106 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Acry_R0041 on replicon NC_009484
Organism: Acidiphilium cryptum JF-5



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009484  Acry_R0041  tRNA-Leu  100 
 
 		 86 bp  170  3e-41  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_R0004  tRNA-Leu  97.67 
 
 		 86 bp  155  2e-36  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.549944  normal  0.0458093 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_R0009  tRNA-Leu  90.8 
 
 		 87 bp  101  3e-20  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_R0036  tRNA-Leu  90.59 
 
 		 85 bp  89.7  1e-16  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_R0002  tRNA-Leu  88.51 
 
 		 87 bp  85.7  0.000000000000002  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.164011  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_R0034  tRNA-Leu  88.51 
 
 		 87 bp  85.7  0.000000000000002  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.566958 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_R0035  tRNA-Leu  88.51 
 
 		 87 bp  85.7  0.000000000000002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_4338  tRNA-Leu  87.36 
 
 		 87 bp  77.8  0.0000000000004  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.162299  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_R0052  tRNA-Leu  87.36 
 
 		 87 bp  77.8  0.0000000000004  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_R0013  tRNA-Leu  87.36 
 
 		 87 bp  77.8  0.0000000000004  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_R0009  tRNA-Leu  87.36 
 
 		 87 bp  77.8  0.0000000000004  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.553252  normal  0.0230597 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_R0037  tRNA-Leu  87.36 
 
 		 87 bp  77.8  0.0000000000004  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.477957  normal  0.0356548 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_R0048  tRNA-Leu  89.66 
 
 		 85 bp  77.8  0.0000000000004  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_6043  tRNA-Leu  87.36 
 
 		 87 bp  77.8  0.0000000000004  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.768445  normal  0.843688 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_R0049  tRNA-Leu  86.75 
 
 		 83 bp  77.8  0.0000000000004  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.000122389  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_R0103  tRNA-Leu  86.75 
 
 		 83 bp  77.8  0.0000000000004  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_R0050  tRNA-Leu  86.05 
 
 		 86 bp  75.8  0.000000000001  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.00000589808  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_R0020  tRNA-Leu  90.16 
 
 		 87 bp  73.8  0.000000000006  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.424906  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_R0014  tRNA-Leu  87.36 
 
 		 85 bp  71.9  0.00000000002  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0110996  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1044  tRNA-Leu  87.36 
 
 		 85 bp  71.9  0.00000000002  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.255738  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_R0019  tRNA-Leu  87.36 
 
 		 85 bp  71.9  0.00000000002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  hitchhiker  0.0000161496  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_R0039  tRNA-Leu  87.36 
 
 		 85 bp  71.9  0.00000000002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.419334  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_R0047  tRNA-Leu  87.36 
 
 		 85 bp  71.9  0.00000000002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.899585  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_R0030  tRNA-Leu  87.36 
 
 		 85 bp  71.9  0.00000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.299812  normal  0.066505 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4568  tRNA-Leu  87.36 
 
 		 85 bp  71.9  0.00000000002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.666254  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_R0030  tRNA-Leu  87.36 
 
 		 85 bp  71.9  0.00000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5663  tRNA-Leu  85.54 
 
 		 86 bp  69.9  0.00000000009  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.00000000889486  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  tRNA-Leu-4  tRNA-Leu  85.54 
 
 		 89 bp  69.9  0.00000000009  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.0000000610285  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  tRNA-Leu-5  tRNA-Leu  85.54 
 
 		 89 bp  69.9  0.00000000009  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  decreased coverage  1.3138200000000001e-18  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  tRNA-Leu-6  tRNA-Leu  85.54 
 
 		 89 bp  69.9  0.00000000009  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000162179  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  tRNA-Leu-1  tRNA-Leu  85.54 
 
 		 86 bp  69.9  0.00000000009  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000815391  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_AR0037  tRNA-Leu  86.21 
 
 		 87 bp  69.9  0.00000000009  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_R0050  tRNA-Leu  85.54 
 
