More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dred_0441 on replicon NC_009253
Organism: Desulfotomaculum reducens MI-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009253  Dred_0441  YbaK/prolyl-tRNA synthetase associated region  100 
 
 
154 aa  313  4e-85  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2044  YbaK/EbsC family protein  52.35 
 
 
156 aa  154  4e-37  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2174  YbaK/prolyl-tRNA synthetase associated region  50.66 
 
 
157 aa  149  1e-35  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000000000343666 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3961  YbaK/prolyl-tRNA synthetase associated region  45.39 
 
 
155 aa  129  1.0000000000000001e-29  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.288761 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0120  YbaK/prolyl-tRNA synthetase associated region  42.45 
 
 
156 aa  126  1.0000000000000001e-28  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4802  YbaK/prolyl-tRNA synthetase domain protein  42.67 
 
 
152 aa  124  4.0000000000000003e-28  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.576416  normal  0.802544 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4963  YbaK/prolyl-tRNA synthetase domain-containing protein  42 
 
 
152 aa  123  9e-28  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.289705  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4870  YbaK/prolyl-tRNA synthetase domain protein  42 
 
 
152 aa  123  9e-28  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.00831587  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1653  putative ybaK-like protein  41.56 
 
 
155 aa  123  9e-28  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4905  YbaK/prolyl-tRNA synthetase domain protein  42 
 
 
152 aa  123  9e-28  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.286575  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4957  YbaK/prolyl-tRNA synthetase domain-containing protein  42 
 
 
152 aa  123  9e-28  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4290  YbaK/prolyl-tRNA synthetase associated region  38.82 
 
 
152 aa  122  1e-27  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000000309077  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0664  YbaK/prolyl-tRNA synthetase associated region  41.43 
 
 
155 aa  122  2e-27  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.0491998  hitchhiker  0.00288999 
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6129  YbaK/prolyl-tRNA synthetase associated region  44.74 
 
 
152 aa  121  3e-27  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.684201  normal  0.245919 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0686  YbaK/prolyl-tRNA synthetase associated region  43.33 
 
 
188 aa  120  5e-27  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1212  YbaK/prolyl-tRNA synthetase associated region  48.09 
 
 
151 aa  119  9.999999999999999e-27  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.0760914  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4680  YbaK/prolyl-tRNA synthetase associated region  41.45 
 
 
160 aa  116  9.999999999999999e-26  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3997  YbaK/prolyl-tRNA synthetase associated region  40.79 
 
 
156 aa  115  1.9999999999999998e-25  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.277402 
 
 
-
 
NC_011371  Rleg2_6541  YbaK/prolyl-tRNA synthetase associated region  42.76 
 
 
152 aa  115  3e-25  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.361078 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1416  YbaK/prolyl-tRNA synthetase associated region  40.79 
 
 
162 aa  114  5e-25  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.318628  normal 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_1376  YbaK/prolyl-tRNA synthetase associated region  33.79 
 
 
154 aa  113  7.999999999999999e-25  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0303  hypothetical protein  40.13 
 
 
152 aa  112  2.0000000000000002e-24  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3616  YbaK/prolyl-tRNA synthetase associated region  40.67 
 
 
152 aa  112  3e-24  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4026  hypothetical protein  42 
 
 
158 aa  110  6e-24  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.536324  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_46740  hypothetical protein  41.33 
 
 
158 aa  110  7.000000000000001e-24  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00932046  decreased coverage  0.000000141029 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3822  YbaK/prolyl-tRNA synthetase associated region  40.65 
 
 
159 aa  108  3e-23  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.808721  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2912  YbaK/prolyl-tRNA synthetase associated region  41.33 
 
 
155 aa  108  4.0000000000000004e-23  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.14862  normal 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0203  YbaK/prolyl-tRNA synthetase associated region  40 
 
 
157 aa  107  5e-23  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0219  YbaK/prolyl-tRNA synthetase associated region  39.07 
 
 
153 aa  107  6e-23  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.303284 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1755  YbaK/prolyl-tRNA synthetase associated region  40.13 
 
 
156 aa  106  1e-22  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0561  hypothetical protein  38.67 
 
 
152 aa  105  3e-22  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.155042  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE2368  YbaK/prolyl-tRNA synthetase domain-containing protein  35.86 
 
