36 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TM1040_1835 on replicon NC_008044
Organism: Ruegeria sp. TM1040



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008044  TM1040_1835  cobalamin (vitamin B12) biosynthesis CbiX protein  100 
 
 		 244 aa  481  1e-135  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.171582  normal  0.548174 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2332  cobalamin (vitamin B12) biosynthesis CbiX protein  43.11 
 
 		 230 aa  164  1.0000000000000001e-39  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.347215  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1566  hypothetical protein  44.89 
 
 		 229 aa  141  9e-33  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.616769  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_3047  cobalamin (vitamin B12) biosynthesis CbiX protein  44.65 
 
 		 233 aa  137  2e-31  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0217  cobalamin (vitamin B12) biosynthesis CbiX protein  44.44 
 
 		 229 aa  137  2e-31  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.72457 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3171  cobalamin (vitamin B12) biosynthesis CbiX protein  34.03 
 
 		 238 aa  125  5e-28  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.704776 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_1760  hypothetical protein  24.89 
 
 		 514 aa  56.6  0.0000003  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1131  hypothetical protein  27.37 
 
 		 253 aa  56.2  0.0000005  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.470289  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1281  cobalamin (vitamin B12) biosynthesis CbiX protein  31.62 
 
 		 120 aa  55.1  0.000001  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.967515  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2923  cobalamin (vitamin B12) biosynthesis CbiX protein  29.71 
 
 		 233 aa  51.6  0.00001  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.0365477  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_0262  hypothetical protein  27.35 
 
 		 289 aa  51.6  0.00001  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  0.437952  normal  1 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_0086  hypothetical protein  31.4 
 
 		 337 aa  48.9  0.00007  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  0.639157  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_1053  cobalamin (vitamin B12) biosynthesis CbiX protein  24.72 
 
 		 299 aa  48.5  0.00009  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_07101  hypothetical protein  30.58 
 
 		 337 aa  48.1  0.0001  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  0.129916  normal  0.330282 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6698  sirohydrochlorin cobaltochelatase  34.58 
 
 		 253 aa  48.1  0.0001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.99079  normal  0.371849 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_2179  cobalamin (vitamin B12) biosynthesis CbiX protein  24.41 
 
 		 291 aa  47.4  0.0002  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1035  sirohydrochlorin cobaltochelatase  31.2 
 
 		 131 aa  47.8  0.0002  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  0.137953  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0696  cobalamin (vitamin B12) biosynthesis CbiX protein  23.89 
 
 		 112 aa  47  0.0003  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_3212  cobalamin (vitamin B12) biosynthesis CbiX protein  24.34 
 
 		 301 aa  46.2  0.0004  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.338438  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1417  sirohydrochlorin cobaltochelatase  25.76 
 
 		 133 aa  45.8  0.0007  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  1  normal  0.158753 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7383  cobalamin (vitamin B12) biosynthesis CbiX protein  36.47 
 
 		 253 aa  45.4  0.0009  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.882429 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4925  cobalamin (vitamin B12) biosynthesis CbiX protein  33.93 
 
 		 127 aa  45.1  0.001  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3612  cobalamin (vitamin B12) biosynthesis CbiX protein  34.71 
 
 		 127 aa  44.3  0.002  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU3000  cbiX protein  35.29 
 
 		 127 aa  44.3  0.002  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2921  cobalamin (vitamin B12) biosynthesis CbiX protein  31.71 
 
 		 237 aa  44.3  0.002  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.03619  normal  0.0371299 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1231  cobalamin (vitamin B12) biosynthesis CbiX protein  33.63 
 
 		 238 aa  43.9  0.002  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1945  hypothetical protein  38.18 
 
 		 127 aa  43.9  0.002  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.982544  normal  0.0685142 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3546  cobalamin (vitamin B12) biosynthesis CbiX protein  33.88 
 
 		 127 aa  43.1  0.003  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3170  cobalamin (vitamin B12) biosynthesis CbiX protein  29.82 
 
 		 242 aa  43.5  0.003  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.803624  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2405  cobalamin (vitamin B12) biosynthesis CbiX protein  32.14 
 
 		 127 aa  43.5  0.003  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0914796  normal  0.343263 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0032  cobalamin (vitamin B12) biosynthesis CbiX protein  30.83 
 
 		 127 aa  43.1  0.004  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3489  cobalamin (vitamin B12) biosynthesis CbiX protein  33.33 
 
 		 234 aa  42.7  0.005  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2172  cobalamin (vitamin B12) biosynthesis CbiX protein  32.76 
 
 		 125 aa  42.4  0.006  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.130516 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3539  cobalamin (vitamin B12) biosynthesis CbiX protein  33.33 
 
 		 234 aa  42.7  0.006  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.226804  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3476  cobalamin (vitamin B12) biosynthesis CbiX protein  33.33 
 
 		 234 aa  42.7  0.006  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.934772  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12421  hypothetical protein  30.86 
 
 		 281 aa  42  0.009  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>