More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dshi_1461 on replicon NC_009952
Organism: Dinoroseobacter shibae DFL 12



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009952  Dshi_1461  50S ribosomal protein L27  100 
 
 		 89 aa  179  9.000000000000001e-45  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.0317862 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2281  50S ribosomal protein L27  80.9 
 
 		 89 aa  153  7e-37  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.350544  normal  1 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3800  50S ribosomal protein L27  80.9 
 
 		 89 aa  150  5e-36  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3512  50S ribosomal protein L27  79.78 
 
 		 89 aa  150  8e-36  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3820  50S ribosomal protein L27  79.78 
 
 		 89 aa  150  8e-36  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.360985  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1201  50S ribosomal protein L27  78.65 
 
 		 89 aa  148  2e-35  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.862516  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4102  50S ribosomal protein L27  75.56 
 
 		 90 aa  143  8.000000000000001e-34  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.500877 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0247  50S ribosomal protein L27  77.53 
 
 		 89 aa  141  2e-33  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2143  50S ribosomal protein L27  78.89 
 
 		 90 aa  141  3e-33  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.672881 
 
 
-
 
NC_004310  BR1849  50S ribosomal protein L27  76.4 
 
 		 89 aa  140  5e-33  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1781  50S ribosomal protein L27  76.4 
 
 		 89 aa  140  5e-33  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.810643  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1051  50S ribosomal protein L27  75.28 
 
 		 89 aa  139  9.999999999999999e-33  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.212456  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4921  50S ribosomal protein L27  78.65 
 
 		 88 aa  139  9.999999999999999e-33  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.0271507  normal  0.71556 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4876  50S ribosomal protein L27  78.65 
 
 		 88 aa  139  9.999999999999999e-33  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.387156 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4413  50S ribosomal protein L27  78.65 
 
 		 88 aa  139  9.999999999999999e-33  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0152  50S ribosomal protein L27  77.78 
 
 		 90 aa  138  1.9999999999999998e-32  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.670785  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0154  50S ribosomal protein L27  77.27 
 
 		 90 aa  138  1.9999999999999998e-32  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0588  50S ribosomal protein L27  77.78 
 
 		 90 aa  139  1.9999999999999998e-32  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0515  50S ribosomal protein L27  79.55 
 
 		 90 aa  138  1.9999999999999998e-32  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3006  50S ribosomal protein L27  75.28 
 
 		 89 aa  138  3e-32  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.549132 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1241  50S ribosomal protein L27  80.46 
 
 		 85 aa  137  3.9999999999999997e-32  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.572861  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2785  50S ribosomal protein L27  77.53 
 
 		 89 aa  137  3.9999999999999997e-32  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.0242571  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3460  50S ribosomal protein L27  76.4 
 
 		 89 aa  137  6e-32  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.159862  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0440  50S ribosomal protein L27  77.27 
 
 		 90 aa  137  7e-32  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.944777  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1482  50S ribosomal protein L27  79.07 
 
 		 93 aa  137  7e-32  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4287  50S ribosomal protein L27  74.44 
 
 		 90 aa  136  7.999999999999999e-32  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.835773  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4194  50S ribosomal protein L27  71.91 
 
 		 89 aa  135  2e-31  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3870  50S ribosomal protein L27  71.91 
 
 		 89 aa  135  2e-31  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.403314  normal  0.0137956 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2042  50S ribosomal protein L27  77.53 
 
 		 89 aa  135  2e-31  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.20995 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0107  50S ribosomal protein L27  77.53 
 
 		 88 aa  135  2e-31  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.176189 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3892  50S ribosomal protein L27  76.4 
 
 		 89 aa  134  3.0000000000000003e-31  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.624543  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0930  50S ribosomal protein L27  75.28 
 
 		 89 aa  134  6.0000000000000005e-31  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0417  50S ribosomal protein L27  73.63 
 
 		 91 aa  131  3e-30  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.302693 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0193  50S ribosomal protein L27  72.22 
 
 		 90 aa  130  6e-30  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.451706 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0310  50S ribosomal protein L27  68.54 
 
 		 89 aa  129  1.0000000000000001e-29  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3188  50S ribosomal protein L27  73.56 
 
