More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ddes_2249 on replicon NC_011883
Organism: Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011883  Ddes_2249  50S ribosomal protein L27  100 
 
 
89 aa  175  2e-43  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.0281332  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2057  50S ribosomal protein L27  82.56 
 
 
87 aa  147  4e-35  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.976216  normal  0.840982 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2181  50S ribosomal protein L27  79.55 
 
 
88 aa  144  4e-34  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.128983  normal  0.935252 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1379  50S ribosomal protein L27  77.53 
 
 
89 aa  142  1e-33  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2691  50S ribosomal protein L27  80.46 
 
 
89 aa  141  2e-33  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.0303281  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_3418  50S ribosomal protein L27  78.16 
 
 
88 aa  135  1e-31  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0087  50S ribosomal protein L27  81.43 
 
 
83 aa  117  6e-26  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  2.79495e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3640  50S ribosomal protein L27  67.44 
 
 
88 aa  116  1e-25  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.320466  normal  0.463755 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2582  50S ribosomal protein L27  73.24 
 
 
84 aa  111  3e-24  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  2.60272e-20  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0865  50S ribosomal protein L27  67.82 
 
 
87 aa  110  9e-24  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.437144  normal 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_4312  50S ribosomal protein L27  66.25 
 
 
85 aa  108  2e-23  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_4334  50S ribosomal protein L27  66.25 
 
 
85 aa  108  2e-23  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_4181  50S ribosomal protein L27  66.25 
 
 
85 aa  108  2e-23  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.186505  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0426  50S ribosomal protein L27  64.37 
 
 
89 aa  107  5e-23  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.449955  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3471  50S ribosomal protein L27  69.88 
 
 
87 aa  107  5e-23  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.00282639  normal  0.386116 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3188  50S ribosomal protein L27  63.64 
 
 
89 aa  107  6e-23  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.263255  normal 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4327  50S ribosomal protein L27  62.5 
 
 
85 aa  107  7e-23  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.520915 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2237  ribosomal protein L27  59.09 
 
 
91 aa  106  1e-22  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.140821  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2669  50S ribosomal protein L27  57.95 
 
 
88 aa  105  2e-22  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  9.24332e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0348  50S ribosomal protein L27  63.75 
 
 
84 aa  105  2e-22  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  4.53633e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0647  50S ribosomal protein L27  64.04 
 
 
89 aa  105  2e-22  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal  0.908873 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0154  50S ribosomal protein L27  57.3 
 
 
90 aa  105  2e-22  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2143  50S ribosomal protein L27  59.55 
 
 
90 aa  104  4e-22  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.672881 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2042  50S ribosomal protein L27  63.64 
 
 
89 aa  104  5e-22  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal  0.20995 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0526  50S ribosomal protein L27  63.53 
 
 
85 aa  103  6e-22  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3207  ribosomal protein L27  70.13 
 
 
85 aa  103  7e-22  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3073  50S ribosomal protein L27  57.3 
 
 
91 aa  103  1e-21  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  hitchhiker  0.000209952  unclonable  1.74741e-08 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0305  50S ribosomal protein L27  62.5 
 
 
85 aa  103  1e-21  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  3.93871e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0515  50S ribosomal protein L27  58.43 
 
 
90 aa  102  1e-21  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0588  50S ribosomal protein L27  56.18 
 
 
90 aa  102  1e-21  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4102  50S ribosomal protein L27  61.8 
 
 
90 aa  102  2e-21  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.500877 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0247  50S ribosomal protein L27  56.18 
 
 
89 aa  102  2e-21  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0146  50S ribosomal protein L27  62.5 
 
 
85 aa  102  2e-21  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1009  50S ribosomal protein L27  70 
 
 
85 aa  102  2e-21  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  9.11893e-12  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4507  50S ribosomal protein L27  62.35 
 
 
85 aa  101  3e-21  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  unclonable  6.0246e-10  normal 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0522  ribosomal protein L27  62.35 
 
 
85 aa  101  3e-21  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  2.3922e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0163  50S ribosomal protein L27  61.25 
 
 
85 aa  101  3e-21  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  3.90958e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03001  hypothetical protein  62.35 
 
 
85 aa  101  3e-21  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.0066535  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03050  50S ribosomal protein L27  62.35 
 
 
85 aa  101  3e-21  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.00726587  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0193  50S ribosomal protein L27  61.63 
 
 
90 aa  101  3e-21  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.451706 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0515  50S ribosomal protein L27  62.35 
 
 
85 aa  101  3e-21  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  7.94781e-06  normal  0.0169565 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3378  50S ribosomal protein L27  62.35 
 
 
85 aa  101  3e-21  Escherichia coli HS  Bacteria  unclonable  1.4045e-22  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3670  50S ribosomal protein L27  62.35 
 
 
85 aa  101  3e-21  Escherichia coli E24377A  Bacteria  unclonable  9.67389e-14  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3481  50S ribosomal protein L27  62.35 
 
 
85 aa  101  3e-21  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  4.91459e-09  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0846  50S ribosomal protein L27  69.14 
 
 
86 aa  101  3e-21  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3585  50S ribosomal protein L27  62.35 
 
 
85 aa  101  3e-21  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  2.50774e-15  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1070  50S ribosomal protein L27  72.86 
 
 
84 aa  101  4e-21  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  1.53229e-06  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1037  50S ribosomal protein L27  72.86 
 
 
84 aa  101  4e-21  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  9.11721e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0870  50S ribosomal protein L27  72.86 
 
 
84 aa  101  4e-21  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  5.45576e-07  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3589  50S ribosomal protein L27  62.5 
 
 
84 aa  100  4e-21  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  unclonable  1.97888e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0968  50S ribosomal protein L27  72.86 
 
