163 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_4593 on replicon NC_012791
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007484  Noc_2928  site-specific DNA-methyltransferase (adenine-specific)  51.9 
 
 
624 aa  662    Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.537631  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4593  Site-specific DNA-methyltransferase (adenine-specific)  100 
 
 
624 aa  1295    Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0787  site-specific DNA-methyltransferase (adenine-specific)  56.13 
 
 
649 aa  690    Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal  0.0759094 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1128  Site-specific DNA-methyltransferase (adenine-specific)  54.56 
 
 
643 aa  658    Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4205  DNA methylase N-4/N-6 domain-containing protein  52.23 
 
 
661 aa  624  1e-177  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0188789  normal  0.0659615 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0237  DNA methylase N-4/N-6 domain-containing protein  50.94 
 
 
626 aa  563  1.0000000000000001e-159  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1548  site-specific DNA-methyltransferase (adenine-specific)  45.21 
 
 
611 aa  560  1e-158  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0519  DNA methylase N-4/N-6  45.53 
 
 
610 aa  533  1e-150  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0580  Site-specific DNA-methyltransferase (adenine-specific)  44.41 
 
 
629 aa  528  1e-149  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3213  site-specific DNA-methyltransferase (adenine-specific)  43.26 
 
 
672 aa  529  1e-149  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0582  DNA methylase N-4/N-6  46.23 
 
 
660 aa  528  1e-149  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.204678  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0042  site-specific DNA-methyltransferase (adenine-specific)  42.82 
 
 
672 aa  527  1e-148  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0930861  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0028  site-specific DNA-methyltransferase (adenine-specific)  42.82 
 
 
672 aa  527  1e-148  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.666272  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0567  Site-specific DNA-methyltransferase (adenine-specific)  44.25 
 
 
629 aa  525  1e-148  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal  0.0682574 
 
 
-
 
NC_006348  BMA2674  type III DNA modification methyltransferase  44.22 
 
 
677 aa  523  1e-147  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0020  site-specific DNA-methyltransferase (adenine-specific)  42.52 
 
 
672 aa  522  1e-147  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0029  site-specific DNA-methyltransferase (adenine-specific)  43.11 
 
 
688 aa  524  1e-147  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0047  site-specific DNA-methyltransferase (adenine-specific)  42.58 
 
 
668 aa  523  1e-147  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0259  type III DNA modification methyltransferase  44.07 
 
 
677 aa  520  1e-146  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3280  type III DNA modification methyltransferase  44.22 
 
 
671 aa  520  1e-146  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1847  type III DNA modification methyltransferase  44.22 
 
 
671 aa  520  1e-146  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0046  type III DNA modification methyltransferase  44.22 
 
 
671 aa  520  1e-146  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0046  type III DNA modification methyltransferase  44.07 
 
 
677 aa  520  1e-146  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.312444  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2705  type III DNA modification methyltransferase  44.22 
 
 
671 aa  520  1e-146  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0029  site-specific DNA-methyltransferase (adenine-specific)  42.29 
 
 
668 aa  519  1e-146  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0041  type III DNA modification methyltransferase  43.46 
 
 
682 aa  508  9.999999999999999e-143  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1946  Site-specific DNA-methyltransferase (adenine-specific)  43.46 
 
 
631 aa  471  1.0000000000000001e-131  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1828  site-specific DNA-methyltransferase (adenine-specific)  42.81 
 
 
632 aa  461  9.999999999999999e-129  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2179  Site-specific DNA-methyltransferase (adenine-specific)  38.6 
 
 
648 aa  437  1e-121  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0848  Site-specific DNA-methyltransferase (adenine-specific)  40.22 
 
 
658 aa  434  1e-120  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.561376  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0364  DNA methylase N-4/N-6 domain protein  39.21 
 
 
637 aa  416  9.999999999999999e-116  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  decreased coverage  0.000437677 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_1201  hypothetical protein  38.71 
 
 
636 aa  405  1e-111  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  normal  0.04112 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1394  DNA methylase N-4/N-6 domain protein  73.93 
 
 
651 aa  399  1e-109  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1148  Site-specific DNA-methyltransferase (adenine-specific)  35.46 
 
 
644 aa  381  1e-104  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.753419  normal  0.0281042 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5227  Site-specific DNA-methyltransferase (adenine- specific)  36.49 
 
 
641 aa  372  1e-101  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.154135  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3047  Site-specific DNA-methyltransferase (adenine-specific)  36.86 
 
