165 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bamb_0020 on replicon NC_008390
Organism: Burkholderia ambifaria AMMD



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_006348  BMA2674  type III DNA modification methyltransferase  70.33 
 
 
677 aa  962    Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0259  type III DNA modification methyltransferase  70.18 
 
 
677 aa  958    Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3213  site-specific DNA-methyltransferase (adenine-specific)  96.28 
 
 
672 aa  1340    Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0041  type III DNA modification methyltransferase  69.81 
 
 
682 aa  960    Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0042  site-specific DNA-methyltransferase (adenine-specific)  96.58 
 
 
672 aa  1344    Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0930861  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0020  site-specific DNA-methyltransferase (adenine-specific)  100 
 
 
672 aa  1387    Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0028  site-specific DNA-methyltransferase (adenine-specific)  96.58 
 
 
672 aa  1344    Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.666272  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3280  type III DNA modification methyltransferase  70.6 
 
 
671 aa  959    Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1847  type III DNA modification methyltransferase  70.6 
 
 
671 aa  959    Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0046  type III DNA modification methyltransferase  70.6 
 
 
671 aa  959    Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0046  type III DNA modification methyltransferase  70.18 
 
 
677 aa  958    Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.312444  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2705  type III DNA modification methyltransferase  70.6 
 
 
671 aa  959    Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0029  site-specific DNA-methyltransferase (adenine-specific)  99.7 
 
 
668 aa  1375    Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0029  site-specific DNA-methyltransferase (adenine-specific)  92.86 
 
 
688 aa  1300    Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0047  site-specific DNA-methyltransferase (adenine-specific)  96.41 
 
 
668 aa  1333    Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4205  DNA methylase N-4/N-6 domain-containing protein  46.81 
 
 
661 aa  551  1e-155  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0188789  normal  0.0659615 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1394  DNA methylase N-4/N-6 domain protein  46.82 
 
 
651 aa  533  1e-150  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1128  Site-specific DNA-methyltransferase (adenine-specific)  43.7 
 
 
643 aa  528  1e-148  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4593  Site-specific DNA-methyltransferase (adenine-specific)  42.52 
 
 
624 aa  522  1e-146  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0159  site-specific DNA-methyltransferase (adenine-specific)  43.88 
 
 
668 aa  512  1e-144  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0741814  unclonable  0.0000000322464 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0237  DNA methylase N-4/N-6 domain-containing protein  44.22 
 
 
626 aa  494  9.999999999999999e-139  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0787  site-specific DNA-methyltransferase (adenine-specific)  43.91 
 
 
649 aa  478  1e-133  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal  0.0759094 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2928  site-specific DNA-methyltransferase (adenine-specific)  39.26 
 
 
624 aa  456  1e-127  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.537631  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2179  Site-specific DNA-methyltransferase (adenine-specific)  38.57 
 
 
648 aa  441  9.999999999999999e-123  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0519  DNA methylase N-4/N-6  36.68 
 
 
610 aa  401  9.999999999999999e-111  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0543  DNA methylase N-4/N-6  36.52 
 
 
657 aa  377  1e-103  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0263725  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0364  DNA methylase N-4/N-6 domain protein  35.17 
 
 
637 aa  374  1e-102  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  decreased coverage  0.000437677 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1548  site-specific DNA-methyltransferase (adenine-specific)  33.67 
 
 
611 aa  370  1e-101  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0567  Site-specific DNA-methyltransferase (adenine-specific)  34.02 
 
 
629 aa  339  9.999999999999999e-92  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal  0.0682574 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0514  DNA methylase N-4/N-6 domain-containing protein  34.48 
 
 
664 aa  333  6e-90  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5227  Site-specific DNA-methyltransferase (adenine- specific)  33.48 
 
 
641 aa  333  6e-90  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.154135  normal 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0580  Site-specific DNA-methyltransferase (adenine-specific)  34.28 
 
 
629 aa  333  9e-90  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1828  site-specific DNA-methyltransferase (adenine-specific)  33.53 
 
 
632 aa  315  1.9999999999999998e-84  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3047  Site-specific DNA-methyltransferase (adenine-specific)  33.43 
 
 
660 aa  313  5.999999999999999e-84  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1148  Site-specific DNA-methyltransferase (adenine-specific)  31.56 
 
