160 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Daci_4205 on replicon NC_010002
Organism: Delftia acidovorans SPH-1



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008609  Ppro_0237  DNA methylase N-4/N-6 domain-containing protein  54.64 
 
 
626 aa  635    Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0159  site-specific DNA-methyltransferase (adenine-specific)  53.86 
 
 
668 aa  643    Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0741814  unclonable  0.0000000322464 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1128  Site-specific DNA-methyltransferase (adenine-specific)  54.42 
 
 
643 aa  659    Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4593  Site-specific DNA-methyltransferase (adenine-specific)  52.23 
 
 
624 aa  652    Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4205  DNA methylase N-4/N-6 domain-containing protein  100 
 
 
661 aa  1360    Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0188789  normal  0.0659615 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0787  site-specific DNA-methyltransferase (adenine-specific)  53.18 
 
 
649 aa  616  1e-175  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal  0.0759094 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0582  DNA methylase N-4/N-6  50.22 
 
 
660 aa  586  1e-166  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.204678  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2928  site-specific DNA-methyltransferase (adenine-specific)  47.42 
 
 
624 aa  579  1e-164  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.537631  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3213  site-specific DNA-methyltransferase (adenine-specific)  46.67 
 
 
672 aa  579  1e-164  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0042  site-specific DNA-methyltransferase (adenine-specific)  47.25 
 
 
672 aa  580  1e-164  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0930861  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0028  site-specific DNA-methyltransferase (adenine-specific)  47.25 
 
 
672 aa  580  1e-164  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.666272  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0029  site-specific DNA-methyltransferase (adenine-specific)  46.96 
 
 
688 aa  580  1e-164  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0047  site-specific DNA-methyltransferase (adenine-specific)  47.1 
 
 
668 aa  579  1e-164  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0020  site-specific DNA-methyltransferase (adenine-specific)  46.81 
 
 
672 aa  574  1.0000000000000001e-162  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0029  site-specific DNA-methyltransferase (adenine-specific)  46.81 
 
 
668 aa  575  1.0000000000000001e-162  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006348  BMA2674  type III DNA modification methyltransferase  47.59 
 
 
677 aa  554  1e-156  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0259  type III DNA modification methyltransferase  48.05 
 
 
677 aa  552  1e-156  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3280  type III DNA modification methyltransferase  47.59 
 
 
671 aa  553  1e-156  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1847  type III DNA modification methyltransferase  47.59 
 
 
671 aa  553  1e-156  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0046  type III DNA modification methyltransferase  47.59 
 
 
671 aa  553  1e-156  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0046  type III DNA modification methyltransferase  48.05 
 
 
677 aa  552  1e-156  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.312444  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2705  type III DNA modification methyltransferase  47.59 
 
 
671 aa  553  1e-156  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0041  type III DNA modification methyltransferase  46.27 
 
 
682 aa  540  9.999999999999999e-153  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0364  DNA methylase N-4/N-6 domain protein  42.84 
 
 
637 aa  507  9.999999999999999e-143  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  decreased coverage  0.000437677 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0519  DNA methylase N-4/N-6  43.01 
 
 
610 aa  470  1.0000000000000001e-131  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2179  Site-specific DNA-methyltransferase (adenine-specific)  41.16 
 
 
648 aa  463  1e-129  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1548  site-specific DNA-methyltransferase (adenine-specific)  38.48 
 
 
611 aa  410  1e-113  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1394  DNA methylase N-4/N-6 domain protein  74.8 
 
 
651 aa  391  1e-107  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0580  Site-specific DNA-methyltransferase (adenine-specific)  36.2 
 
 
629 aa  371  1e-101  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0567  Site-specific DNA-methyltransferase (adenine-specific)  36.21 
 
 
629 aa  372  1e-101  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal  0.0682574 
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0154  site-specific DNA-methyltransferase (adenine-specific)  37.12 
 
 
646 aa  368  1e-100  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  0.0328767  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1521  DNA methylase N-4/N-6 domain protein  34.91 
 
 
632 aa  361  2e-98  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  hitchhiker  0.000681847  hitchhiker  0.000103984 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5227  Site-specific DNA-methyltransferase (adenine- specific)  35.47 
 
 
641 aa  353  5.9999999999999994e-96  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.154135  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2487  DNA methylase N-4/N-6 domain-containing protein  34.64 
 
