  normal  0.668658 
 
 
-
 
NC_009040  Rsph17029_4122  periplasmic binding protein  30.93 
 
 
287 aa  76.3  0.0000000000007  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009008  RSP_4272  ABC cobalamin/Fe3+-siderophore transporter, periplasmic ligand binding protein  31.06 
 
 
287 aa  75.9  0.0000000000008  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.0321448  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1738  periplasmic binding protein  27.86 
 
 
363 aa  75.5  0.0000000000009  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.028401  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1613  periplasmic binding protein  29.82 
 
 
341 aa  70.9  0.00000000003  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.109769  normal  0.0743729 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4041  periplasmic binding protein  29.82 
 
 
341 aa  70.5  0.00000000003  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2865  periplasmic binding protein  29.19 
 
 
303 aa  69.7  0.00000000006  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  hitchhiker  0.00082186  normal  0.0250097 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1600  periplasmic binding protein  29.71 
 
 
344 aa  69.3  0.00000000006  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00243459 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4784  ABC Fe3+-siderophore transporter, periplasmic ligand binding protein  29.09 
 
 
345 aa  69.3  0.00000000007  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.119601  normal  0.931379 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_3055  periplasmic binding protein  27.24 
 
 
340 aa  68.6  0.0000000001  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_2208  periplasmic binding protein  27.03 
 
 
327 aa  66.6  0.0000000005  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.970371  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_2246  periplasmic binding protein  27.03 
 
 
327 aa  66.6  0.0000000005  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.13483  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP1777  iron compound ABC transporter, iron compound-binding protein  23.13 
 
 
331 aa  65.1  0.000000001  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0088  periplasmic binding protein  26.84 
 
 
299 aa  64.7  0.000000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2777  periplasmic binding protein  25.46 
 
 
290 aa  63.2  0.000000005  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6720  periplasmic binding protein  26.92 
 
 
291 aa  62.8  0.000000007  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0397783  normal 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1103  periplasmic binding protein  24.09 
 
 
325 aa  60.1  0.00000005  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1439  ABC Fe+3 hydroxamate (ferrichrome) transporter, periplasmic siderophore binding protein  27.14 
 
 
299 aa  59.3  0.00000008  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.0617961  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2416  periplasmic binding protein  34.07 
 
 
311 aa  57.8  0.0000002  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2670  periplasmic binding protein  30.94 
 
 
272 aa  57.4  0.0000002  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2409  periplasmic binding protein  24.38 
 
 
333 aa  55.1  0.000001  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.0140485  normal 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2426  periplasmic binding protein  33.85 
 
 
311 aa  55.1  0.000001  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000332  ferric vibriobactin enterobactin transport system substrate-binding protein VctP  24.53 
 
 
302 aa  53.1  0.000005  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.000000000938047  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4780  periplasmic binding protein  25.59 
 
 
305 aa  53.1  0.000005  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0523  ABC Fe3+-hydroxamate transporter, periplasmic ligand binding protein  26.57 
 
 
276 aa  52  0.00001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2757  periplasmic binding protein  27.05 
 
 
309 aa  52  0.00001  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1140  periplasmic binding protein  26.87 
 
 
292 aa  52.4  0.00001  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.403582 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0550  periplasmic binding protein  31.29 
 
 
313 aa  52.4  0.00001  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2294  periplasmic binding protein  35.78 
 
 
330 aa  51.2  0.00002  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2421  iron compound ABC transporter, periplasmic iron-compound-binding protein  29.82 
 
 
419 aa  51.2  0.00002  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.231407  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1043  periplasmic binding protein  25.77 
 
 
340 aa  51.2  0.00002  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0778  lipoprotein  30.11 
 
 
316 aa  51.2  0.00002  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.662712  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4069  periplasmic binding protein  26.35 
 
 
342 aa  51.2  0.00002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.423894 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1987  periplasmic binding protein  25 
 
 
324 aa  51.6  0.00002  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.0000000125239  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2083  iron compound ABC transporter, periplasmic iron-compound-binding protein  27.4 
 
 
429 aa  50.4  0.00004  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.108843  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1923  ABC-type Fe3+-hydroxamate transport system, periplasmic component  27.4 
 
 
398 aa  50.4  0.00004  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.1683  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1937  iron compound ABC transporter, periplasmic iron-compound-binding protein  27.4 
 
 
398 aa  50.4  0.00004  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.189462  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06007  iron-dicitrate transporter substrate-binding subunit  24.73 
 
 
298 aa  50.1  0.00004  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1185  iron compound ABC transporter, periplasmic iron-compound-binding protein  29.43 
 
 
342 aa  50.1  0.00005  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.145194  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0870  iron compound ABC transporter, periplasmic iron-compound-binding protein  29.43 
 
 
398 aa  49.7  0.00007  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.322201  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>