 		 86 bp  69.9  0.00000000009  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  decreased coverage  0.00000197413  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0298  tRNA-Leu  85.54 
 
 		 86 bp  69.9  0.00000000009  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.0000000067681  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5671  tRNA-Leu  85.54 
 
 		 86 bp  69.9  0.00000000009  Bacillus cereus B4264  Bacteria  unclonable  0.0000115086  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5045  tRNA-Leu  85.54 
 
 		 86 bp  69.9  0.00000000009  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.00000000280343  normal  1 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0276  tRNA-Leu  85.54 
 
 		 86 bp  69.9  0.00000000009  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_R0061  tRNA-Leu  85.54 
 
 		 83 bp  69.9  0.00000000009  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR_t19  tRNA-Leu  86.9 
 
 		 82 bp  65.9  0.000000001  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR_t20  tRNA-Leu  86.9 
 
 		 82 bp  65.9  0.000000001  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.178087  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0645  tRNA-Leu  86.21 
 
 		 85 bp  63.9  0.000000006  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.282647  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_R0058  tRNA-Leu  86.21 
 
 		 85 bp  63.9  0.000000006  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0282506 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_R0074  tRNA-Leu  86.21 
 
 		 85 bp  63.9  0.000000006  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_R0052  tRNA-Leu  87.32 
 
 		 87 bp  61.9  0.00000002  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0021  tRNA-Leu  87.32 
 
 		 87 bp  61.9  0.00000002  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.763911  hitchhiker  0.00000000000407532 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_R0072  tRNA-Leu  84.34 
 
 		 86 bp  61.9  0.00000002  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  hitchhiker  0.00000050044  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_R0072  tRNA-Leu  84.34 
 
 		 86 bp  61.9  0.00000002  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  decreased coverage  0.000000217176  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_R0027  tRNA-Leu  97.14 
 
 		 88 bp  61.9  0.00000002  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_t0012  tRNA-Leu  97.14 
 
 		 88 bp  61.9  0.00000002  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.594813  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_R0005  tRNA-Leu  87.32 
 
 		 87 bp  61.9  0.00000002  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.886135  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_R0066  tRNA-Leu  85.06 
 
 		 87 bp  61.9  0.00000002  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.557427  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_1379  tRNA-Leu  97.14 
 
 		 91 bp  61.9  0.00000002  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  0.107567 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_R0036  tRNA-Leu  100 
 
 		 87 bp  60  0.00000009  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.247967  decreased coverage  0.00943738 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_R0026  tRNA-Leu  85.71 
 
 		 86 bp  60  0.00000009  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.794805  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1054  tRNA-Leu  86.89 
 
 		 84 bp  58  0.0000003  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  hitchhiker  0.0011771  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0946  tRNA-Leu  86.89 
 
 		 87 bp  58  0.0000003  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_R0025  tRNA-Leu  94.29 
 
 		 86 bp  54  0.000005  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.873101  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_R0033  tRNA-Leu  94.29 
 
 		 85 bp  54  0.000005  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.34016  normal  0.730319 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_R0027  tRNA-Leu  94.29 
 
 		 86 bp  54  0.000005  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.994542  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_R0040  tRNA-Leu  94.29 
 
 		 86 bp  54  0.000005  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0360515  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_R0024  tRNA-Leu  94.29 
 
 		 86 bp  54  0.000005  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.478295  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_R0029  tRNA-Leu  94.29 
 
 		 89 bp  54  0.000005  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.711987 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_R0034  tRNA-Leu  94.29 
 
 		 83 bp  54  0.000005  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_R0024  tRNA-Leu  94.29 
 
 		 86 bp  54  0.000005  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.7456  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_R0036  tRNA-Leu  94.29 
 
 		 86 bp  54  0.000005  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_R0035  tRNA-Leu  94.29 
 
 		 84 bp  54  0.000005  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_14022  tRNA-Leu  94.29 
 