 
660 aa  370  1e-101  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1521  DNA methylase N-4/N-6 domain protein  34.8 
 
 
632 aa  370  1e-101  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  hitchhiker  0.000681847  hitchhiker  0.000103984 
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0154  site-specific DNA-methyltransferase (adenine-specific)  35.07 
 
 
646 aa  370  1e-101  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  0.0328767  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2208  Site-specific DNA-methyltransferase (adenine-specific)  42.5 
 
 
477 aa  371  1e-101  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0159  site-specific DNA-methyltransferase (adenine-specific)  66.93 
 
 
668 aa  367  1e-100  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0741814  unclonable  0.0000000322464 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0802  DNA methylase N-4/N-6 domain protein  37.76 
 
 
586 aa  363  7.0000000000000005e-99  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1743  adenine specific DNA methylase Mod-like  42.7 
 
 
445 aa  358  1.9999999999999998e-97  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.0524205  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2487  DNA methylase N-4/N-6 domain-containing protein  34.47 
 
 
658 aa  335  2e-90  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.661764  normal  0.0354295 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0543  DNA methylase N-4/N-6  32.99 
 
 
657 aa  330  4e-89  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0263725  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0224  DNA methylase N-4/N-6 domain-containing protein  34.52 
 
 
656 aa  323  5e-87  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  decreased coverage  0.0000113178 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_05370  adenine specific DNA methylase Mod  35.59 
 
 
646 aa  312  1e-83  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4390  site-specific DNA-methyltransferase (adenine-specific)  42.23 
 
 
531 aa  303  5.000000000000001e-81  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0972  adenine specific DNA methylase  41.46 
 
 
531 aa  301  3e-80  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.223028  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0361  type III restriction-modification system, Mod subunit  31.37 
 
 
683 aa  298  1e-79  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  unclonable  0.0000361373  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03955  methyltransferase  40.74 
 
 
543 aa  296  7e-79  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0882  site-specific DNA-methyltransferase (adenine-specific)  42.29 
 
 
542 aa  293  8e-78  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1980  DNA methylase N-4/N-6 domain protein  38.92 
 
 
547 aa  275  2.0000000000000002e-72  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.612228  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0305  DNA methylase N-4/N-6 domain-containing protein  37.62 
 
 
510 aa  274  3e-72  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2740  DNA methylase N-4/N-6 domain-containing protein  42.11 
 
 
609 aa  273  6e-72  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00029702  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0869  DNA methylase N-4/N-6 domain-containing protein  37.84 
 
 
505 aa  267  5e-70  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2276  adenine specific DNA methylase  42.18 
 
 
559 aa  265  2e-69  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.403052  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_4096  DNA methylase N-4/N-6 domain-containing protein  37.72 
 
 
545 aa  260  6e-68  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.480555 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0514  DNA methylase N-4/N-6 domain-containing protein  49.39 
 
 
664 aa  256  7e-67  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_4169  DNA methylase N-4/N-6 domain-containing protein  35.89 
 
 
553 aa  255  1.0000000000000001e-66  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0392  type III restriction-modification system StyLTI enzyme mod  35.36 
 
 
652 aa  253  9.000000000000001e-66  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.292703  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0397  type III restriction-modification system StyLTI enzyme mod  35.36 
 
 
652 aa  253  9.000000000000001e-66  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  decreased coverage  1.4274e-23 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0389  type III restriction-modification system StyLTI enzyme mod  35.36 
 
 
652 aa  253  9.000000000000001e-66  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  decreased coverage  1.57999e-20 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0452  type III restriction-modification system StyLTI enzyme mod  35.36 
 
 
652 aa  253  1e-65  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  decreased coverage  1.31948e-23 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0410  type III restriction-modification system StyLTI enzyme mod  35.36 
 
 
652 aa  252  1e-65  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.640065  decreased coverage  0.0000000770056 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_52350  adenine specific DNA methylase N-4/N-6  34.16 
 
 
560 aa  246  9e-64  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3803  Site-specific DNA-methyltransferase (adenine-specific)  37.72 
 
 
566 aa  246  9.999999999999999e-64  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0676  DNA methylase N-4/N-6  37.16 
 
 
520 aa  245  1.9999999999999999e-63  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal  0.635951 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3656  adenine specific DNA methylase Mod  35.63 
 
