222 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Tbd_2276 on replicon NC_007404
Organism: Thiobacillus denitrificans ATCC 25259



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007404  Tbd_2276  adenine specific DNA methylase  100 
 
 
559 aa  1156    Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.403052  normal 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0972  adenine specific DNA methylase  47.54 
 
 
531 aa  502  1e-141  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.223028  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_52350  adenine specific DNA methylase N-4/N-6  53.47 
 
 
560 aa  447  1.0000000000000001e-124  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4390  site-specific DNA-methyltransferase (adenine-specific)  40.18 
 
 
531 aa  378  1e-103  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0305  DNA methylase N-4/N-6 domain-containing protein  39.31 
 
 
510 aa  373  1e-102  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013207  Aaci_3086  Site-specific DNA-methyltransferase (adenine- specific)  40.62 
 
 
571 aa  346  5e-94  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2740  DNA methylase N-4/N-6 domain-containing protein  46.94 
 
 
609 aa  346  8e-94  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00029702  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03955  methyltransferase  47.16 
 
 
543 aa  335  1e-90  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0882  site-specific DNA-methyltransferase (adenine-specific)  47.55 
 
 
542 aa  330  4e-89  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2240  DNA methylase N-4/N-6 domain protein  36.21 
 
 
571 aa  323  5e-87  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.252325  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0851  Site-specific DNA-methyltransferase (adenine-specific)  35.91 
 
 
586 aa  321  1.9999999999999998e-86  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.273669  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_4096  DNA methylase N-4/N-6 domain-containing protein  35.89 
 
 
545 aa  315  9.999999999999999e-85  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.480555 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1828  site-specific DNA-methyltransferase (adenine-specific)  42.86 
 
 
632 aa  313  5.999999999999999e-84  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0869  DNA methylase N-4/N-6 domain-containing protein  35.09 
 
 
505 aa  310  2.9999999999999997e-83  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1946  Site-specific DNA-methyltransferase (adenine-specific)  44.3 
 
 
631 aa  310  5e-83  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1980  DNA methylase N-4/N-6 domain protein  42.56 
 
 
547 aa  300  6e-80  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.612228  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2779  DNA methylase N-4/N-6 domain-containing protein  40.38 
 
 
622 aa  283  4.0000000000000003e-75  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.787774  normal  0.393495 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2208  Site-specific DNA-methyltransferase (adenine-specific)  43.49 
 
 
477 aa  283  5.000000000000001e-75  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0676  DNA methylase N-4/N-6  35.35 
 
 
520 aa  280  5e-74  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal  0.635951 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_4169  DNA methylase N-4/N-6 domain-containing protein  38.06 
 
 
553 aa  279  1e-73  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4593  Site-specific DNA-methyltransferase (adenine-specific)  42.18 
 
 
624 aa  278  3e-73  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1548  site-specific DNA-methyltransferase (adenine-specific)  39.2 
 
 
611 aa  275  2.0000000000000002e-72  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0567  Site-specific DNA-methyltransferase (adenine-specific)  41.48 
 
 
629 aa  273  6e-72  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal  0.0682574 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0580  Site-specific DNA-methyltransferase (adenine-specific)  43.44 
 
 
629 aa  269  1e-70  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3656  adenine specific DNA methylase Mod  37.13 
 
 
567 aa  262  1e-68  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  hitchhiker  0.0000129355  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1085  DNA methylase N-4/N-6 domain-containing protein  41.05 
 
 
540 aa  262  1e-68  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1004  methyltransferase  41.15 
 
 
526 aa  260  5.0000000000000005e-68  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3803  Site-specific DNA-methyltransferase (adenine-specific)  36.38 
 
 
566 aa  259  1e-67  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_1201  hypothetical protein  39.79 
 
 
636 aa  253  8.000000000000001e-66  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  normal  0.04112 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2928  site-specific DNA-methyltransferase (adenine-specific)  40.6 
 
 
624 aa  252  2e-65  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.537631  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1128  Site-specific DNA-methyltransferase (adenine-specific)  40.78 
 
 
643 aa  240  5.999999999999999e-62  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0848  Site-specific DNA-methyltransferase (adenine-specific)  40.96 
 
 
658 aa  236  8e-61  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.561376  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0519  DNA methylase N-4/N-6  36.74 
 
 
610 aa  233  8.000000000000001e-60  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3323  DNA methylase  36.05 
 