 
658 aa  353  7e-96  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.661764  normal  0.0354295 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0543  DNA methylase N-4/N-6  34.26 
 
 
657 aa  352  2e-95  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0263725  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3047  Site-specific DNA-methyltransferase (adenine-specific)  38.54 
 
 
660 aa  345  2e-93  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1946  Site-specific DNA-methyltransferase (adenine-specific)  37.23 
 
 
631 aa  345  2e-93  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0848  Site-specific DNA-methyltransferase (adenine-specific)  36.29 
 
 
658 aa  343  4e-93  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.561376  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1828  site-specific DNA-methyltransferase (adenine-specific)  37.33 
 
 
632 aa  338  1.9999999999999998e-91  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0224  DNA methylase N-4/N-6 domain-containing protein  34.4 
 
 
656 aa  337  5e-91  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  decreased coverage  0.0000113178 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_1201  hypothetical protein  35.37 
 
 
636 aa  332  2e-89  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  normal  0.04112 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1743  adenine specific DNA methylase Mod-like  39.09 
 
 
445 aa  319  9e-86  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.0524205  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET1112  type III restriction-modification system, methylase subunit  33.18 
 
 
587 aa  314  3.9999999999999997e-84  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.350936  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0361  type III restriction-modification system, Mod subunit  34.9 
 
 
683 aa  311  2e-83  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  unclonable  0.0000361373  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_05370  adenine specific DNA methylase Mod  36.07 
 
 
646 aa  300  6e-80  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0514  DNA methylase N-4/N-6 domain-containing protein  54.07 
 
 
664 aa  264  4e-69  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0802  DNA methylase N-4/N-6 domain protein  31.41 
 
 
586 aa  260  5.0000000000000005e-68  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2208  Site-specific DNA-methyltransferase (adenine-specific)  32.89 
 
 
477 aa  256  1.0000000000000001e-66  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1746  type III restriction system methylase  63.33 
 
 
173 aa  232  2e-59  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1148  Site-specific DNA-methyltransferase (adenine-specific)  46.44 
 
 
644 aa  229  2e-58  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.753419  normal  0.0281042 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1480  DNA methylase N-4/N-6 domain-containing protein  35.29 
 
 
1055 aa  213  1e-53  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2779  DNA methylase N-4/N-6 domain-containing protein  35.28 
 
 
622 aa  210  9e-53  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.787774  normal  0.393495 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1018  type III restriction-modification system enzyme, M subunit  30.99 
 
 
669 aa  209  1e-52  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0392  type III restriction-modification system StyLTI enzyme mod  31.83 
 
 
652 aa  206  1e-51  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.292703  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0389  type III restriction-modification system StyLTI enzyme mod  31.83 
 
 
652 aa  206  1e-51  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  decreased coverage  1.57999e-20 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0452  type III restriction-modification system StyLTI enzyme mod  31.6 
 
 
652 aa  206  1e-51  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  decreased coverage  1.31948e-23 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0397  type III restriction-modification system StyLTI enzyme mod  31.83 
 
 
652 aa  206  1e-51  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  decreased coverage  1.4274e-23 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0410  type III restriction-modification system StyLTI enzyme mod  31.83 
 
 
652 aa  205  2e-51  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.640065  decreased coverage  0.0000000770056 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2249  type III restriction-modification system methylation subunit  49.31 
 
 
227 aa  203  9.999999999999999e-51  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3707  site-specific DNA-methyltransferase (adenine-specific)  32.94 
 
 
392 aa  187  4e-46  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.0529764  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE0099  adenine-specific DNA modification methyltransferase  31.87 
 
 
428 aa  177  5e-43  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.145446  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4390  site-specific DNA-methyltransferase (adenine-specific)  33.01 
 
 
531 aa  173  9e-42  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3323  DNA methylase  29.71 
 
 
542 aa  169  1e-40  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.622136  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03955  methyltransferase  31.07 
 
 
543 aa  168  2e-40  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0826  DNA methylase N-4/N-6 domain protein  29.8 
 
 
1050 aa  166  1.0000000000000001e-39  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.927537  n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_1419  Site-specific DNA-methyltransferase (adenine- specific)  29.48 
 
 
528 aa  165  3e-39  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0972  adenine specific DNA methylase  33.33 
 
 
531 aa  164  7e-39  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.223028  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2276  adenine specific DNA methylase  33.41 
 
