More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Swit_3900 on replicon NC_009511
Organism: Sphingomonas wittichii RW1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009511  Swit_3900  serine palmitoyltransferase  100 
 
 
400 aa  824    Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.673344  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_3111  serine palmitoyltransferase  75.94 
 
 
399 aa  649    Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2171  glycine C-acetyltransferase  76.19 
 
 
400 aa  646    Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.515105  normal  0.926821 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1685  8-amino-7-oxononanoate synthase  54.91 
 
 
405 aa  447  1.0000000000000001e-124  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.888348  normal  0.418034 
 
 
-
 
NC_010333  Caul_5431  8-amino-7-oxononanoate synthase  52.64 
 
 
407 aa  426  1e-118  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2767  8-amino-7-oxononanoate synthase  50 
 
 
399 aa  400  9.999999999999999e-111  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3421  8-amino-7-oxononanoate synthase  50.13 
 
 
400 aa  390  1e-107  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.909101  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_44240  8-amino-7-oxononanoate synthase-like protein  48.94 
 
 
391 aa  385  1e-106  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0228  8-amino-7-oxononanoate synthase  49.1 
 
 
395 aa  384  1e-105  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  hitchhiker  0.00625814  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3076  serine palmitoyltransferase  48.98 
 
 
393 aa  379  1e-104  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.473722  normal  0.645206 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3263  putative serine palmitoyltransferase  46.79 
 
 
390 aa  357  2.9999999999999997e-97  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3158  putative serine palmitoyltransferase  46.79 
 
 
390 aa  357  2.9999999999999997e-97  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3445  aminotransferase, class I/II  46.53 
 
 
390 aa  355  8.999999999999999e-97  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02854  conserved hypothetical protein  46.53 
 
 
390 aa  355  1e-96  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  unclonable  0.00000161764  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02803  hypothetical protein  46.53 
 
 
390 aa  355  1e-96  Escherichia coli BL21  Bacteria  unclonable  0.00000119299  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0715  8-amino-7-oxononanoate synthase  46.53 
 
 
390 aa  355  1e-96  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0699  aminotransferase class I and II  43.09 
 
 
396 aa  323  3e-87  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_1185  glycine C-acetyltransferase  42.54 
 
 
396 aa  315  9.999999999999999e-85  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0448  aminotransferase class I and II  41.92 
 
 
428 aa  292  7e-78  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.341482  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1635  Glycine C-acetyltransferase  40.16 
 
 
424 aa  264  2e-69  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal  0.17443 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2195  Glycine C-acetyltransferase  36.84 
 
 
401 aa  264  2e-69  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.880865  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2397  Glycine C-acetyltransferase  37.86 
 
 
401 aa  261  2e-68  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.135893  normal  0.0678456 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2152  8-amino-7-oxononanoate synthase  34.41 
 
 
404 aa  254  2.0000000000000002e-66  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  hitchhiker  0.00977448  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0257  8-amino-7-oxononanoate synthase  34.66 
 
 
400 aa  253  3e-66  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002950  PG1780  8-amino-7-oxononanoate synthase  37.02 
 
 
395 aa  253  4.0000000000000004e-66  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2557  Glycine C-acetyltransferase  36.6 
 
 
403 aa  253  4.0000000000000004e-66  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.470257  normal 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2203  8-amino-7-oxononanoate synthase  36.87 
 
 
400 aa  253  5.000000000000001e-66  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal  0.679365 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1967  8-amino-7-oxononanoate synthase  34.75 
 
 
400 aa  251  1e-65  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1835  8-amino-7-oxononanoate synthase  39.49 
 
 
384 aa  250  3e-65  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2306  8-amino-7-oxononanoate synthase  34.16 
 
 
404 aa  250  3e-65  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2207  Glycine C-acetyltransferase  35.73 
 
 
416 aa  244  1.9999999999999999e-63  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.35112  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2579  8-amino-7-oxononanoate synthase  34.26 
 
 
400 aa  243  3e-63  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0669  glycine C-acetyltransferase  33.33 
 
 
446 aa  243  5e-63  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.236778  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2629  8-amino-7-oxononanoate synthase  35.89 
 
 
391 aa  241  2e-62  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3246  8-amino-7-oxononanoate synthase  37.53 
 
 
391 aa  239  5e-62  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1326  8-amino-7-oxononanoate synthase  37.4 
 
