240 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPC_3997 on replicon NC_007925
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB18



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007925  RPC_3997  YbaK/prolyl-tRNA synthetase associated region  100 
 
 
156 aa  314  4e-85  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.277402 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1653  putative ybaK-like protein  78.57 
 
 
155 aa  251  3e-66  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4680  YbaK/prolyl-tRNA synthetase associated region  78.95 
 
 
160 aa  246  6e-65  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1416  YbaK/prolyl-tRNA synthetase associated region  74.68 
 
 
162 aa  235  1e-61  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.318628  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4026  hypothetical protein  73.68 
 
 
158 aa  230  4.0000000000000004e-60  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.536324  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_46740  hypothetical protein  73.03 
 
 
158 aa  230  5e-60  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00932046  decreased coverage  0.000000141029 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2912  YbaK/prolyl-tRNA synthetase associated region  73.2 
 
 
155 aa  226  1e-58  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.14862  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1755  YbaK/prolyl-tRNA synthetase associated region  69.74 
 
 
156 aa  224  4e-58  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1396  YbaK/prolyl-tRNA synthetase associated region  74.68 
 
 
160 aa  217  5e-56  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6129  YbaK/prolyl-tRNA synthetase associated region  67.11 
 
 
152 aa  217  6e-56  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.684201  normal  0.245919 
 
 
-
 
NC_011371  Rleg2_6541  YbaK/prolyl-tRNA synthetase associated region  67.11 
 
 
152 aa  215  1e-55  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.361078 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0686  YbaK/prolyl-tRNA synthetase associated region  68.42 
 
 
188 aa  214  2.9999999999999998e-55  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0303  hypothetical protein  67.76 
 
 
152 aa  214  5e-55  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3822  YbaK/prolyl-tRNA synthetase associated region  65.13 
 
 
159 aa  210  4.9999999999999996e-54  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.808721  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4802  YbaK/prolyl-tRNA synthetase domain protein  63.16 
 
 
152 aa  209  1e-53  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.576416  normal  0.802544 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4957  YbaK/prolyl-tRNA synthetase domain-containing protein  63.16 
 
 
152 aa  208  2e-53  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4963  YbaK/prolyl-tRNA synthetase domain-containing protein  63.16 
 
 
152 aa  208  2e-53  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.289705  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4905  YbaK/prolyl-tRNA synthetase domain protein  63.16 
 
 
152 aa  208  2e-53  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.286575  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4870  YbaK/prolyl-tRNA synthetase domain protein  63.16 
 
 
152 aa  208  2e-53  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.00831587  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3616  YbaK/prolyl-tRNA synthetase associated region  63.16 
 
 
152 aa  201  3e-51  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3961  YbaK/prolyl-tRNA synthetase associated region  61.18 
 
 
155 aa  200  7e-51  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.288761 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0561  hypothetical protein  63.16 
 
 
152 aa  197  3.9999999999999996e-50  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.155042  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0219  YbaK/prolyl-tRNA synthetase associated region  63.33 
 
 
153 aa  196  1.0000000000000001e-49  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.303284 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1123  YbaK/prolyl-tRNA synthetase associated region  64.47 
 
 
155 aa  193  1e-48  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal  0.435066 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0580  ebsC protein, putative  60.53 
 
 
256 aa  191  3e-48  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1464  putative ebsC protein  60.53 
 
 
151 aa  191  3e-48  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1661  putative ebsC protein  60.53 
 
 
151 aa  191  3e-48  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.731351  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2579  YbaK  60.53 
 
 
151 aa  191  3e-48  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.508763  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2443  YbaK/prolyl-tRNA synthetase domain-containing protein  60.53 
 
 
151 aa  191  3e-48  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0316  putative ebsC protein  60.53 
 
 
151 aa  191  3e-48  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.129099  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0284  putative ebsC protein  59.87 
 
 
160 aa  189  1e-47  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.663414  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0881  YbaK/prolyl-tRNA synthetase associated domain-containing protein  59.87 
 
 
202 aa  189  1e-47  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.623093  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0525  YbaK/prolyl-tRNA synthetase associated region  63.58 
 
 
152 aa  184  4e-46  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00173992 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0527  hypothetical protein  57.24 
 
