More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mext_4413 on replicon NC_010172
Organism: Methylobacterium extorquens PA1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011757  Mchl_4876  50S ribosomal protein L27  100 
 
 
88 aa  179  2e-44  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.387156 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4413  50S ribosomal protein L27  100 
 
 
88 aa  179  2e-44  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4921  50S ribosomal protein L27  98.86 
 
 
88 aa  177  4e-44  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.0271507  normal  0.71556 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0107  50S ribosomal protein L27  89.77 
 
 
88 aa  161  3e-39  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.176189 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4724  50S ribosomal protein L27  79.55 
 
 
88 aa  145  2.0000000000000003e-34  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0668122  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4211  50S ribosomal protein L27  80.23 
 
 
93 aa  144  3e-34  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.121619 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2143  50S ribosomal protein L27  80 
 
 
90 aa  142  2e-33  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.672881 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1461  50S ribosomal protein L27  78.65 
 
 
89 aa  139  9.999999999999999e-33  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal  0.0317862 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0247  50S ribosomal protein L27  74.16 
 
 
89 aa  136  7.999999999999999e-32  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0417  50S ribosomal protein L27  75.82 
 
 
91 aa  136  8.999999999999999e-32  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.302693 
 
 
-
 
NC_004310  BR1849  50S ribosomal protein L27  74.16 
 
 
89 aa  136  1e-31  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1781  50S ribosomal protein L27  74.16 
 
 
89 aa  136  1e-31  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.810643  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3870  50S ribosomal protein L27  73.03 
 
 
89 aa  135  2e-31  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.403314  normal  0.0137956 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4194  50S ribosomal protein L27  73.03 
 
 
89 aa  135  2e-31  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1051  50S ribosomal protein L27  73.03 
 
 
89 aa  134  3.0000000000000003e-31  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.212456  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3460  50S ribosomal protein L27  73.03 
 
 
89 aa  134  6.0000000000000005e-31  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.159862  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0152  50S ribosomal protein L27  74.44 
 
 
90 aa  133  7.000000000000001e-31  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.670785  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4287  50S ribosomal protein L27  74.44 
 
 
90 aa  133  8e-31  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.835773  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2785  50S ribosomal protein L27  75.28 
 
 
89 aa  133  9e-31  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.0242571  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0515  50S ribosomal protein L27  73.86 
 
 
90 aa  132  9.999999999999999e-31  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3006  50S ribosomal protein L27  73.03 
 
 
89 aa  132  1.9999999999999998e-30  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.549132 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0588  50S ribosomal protein L27  72.22 
 
 
90 aa  131  3e-30  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0154  50S ribosomal protein L27  72.73 
 
 
90 aa  130  5e-30  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3282  50S ribosomal protein L27  74.73 
 
 
91 aa  130  7.999999999999999e-30  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0455195 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0426  50S ribosomal protein L27  71.91 
 
 
89 aa  129  9e-30  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.449955  normal 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3820  50S ribosomal protein L27  70.79 
 
 
89 aa  129  1.0000000000000001e-29  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.360985  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3892  50S ribosomal protein L27  74.16 
 
 
89 aa  129  1.0000000000000001e-29  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.624543  normal 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3800  50S ribosomal protein L27  70.79 
 
 
89 aa  129  1.0000000000000001e-29  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3512  50S ribosomal protein L27  70.79 
 
 
89 aa  129  1.0000000000000001e-29  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1482  50S ribosomal protein L27  75.58 
 
 
93 aa  129  1.0000000000000001e-29  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0310  50S ribosomal protein L27  69.66 
 
 
89 aa  129  2.0000000000000002e-29  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0193  50S ribosomal protein L27  72.22 
 
 
90 aa  128  3e-29  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.451706 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0440  50S ribosomal protein L27  71.59 
 
 
90 aa  128  3e-29  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.944777  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0930  50S ribosomal protein L27  70.79 
 
 
89 aa  127  4.0000000000000003e-29  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2042  50S ribosomal protein L27  73.03 
 
 
89 aa  127  6e-29  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal  0.20995 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1241  50S ribosomal protein L27  74.12 
 
