118 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Amir_R0056 on replicon NC_013093
Organism: Actinosynnema mirum DSM 43827



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013093  Amir_R0056  tRNA-Leu  100 
 
 		 86 bp  170  3e-41  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.177317  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_R0040  tRNA-Leu  98.61 
 
 		 86 bp  135  1.9999999999999998e-30  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0360515  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_R0038  tRNA-Leu  98.61 
 
 		 86 bp  135  1.9999999999999998e-30  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000000434442 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_R0036  tRNA-Leu  93.59 
 
 		 83 bp  115  2.0000000000000002e-24  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.0000019352  hitchhiker  0.000141748 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_R0034  tRNA-Leu  93.15 
 
 		 83 bp  105  2e-21  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_R0037  tRNA-Leu  91.76 
 
 		 87 bp  105  2e-21  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.994208  normal  0.020013 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_R0027  tRNA-Leu  93.75 
 
 		 85 bp  103  7e-21  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.787126 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_R0035  tRNA-Leu  92.41 
 
 		 84 bp  101  3e-20  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_R0033  tRNA-Leu  91.25 
 
 		 85 bp  97.6  4e-19  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.34016  normal  0.730319 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_21120  tRNA-Leu  91.78 
 
 		 83 bp  97.6  4e-19  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.387136  normal  0.20293 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_21100  tRNA-Leu  91.78 
 
 		 83 bp  97.6  4e-19  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.570038  normal  0.190308 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_R0031  tRNA-Leu  92 
 
 		 84 bp  93.7  6e-18  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.0989322 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_R0063  tRNA-Leu  92.59 
 
 		 89 bp  89.7  1e-16  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.727445  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_R0028  tRNA-Leu  90 
 
 		 88 bp  89.7  1e-16  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.380759  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_17070  tRNA-Leu  90.79 
 
 		 88 bp  89.7  1e-16  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.779723 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_14022  tRNA-Leu  90.36 
 
 		 89 bp  87.7  4e-16  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_R0035  tRNA-Leu  91.25 
 
 		 88 bp  87.7  4e-16  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.248446  normal  1 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_R0036  tRNA-Leu  90.67 
 
 		 88 bp  87.7  4e-16  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.0619619  normal  0.0360334 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_R0037  tRNA-Leu  90.67 
 
 		 88 bp  87.7  4e-16  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.0612357  normal  0.0343105 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_R0045  tRNA-Leu  90.12 
 
 		 89 bp  83.8  0.000000000000006  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.259532  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_R0030  tRNA-Leu  100 
 
 		 85 bp  83.8  0.000000000000006  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_13650  tRNA-Leu  100 
 
 		 87 bp  83.8  0.000000000000006  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  hitchhiker  0.00181798  normal  0.743101 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_R0025  tRNA-Leu  100 
 
 		 86 bp  81.8  0.00000000000002  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.873101  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_R0029  tRNA-Leu  87.95 
 
 		 89 bp  81.8  0.00000000000002  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.711987 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_R0030  tRNA-Leu  90 
 
 		 85 bp  79.8  0.0000000000001  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.0290157  normal  0.678466 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_R0027  tRNA-Leu  88.31 
 
 		 86 bp  77.8  0.0000000000004  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.994542  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_R0024  tRNA-Leu  88.31 
 
 		 86 bp  77.8  0.0000000000004  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.478295  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_R0024  tRNA-Leu  88.31 
 
 		 86 bp  77.8  0.0000000000004  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.7456  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_R0036  tRNA-Leu  88.31 
 
 		 86 bp  77.8  0.0000000000004  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_R0040  tRNA-Leu  88.31 
 
 		 86 bp  77.8  0.0000000000004  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  decreased coverage  0.00145069  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_R0055  tRNA-Leu  88.89 
 
 		 86 bp  75.8  0.000000000001  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.924042  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_1379  tRNA-Leu  97.62 
 