 
153 aa  104  4e-22  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  hitchhiker  0.00000265357  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0821  YbaK/prolyl-tRNA synthetase associated region  39.19 
 
 
151 aa  104  4e-22  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  0.811085  hitchhiker  0.0000000171458 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1123  YbaK/prolyl-tRNA synthetase associated region  41.45 
 
 
155 aa  103  6e-22  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal  0.435066 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0019  YbaK/prolyl-tRNA synthetase associated region  40.77 
 
 
153 aa  102  1e-21  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0968  hypothetical protein  37.14 
 
 
154 aa  102  3e-21  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  0.107423  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0525  YbaK/prolyl-tRNA synthetase associated region  40.67 
 
 
152 aa  100  5e-21  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00173992 
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0316  putative ebsC protein  36 
 
 
151 aa  99  2e-20  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.129099  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0580  ebsC protein, putative  37.24 
 
 
256 aa  99.4  2e-20  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2579  YbaK  36 
 
 
151 aa  99  2e-20  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.508763  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2443  YbaK/prolyl-tRNA synthetase domain-containing protein  36 
 
 
151 aa  99  2e-20  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1464  putative ebsC protein  36 
 
 
151 aa  99  2e-20  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1661  putative ebsC protein  36 
 
 
151 aa  99  2e-20  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.731351  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0284  putative ebsC protein  35.81 
 
 
160 aa  97.4  6e-20  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.663414  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0881  YbaK/prolyl-tRNA synthetase associated domain-containing protein  36.55 
 
 
202 aa  97.1  7e-20  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.623093  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1948  YbaK/prolyl-tRNA synthetase associated region  36.67 
 
 
164 aa  97.1  8e-20  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0466  YbaK/prolyl-tRNA synthetase associated region  34.64 
 
 
161 aa  94.7  4e-19  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1396  YbaK/prolyl-tRNA synthetase associated region  40.79 
 
 
160 aa  94  7e-19  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2267  YbaK/prolyl-tRNA synthetase associated region  35.33 
 
 
164 aa  94  7e-19  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2120  YbaK/prolyl-tRNA synthetase associated region  41.74 
 
 
156 aa  92.8  1e-18  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3080  YbaK/prolyl-tRNA synthetase associated region  40 
 
 
157 aa  92.8  1e-18  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.304757  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3755  YbaK/prolyl-tRNA synthetase associated region  38.93 
 
 
162 aa  89.7  1e-17  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.445295  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3823  YbaK/prolyl-tRNA synthetase associated protein  37.25 
 
 
248 aa  89.4  2e-17  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3036  YbaK/prolyl-tRNA synthetase associated region  38.93 
 
 
162 aa  89.4  2e-17  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.784305  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0478  YbaK/prolyl-tRNA synthetase associated region  36.6 
 
 
250 aa  88.2  3e-17  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4348  YbaK/prolyl-tRNA synthetase associated region  38 
 
 
167 aa  88.2  4e-17  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3486  YbaK/prolyl-tRNA synthetase associated region  36.88 
 
 
157 aa  87.4  6e-17  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.293972 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0335  YbaK/prolyl-tRNA synthetase associated region  35.77 
 
 
179 aa  85.5  2e-16  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4036  YbaK/prolyl-tRNA synthetase associated region  36.17 
 
 
157 aa  85.5  2e-16  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4154  YbaK/prolyl-tRNA synthetase associated region  36.99 
 
 
251 aa  85.9  2e-16  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.982364 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4709  YbaK/prolyl-tRNA synthetase associated region  35.33 
 
 
162 aa  84  6e-16  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3551  YbaK/prolyl-tRNA synthetase associated region  34.35 
 
 
201 aa  84.3  6e-16  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.0146665  normal  0.0164615 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0527  hypothetical protein  34 
 
 
132 aa  82.8  0.000000000000001  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3021  YbaK/prolyl-tRNA synthetase associated region  32.89 
 
 
155 aa  82.4  0.000000000000002  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.00107771  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0596  YbaK/prolyl-tRNA synthetase associated region  35.88 
 
 
159 aa  81.6  0.000000000000003  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0260  hypothetical protein  35.76 
 
 
170 aa  81.3  0.000000000000005  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.393792  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5963  YbaK/prolyl-tRNA synthetase associated region  37.14 
 
 
167 aa  81.3  0.000000000000005  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0851834  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1124  hypothetical protein  31.76 
 
