22 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_3547 on replicon NC_012791
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012791  Vapar_3547  cupin region  100 
 
 		 156 aa  316  6e-86  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0815516  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0272  cupin region  64.74 
 
 		 156 aa  212  9.999999999999999e-55  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3937  cupin region  50 
 
 		 167 aa  139  1.9999999999999998e-32  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.674346  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3446  Cupin 2 conserved barrel domain protein  43.79 
 
 		 157 aa  134  5e-31  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1520  cupin region  46.15 
 
 		 158 aa  130  5e-30  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.181654  normal  0.367845 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0721  cupin 2, barrel  45.7 
 
 		 161 aa  130  6.999999999999999e-30  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.945572  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3382  conserved hypothetical signal peptide protein  48.09 
 
 		 163 aa  128  4.0000000000000003e-29  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3035  putative signal peptide protein  48.09 
 
 		 163 aa  127  5.0000000000000004e-29  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc3099  putative signal peptide protein  47.66 
 
 		 162 aa  124  5e-28  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1170  hypothetical protein  46.03 
 
 		 161 aa  113  7.999999999999999e-25  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0310  putative signal peptide protein  45.53 
 
 		 159 aa  108  4.0000000000000004e-23  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.0170158  normal  0.139977 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0322  cupin 2 domain-containing protein  40.56 
 
 		 159 aa  101  3e-21  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.456923  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0932  cupin 2 conserved barrel domain protein  45.83 
 
 		 162 aa  101  5e-21  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0167098 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0092  hypothetical protein  38.33 
 
 		 142 aa  93.6  9e-19  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0562  cupin 2, barrel  34.46 
 
 		 162 aa  92  3e-18  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.988265  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2856  Cupin 2 conserved barrel domain protein  37.9 
 
 		 157 aa  89.7  1e-17  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.346504  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0147  hypothetical protein  37.04 
 
 		 157 aa  65.1  0.0000000003  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.820843 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_2078  hypothetical protein  34.19 
 
 		 158 aa  60.1  0.00000001  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  0.936672 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1663  cupin 2, barrel  31.45 
 
 		 159 aa  53.9  0.0000008  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2659  hypothetical protein  39.34 
 
 		 161 aa  48.1  0.00005  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_05330  hypothetical protein  26.21 
 
 		 133 aa  45.1  0.0004  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1816  cupin 2, conserved barrel  34.29 
 
 		 158 aa  40.4  0.009  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.410832  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>