125 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Swit_1263 on replicon NC_009511
Organism: Sphingomonas wittichii RW1



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009511  Swit_1263  rod binding-like protein  100 
 
 
122 aa  235  2e-61  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.346021  normal  0.499347 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2915  peptidoglycan hydrolase  47.56 
 
 
105 aa  70.1  0.00000000001  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1485  flagellar protein FlgJ  39.8 
 
 
379 aa  66.2  0.0000000002  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.477202  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2205  RelA/SpoT protein  46.38 
 
 
318 aa  64.7  0.0000000004  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3742  flagellar rod assembly protein/muramidase FlgJ  47.76 
 
 
340 aa  63.5  0.0000000008  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.412166  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5633  flagellar rod assembly protein/muramidase FlgJ  47.76 
 
 
348 aa  62  0.000000002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.33683  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1629  mannosyl-glycoprotein endo-beta-N-acetylglucosamidase  43.42 
 
 
294 aa  62  0.000000003  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal  0.610311 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1970  mannosyl-glycoprotein endo-beta-N-acetylglucosamidase  47.14 
 
 
370 aa  61.6  0.000000003  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02920  putative flagellar biosynthesis  47.14 
 
 
316 aa  61.6  0.000000003  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1311  flagellar rod assembly protein/muramidase FlgJ  40.7 
 
 
367 aa  61.2  0.000000004  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004165  flagellar protein FlgJ  41.43 
 
 
307 aa  60.5  0.000000007  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1664  hypothetical protein  45.57 
 
 
100 aa  60.5  0.000000008  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.516137  normal 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1784  flagellar rod assembly protein/muramidase FlgJ  36.07 
 
 
312 aa  60.1  0.00000001  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1962  mannosyl-glycoprotein endo-beta-N-acetylglucosamidase  43.84 
 
 
290 aa  58.9  0.00000002  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1169  flagellar rod assembly protein/muramidase FlgJ  42.03 
 
 
377 aa  59.3  0.00000002  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.0546909  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_50380  flagellar rod assembly protein/muramidase FlgJ  42.86 
 
 
400 aa  59.3  0.00000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.0038351  hitchhiker  0.00140941 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1473  flagellar rod assembly protein/muramidase FlgJ  37.04 
 
 
384 aa  58.9  0.00000002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0415846  normal  0.419127 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4292  flagellar rod assembly protein/muramidase FlgJ  42.86 
 
 
400 aa  59.3  0.00000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.615519  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1329  mannosyl-glycoprotein endo-beta-N-acetylglucosamidase  38.61 
 
 
350 aa  58.2  0.00000003  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3575  flagellar rod assembly protein/muramidase FlgJ  35.42 
 
 
328 aa  58.5  0.00000003  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3723  flagellar rod assembly protein/muramidase FlgJ  37.04 
 
 
388 aa  58.5  0.00000003  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2956  flagellar rod assembly protein/muramidase FlgJ  43.04 
 
 
310 aa  58.5  0.00000003  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.4659 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1595  flagellar rod assembly protein/muramidase FlgJ  39.47 
 
 
317 aa  58.2  0.00000004  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01295  flagellar rod assembly protein/muramidase FlgJ  42.65 
 
 
308 aa  58.2  0.00000004  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6363  flagellar rod assembly protein/muramidase FlgJ  41.41 
 
 
327 aa  57.8  0.00000005  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0248  flagellar rod assembly protein/muramidase FlgJ  41.49 
 
 
310 aa  57.8  0.00000005  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1460  flagellar rod assembly protein/muramidase FlgJ  34.41 
 
 
313 aa  57.8  0.00000005  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.969398  hitchhiker  0.0000147806 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01077  flagellar biosynthesis protein FlgJ  33.33 
 
 
313 aa  57.4  0.00000007  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.141706  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2565  flagellar rod assembly protein/muramidase FlgJ  33.33 
 
 
313 aa  57.4  0.00000007  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.112563  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4382  flagellar rod assembly protein/muramidase FlgJ  38.57 
 
 
384 aa  57.4  0.00000007  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.834479 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01085  hypothetical protein  33.33 
 
 
313 aa  57.4  0.00000007  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.188745  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3472  flagellar rod assembly protein/muramidase FlgJ  39.73 
 
 
414 aa  57.4  0.00000007  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.603408  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1204  flagellar rod assembly protein/muramidase FlgJ  33.33 
 