 
158 aa  79.3  0.00000000000002  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2447  YbaK/prolyl-tRNA synthetase associated protein  39.26 
 
 
166 aa  79.3  0.00000000000002  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.106663  hitchhiker  0.000551583 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3353  hypothetical protein  40 
 
 
165 aa  79  0.00000000000002  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0119  YbaK/prolyl-tRNA synthetase associated region  40.16 
 
 
165 aa  78.6  0.00000000000003  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0263477  normal  0.895889 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3288  YbaK/prolyl-tRNA synthetase associated region  36.76 
 
 
171 aa  77.8  0.00000000000005  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.545646  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0515  YbaK/prolyl-tRNA synthetase associated region  36.71 
 
 
183 aa  77.8  0.00000000000005  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0151737  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2973  ybaK/ebsC protein  30.2 
 
 
158 aa  77.4  0.00000000000007  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1128  YbaK/prolyl-tRNA synthetase associated region  34.33 
 
 
171 aa  77  0.00000000000008  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0154  YbaK/prolyl-tRNA synthetase associated region  38.58 
 
 
174 aa  76.6  0.0000000000001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0327  YbaK/prolyl-tRNA synthetase associated region  37.23 
 
 
160 aa  76.6  0.0000000000001  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0439  YbaK/prolyl-tRNA synthetase associated region  36.09 
 
 
173 aa  76.3  0.0000000000001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4271  hypothetical protein  37.59 
 
 
173 aa  76.3  0.0000000000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.0995058 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0239  YbaK/prolyl-tRNA synthetase associated region  39.02 
 
 
221 aa  76.3  0.0000000000002  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    decreased coverage  0.000372034 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3539  ybaK/ebsC protein  30.41 
 
 
158 aa  74.7  0.0000000000004  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.115352  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0120  YbaK/prolyl-tRNA synthetase associated region  33.56 
 
 
166 aa  74.7  0.0000000000004  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.615211 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2512  YbaK/prolyl-tRNA synthetase associated region  40.38 
 
 
156 aa  74.7  0.0000000000004  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006365  plpp0132  hypothetical protein  29.33 
 
 
163 aa  74.7  0.0000000000005  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  normal  0.0104828  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0113  YbaK/prolyl-tRNA synthetase associated region  32.45 
 
 
166 aa  74.3  0.0000000000005  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0955  ybaK/ebsC protein  29.73 
 
 
158 aa  74.3  0.0000000000005  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0993  ybaK/ebsC protein  29.73 
 
 
158 aa  74.3  0.0000000000005  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.206645  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0957  ybaK/ebsC protein  29.73 
 
 
158 aa  74.3  0.0000000000005  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0164  YbaK/prolyl-tRNA synthetase associated region  36.84 
 
 
177 aa  74.3  0.0000000000006  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0899  YbaK/prolyl-tRNA synthetase associated region  30.46 
 
 
159 aa  74.3  0.0000000000006  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.322941  normal  0.0622589 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1040  ybaK/ebsC protein  30.41 
 
 
158 aa  74.3  0.0000000000006  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0196148  hitchhiker  0.0000171099 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1918  YbaK/prolyl-tRNA synthetase associated region  36.36 
 
 
158 aa  73.6  0.0000000000009  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.0942433  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3413  ybaK/ebsC protein  29.73 
 
 
158 aa  73.6  0.0000000000009  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0703981  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3470  YbaK/prolyl-tRNA synthetase associated region  35.38 
 
 
162 aa  73.2  0.000000000001  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.116245  hitchhiker  0.00805861 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5549  YbaK/prolyl-tRNA synthetase associated region  36.69 
 
 
159 aa  73.2  0.000000000001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.837846 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0992  YbaK/prolyl-tRNA synthetase associated region  36.92 
 
 
163 aa  73.2  0.000000000001  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_3482  YbaK/prolyl-tRNA synthetase associated region  31.82 
 
 
158 aa  73.2  0.000000000001  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3321  ybaK/ebsC protein  30.82 
 
 
158 aa  72.8  0.000000000001  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0764  YbaK/prolyl-tRNA synthetase associated region  36.69 
 
 
155 aa  72.4  0.000000000002  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.0345429  normal  0.0109204 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002487  hypothetical protein  33.07 
 
 
148 aa  72.8  0.000000000002  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.190269  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>