 		 91 bp  75.8  0.000000000001  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  0.107567 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_R0027  tRNA-Leu  97.62 
 
 		 88 bp  75.8  0.000000000001  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_t0012  tRNA-Leu  97.62 
 
 		 88 bp  75.8  0.000000000001  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.594813  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_R0028  tRNA-Leu  100 
 
 		 86 bp  75.8  0.000000000001  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.639598  normal  1 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_16310  tRNA-Leu  88.89 
 
 		 86 bp  75.8  0.000000000001  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.352958  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_R0004  tRNA-Leu  88.57 
 
 		 83 bp  75.8  0.000000000001  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  0.889028 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_R0072  tRNA-Leu  88.89 
 
 		 89 bp  75.8  0.000000000001  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_R0086  tRNA-Leu  97.67 
 
 		 89 bp  69.9  0.00000000009  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_R0063  tRNA-Leu  87.21 
 
 		 88 bp  67.9  0.0000000004  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.294386  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_R0003  tRNA-Leu  86.3 
 
 		 83 bp  65.9  0.000000001  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_R0003  tRNA-Leu  86.3 
 
 		 83 bp  65.9  0.000000001  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00190656 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_00250  tRNA-Leu  86.11 
 
 		 83 bp  63.9  0.000000006  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.427381  normal  0.701235 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_R0033  tRNA-Leu  97.44 
 
 		 90 bp  61.9  0.00000002  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  1  normal  0.37116 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_R0016  tRNA-Leu  90.91 
 
 		 85 bp  60  0.00000009  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_R0007  tRNA-Leu  94.59 
 
 		 84 bp  58  0.0000003  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0151  tRNA-Leu  94.59 
 
 		 84 bp  58  0.0000003  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_R0052  tRNA-Leu  95 
 
 		 89 bp  56  0.000001  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_R0066  tRNA-Leu  95 
 
 		 85 bp  56  0.000001  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.421355 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_R0045  tRNA-Leu  95 
 
 		 85 bp  56  0.000001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.102095 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_R0069  tRNA-Leu  95 
 
 		 85 bp  56  0.000001  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.365522  normal  0.0296897 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_R0070  tRNA-Leu  95 
 
 		 85 bp  56  0.000001  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.128359 
 
 
-
 
NC_002976  SERP_tRNA-Leu-5  tRNA-Leu  96.77 
 
 		 87 bp  54  0.000005  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  tRNA-Leu-5  tRNA-Leu  93.02 
 
 		 85 bp  54  0.000005  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  0.1151  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_R0041  tRNA-Leu  94.29 
 
 		 86 bp  54  0.000005  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_R0072  tRNA-Leu  96.77 
 
 		 86 bp  54  0.000005  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  hitchhiker  0.00000050044  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_R0072  tRNA-Leu  96.77 
 
 		 86 bp  54  0.000005  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  decreased coverage  0.000000217176  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_R0050  tRNA-Leu  96.77 
 
 		 86 bp  54  0.000005  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.00000589808  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_R0048  tRNA-Leu  94.87 
 
 		 85 bp  54  0.000005  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_R0058  tRNA-Leu  94.87 
 
 		 85 bp  54  0.000005  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0282506 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_R0004  tRNA-Leu  94.29 
 
 		 86 bp  54  0.000005  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.549944  normal  0.0458093 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_R0074  tRNA-Leu  94.87 
 
 		 85 bp  54  0.000005  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_R0049  tRNA-Leu  96.77 
 
 		 83 bp  54  0.000005  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.000122389  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_R0061  tRNA-Leu  96.77 
 
 		 83 bp  54  0.000005  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_R0103  tRNA-Leu  96.77 
 
 		 83 bp  54  0.000005  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_R0003  tRNA-Leu  94.12 
 
 		 83 bp  52  0.00002  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.123748  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_R0003  tRNA-Leu  94.12 
 
 		 83 bp  52  0.00002  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.012184 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_R0003  tRNA-Leu  94.12 
 
