More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Jden_0677 on replicon NC_013174
Organism: Jonesia denitrificans DSM 20603



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013174  Jden_0677  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  100 
 
 
225 aa  454  1e-127  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.744174  normal 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_28120  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  57.07 
 
 
228 aa  223  3e-57  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2533  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  58.08 
 
 
218 aa  219  3e-56  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.272772  normal  0.391268 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0737  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  58.71 
 
 
213 aa  215  4e-55  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.407866  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1088  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  59.32 
 
 
187 aa  212  2.9999999999999995e-54  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.267053  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4216  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  53.4 
 
 
217 aa  211  7e-54  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.298326  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1164  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  57.63 
 
 
188 aa  209  4e-53  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    decreased coverage  0.0000000000485336 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3584  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  54.04 
 
 
208 aa  201  9.999999999999999e-51  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.0417204  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3965  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  52.53 
 
 
215 aa  199  1.9999999999999998e-50  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_04960  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  53.09 
 
 
205 aa  198  7e-50  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4320  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  52.02 
 
 
209 aa  194  8.000000000000001e-49  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.802678  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4700  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  52.02 
 
 
209 aa  194  8.000000000000001e-49  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4406  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  52.02 
 
 
209 aa  194  8.000000000000001e-49  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0659  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  51.5 
 
 
219 aa  194  1e-48  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal  0.48364 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4198  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  54.12 
 
 
206 aa  193  2e-48  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.0718234  hitchhiker  0.00625137 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1247  putative phosphoribosylglycinamide formyltransferase  50.72 
 
 
206 aa  193  2e-48  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.378039  normal  0.01712 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7981  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  47.8 
 
 
253 aa  193  2e-48  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1874  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  57.14 
 
 
218 aa  191  7e-48  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal  0.0142355 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3807  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  53.09 
 
 
206 aa  191  8e-48  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6504  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  54.31 
 
 
211 aa  191  8e-48  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10974  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  56.06 
 
 
215 aa  190  1e-47  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  0.0809236  normal 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0383  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  51.78 
 
 
202 aa  189  2.9999999999999997e-47  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3996  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  57.95 
 
 
198 aa  189  4e-47  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  hitchhiker  0.00211251  normal  0.148956 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_07800  phosphoribosylglycinamide formyltransferase, formyltetrahydrofolate-dependent  51.49 
 
 
209 aa  186  3e-46  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.463663  normal  0.355884 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0610  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  50 
 
 
213 aa  185  6e-46  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_04480  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  56.45 
 
 
187 aa  183  2.0000000000000003e-45  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1366  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  50.25 
 
 
211 aa  182  4.0000000000000006e-45  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.0356367  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4857  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  54.04 
 
 
218 aa  181  6e-45  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.178721  normal  0.189612 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0656  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  52.46 
 
 
216 aa  178  5.999999999999999e-44  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal  0.154146 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3013  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  50.25 
 
 
211 aa  177  1e-43  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  decreased coverage  0.000892633  hitchhiker  0.00295616 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1292  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  44.9 
 
 
218 aa  176  2e-43  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000000519718  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2573  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  51.63 
 
 
195 aa  176  3e-43  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5974  phosphoribosylaminoimidazolecarboxamide formyltransferase/IMP cyclohydrolase  47.45 
 
 
828 aa  173  1.9999999999999998e-42  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.0783963  normal  0.20367 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2154  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  42.11 
 
 
206 aa  171  6.999999999999999e-42  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  decreased coverage  0.000000463189  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1976  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  46.23 
 
 
208 aa  169  3e-41  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.899422  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_24110  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  51.12 
 
 
202 aa  169  3e-41  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.871866  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3305  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  50.26 
 
 
204 aa  167  1e-40  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_3012  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  42.49 
 
 
205 aa  167  2e-40  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1417  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  40.69 
 
 
205 aa  166  4e-40  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.000602325  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1845  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  45.79 
 
 
206 aa  165  5e-40  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0151726  normal  0.945395 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4420  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  52.97 
 
 
205 aa  164  1.0000000000000001e-39  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_0039  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  37.33 
 
 
225 aa  162  3e-39  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4633  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  41.62 
 
 
239 aa  161  7e-39  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.614886  normal 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2363  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  40.82 
 
 
203 aa  161  8.000000000000001e-39  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_2208  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  38.92 
 
 
224 aa  161  9e-39  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.128407  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_22100  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  38.97 
 
 
205 aa  161  9e-39  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1816  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  41.38 
 