 
567 aa  243  5e-63  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  hitchhiker  0.0000129355  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1004  methyltransferase  40.8 
 
 
526 aa  238  2e-61  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1085  DNA methylase N-4/N-6 domain-containing protein  38.42 
 
 
540 aa  238  3e-61  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013207  Aaci_3086  Site-specific DNA-methyltransferase (adenine- specific)  36.68 
 
 
571 aa  234  3e-60  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1746  type III restriction system methylase  60.56 
 
 
173 aa  225  2e-57  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET1112  type III restriction-modification system, methylase subunit  41.94 
 
 
587 aa  216  9.999999999999999e-55  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.350936  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE0099  adenine-specific DNA modification methyltransferase  32.89 
 
 
428 aa  210  6e-53  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.145446  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2247  DNA methylase N-4/N-6 domain-containing protein  33.17 
 
 
396 aa  202  9.999999999999999e-51  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2249  type III restriction-modification system methylation subunit  47.47 
 
 
227 aa  199  2.0000000000000003e-49  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3323  DNA methylase  30.97 
 
 
542 aa  196  1e-48  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.622136  n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_1419  Site-specific DNA-methyltransferase (adenine- specific)  30.68 
 
 
528 aa  194  3e-48  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1018  type III restriction-modification system enzyme, M subunit  29.68 
 
 
669 aa  194  6e-48  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1539  DNA methylase N-4/N-6 domain-containing protein  32.18 
 
 
1077 aa  186  2.0000000000000003e-45  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal  0.648492 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0936  adenine specific DNA methylase MOD  30.34 
 
 
577 aa  176  9.999999999999999e-43  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  decreased coverage  0.000403504  normal  0.65434 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2240  DNA methylase N-4/N-6 domain protein  30.94 
 
 
571 aa  176  1.9999999999999998e-42  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.252325  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0397  DNA methylase N-4/N-6 domain-containing protein  32.02 
 
 
1028 aa  165  3e-39  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00293449 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3707  site-specific DNA-methyltransferase (adenine-specific)  32.7 
 
 
392 aa  163  1e-38  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.0529764  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1480  DNA methylase N-4/N-6 domain-containing protein  31.03 
 
 
1055 aa  158  4e-37  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008739  Maqu_4077  DNA methylase N-4/N-6 domain-containing protein  27.7 
 
 
635 aa  157  7e-37  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2779  DNA methylase N-4/N-6 domain-containing protein  31.41 
 
 
622 aa  156  1e-36  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.787774  normal  0.393495 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0851  Site-specific DNA-methyltransferase (adenine-specific)  28.14 
 
 
586 aa  155  2.9999999999999998e-36  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.273669  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5299  DNA methylase domain protein  30.12 
 
 
643 aa  154  5.9999999999999996e-36  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.389542  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1463  adenine specific DNA methylase Mod-like protein  28.36 
 
 
633 aa  149  2.0000000000000003e-34  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0826  DNA methylase N-4/N-6 domain protein  26.83 
 
 
1050 aa  147  4.0000000000000006e-34  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.927537  n/a   
 
 
-
 
NC_011879  Achl_4042  DNA methylase N-4/N-6 domain protein  29.02 
 
 
710 aa  144  4e-33  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.693121 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_4001  DNA methylase N-4/N-6 domain protein  28.84 
 
 
520 aa  134  3.9999999999999996e-30  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008738  Maqu_4240  DNA methylase N-4/N-6 domain-containing protein  27.36 
 
 
657 aa  133  7.999999999999999e-30  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0197  hypothetical protein  26.63 
 
 
646 aa  131  4.0000000000000003e-29  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0593  DNA methylase N-4/N-6 domain-containing protein  27.05 
 
 
1073 aa  127  5e-28  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0062  DNA methylase N-4/N-6 domain-containing protein  27.68 
 
 
1019 aa  121  3e-26  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  0.218127  normal 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1840  DNA methylase N-4/N-6 domain-containing protein  27.68 
 
 
1019 aa  121  3e-26  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013731  Slin_6680  DNA methylase N-4/N-6 domain protein  25.5 
 
 
644 aa  120  7.999999999999999e-26  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  decreased coverage  0.000000759129  normal 
 
 
-
 
NC_011374  UUR10_0534  DNA methylase  29.74 
 
 
360 aa  115  3e-24  Ureaplasma urealyticum serovar 10 str. ATCC 33699  Bacteria  normal  0.0447789  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>