 		 89 aa  127  4.0000000000000003e-29  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.263255  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4724  50S ribosomal protein L27  71.91 
 
 		 88 aa  127  6e-29  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0668122  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3282  50S ribosomal protein L27  72.53 
 
 		 91 aa  127  7.000000000000001e-29  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0455195 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0232  50S ribosomal protein L27  70.79 
 
 		 89 aa  125  3e-28  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0426  50S ribosomal protein L27  73.33 
 
 		 89 aa  125  3e-28  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.449955  normal  1 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0108  50S ribosomal protein L27  67.44 
 
 		 87 aa  124  4.0000000000000003e-28  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0454  50S ribosomal protein L27  68.97 
 
 		 89 aa  123  6e-28  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4211  50S ribosomal protein L27  68.97 
 
 		 93 aa  123  8.000000000000001e-28  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.121619 
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0487  50S ribosomal protein L27  67.05 
 
 		 88 aa  121  3e-27  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1415  50S ribosomal protein L27  69.41 
 
 		 85 aa  121  4e-27  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0546  50S ribosomal protein L27  65.91 
 
 		 88 aa  119  9.999999999999999e-27  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3351  50S ribosomal protein L27  74.07 
 
 		 86 aa  119  9.999999999999999e-27  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.00061388  normal  1 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0497  50S ribosomal protein L27  64.77 
 
 		 90 aa  119  1.9999999999999998e-26  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000000367607  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1682  50S ribosomal protein L27  64.77 
 
 		 90 aa  119  1.9999999999999998e-26  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  hitchhiker  0.00000249957  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3471  50S ribosomal protein L27  65.52 
 
 		 87 aa  118  3e-26  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.00282639  normal  0.386116 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2247  50S ribosomal protein L27  70.24 
 
 		 85 aa  117  4.9999999999999996e-26  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  hitchhiker  0.000000479005  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0798  ribosomal protein L27  64.04 
 
 		 91 aa  117  4.9999999999999996e-26  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0702  50S ribosomal protein L27  64.04 
 
 		 91 aa  117  4.9999999999999996e-26  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.616074 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00801  50S ribosomal protein L27  70.73 
 
 		 85 aa  116  9.999999999999999e-26  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0897  50S ribosomal protein L27  70.73 
 
 		 82 aa  116  9.999999999999999e-26  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  hitchhiker  0.00000108191  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001672  LSU ribosomal protein L27p  70.73 
 
 		 85 aa  116  9.999999999999999e-26  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00000226464  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1009  50S ribosomal protein L27  68.67 
 
 		 85 aa  115  1.9999999999999998e-25  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000911893  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0348  50S ribosomal protein L27  69.88 
 
 		 84 aa  115  1.9999999999999998e-25  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.000000453633  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0865  50S ribosomal protein L27  65.12 
 
 		 87 aa  114  3e-25  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.437144  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3207  ribosomal protein L27  68.67 
 
 		 85 aa  115  3e-25  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0246  50S ribosomal protein L27  67.86 
 
 		 85 aa  114  3e-25  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  hitchhiker  0.000000945082  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0362  50S ribosomal protein L27  70.73 
 
 		 85 aa  114  3e-25  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  hitchhiker  0.000249852  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0461  50S ribosomal protein L27  64.77 
 
 		 86 aa  114  3.9999999999999997e-25  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00297252 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1816  50S ribosomal protein L27  67.86 
 
 		 85 aa  114  3.9999999999999997e-25  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0284  50S ribosomal protein L27  64.77 
 
 		 86 aa  114  3.9999999999999997e-25  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.349085  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1379  50S ribosomal protein L27  67.44 
 
 		 89 aa  114  6e-25  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2006  ribosomal protein L27  67.86 
 
 		 86 aa  113  6.9999999999999995e-25  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.962508  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0856  50S ribosomal protein L27  63.95 
 
 		 86 aa  113  6.9999999999999995e-25  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.701213  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0794  50S ribosomal protein L27  66.67 
 
 		 85 aa  113  7.999999999999999e-25  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  0.0000203934  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2218  50S ribosomal protein L27  67.86 
 