 		 89 bp  54  0.000005  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_R0037  tRNA-Leu  94.29 
 
 		 87 bp  54  0.000005  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.994208  normal  0.020013 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_R0028  tRNA-Leu  94.29 
 
 		 86 bp  54  0.000005  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.639598  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_R0038  tRNA-Leu  94.29 
 
 		 86 bp  54  0.000005  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000000434442 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_R0056  tRNA-Leu  94.29 
 
 		 86 bp  54  0.000005  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.177317  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_R0031  tRNA-Leu  94.29 
 
 		 84 bp  54  0.000005  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.0989322 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_17070  tRNA-Leu  94.29 
 
 		 88 bp  54  0.000005  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.779723 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_13650  tRNA-Leu  94.29 
 
 		 87 bp  54  0.000005  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  hitchhiker  0.00181798  normal  0.743101 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_R0036  tRNA-Leu  94.29 
 
 		 88 bp  54  0.000005  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.0619619  normal  0.0360334 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_R0037  tRNA-Leu  94.29 
 
 		 88 bp  54  0.000005  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.0612357  normal  0.0343105 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_R0036  tRNA-Leu  94.29 
 
 		 83 bp  54  0.000005  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.0000019352  hitchhiker  0.000141748 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_R0040  tRNA-Leu  94.29 
 
 		 86 bp  54  0.000005  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  decreased coverage  0.00145069  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_21100  tRNA-Leu  94.29 
 
 		 83 bp  54  0.000005  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.570038  normal  0.190308 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_21120  tRNA-Leu  94.29 
 
 		 83 bp  54  0.000005  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.387136  normal  0.20293 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_R0030  tRNA-Leu  94.29 
 
 		 85 bp  54  0.000005  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_R0028  tRNA-Leu  94.29 
 
 		 88 bp  54  0.000005  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.380759  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_R0007  tRNA-Leu  94.12 
 
 		 84 bp  52  0.00002  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0151  tRNA-Leu  94.12 
 
 		 84 bp  52  0.00002  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_t1519  tRNA-Leu  96.67 
 
 		 89 bp  52  0.00002  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  hitchhiker  0.0000000428065  normal  0.832242 
 
 
-
 
NC_002976  SERP_tRNA-Leu-5  tRNA-Leu  91.89 
 
 		 87 bp  50.1  0.00009  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_R0063  tRNA-Leu  92.68 
 
 		 88 bp  50.1  0.00009  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.294386  normal  1 
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0046  tRNA-Leu  96.55 
 
 		 89 bp  50.1  0.00009  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_R0055  tRNA-Leu  94.44 
 
 		 86 bp  48.1  0.0003  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.924042  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_R0050  tRNA-Leu  100 
 
 		 83 bp  48.1  0.0003  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.840462  normal  0.934802 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_16310  tRNA-Leu  94.44 
 
 		 86 bp  48.1  0.0003  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.352958  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0052  tRNA-Leu  85.07 
 
 		 87 bp  46.1  0.001  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0129877  normal  0.303073 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_R0066  tRNA-Leu  94.29 
 
 		 85 bp  46.1  0.001  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.421355 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_R0045  tRNA-Leu  94.29 
 
 		 85 bp  46.1  0.001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.102095 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_R0026  tRNA-Leu  94.29 
 
 		 85 bp  46.1  0.001  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  decreased coverage  0.00329777  normal  0.13088 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_R0069  tRNA-Leu  94.29 
 
 		 85 bp  46.1  0.001  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.365522  normal  0.0296897 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_R0016  tRNA-Leu  94.29 
 
 		 85 bp  46.1  0.001  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_R0070  tRNA-Leu  94.29 
 
 		 85 bp  46.1  0.001  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.128359 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_R0013  tRNA-Leu  96.15 
 
 		 84 bp  44.1  0.005  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.0899953 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_R0001  tRNA-Leu  88.1 
 
 		 87 bp  44.1  0.005  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.484304  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>