 
313 aa  57.4  0.00000007  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.0662676  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1204  flagellar rod assembly protein/muramidase FlgJ  33.33 
 
 
313 aa  57.4  0.00000007  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.592055  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3079  flagellar rod assembly protein/muramidase FlgJ  37.33 
 
 
337 aa  57.4  0.00000007  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2519  flagellar rod assembly protein/muramidase FlgJ  33.33 
 
 
313 aa  57.4  0.00000007  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00319368 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3943  flagellar rod assembly protein/muramidase FlgJ  38.57 
 
 
384 aa  57  0.00000008  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1294  flagellar rod assembly protein/muramidase FlgJ  35.42 
 
 
316 aa  57  0.00000009  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.226118  hitchhiker  0.00280801 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1943  peptidoglycan hydrolase FlgJ  42.03 
 
 
416 aa  56.2  0.0000001  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0130803  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1561  flagellar rod assembly protein/muramidase FlgJ  38.03 
 
 
317 aa  56.6  0.0000001  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.650654  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2403  flagellar rod assembly protein/muramidase FlgJ  46.97 
 
 
330 aa  56.2  0.0000001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_3017  flagellar rod assembly protein/muramidase FlgJ  46.97 
 
 
330 aa  56.2  0.0000001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.110386  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2310  flagellar rod assembly protein/muramidase FlgJ  37.5 
 
 
372 aa  56.6  0.0000001  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal  0.389731 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2006  flagellar rod assembly protein/muramidase FlgJ  35.42 
 
 
316 aa  56.6  0.0000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  decreased coverage  0.00375392  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2962  flagellar rod assembly protein/muramidase FlgJ  37.36 
 
 
318 aa  56.6  0.0000001  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_3036  flagellar rod assembly protein/muramidase FlgJ  46.97 
 
 
327 aa  56.6  0.0000001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2190  flagellar rod assembly protein/muramidase FlgJ  35.42 
 
 
316 aa  56.2  0.0000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000367397 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1279  flagellar rod assembly protein/muramidase FlgJ  35.42 
 
 
316 aa  56.2  0.0000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.814453  hitchhiker  0.00560108 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1250  flagellar rod assembly protein/muramidase FlgJ  35.42 
 
 
316 aa  56.2  0.0000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.379236 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_6093  hypothetical protein  42.86 
 
 
100 aa  55.8  0.0000002  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.0671984  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1329  flagellar rod assembly protein/muramidase FlgJ  36.05 
 
 
389 aa  55.8  0.0000002  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal  0.0311212 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1353  flagellar rod assembly protein/muramidase FlgJ  35.8 
 
 
341 aa  55.8  0.0000002  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0214  lytic transglycosylase, catalytic  45.71 
 
 
374 aa  55.8  0.0000002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2047  flagellar rod assembly protein/muramidase FlgJ  33.68 
 
 
313 aa  55.5  0.0000002  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.277131  normal  0.106816 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3786  flagellar rod assembly protein/muramidase FlgJ  44.16 
 
 
332 aa  55.8  0.0000002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.392449  normal 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2330  flagellar rod assembly protein/muramidase FlgJ  37.04 
 
 
332 aa  55.8  0.0000002  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2589  flagellar rod assembly protein/muramidase FlgJ  39.13 
 
 
385 aa  55.1  0.0000003  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_3012  flagellar rod assembly protein/muramidase FlgJ  45.45 
 
 
319 aa  55.1  0.0000003  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0271  lateral flagellar peptidoglycan hydrolase LfgJ  41.18 
 
 
99 aa  55.1  0.0000003  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal  0.697145 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1605  flagellar rod assembly protein/muramidase FlgJ  39.13 
 
 
336 aa  55.1  0.0000003  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.202328  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1424  flagellar rod assembly protein/muramidase FlgJ  39.13 
 
 
380 aa  54.7  0.0000004  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2939  flagellar rod assembly protein/muramidase FlgJ  39.13 
 
 
380 aa  54.7  0.0000004  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2954  flagellar rod assembly protein/muramidase FlgJ  39.13 
 
 
380 aa  54.7  0.0000004  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3092  flagellar rod assembly protein/muramidase FlgJ  39.13 
 
 
380 aa  54.7  0.0000004  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3363  rod binding protein-like protein  40 
 
 
99 aa  54.7  0.0000005  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3241  flagellar rod assembly protein/muramidase FlgJ  37.68 
 