 
85 aa  125  2.0000000000000002e-28  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.572861  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2281  50S ribosomal protein L27  67.42 
 
 
89 aa  124  6e-28  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.350544  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0232  50S ribosomal protein L27  71.91 
 
 
89 aa  123  7e-28  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3351  50S ribosomal protein L27  74.42 
 
 
86 aa  123  9e-28  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.00061388  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3188  50S ribosomal protein L27  71.91 
 
 
89 aa  123  9e-28  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.263255  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0794  50S ribosomal protein L27  70.24 
 
 
85 aa  122  1e-27  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  0.0000203934  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0559  50S ribosomal protein L27  69.05 
 
 
85 aa  122  2e-27  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  hitchhiker  0.00191418  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0362  50S ribosomal protein L27  70.73 
 
 
85 aa  120  7e-27  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  hitchhiker  0.000249852  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2854  50S ribosomal protein L27  70.73 
 
 
86 aa  119  9.999999999999999e-27  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.0000000234792  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00801  50S ribosomal protein L27  69.51 
 
 
85 aa  119  9.999999999999999e-27  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001672  LSU ribosomal protein L27p  69.51 
 
 
85 aa  119  9.999999999999999e-27  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00000226464  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1201  50S ribosomal protein L27  67.42 
 
 
89 aa  119  1.9999999999999998e-26  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.862516  normal 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4102  50S ribosomal protein L27  66.67 
 
 
90 aa  119  1.9999999999999998e-26  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.500877 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3359  ribosomal protein L27  66.67 
 
 
85 aa  118  3e-26  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  hitchhiker  0.000421163  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4511  50S ribosomal protein L27  65.48 
 
 
85 aa  118  3e-26  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1415  50S ribosomal protein L27  69.41 
 
 
85 aa  118  3e-26  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0643  50S ribosomal protein L27  67.07 
 
 
84 aa  117  4.9999999999999996e-26  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  0.301948  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0474  50S ribosomal protein L27  69.51 
 
 
85 aa  117  4.9999999999999996e-26  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  unclonable  0.0000000000537628  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1037  50S ribosomal protein L27  67.07 
 
 
84 aa  117  6e-26  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.0000000911721  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3611  50S ribosomal protein L27  68.29 
 
 
85 aa  117  6e-26  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000000711047  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3322  50S ribosomal protein L27  67.07 
 
 
84 aa  117  6e-26  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.000000182867  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1070  50S ribosomal protein L27  67.07 
 
 
84 aa  117  6e-26  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00000153229  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0968  50S ribosomal protein L27  67.07 
 
 
84 aa  117  6e-26  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00000160226  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0870  50S ribosomal protein L27  67.07 
 
 
84 aa  117  6e-26  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.000000545576  normal 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3975  50S ribosomal protein L27  68.29 
 
 
85 aa  117  6e-26  Yersinia pestis Angola  Bacteria  unclonable  0.00000000000219143  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3756  50S ribosomal protein L27  68.29 
 
 
85 aa  117  6e-26  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.00000137777  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0955  50S ribosomal protein L27  67.07 
 
 
84 aa  116  7.999999999999999e-26  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.455715  normal 
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0897  50S ribosomal protein L27  74.39 
 
 
82 aa  116  7.999999999999999e-26  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  hitchhiker  0.00000108191  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0853  50S ribosomal protein L27  67.07 
 
 
84 aa  116  9e-26  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  decreased coverage  0.00000000152445  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3737  50S ribosomal protein L27  65.48 
 
 
85 aa  116  9e-26  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.000346028  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3651  50S ribosomal protein L27  67.07 
 
 
84 aa  116  9.999999999999999e-26  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0798  ribosomal protein L27  61.8 
 
 
91 aa  115  9.999999999999999e-26  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0702  50S ribosomal protein L27  61.8 
 
 
91 aa  115  9.999999999999999e-26  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.616074 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3662  50S ribosomal protein L27  65.48 
 
 
85 aa  115  9.999999999999999e-26  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  decreased coverage  0.0000324123  normal  0.0701159 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3564  50S ribosomal protein L27  65.48 
 