 
204 aa  160  1e-38  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.0209797 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0564  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  41.01 
 
 
218 aa  160  2e-38  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.513649  normal  0.0898016 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2403  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  40.89 
 
 
204 aa  160  2e-38  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0326  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  41.85 
 
 
195 aa  159  3e-38  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1890  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  44.04 
 
 
213 aa  159  4e-38  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  normal  0.505321 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4900  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  45.66 
 
 
410 aa  158  7e-38  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal  0.367196 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2703  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  41.09 
 
 
225 aa  158  8e-38  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  decreased coverage  0.00267955  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1630  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  44.25 
 
 
214 aa  158  8e-38  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1759  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  41.75 
 
 
206 aa  157  1e-37  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.192447  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1254  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  41.95 
 
 
225 aa  157  1e-37  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2107  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  42.27 
 
 
206 aa  156  2e-37  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  unclonable  0.000000116567  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0370  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  41.3 
 
 
195 aa  156  3e-37  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2609  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  42.86 
 
 
225 aa  156  3e-37  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.698342  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1773  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  40.61 
 
 
206 aa  155  3e-37  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.000000352591  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1233  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  39.78 
 
 
212 aa  155  4e-37  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1350  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  39.78 
 
 
212 aa  155  4e-37  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3119  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  39.78 
 
 
212 aa  155  4e-37  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1271  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  49.75 
 
 
208 aa  155  4e-37  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.246325  normal  0.912887 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4977  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  40.76 
 
 
195 aa  154  8e-37  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0272  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  40.76 
 
 
195 aa  154  1e-36  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0478  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  39.06 
 
 
212 aa  154  1e-36  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0457  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  41.48 
 
 
207 aa  154  1e-36  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0343  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  40.22 
 
 
195 aa  153  2e-36  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.542492  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0284  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  40.76 
 
 
195 aa  153  2e-36  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0269  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  40.76 
 
 
195 aa  153  2e-36  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0297  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  40.76 
 
 
195 aa  153  2e-36  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0733  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  39.09 
 
 
211 aa  153  2e-36  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal  0.54904 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0329  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  40.76 
 
 
195 aa  153  2e-36  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0482  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  38.92 
 
 
313 aa  153  2e-36  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1102  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  39.9 
 
 
214 aa  152  2.9999999999999998e-36  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1129  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  40.11 
 
 
214 aa  152  2.9999999999999998e-36  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.0806783  normal  0.462935 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_04220  phosphoribosylglycinamide formyltransferase, formyltetrahydrofolate-dependent  42.22 
 
 
212 aa  151  5.9999999999999996e-36  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_1486  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  44.1 
 
 
206 aa  151  7e-36  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  hitchhiker  0.0000112239  hitchhiker  0.00320062 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0276  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  39.13 
 
 
195 aa  149  2e-35  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2618  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  45.3 
 
 
212 aa  150  2e-35  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009976  P9211_08731  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  36.46 
 
 
213 aa  150  2e-35  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00237996 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0278  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  39.67 
 
 
195 aa  149  5e-35  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2045  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  43.96 
 
 
205 aa  148  6e-35  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal  0.400719 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0913  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  41 
 
 
210 aa  148  6e-35  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_15111  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  40.53 
 
 
250 aa  147  1.0000000000000001e-34  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.165078 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0262  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  39.66 
 
 
194 aa  147  2.0000000000000003e-34  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0532  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  42.71 
 
 
202 aa  147  2.0000000000000003e-34  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  hitchhiker  0.00415647  normal  0.967129 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2113  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  42.25 
 
 
249 aa  146  2.0000000000000003e-34  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3176  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  39.71 
 
 
215 aa  147  2.0000000000000003e-34  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0945  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  38.31 
 
 
206 aa  146  2.0000000000000003e-34  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2454  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  42.46 
 
 
216 aa  145  5e-34  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2317  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  38.97 
 
 
202 aa  145  6e-34  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1572  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  44.32 
 
 
205 aa  145  6e-34  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1523  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  44.32 
 
 
202 aa  145  7.0000000000000006e-34  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2638  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  43.41 
 
 
209 aa  144  8.000000000000001e-34  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0230258  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3760  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  45.13 
 
 
205 aa  144  8.000000000000001e-34  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.234419  normal  0.638022 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0700  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  41.57 
 
 
205 aa  144  1e-33  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_09701  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  31.66 
 
 
218 aa  144  1e-33  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0945  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  40.7 
 
 
220 aa  144  1e-33  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>