 
132 aa  167  5e-41  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0664  YbaK/prolyl-tRNA synthetase associated region  51.3 
 
 
155 aa  148  3e-35  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.0491998  hitchhiker  0.00288999 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0120  YbaK/prolyl-tRNA synthetase associated region  45.16 
 
 
156 aa  142  1e-33  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4290  YbaK/prolyl-tRNA synthetase associated region  46.71 
 
 
152 aa  142  2e-33  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000000309077  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1212  YbaK/prolyl-tRNA synthetase associated region  42.76 
 
 
151 aa  133  9e-31  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.0760914  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE2368  YbaK/prolyl-tRNA synthetase domain-containing protein  43.05 
 
 
153 aa  122  2e-27  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  hitchhiker  0.00000265357  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0019  YbaK/prolyl-tRNA synthetase associated region  45.1 
 
 
153 aa  122  2e-27  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0203  YbaK/prolyl-tRNA synthetase associated region  42.21 
 
 
157 aa  118  3.9999999999999996e-26  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0441  YbaK/prolyl-tRNA synthetase associated region  40.79 
 
 
154 aa  115  1.9999999999999998e-25  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2044  YbaK/EbsC family protein  37.06 
 
 
156 aa  112  2.0000000000000002e-24  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0968  hypothetical protein  35.1 
 
 
154 aa  99.8  1e-20  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  0.107423  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2174  YbaK/prolyl-tRNA synthetase associated region  36.18 
 
 
157 aa  94.7  4e-19  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000000000343666 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0821  YbaK/prolyl-tRNA synthetase associated region  35.56 
 
 
151 aa  84.7  5e-16  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  0.811085  hitchhiker  0.0000000171458 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_1376  YbaK/prolyl-tRNA synthetase associated region  29.71 
 
 
154 aa  76.6  0.0000000000001  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3353  hypothetical protein  39.02 
 
 
165 aa  68.2  0.00000000004  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4709  YbaK/prolyl-tRNA synthetase associated region  37.6 
 
 
162 aa  66.2  0.0000000002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1948  YbaK/prolyl-tRNA synthetase associated region  34.06 
 
 
164 aa  65.5  0.0000000002  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4348  YbaK/prolyl-tRNA synthetase associated region  37.4 
 
 
167 aa  65.1  0.0000000003  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0466  YbaK/prolyl-tRNA synthetase associated region  31.62 
 
 
161 aa  64.3  0.0000000005  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3036  YbaK/prolyl-tRNA synthetase associated region  35.43 
 
 
162 aa  62.4  0.000000002  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.784305  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1128  YbaK/prolyl-tRNA synthetase associated region  33.59 
 
 
171 aa  62.4  0.000000002  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3755  YbaK/prolyl-tRNA synthetase associated region  35.43 
 
 
162 aa  62.4  0.000000002  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.445295  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0515  YbaK/prolyl-tRNA synthetase associated region  37.7 
 
 
183 aa  62.4  0.000000002  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0151737  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1085  YbaK/prolyl-tRNA synthetase associated region  36 
 
 
156 aa  60.8  0.000000006  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.549575  normal  0.623035 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0478  YbaK/prolyl-tRNA synthetase associated region  35.77 
 
 
250 aa  60.8  0.000000006  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0164  YbaK/prolyl-tRNA synthetase associated region  36.8 
 
 
177 aa  60.8  0.000000007  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0154  YbaK/prolyl-tRNA synthetase associated region  32.68 
 
 
174 aa  60.5  0.000000008  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2267  YbaK/prolyl-tRNA synthetase associated region  33.33 
 
 
164 aa  60.8  0.000000008  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_0570  YbaK/prolyl-tRNA synthetase associated region  34.65 
 
 
131 aa  60.5  0.000000008  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2065  ybaK/ebsC protein  34.43 
 
 
154 aa  59.7  0.00000001  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4154  YbaK/prolyl-tRNA synthetase associated region  34.96 
 
 
251 aa  59.7  0.00000001  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.982364 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0119  YbaK/prolyl-tRNA synthetase associated region  36.64 
 
 
165 aa  60.1  0.00000001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0263477  normal  0.895889 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3551  YbaK/prolyl-tRNA synthetase associated region  33.33 
 