 		 83 bp  52  0.00002  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_R0003  tRNA-Leu  94.12 
 
 		 83 bp  52  0.00002  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.98053 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_R0002  tRNA-Leu  94.12 
 
 		 83 bp  52  0.00002  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.867688  normal  1 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_14003  tRNA-Leu  94.12 
 
 		 86 bp  52  0.00002  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_R0026  tRNA-Leu  94.74 
 
 		 85 bp  52  0.00002  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  decreased coverage  0.00329777  normal  0.13088 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_R0025  tRNA-Leu  100 
 
 		 84 bp  52  0.00002  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.333902  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_00820  tRNA-Leu  85.14 
 
 		 87 bp  52  0.00002  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.0503548  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_R0003  tRNA-Leu  94.12 
 
 		 86 bp  52  0.00002  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.589576  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_10180  tRNA-Leu  92.11 
 
 		 89 bp  52  0.00002  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  unclonable  0.000000392924  hitchhiker  0.000000470652 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_07180  tRNA-Leu  92.11 
 
 		 89 bp  52  0.00002  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  hitchhiker  0.0000122258  normal  0.69512 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_R0029  tRNA-Leu  92.11 
 
 		 88 bp  52  0.00002  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  hitchhiker  0.0000498774  normal  0.0770032 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_R0003  tRNA-Leu  94.12 
 
 		 86 bp  52  0.00002  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET_tRNA-Leu-3  tRNA-Leu  93.94 
 
 		 87 bp  50.1  0.00009  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  unclonable  0.0000000880716  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1221  tRNA-Leu  93.94 
 
 		 87 bp  50.1  0.00009  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  0.164315  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_R0040  tRNA-Leu  93.94 
 
 		 87 bp  50.1  0.00009  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  0.208848  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_R0003  tRNA-Leu  83.56 
 
 		 83 bp  50.1  0.00009  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_R0002  tRNA-Leu  92.5 
 
 		 87 bp  48.1  0.0003  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0031  tRNA-Leu  92.5 
 
 		 87 bp  48.1  0.0003  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  hitchhiker  0.00794076  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0033  tRNA-Leu  92.5 
 
 		 87 bp  48.1  0.0003  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  decreased coverage  0.000241168  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_R0056  tRNA-Leu  100 
 
 		 85 bp  48.1  0.0003  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_R0045  tRNA-Leu  92.5 
 
 		 87 bp  48.1  0.0003  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_6050  tRNA-Leu  92.5 
 
 		 87 bp  48.1  0.0003  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.981043  normal  1 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_R0019  tRNA-Leu  100 
 
 		 87 bp  48.1  0.0003  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.531024  n/a   
 
 
-
 
NC_011374  UUR10_0598  tRNA-Leu  100 
 
 		 86 bp  48.1  0.0003  Ureaplasma urealyticum serovar 10 str. ATCC 33699  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_R0051  tRNA-Leu  92.5 
 
 		 84 bp  48.1  0.0003  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_R0005  tRNA-Leu  92.5 
 
 		 87 bp  48.1  0.0003  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.886135  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_R0019  tRNA-Leu  100 
 
 		 85 bp  48.1  0.0003  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.000126286  hitchhiker  0.0000000180291 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5663  tRNA-Leu  93.55 
 
 		 86 bp  46.1  0.001  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.00000000889486  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  tRNA-Leu-4  tRNA-Leu  93.55 
 
 		 89 bp  46.1  0.001  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.0000000610285  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  tRNA-Leu-5  tRNA-Leu  93.55 
 
 		 89 bp  46.1  0.001  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  decreased coverage  1.3138200000000001e-18  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_R0003  tRNA-Leu  83.1 
 
 		 86 bp  46.1  0.001  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_R0050  tRNA-Leu  93.55 
 
 		 86 bp  46.1  0.001  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  decreased coverage  0.00000197413  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0298  tRNA-Leu  93.55 
 
 		 86 bp  46.1  0.001  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.0000000067681  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>