 
542 aa  229  1e-58  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.622136  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0787  site-specific DNA-methyltransferase (adenine-specific)  39.78 
 
 
649 aa  218  2e-55  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal  0.0759094 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3047  Site-specific DNA-methyltransferase (adenine-specific)  38.86 
 
 
660 aa  218  2e-55  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0802  DNA methylase N-4/N-6 domain protein  37.83 
 
 
586 aa  217  4e-55  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0936  adenine specific DNA methylase MOD  33.56 
 
 
577 aa  216  9.999999999999999e-55  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  decreased coverage  0.000403504  normal  0.65434 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2179  Site-specific DNA-methyltransferase (adenine-specific)  35.39 
 
 
648 aa  212  1e-53  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0410  type III restriction-modification system StyLTI enzyme mod  35.25 
 
 
652 aa  195  1e-48  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.640065  decreased coverage  0.0000000770056 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0452  type III restriction-modification system StyLTI enzyme mod  35.25 
 
 
652 aa  195  2e-48  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  decreased coverage  1.31948e-23 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0392  type III restriction-modification system StyLTI enzyme mod  35.25 
 
 
652 aa  195  2e-48  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.292703  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0397  type III restriction-modification system StyLTI enzyme mod  35.25 
 
 
652 aa  195  2e-48  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  decreased coverage  1.4274e-23 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0389  type III restriction-modification system StyLTI enzyme mod  35.25 
 
 
652 aa  195  2e-48  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  decreased coverage  1.57999e-20 
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0154  site-specific DNA-methyltransferase (adenine-specific)  33.25 
 
 
646 aa  193  6e-48  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  0.0328767  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE0099  adenine-specific DNA modification methyltransferase  32.32 
 
 
428 aa  191  4e-47  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.145446  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1148  Site-specific DNA-methyltransferase (adenine-specific)  34.82 
 
 
644 aa  188  3e-46  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.753419  normal  0.0281042 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0361  type III restriction-modification system, Mod subunit  29.25 
 
 
683 aa  179  8e-44  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  unclonable  0.0000361373  n/a   
 
 
-
 
NC_008739  Maqu_4077  DNA methylase N-4/N-6 domain-containing protein  31.52 
 
 
635 aa  177  6e-43  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0224  DNA methylase N-4/N-6 domain-containing protein  31.5 
 
 
656 aa  176  8e-43  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  decreased coverage  0.0000113178 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_4001  DNA methylase N-4/N-6 domain protein  33.77 
 
 
520 aa  173  9e-42  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_1419  Site-specific DNA-methyltransferase (adenine- specific)  31.17 
 
 
528 aa  172  1e-41  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1539  DNA methylase N-4/N-6 domain-containing protein  32.41 
 
 
1077 aa  171  3e-41  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal  0.648492 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4205  DNA methylase N-4/N-6 domain-containing protein  33.41 
 
 
661 aa  171  3e-41  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0188789  normal  0.0659615 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0543  DNA methylase N-4/N-6  31.25 
 
 
657 aa  169  9e-41  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0263725  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0397  DNA methylase N-4/N-6 domain-containing protein  31.37 
 
 
1028 aa  168  2e-40  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00293449 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5227  Site-specific DNA-methyltransferase (adenine- specific)  32.59 
 
 
641 aa  167  5.9999999999999996e-40  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.154135  normal 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0364  DNA methylase N-4/N-6 domain protein  30.23 
 
 
637 aa  164  3e-39  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  decreased coverage  0.000437677 
 
 
-
 
NC_013731  Slin_6680  DNA methylase N-4/N-6 domain protein  29.93 
 
 
644 aa  164  5.0000000000000005e-39  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  decreased coverage  0.000000759129  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0582  DNA methylase N-4/N-6  31.88 
 
 
660 aa  163  7e-39  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.204678  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1394  DNA methylase N-4/N-6 domain protein  36.02 
 
 
651 aa  162  1e-38  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0237  DNA methylase N-4/N-6 domain-containing protein  35.28 
 
 
626 aa  159  1e-37  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0047  site-specific DNA-methyltransferase (adenine-specific)  31.73 
 
 
668 aa  159  1e-37  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0042  site-specific DNA-methyltransferase (adenine-specific)  31.89 
 
 
672 aa  159  2e-37  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0930861  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0028  site-specific DNA-methyltransferase (adenine-specific)  31.89 
 
