19 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Slin_4078 on replicon NC_013730
Organism: Spirosoma linguale DSM 74



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013730  Slin_4078  lipopolysaccharide biosynthesis protein  100 
 
 		 349 aa  705    Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.433116  normal  0.249189 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4936  lipopolysaccharide biosynthesis protein  36.81 
 
 		 362 aa  201  9.999999999999999e-51  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0428435  normal  0.874346 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4604  lipopolysaccharide biosynthesis protein  32.31 
 
 		 355 aa  137  2e-31  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.472389  normal  1 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0472  lipopolysaccharide biosynthesis protein  25.54 
 
 		 355 aa  136  5e-31  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0889  lipopolysaccharide biosynthesis protein  27.4 
 
 		 415 aa  100  3e-20  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4163  lipopolysaccharide biosynthesis  28.57 
 
 		 748 aa  47.4  0.0004  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.214287  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4203  lipopolysaccharide biosynthesis  28.57 
 
 		 748 aa  47.4  0.0004  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.263405 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3313  lipopolysaccharide biosynthesis protein  28.57 
 
 		 735 aa  47.4  0.0004  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.901357  normal  1 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1888  hypothetical protein  28.07 
 
 		 343 aa  47  0.0005  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.173823  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1985  chain length determinant domain-containing protein  25.48 
 
 		 405 aa  46.6  0.0007  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0381  UspA domain protein  37.8 
 
 		 274 aa  45.8  0.001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0466978  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3033  lipopolysaccharide biosynthesis protein  22.75 
 
 		 320 aa  45.1  0.002  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.725553  normal  0.307874 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1471  lipopolysaccharide biosynthesis protein  23.78 
 
 		 328 aa  45.1  0.002  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.782719  normal  0.412759 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0795  lipopolysaccharide biosynthesis protein  20.12 
 
 		 315 aa  44.3  0.004  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.851329  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3250  hypothetical protein  25.71 
 
 		 470 aa  43.5  0.005  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.158912  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02600  chain length determinant family protein  36.49 
 
 		 519 aa  43.1  0.008  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.283305  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2474  lipopolysaccharide biosynthesis  30.19 
 
 		 499 aa  42.7  0.009  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.56538  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1384  lipopolysaccharide biosynthesis  21.43 
 
 		 324 aa  42.7  0.009  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00868672 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1317  lipopolysaccharide biosynthesis  22.29 
 
 		 328 aa  42.7  0.01  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  0.0310451 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>