 
644 aa  313  6.999999999999999e-84  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.753419  normal  0.0281042 
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0154  site-specific DNA-methyltransferase (adenine-specific)  31.96 
 
 
646 aa  311  2e-83  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  0.0328767  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1946  Site-specific DNA-methyltransferase (adenine-specific)  33.95 
 
 
631 aa  297  4e-79  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0802  DNA methylase N-4/N-6 domain protein  33.93 
 
 
586 aa  283  9e-75  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_1201  hypothetical protein  30.13 
 
 
636 aa  279  1e-73  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  normal  0.04112 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0848  Site-specific DNA-methyltransferase (adenine-specific)  32.29 
 
 
658 aa  278  2e-73  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.561376  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0582  DNA methylase N-4/N-6  52.76 
 
 
660 aa  272  2e-71  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.204678  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1743  adenine specific DNA methylase Mod-like  32 
 
 
445 aa  250  7e-65  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.0524205  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_05370  adenine specific DNA methylase Mod  31.15 
 
 
646 aa  242  2e-62  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4904  N4/N6-methyltransferase family protein  32.76 
 
 
1040 aa  224  4e-57  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.658462  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2208  Site-specific DNA-methyltransferase (adenine-specific)  31.02 
 
 
477 aa  221  5e-56  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1521  DNA methylase N-4/N-6 domain protein  43.7 
 
 
632 aa  219  1e-55  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  hitchhiker  0.000681847  hitchhiker  0.000103984 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0392  type III restriction-modification system StyLTI enzyme mod  30.05 
 
 
652 aa  212  2e-53  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.292703  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0452  type III restriction-modification system StyLTI enzyme mod  30.29 
 
 
652 aa  211  4e-53  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  decreased coverage  1.31948e-23 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0410  type III restriction-modification system StyLTI enzyme mod  30.29 
 
 
652 aa  211  4e-53  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.640065  decreased coverage  0.0000000770056 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0397  type III restriction-modification system StyLTI enzyme mod  30.29 
 
 
652 aa  211  5e-53  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  decreased coverage  1.4274e-23 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0389  type III restriction-modification system StyLTI enzyme mod  30.29 
 
 
652 aa  210  6e-53  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  decreased coverage  1.57999e-20 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2240  DNA methylase N-4/N-6 domain protein  31.05 
 
 
571 aa  209  2e-52  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.252325  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0224  DNA methylase N-4/N-6 domain-containing protein  42.23 
 
 
656 aa  204  4e-51  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  decreased coverage  0.0000113178 
 
 
-
 
NC_002936  DET1112  type III restriction-modification system, methylase subunit  41.54 
 
 
587 aa  203  9.999999999999999e-51  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.350936  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2487  DNA methylase N-4/N-6 domain-containing protein  39.62 
 
 
658 aa  201  3e-50  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.661764  normal  0.0354295 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1746  type III restriction system methylase  52.78 
 
 
173 aa  199  1.0000000000000001e-49  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2249  type III restriction-modification system methylation subunit  47.62 
 
 
227 aa  197  4.0000000000000005e-49  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0851  Site-specific DNA-methyltransferase (adenine-specific)  35.17 
 
 
586 aa  193  1e-47  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.273669  n/a   
 
 
-
 
NC_011879  Achl_4042  DNA methylase N-4/N-6 domain protein  34.32 
 
 
710 aa  186  2.0000000000000003e-45  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.693121 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0361  type III restriction-modification system, Mod subunit  40.66 
 
 
683 aa  180  8e-44  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  unclonable  0.0000361373  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0593  DNA methylase N-4/N-6 domain-containing protein  31.45 
 
 
1073 aa  180  1e-43  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_4001  DNA methylase N-4/N-6 domain protein  33.33 
 
 
520 aa  176  9e-43  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0972  adenine specific DNA methylase  30.65 
 
 
531 aa  171  4e-41  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.223028  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1018  type III restriction-modification system enzyme, M subunit  26.5 
 
 
669 aa  163  8.000000000000001e-39  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4390  site-specific DNA-methyltransferase (adenine-specific)  30.72 
 
 
531 aa  160  9e-38  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013207  Aaci_3086  Site-specific DNA-methyltransferase (adenine- specific)  29.67 
 
 
571 aa  159  2e-37  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_1419  Site-specific DNA-methyltransferase (adenine- specific)  30.49 
 