 
672 aa  159  2e-37  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.666272  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0020  site-specific DNA-methyltransferase (adenine-specific)  32.23 
 
 
672 aa  157  3e-37  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0029  site-specific DNA-methyltransferase (adenine-specific)  31.79 
 
 
688 aa  157  3e-37  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1521  DNA methylase N-4/N-6 domain protein  30.84 
 
 
632 aa  157  4e-37  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  hitchhiker  0.000681847  hitchhiker  0.000103984 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0029  site-specific DNA-methyltransferase (adenine-specific)  31.63 
 
 
668 aa  157  6e-37  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008738  Maqu_4240  DNA methylase N-4/N-6 domain-containing protein  28.76 
 
 
657 aa  157  7e-37  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5299  DNA methylase domain protein  30.05 
 
 
643 aa  155  1e-36  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.389542  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3213  site-specific DNA-methyltransferase (adenine-specific)  32.56 
 
 
672 aa  156  1e-36  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1018  type III restriction-modification system enzyme, M subunit  30.85 
 
 
669 aa  155  2e-36  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1480  DNA methylase N-4/N-6 domain-containing protein  28.88 
 
 
1055 aa  151  3e-35  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0593  DNA methylase N-4/N-6 domain-containing protein  26.79 
 
 
1073 aa  150  6e-35  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0041  type III DNA modification methyltransferase  29.16 
 
 
682 aa  146  8.000000000000001e-34  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1840  DNA methylase N-4/N-6 domain-containing protein  28.24 
 
 
1019 aa  145  2e-33  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0062  DNA methylase N-4/N-6 domain-containing protein  28.24 
 
 
1019 aa  145  2e-33  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  0.218127  normal 
 
 
-
 
NC_006348  BMA2674  type III DNA modification methyltransferase  29.33 
 
 
677 aa  144  3e-33  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0259  type III DNA modification methyltransferase  29.33 
 
 
677 aa  144  3e-33  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0046  type III DNA modification methyltransferase  29.33 
 
 
677 aa  144  3e-33  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.312444  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3280  type III DNA modification methyltransferase  29.33 
 
 
671 aa  144  4e-33  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1847  type III DNA modification methyltransferase  29.33 
 
 
671 aa  144  4e-33  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0046  type III DNA modification methyltransferase  29.33 
 
 
671 aa  144  4e-33  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2705  type III DNA modification methyltransferase  29.33 
 
 
671 aa  144  4e-33  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011879  Achl_4042  DNA methylase N-4/N-6 domain protein  28.35 
 
 
710 aa  143  7e-33  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.693121 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0159  site-specific DNA-methyltransferase (adenine-specific)  32.11 
 
 
668 aa  142  9.999999999999999e-33  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0741814  unclonable  0.0000000322464 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1463  adenine specific DNA methylase Mod-like protein  31.06 
 
 
633 aa  141  3.9999999999999997e-32  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0342  DNA methylase N-4/N-6 domain protein  28.33 
 
 
581 aa  141  3.9999999999999997e-32  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1743  adenine specific DNA methylase Mod-like  31.49 
 
 
445 aa  140  6e-32  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.0524205  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0826  DNA methylase N-4/N-6 domain protein  26.67 
 
 
1050 aa  140  7e-32  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.927537  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3707  site-specific DNA-methyltransferase (adenine-specific)  32.81 
 
 
392 aa  139  1e-31  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.0529764  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0514  DNA methylase N-4/N-6 domain-containing protein  44.16 
 
 
664 aa  139  1e-31  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2247  DNA methylase N-4/N-6 domain-containing protein  36.33 
 
 
396 aa  137  4e-31  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2706  DNA methylase N-4/N-6 domain protein  28.61 
 
 
438 aa  136  9e-31  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_002936  DET1112  type III restriction-modification system, methylase subunit  26.79 
 
 
587 aa  136  9.999999999999999e-31  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.350936  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0197  hypothetical protein  27.11 
 
 
646 aa  134  3.9999999999999996e-30  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE0731  type III restriction/modification enzyme, methylase subunit  26.71 
 
 
675 aa  134  6e-30  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0655  DNA methylase N-4/N-6 domain protein  30.08 
 
 
442 aa  132  1.0000000000000001e-29  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  decreased coverage  0.000525307  normal  0.106062 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0346  DNA methylase N-4/N-6 domain protein  28.09 
 
 
636 aa  128  3e-28  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>