 
201 aa  59.3  0.00000002  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.0146665  normal  0.0164615 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2120  YbaK/prolyl-tRNA synthetase associated region  33.33 
 
 
156 aa  59.7  0.00000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0596  YbaK/prolyl-tRNA synthetase associated region  33.59 
 
 
159 aa  59.3  0.00000002  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3823  YbaK/prolyl-tRNA synthetase associated protein  32.03 
 
 
248 aa  58.5  0.00000003  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1677  hypothetical protein  46.3 
 
 
56 aa  58.5  0.00000004  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0260  hypothetical protein  32.03 
 
 
170 aa  58.2  0.00000005  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.393792  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2512  YbaK/prolyl-tRNA synthetase associated region  34.82 
 
 
156 aa  57.8  0.00000005  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_00130  hypothetical protein  40.7 
 
 
159 aa  57.4  0.00000007  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03547  hypothetical protein  26.03 
 
 
157 aa  57.4  0.00000008  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3080  YbaK/prolyl-tRNA synthetase associated region  33.86 
 
 
157 aa  55.8  0.0000002  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.304757  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0899  YbaK/prolyl-tRNA synthetase associated region  31.34 
 
 
159 aa  56.2  0.0000002  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.322941  normal  0.0622589 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2876  ybaK/ebsC protein  33.33 
 
 
166 aa  54.7  0.0000004  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal  0.10674 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002487  hypothetical protein  25.85 
 
 
148 aa  54.7  0.0000005  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.190269  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0327  YbaK/prolyl-tRNA synthetase associated region  32.84 
 
 
160 aa  54.7  0.0000005  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2956  YbaK/prolyl-tRNA synthetase associated region  33.82 
 
 
186 aa  54.3  0.0000005  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3090  ybaK/ebsC protein  30.89 
 
 
155 aa  54.3  0.0000006  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  decreased coverage  0.00342065  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6310  YbaK/prolyl-tRNA synthetase like protein  32.35 
 
 
178 aa  54.3  0.0000006  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0120  YbaK/prolyl-tRNA synthetase associated region  34.4 
 
 
166 aa  54.3  0.0000006  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.615211 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2871  YbaK/prolyl-tRNA synthetase associated region  34.85 
 
 
168 aa  53.9  0.0000007  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.806354 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_3008  YbaK/prolyl-tRNA synthetase associated region  34.85 
 
 
168 aa  53.9  0.0000007  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0113  YbaK/prolyl-tRNA synthetase associated region  33.07 
 
 
166 aa  53.9  0.0000009  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4271  hypothetical protein  36 
 
 
173 aa  53.5  0.000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.0995058 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0092  ybaK/ebsC protein  33.05 
 
 
156 aa  53.5  0.000001  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1105  ybaK/ebsC protein  33.91 
 
 
162 aa  53.5  0.000001  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4083  YbaK/prolyl-tRNA synthetase associated region  37.8 
 
 
165 aa  52.4  0.000002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.0122906 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3486  YbaK/prolyl-tRNA synthetase associated region  30.71 
 
 
157 aa  52.4  0.000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.293972 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0439  YbaK/prolyl-tRNA synthetase associated region  34.4 
 
 
173 aa  52.8  0.000002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3288  YbaK/prolyl-tRNA synthetase associated region  33.33 
 
 
171 aa  52.8  0.000002  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.545646  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0335  YbaK/prolyl-tRNA synthetase associated region  32.46 
 
 
179 aa  52  0.000003  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1181  ybaK/ebsC protein  34.78 
 
 
166 aa  52  0.000003  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.0675087  normal  0.344163 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0312  ybaK/ebsC protein  33.08 
 
 
168 aa  51.6  0.000004  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2447  YbaK/prolyl-tRNA synthetase associated protein  34.69 
 
 
166 aa  51.6  0.000004  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.106663  hitchhiker  0.000551583 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2007  YbaK/prolyl-tRNA synthetase associated region  32.48 
 
 
163 aa  51.6  0.000004  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.173109  normal  0.652045 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0992  YbaK/prolyl-tRNA synthetase associated region  30.58 
 
 
163 aa  51.2  0.000005  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5963  YbaK/prolyl-tRNA synthetase associated region  32.56 
 
 
167 aa  51.2  0.000005  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0851834  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>