 
84 aa  101  4e-21  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  1.60226e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4921  50S ribosomal protein L27  60.67 
 
 
88 aa  101  4e-21  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.0271507  normal  0.71556 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3282  50S ribosomal protein L27  71.01 
 
 
91 aa  101  4e-21  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0455195 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_0424  50S ribosomal protein L27  61.96 
 
 
92 aa  101  4e-21  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.85685  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3322  50S ribosomal protein L27  72.86 
 
 
84 aa  101  4e-21  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  1.82867e-07  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0440  50S ribosomal protein L27  69.57 
 
 
90 aa  101  4e-21  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.944777  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3218  50S ribosomal protein L27  72.86 
 
 
84 aa  100  5e-21  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  2.70517e-06  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3651  50S ribosomal protein L27  72.86 
 
 
84 aa  100  5e-21  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0853  50S ribosomal protein L27  72.86 
 
 
84 aa  100  5e-21  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  decreased coverage  1.52445e-09  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0980  50S ribosomal protein L27  72.86 
 
 
84 aa  100  5e-21  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  1.10997e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1461  50S ribosomal protein L27  57.3 
 
 
89 aa  100  5e-21  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal  0.0317862 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3124  50S ribosomal protein L27  72.86 
 
 
84 aa  100  6e-21  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.000107863  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0896  50S ribosomal protein L27  72.86 
 
 
84 aa  100  6e-21  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  8.37185e-05  normal 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0530  50S ribosomal protein L27  59.55 
 
 
98 aa  100  6e-21  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  1.63692e-08  normal  0.125881 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0764  50S ribosomal protein L27  68.57 
 
 
85 aa  100  6e-21  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  1.91049e-14  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2828  50S ribosomal protein L27  72.86 
 
 
84 aa  100  6e-21  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  1.13295e-07  normal  0.198807 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0955  50S ribosomal protein L27  72.86 
 
 
84 aa  100  6e-21  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.455715  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4876  50S ribosomal protein L27  60.67 
 
 
88 aa  100  7e-21  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.387156 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4413  50S ribosomal protein L27  60.67 
 
 
88 aa  100  7e-21  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0152  50S ribosomal protein L27  69.57 
 
 
90 aa  100  7e-21  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.670785  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3600  50S ribosomal protein L27  71.43 
 
 
85 aa  100  8e-21  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  hitchhiker  0.00592088  normal  0.834432 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3495  50S ribosomal protein L27  71.43 
 
 
85 aa  100  8e-21  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  hitchhiker  2.22447e-05  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3564  50S ribosomal protein L27  71.43 
 
 
85 aa  100  8e-21  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  hitchhiker  0.00211833  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2926  50S ribosomal protein L27  72.86 
 
 
84 aa  100  8e-21  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  3.09766e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1005  50S ribosomal protein L27  72.86 
 
 
84 aa  100  8e-21  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  8.76711e-06  decreased coverage  3.56458e-06 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3662  50S ribosomal protein L27  71.43 
 
 
85 aa  100  8e-21  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  decreased coverage  3.24123e-05  normal  0.0701159 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3493  50S ribosomal protein L27  71.43 
 
 
85 aa  100  8e-21  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  3.10399e-11  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0930  50S ribosomal protein L27  70 
 
 
89 aa  100  9e-21  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4724  50S ribosomal protein L27  62.92 
 
 
88 aa  99.8  1e-20  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0668122  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1816  50S ribosomal protein L27  71.01 
 
 
85 aa  99.8  1e-20  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0559  50S ribosomal protein L27  71.43 
 
 
85 aa  99.8  1e-20  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  hitchhiker  0.00191418  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU3235  50S ribosomal protein L27  60 
 
 
85 aa  100  1e-20  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  decreased coverage  0.000158281  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3681  50S ribosomal protein L27  70 
 
 
85 aa  99.8  1e-20  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0794  50S ribosomal protein L27  62.35 
 
 
85 aa  99.4  1e-20  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  2.03934e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1849  50S ribosomal protein L27  68.12 
 
 
89 aa  99.8  1e-20  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3800  50S ribosomal protein L27  56.18 
 
 
89 aa  99.8  1e-20  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0232  50S ribosomal protein L27  61.9 
 
 
89 aa  99.8  1e-20  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1781  50S ribosomal protein L27  68.12 
 
 
89 aa  99.8  1e-20  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.810643  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3460  50S ribosomal protein L27  62.5 
 
 
89 aa  99.8  1e-20  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.159862  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3196  50S ribosomal protein L27  58.75 
 
 
85 aa  99.8  1e-20  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  8.40306e-15  unclonable  7.87501e-24 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0246  50S ribosomal protein L27  62.35 
 
 
85 aa  99.4  1e-20  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  hitchhiker  9.45082e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3621  50S ribosomal protein L27  71.43 
 
 
85 aa  99  2e-20  Enterobacter sp. 638  Bacteria  unclonable  3.51057e-09  normal  0.260967 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5207  50S ribosomal protein L27  71.43 
 
 
85 aa  99.4  2e-20  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.121929  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_60450  50S ribosomal protein L27  71.43 
 
 
85 aa  99.4  2e-20  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.0112062 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0461  50S ribosomal protein L27  64.79 
 
 
86 aa  99.4  2e-20  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00297252 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0107  50S ribosomal protein L27  68.57 
 
 
88 aa  99  2e-20  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.176189 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0269  50S ribosomal protein L27  61.18 
 
 
85 aa  98.6  2e-20  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.876975  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1482  50S ribosomal protein L27  68.12 
 
 
93 aa  99.4  2e-20  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3088  50S ribosomal protein L27  71.43 
 
 
84 aa  99.4  2e-20  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1632  50S ribosomal protein L27  63.22 
 
 
87 aa  99  2e-20  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.848306  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>