 
528 aa  155  2.9999999999999998e-36  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03955  methyltransferase  29.68 
 
 
543 aa  154  5.9999999999999996e-36  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE0099  adenine-specific DNA modification methyltransferase  28.03 
 
 
428 aa  153  8e-36  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.145446  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3707  site-specific DNA-methyltransferase (adenine-specific)  30.2 
 
 
392 aa  152  3e-35  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.0529764  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0882  site-specific DNA-methyltransferase (adenine-specific)  28.81 
 
 
542 aa  147  5e-34  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1004  methyltransferase  28.99 
 
 
526 aa  144  6e-33  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2276  adenine specific DNA methylase  32.23 
 
 
559 aa  142  1.9999999999999998e-32  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.403052  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2740  DNA methylase N-4/N-6 domain-containing protein  28.22 
 
 
609 aa  142  3e-32  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00029702  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0869  DNA methylase N-4/N-6 domain-containing protein  28.1 
 
 
505 aa  137  7.000000000000001e-31  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3656  adenine specific DNA methylase Mod  28.08 
 
 
567 aa  132  3e-29  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  hitchhiker  0.0000129355  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_52350  adenine specific DNA methylase N-4/N-6  28.68 
 
 
560 aa  129  1.0000000000000001e-28  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0305  DNA methylase N-4/N-6 domain-containing protein  27.1 
 
 
510 aa  129  1.0000000000000001e-28  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1980  DNA methylase N-4/N-6 domain protein  25.75 
 
 
547 aa  126  2e-27  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.612228  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_4169  DNA methylase N-4/N-6 domain-containing protein  26.68 
 
 
553 aa  125  4e-27  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3803  Site-specific DNA-methyltransferase (adenine-specific)  27.58 
 
 
566 aa  122  3e-26  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0936  adenine specific DNA methylase MOD  27.53 
 
 
577 aa  121  3.9999999999999996e-26  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  decreased coverage  0.000403504  normal  0.65434 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0676  DNA methylase N-4/N-6  27.23 
 
 
520 aa  121  3.9999999999999996e-26  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal  0.635951 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3323  DNA methylase  27.36 
 
 
542 aa  120  6e-26  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.622136  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_4096  DNA methylase N-4/N-6 domain-containing protein  27.99 
 
 
545 aa  120  7e-26  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.480555 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5299  DNA methylase domain protein  24.53 
 
 
643 aa  119  9.999999999999999e-26  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.389542  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1085  DNA methylase N-4/N-6 domain-containing protein  27.05 
 
 
540 aa  119  1.9999999999999998e-25  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2247  DNA methylase N-4/N-6 domain-containing protein  30.12 
 
 
396 aa  118  3e-25  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1480  DNA methylase N-4/N-6 domain-containing protein  26.83 
 
 
1055 aa  117  7.999999999999999e-25  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0826  DNA methylase N-4/N-6 domain protein  26.44 
 
 
1050 aa  111  5e-23  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.927537  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1463  adenine specific DNA methylase Mod-like protein  25.64 
 
 
633 aa  108  4e-22  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0197  hypothetical protein  25 
 
 
646 aa  107  1e-21  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013731  Slin_6680  DNA methylase N-4/N-6 domain protein  25.3 
 
 
644 aa  101  6e-20  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  decreased coverage  0.000000759129  normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2706  DNA methylase N-4/N-6 domain protein  26.24 
 
 
438 aa  96.7  1e-18  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_1021  adenine specific DNA methyltransferase  38.85 
 
 
227 aa  95.9  2e-18  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2779  DNA methylase N-4/N-6 domain-containing protein  34.12 
 
 
622 aa  94.7  5e-18  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.787774  normal  0.393495 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1539  DNA methylase N-4/N-6 domain-containing protein  23.87 
 
 
1077 aa  94.4  7e-18  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal  0.648492 
 
 
-
 
NC_011374  UUR10_0534  DNA methylase  26.06 
 
 
360 aa  93.6  1e-17  Ureaplasma urealyticum serovar 10 str. ATCC 33699  Bacteria  normal  0.0447789  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1580  DNA methylase N-4/N-6 domain-containing protein  36.24 
 
 
570 aa  92.4  3e-17  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008739  Maqu_4077  DNA methylase N-4/N-6 domain-containing protein  31.82 
 
 
635 aa  90.5  1e-16  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>