 
384 aa  236  5.0000000000000005e-61  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0842  8-amino-7-oxononanoate synthase  35.25 
 
 
396 aa  236  8e-61  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4009  8-amino-7-oxononanoate synthase  33.42 
 
 
398 aa  234  2.0000000000000002e-60  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.0774739  normal 
 
 
-
 
NC_002967  TDE2194  8-amino-7-oxononanoate synthase, putative  33.7 
 
 
395 aa  231  1e-59  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2045  8-amino-7-oxononanoate synthase  33.98 
 
 
390 aa  231  2e-59  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.0152681  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2093  8-amino-7-oxononanoate synthase  36.67 
 
 
391 aa  231  2e-59  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0226  8-amino-7-oxononanoate synthase  33.92 
 
 
401 aa  230  3e-59  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2755  8-amino-7-oxononanoate synthase  37.68 
 
 
394 aa  230  4e-59  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.611384  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3138  8-amino-7-oxononanoate synthase  37.61 
 
 
397 aa  228  1e-58  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.743244  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0831  8-amino-7-oxononanoate synthase  34.19 
 
 
389 aa  228  2e-58  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4993  glycine C-acetyltransferase  35.51 
 
 
407 aa  226  4e-58  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0292  2-amino-3-ketobutyrate coenzyme A ligase  34.64 
 
 
393 aa  226  4e-58  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0057  pyridoxal phosphate-dependent acyltransferase, putative  35.75 
 
 
396 aa  225  9e-58  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0779  pyridoxal phosphate-dependent acyltransferase, putative  32.43 
 
 
395 aa  225  1e-57  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1346  pyridoxal phosphate-dependent acyltransferase, putative  31.48 
 
 
391 aa  225  1e-57  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.583033  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2967  8-amino-7-oxononanoate synthase  33.33 
 
 
396 aa  224  1e-57  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2816  8-amino-7-oxononanoate synthase  31.61 
 
 
395 aa  225  1e-57  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4839  8-amino-7-oxononanoate synthase  37.18 
 
 
390 aa  224  2e-57  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.908198 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0587  2-amino-3-ketobutyrate coenzyme A ligase  32.88 
 
 
395 aa  224  2e-57  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0573  2-amino-3-ketobutyrate coenzyme A ligase  32.88 
 
 
395 aa  224  2e-57  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.709963  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0133  8-amino-7-oxononanoate synthase  33.98 
 
 
392 aa  224  3e-57  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0393  8-amino-7-oxononanoate synthase  36.39 
 
 
390 aa  223  6e-57  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.221946  normal  0.405547 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0022  2-amino-3-ketobutyrate coenzyme A ligase  34.9 
 
 
388 aa  220  3.9999999999999997e-56  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.0282575  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1979  8-amino-7-oxononanoate synthase  33.25 
 
 
397 aa  220  3.9999999999999997e-56  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3430  8-amino-7-oxononanoate synthase  33.93 
 
 
389 aa  219  7e-56  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.0707061 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1307  pyridoxal phosphate-dependent acyltransferase, putative  33.33 
 
 
395 aa  219  7e-56  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3919  2-amino-3-ketobutyrate coenzyme A ligase  32.96 
 
 
404 aa  219  7.999999999999999e-56  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal  0.0458222 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1973  8-amino-7-oxononanoate synthase  33.77 
 
 
544 aa  218  1e-55  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0118  2-amino-3-ketobutyrate coenzyme A ligase  36.01 
 
 
398 aa  218  2e-55  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0533  2-amino-3-ketobutyrate coenzyme A ligase  33.17 
 
 
396 aa  217  2e-55  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.801462  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3938  2-amino-3-ketobutyrate coenzyme A ligase  35.07 
 
 
397 aa  218  2e-55  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.542648  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RSp0961  2-amino-3-ketobutyrate coenzyme A ligase  35.73 
 
 
399 aa  217  2.9999999999999998e-55  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.185356 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4045  2-amino-3-ketobutyrate coenzyme A ligase  36.74 
 
 
398 aa  217  2.9999999999999998e-55  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.00116611  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2435  8-amino-7-oxononanoate synthase  34.77 
 
 
391 aa  217  2.9999999999999998e-55  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal  0.0783032 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2225  2-amino-3-ketobutyrate coenzyme A ligase  34.02 
 