 
85 aa  115  9.999999999999999e-26  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  hitchhiker  0.00211833  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03730  50S ribosomal protein L27  65.48 
 
 
85 aa  116  9.999999999999999e-26  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  decreased coverage  0.00000322672  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0980  50S ribosomal protein L27  67.07 
 
 
84 aa  116  9.999999999999999e-26  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.000000110997  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3493  50S ribosomal protein L27  65.48 
 
 
85 aa  115  9.999999999999999e-26  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000310399  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0246  50S ribosomal protein L27  66.67 
 
 
85 aa  116  9.999999999999999e-26  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  hitchhiker  0.000000945082  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0896  50S ribosomal protein L27  67.07 
 
 
84 aa  115  9.999999999999999e-26  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000837185  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3124  50S ribosomal protein L27  67.07 
 
 
84 aa  115  9.999999999999999e-26  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.000107863  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3600  50S ribosomal protein L27  65.48 
 
 
85 aa  115  9.999999999999999e-26  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  hitchhiker  0.00592088  normal  0.834432 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3495  50S ribosomal protein L27  65.48 
 
 
85 aa  115  9.999999999999999e-26  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  hitchhiker  0.0000222447  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3218  50S ribosomal protein L27  67.07 
 
 
84 aa  116  9.999999999999999e-26  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00000270517  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2828  50S ribosomal protein L27  68.29 
 
 
84 aa  116  9.999999999999999e-26  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.000000113295  normal  0.198807 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3478  ribosomal protein L27  65.48 
 
 
85 aa  115  9.999999999999999e-26  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  unclonable  0.00000653762  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1005  50S ribosomal protein L27  67.07 
 
 
84 aa  115  1.9999999999999998e-25  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.00000876711  decreased coverage  0.00000356458 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3471  50S ribosomal protein L27  65.52 
 
 
87 aa  115  1.9999999999999998e-25  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.00282639  normal  0.386116 
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0487  50S ribosomal protein L27  65.56 
 
 
88 aa  115  1.9999999999999998e-25  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0497  50S ribosomal protein L27  64.04 
 
 
90 aa  115  1.9999999999999998e-25  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000000367607  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2926  50S ribosomal protein L27  67.07 
 
 
84 aa  115  1.9999999999999998e-25  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.000000309766  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0856  50S ribosomal protein L27  63.95 
 
 
86 aa  115  1.9999999999999998e-25  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.701213  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3088  50S ribosomal protein L27  65.85 
 
 
84 aa  114  3e-25  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_1223  ribosomal protein L27  68.29 
 
 
83 aa  114  3.9999999999999997e-25  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000141785 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1617  50S ribosomal protein L27  70.37 
 
 
82 aa  114  5e-25  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  hitchhiker  0.000121175  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0454  50S ribosomal protein L27  66.67 
 
 
89 aa  113  6.9999999999999995e-25  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2247  50S ribosomal protein L27  65.48 
 
 
85 aa  113  7.999999999999999e-25  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  hitchhiker  0.000000479005  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3207  ribosomal protein L27  66.27 
 
 
85 aa  113  7.999999999999999e-25  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1682  50S ribosomal protein L27  62.92 
 
 
90 aa  113  7.999999999999999e-25  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  hitchhiker  0.00000249957  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0865  50S ribosomal protein L27  65.12 
 
 
87 aa  112  1.0000000000000001e-24  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.437144  normal 
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0546  50S ribosomal protein L27  65.91 
 
 
88 aa  113  1.0000000000000001e-24  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2218  50S ribosomal protein L27  67.86 
 
 
85 aa  112  1.0000000000000001e-24  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.000000800329  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_3418  50S ribosomal protein L27  68.6 
 
 
88 aa  112  1.0000000000000001e-24  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0764  50S ribosomal protein L27  62.65 
 
 
85 aa  113  1.0000000000000001e-24  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000000191049  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0348  50S ribosomal protein L27  71.43 
 
 
84 aa  112  1.0000000000000001e-24  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.000000453633  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>