46 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rmar_0889 on replicon NC_013501
Organism: Rhodothermus marinus DSM 4252



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013501  Rmar_0889  lipopolysaccharide biosynthesis protein  100 
 
 		 415 aa  823    Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4936  lipopolysaccharide biosynthesis protein  28.53 
 
 		 362 aa  126  6e-28  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0428435  normal  0.874346 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0472  lipopolysaccharide biosynthesis protein  25.14 
 
 		 355 aa  123  5e-27  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4604  lipopolysaccharide biosynthesis protein  27.38 
 
 		 355 aa  97.8  3e-19  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.472389  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4078  lipopolysaccharide biosynthesis protein  26.33 
 
 		 349 aa  92.8  9e-18  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.433116  normal  0.249189 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0795  lipopolysaccharide biosynthesis protein  22.06 
 
 		 315 aa  66.6  0.0000000008  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.851329  normal  1 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1888  hypothetical protein  20.93 
 
 		 343 aa  65.5  0.000000002  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.173823  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2235  lipopolysaccharide biosynthesis protein  24.25 
 
 		 396 aa  57.4  0.0000005  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0278  O-antigen length determinant protein  21.39 
 
 		 325 aa  55.5  0.000002  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0025  lipopolysaccharide biosynthesis protein  24.75 
 
 		 653 aa  53.1  0.000009  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  0.210943  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1317  lipopolysaccharide biosynthesis  24.36 
 
 		 328 aa  51.6  0.00002  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  0.0310451 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1605  lipopolysaccharide biosynthesis protein  24.19 
 
 		 395 aa  51.6  0.00002  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2569  hypothetical protein  22.98 
 
 		 373 aa  52  0.00002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.028657  normal  0.698022 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3313  lipopolysaccharide biosynthesis protein  29.92 
 
 		 735 aa  51.6  0.00002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.901357  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4203  lipopolysaccharide biosynthesis  30.71 
 
 		 748 aa  51.6  0.00003  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.263405 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4163  lipopolysaccharide biosynthesis  30.71 
 
 		 748 aa  51.6  0.00003  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.214287  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1354  lipopolysaccharide biosynthesis protein  38.46 
 
 		 463 aa  50.8  0.00004  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1511  lipopolysaccharide biosynthesis protein  26.27 
 
 		 422 aa  50.1  0.00007  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3033  lipopolysaccharide biosynthesis protein  21.37 
 
 		 320 aa  49.7  0.00009  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.725553  normal  0.307874 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1384  lipopolysaccharide biosynthesis  21.53 
 
 		 324 aa  49.3  0.0001  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00868672 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3789  lipopolysaccharide biosynthesis protein  28.68 
 
 		 407 aa  49.7  0.0001  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1097  cryptic autophosphorylating protein tyrosine kinase Etk  25.87 
 
 		 726 aa  48.9  0.0002  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.0653674  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1217  cryptic autophosphorylating protein tyrosine kinase Etk  25.87 
 
 		 726 aa  48.9  0.0002  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00984  cryptic autophosphorylating protein tyrosine kinase Etk  25.87 
 
 		 726 aa  48.9  0.0002  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.616626  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2615  cryptic autophosphorylating protein tyrosine kinase Etk  25.87 
 
 		 726 aa  48.9  0.0002  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.662631  normal  0.0600868 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1090  cryptic autophosphorylating protein tyrosine kinase Etk  25.87 
 
 		 726 aa  48.9  0.0002  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2662  capsular exopolysaccharide family  25.87 
 
 		 726 aa  48.9  0.0002  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.149577  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00991  hypothetical protein  25.87 
 
 		 726 aa  48.9  0.0002  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.486912  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2183  lipopolysaccharide biosynthesis  21.71 
 
 		 409 aa  48.5  0.0002  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.716445  hitchhiker  0.000227002 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4610  lipopolysaccharide biosynthesis protein  26.43 
 
 		 785 aa  48.1  0.0003  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.389826  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2334  cryptic autophosphorylating protein tyrosine kinase Etk  25.87 
 
 		 726 aa  48.1  0.0003  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1400  lipopolysaccharide biosynthesis protein  22.87 
 
 		 324 aa  48.1  0.0003  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00684666 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_22220  lipopolysaccharide biosynthesis protein  28.46 
 
 		 474 aa  47.4  0.0004  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1346  lipopolysaccharide biosynthesis  27.55 
 
 		 401 aa  47.8  0.0004  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000737646 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3191  chain length determinant protein  22.03 
 
 		 329 aa  47.8  0.0004  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1397  lipopolysaccharide biosynthesis protein  21.36 
 
 		 325 aa  47  0.0005  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1376  lipopolysaccharide biosynthesis  43.48 
 
 		 318 aa  46.2  0.001  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.648353  hitchhiker  0.00000667322 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02600  chain length determinant family protein  30.17 
 
 		 519 aa  45.4  0.002  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.283305  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2770  hypothetical protein  22.88 
 
 		 363 aa  45.4  0.002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.0579909  normal  0.616581 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2841  lipopolysaccharide biosynthesis  37.5 
 
 		 326 aa  45.4  0.002  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.500509  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2506  polysaccharide chain length determinant protein, PEP-CTERM locus subfamily  26.62 
 
 		 518 aa  44.3  0.004  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.882544 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1471  lipopolysaccharide biosynthesis protein  40 
 
 		 328 aa  43.9  0.005  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.782719  normal  0.412759 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2074  lipopolysaccharide biosynthesis protein  26.35 
 
 		 349 aa  43.5  0.006  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2110  hypothetical protein  35.21 
 
 		 411 aa  43.1  0.008  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.730509  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1984  polysaccharide chain length determinant protein, putative  29.41 
 
 		 490 aa  43.1  0.008  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1670  non-specific protein-tyrosine kinase  24.32 
 
 		 790 aa  43.1  0.01  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00511169  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>