 
559 aa  158  3e-37  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.403052  normal 
 
 
-
 
NC_013207  Aaci_3086  Site-specific DNA-methyltransferase (adenine- specific)  31.43 
 
 
571 aa  158  3e-37  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0882  site-specific DNA-methyltransferase (adenine-specific)  31.93 
 
 
542 aa  158  3e-37  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2740  DNA methylase N-4/N-6 domain-containing protein  31.25 
 
 
609 aa  157  5.0000000000000005e-37  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00029702  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1980  DNA methylase N-4/N-6 domain protein  29.2 
 
 
547 aa  154  4e-36  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.612228  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2240  DNA methylase N-4/N-6 domain protein  31.03 
 
 
571 aa  152  2e-35  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.252325  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5299  DNA methylase domain protein  28.25 
 
 
643 aa  151  3e-35  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.389542  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1004  methyltransferase  30.43 
 
 
526 aa  150  5e-35  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3803  Site-specific DNA-methyltransferase (adenine-specific)  27.75 
 
 
566 aa  149  1.0000000000000001e-34  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1463  adenine specific DNA methylase Mod-like protein  28.26 
 
 
633 aa  147  6e-34  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0936  adenine specific DNA methylase MOD  27.94 
 
 
577 aa  145  2e-33  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  decreased coverage  0.000403504  normal  0.65434 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0305  DNA methylase N-4/N-6 domain-containing protein  27.71 
 
 
510 aa  145  2e-33  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0851  Site-specific DNA-methyltransferase (adenine-specific)  31.31 
 
 
586 aa  141  3e-32  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.273669  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_52350  adenine specific DNA methylase N-4/N-6  29.02 
 
 
560 aa  139  2e-31  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0869  DNA methylase N-4/N-6 domain-containing protein  28.51 
 
 
505 aa  136  9.999999999999999e-31  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_4096  DNA methylase N-4/N-6 domain-containing protein  28.11 
 
 
545 aa  135  1.9999999999999998e-30  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.480555 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1260  DNA methylase N-4/N-6 domain-containing protein  28.72 
 
 
719 aa  135  1.9999999999999998e-30  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.481233  normal  0.398811 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3656  adenine specific DNA methylase Mod  26.94 
 
 
567 aa  134  3.9999999999999996e-30  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  hitchhiker  0.0000129355  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2068  DNA methylase N-4/N-6 domain protein  28.61 
 
 
999 aa  132  2.0000000000000002e-29  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2247  DNA methylase N-4/N-6 domain-containing protein  27.23 
 
 
396 aa  131  3e-29  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_4169  DNA methylase N-4/N-6 domain-containing protein  26.71 
 
 
553 aa  130  1.0000000000000001e-28  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1085  DNA methylase N-4/N-6 domain-containing protein  29.55 
 
 
540 aa  127  8.000000000000001e-28  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0676  DNA methylase N-4/N-6  26.87 
 
 
520 aa  122  3e-26  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal  0.635951 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_4001  DNA methylase N-4/N-6 domain protein  28.53 
 
 
520 aa  121  4.9999999999999996e-26  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1539  DNA methylase N-4/N-6 domain-containing protein  26.6 
 
 
1077 aa  118  3e-25  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal  0.648492 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0397  DNA methylase N-4/N-6 domain-containing protein  28.81 
 
 
1028 aa  115  3e-24  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00293449 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0593  DNA methylase N-4/N-6 domain-containing protein  26.52 
 
 
1073 aa  115  4.0000000000000004e-24  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1580  DNA methylase N-4/N-6 domain-containing protein  40.94 
 
 
570 aa  105  3e-21  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE0731  type III restriction/modification enzyme, methylase subunit  36.09 
 
 
675 aa  103  1e-20  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_2574  adenine specific DNA methylase Mod  32.28 
 
 
692 aa  102  2e-20  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011879  Achl_4042  DNA methylase N-4/N-6 domain protein  33.95 
 
 
710 aa  99.4  2e-19  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.693121 
 
 
-
 
NC_008739  Maqu_4077  DNA methylase N-4/N-6 domain-containing protein  28.9 
 
 
635 aa  97.1  9e-19  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011374  UUR10_0534  DNA methylase  28.09 
 
 
360 aa  96.3  1e-18  Ureaplasma urealyticum serovar 10 str. ATCC 33699  Bacteria  normal  0.0447789  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>