 
384 aa  54.3  0.0000006  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1466  flagellar biosynthesis  37.18 
 
 
155 aa  54.3  0.0000006  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1267  flagellar rod assembly protein/muramidase FlgJ  37.68 
 
 
384 aa  54.3  0.0000006  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1337  flagellar rod assembly protein/muramidase FlgJ  37.68 
 
 
384 aa  54.3  0.0000006  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.75524  normal 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1711  flagellar protein FlgJ  41.67 
 
 
100 aa  53.9  0.0000007  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.243239  normal  0.214727 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_3062  flagellar rod assembly protein/muramidase FlgJ  45.45 
 
 
330 aa  53.5  0.0000009  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2927  flagellar rod assembly protein/muramidase FlgJ  45.45 
 
 
330 aa  53.5  0.0000009  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.570684  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2842  flagellar rod assembly protein/muramidase FlgJ  32.91 
 
 
394 aa  53.5  0.000001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.948004  normal  0.211592 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1348  flagellar rod assembly protein/muramidase FlgJ  37.68 
 
 
363 aa  53.1  0.000001  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0901  flagellar rod assembly protein/muramidase FlgJ  43.75 
 
 
371 aa  52.4  0.000002  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.337288  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3570  putative flagellar protein FlgJ  36.96 
 
 
127 aa  52  0.000003  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.409838  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1505  flagellar rod assembly protein/muramidase FlgJ  37.14 
 
 
430 aa  51.6  0.000004  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003296  RSp0350  flagellar protein flgJ  36.07 
 
 
361 aa  51.2  0.000005  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0592688  normal  0.0502498 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0647  peptidoglycan hydrolase  42.86 
 
 
97 aa  50.8  0.000006  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0219  peptidoglycan hydrolase  42.86 
 
 
97 aa  50.8  0.000006  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0757  mannosyl-glycoprotein endo-beta-N-acetylglucosamidase  42.65 
 
 
324 aa  50.8  0.000007  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU3046  flagellar protein FlgJ-like protein  36.08 
 
 
126 aa  50.1  0.000009  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1110  flagellar rod assembly protein/muramidase FlgJ  35.62 
 
 
328 aa  50.4  0.000009  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.197589  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000732  flagellar protein FlgJ  34.13 
 
 
182 aa  49.7  0.00001  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0512  flagellar rod assembly protein/muramidase FlgJ  29.41 
 
 
328 aa  48.9  0.00002  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.2841  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0274  flagellar rod assembly protein/muramidase FlgJ  41.18 
 
 
311 aa  48.9  0.00002  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.659394  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2916  flagellar rod assembly protein/muramidase FlgJ  30.95 
 
 
352 aa  49.3  0.00002  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.110406  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA3333  flagellar rod assembly protein/muramidase FlgJ  41.18 
 
 
311 aa  48.9  0.00003  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0471  flagellar rod assembly protein/muramidase FlgJ  41.18 
 
 
311 aa  48.9  0.00003  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3002  flagellar rod assembly protein/muramidase FlgJ  41.18 
 
 
311 aa  48.9  0.00003  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.291409  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2091  flagellar rod assembly protein/muramidase FlgJ  41.18 
 
 
311 aa  48.9  0.00003  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0286  flagellar rod assembly protein/muramidase FlgJ  41.18 
 
 
311 aa  48.9  0.00003  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3346  flagellar rod assembly protein/muramidase FlgJ  41.18 
 
 
311 aa  48.9  0.00003  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1768  flagellar rod assembly protein/muramidase FlgJ  36.59 
 
 
353 aa  48.5  0.00003  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.917503  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_24080  flagellar rod assembly protein/muramidase  38.96 
 
 
325 aa  48.1  0.00004  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.337249  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3433  putative chemotactic signal-response protein CheL  34.21 
 
 
108 aa  47.8  0.00005  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_04917  putative flagellar protein FlgJ  41.43 
 
 
182 aa  47.8  0.00005  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3154  membrane proteins, metalloendopeptidase-like  29.59 
 
 
388 aa  47.4  0.00006  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0148  flagellar rod assembly protein/muramidase FlgJ  45.45 
 
 
332 aa  47.4  0.00006  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.832343 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0934  flagellar rod assembly protein/muramidase FlgJ  35.21 
 
 
351 aa  47.4  0.00007  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>