 		 85 aa  112  1.0000000000000001e-24  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.000000800329  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0559  50S ribosomal protein L27  65.48 
 
 		 85 aa  112  1.0000000000000001e-24  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  hitchhiker  0.00191418  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03730  50S ribosomal protein L27  65.48 
 
 		 85 aa  112  2.0000000000000002e-24  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  decreased coverage  0.00000322672  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4511  50S ribosomal protein L27  64.29 
 
 		 85 aa  111  3e-24  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0870  50S ribosomal protein L27  67.07 
 
 		 84 aa  111  3e-24  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.000000545576  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0647  50S ribosomal protein L27  61.8 
 
 		 89 aa  111  3e-24  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  0.908873 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2854  50S ribosomal protein L27  68.29 
 
 		 86 aa  111  3e-24  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.0000000234792  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0968  50S ribosomal protein L27  65.85 
 
 		 84 aa  111  4.0000000000000004e-24  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00000160226  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD0135  50S ribosomal protein L27  66.67 
 
 		 89 aa  111  4.0000000000000004e-24  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1070  50S ribosomal protein L27  65.85 
 
 		 84 aa  111  4.0000000000000004e-24  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00000153229  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1037  50S ribosomal protein L27  65.85 
 
 		 84 aa  111  4.0000000000000004e-24  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.0000000911721  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0955  50S ribosomal protein L27  67.07 
 
 		 84 aa  111  4.0000000000000004e-24  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.455715  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3322  50S ribosomal protein L27  65.85 
 
 		 84 aa  111  4.0000000000000004e-24  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.000000182867  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3359  ribosomal protein L27  65.48 
 
 		 85 aa  110  5e-24  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  hitchhiker  0.000421163  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_40780  50S ribosomal protein L27  67.86 
 
 		 85 aa  110  6e-24  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4237  50S ribosomal protein L27  67.47 
 
 		 85 aa  110  7.000000000000001e-24  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.00000765087  hitchhiker  0.00000018706 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0846  50S ribosomal protein L27  63.53 
 
 		 86 aa  110  7.000000000000001e-24  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3621  50S ribosomal protein L27  63.1 
 
 		 85 aa  110  7.000000000000001e-24  Enterobacter sp. 638  Bacteria  unclonable  0.00000000351057  normal  0.260967 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03050  50S ribosomal protein L27  65.85 
 
 		 85 aa  110  8.000000000000001e-24  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.00726587  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0522  ribosomal protein L27  65.85 
 
 		 85 aa  110  8.000000000000001e-24  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.000000023922  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03001  hypothetical protein  65.85 
 
 		 85 aa  110  8.000000000000001e-24  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.0066535  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3670  50S ribosomal protein L27  65.85 
 
 		 85 aa  110  8.000000000000001e-24  Escherichia coli E24377A  Bacteria  unclonable  0.0000000000000967389  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3378  50S ribosomal protein L27  65.85 
 
 		 85 aa  110  8.000000000000001e-24  Escherichia coli HS  Bacteria  unclonable  1.4045e-22  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3585  50S ribosomal protein L27  65.85 
 
 		 85 aa  110  8.000000000000001e-24  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000000250774  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4507  50S ribosomal protein L27  65.85 
 
 		 85 aa  110  8.000000000000001e-24  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  unclonable  0.00000000060246  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0853  50S ribosomal protein L27  65.85 
 
 		 84 aa  110  8.000000000000001e-24  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  decreased coverage  0.00000000152445  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0515  50S ribosomal protein L27  65.85 
 
 		 85 aa  110  8.000000000000001e-24  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.00000794781  normal  0.0169565 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_3242  50S ribosomal protein L27  60.23 
 
 		 95 aa  110  8.000000000000001e-24  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3481  50S ribosomal protein L27  65.85 
 
 		 85 aa  110  8.000000000000001e-24  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.00000000491459  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3088  50S ribosomal protein L27  65.85 
 
 		 84 aa  110  9e-24  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2828  50S ribosomal protein L27  67.07 
 
 		 84 aa  110  9e-24  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.000000113295  normal  0.198807 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>