 
395 aa  217  2.9999999999999998e-55  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002950  PG0481  2-amino-3-ketobutyrate coenzyme A ligase  33.42 
 
 
396 aa  216  5.9999999999999996e-55  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0088  2-amino-3-ketobutyrate coenzyme A ligase  36.46 
 
 
398 aa  216  8e-55  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4990  2-amino-3-ketobutyrate coenzyme A ligase  36.46 
 
 
398 aa  216  8e-55  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.00350174  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4121  2-amino-3-ketobutyrate coenzyme A ligase  36.46 
 
 
398 aa  216  8e-55  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.54608  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0698  2-amino-3-ketobutyrate coenzyme A ligase  34.32 
 
 
397 aa  216  8e-55  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2687  2-amino-3-ketobutyrate coenzyme A ligase  34.86 
 
 
394 aa  215  9e-55  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  hitchhiker  0.000288731  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3709  2-amino-3-ketobutyrate coenzyme A ligase  34.68 
 
 
397 aa  215  9e-55  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.556629  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3954  2-amino-3-ketobutyrate coenzyme A ligase  36.46 
 
 
398 aa  215  9.999999999999999e-55  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0183173  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5158  2-amino-3-ketobutyrate coenzyme A ligase  33.5 
 
 
399 aa  214  1.9999999999999998e-54  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5701  2-amino-3-ketobutyrate coenzyme A ligase  33.5 
 
 
399 aa  214  1.9999999999999998e-54  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00514262 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03475  2-amino-3-ketobutyrate coenzyme A ligase  36.46 
 
 
398 aa  214  2.9999999999999995e-54  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0123868  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6614  2-amino-3-ketobutyrate coenzyme A ligase  33.88 
 
 
394 aa  214  2.9999999999999995e-54  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.0794675 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1029  2-amino-3-ketobutyrate coenzyme A ligase  33.71 
 
 
392 aa  214  2.9999999999999995e-54  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4686  8-amino-7-oxononanoate synthase  35.41 
 
 
396 aa  214  2.9999999999999995e-54  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3829  2-amino-3-ketobutyrate coenzyme A ligase  36.46 
 
 
398 aa  214  2.9999999999999995e-54  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.0155741  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3615  2-amino-3-ketobutyrate coenzyme A ligase  34.79 
 
 
397 aa  214  2.9999999999999995e-54  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.011325  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03426  hypothetical protein  36.46 
 
 
398 aa  214  2.9999999999999995e-54  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.00829119  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0091  2-amino-3-ketobutyrate coenzyme A ligase  36.46 
 
 
398 aa  214  2.9999999999999995e-54  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.541224  normal  0.282383 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1598  2-amino-3-ketobutyrate coenzyme A ligase  32.75 
 
 
400 aa  213  2.9999999999999995e-54  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal  0.50805 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0101  2-amino-3-ketobutyrate coenzyme A ligase  34.58 
 
 
397 aa  213  2.9999999999999995e-54  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal  0.396382 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3901  2-amino-3-ketobutyrate coenzyme A ligase  35.39 
 
 
397 aa  213  3.9999999999999995e-54  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0192612  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00066  2-amino-3-ketobutyrate coenzyme A ligase  35.56 
 
 
398 aa  213  3.9999999999999995e-54  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0731  Glycine C-acetyltransferase  31.78 
 
 
396 aa  213  3.9999999999999995e-54  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  decreased coverage  0.000138233  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4095  2-amino-3-ketobutyrate coenzyme A ligase  36.19 
 
 
398 aa  213  4.9999999999999996e-54  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02519  2-amino-3-ketobutyrate coenzyme A ligase  34.86 
 
 
402 aa  213  4.9999999999999996e-54  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.253704  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3927  2-amino-3-ketobutyrate coenzyme A ligase  36.19 
 
 
398 aa  213  4.9999999999999996e-54  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6894  8-amino-7-oxononanoate synthase  36.67 
 
 
399 aa  213  4.9999999999999996e-54  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3989  2-amino-3-ketobutyrate coenzyme A ligase  36.19 
 
 
398 aa  213  4.9999999999999996e-54  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.879002  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4034  2-amino-3-ketobutyrate coenzyme A ligase  36.19 
 
 
398 aa  213  4.9999999999999996e-54  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3908  2-amino-3-ketobutyrate coenzyme A ligase  36.19 
 
 
398 aa  213  4.9999999999999996e-54  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.0785377 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>