61 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shewmr4_2008 on replicon NC_008321
Organism: Shewanella sp. MR-4



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008321  Shewmr4_2008  Cbb3-type cytochrome oxidase component  100 
 
 		 58 aa  119  9.999999999999999e-27  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0549622  hitchhiker  0.0000000168622 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1967  Cbb3-type cytochrome oxidase component  100 
 
 		 58 aa  119  9.999999999999999e-27  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.000352913  hitchhiker  0.0072323 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2362  cytochrome c oxidase, cbb3-type, CcoQ subunit  100 
 
 		 58 aa  119  9.999999999999999e-27  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2109  Cbb3-type cytochrome oxidase component  100 
 
 		 58 aa  119  9.999999999999999e-27  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0137364  normal  0.431544 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2168  Cbb3-type cytochrome oxidase component  96.55 
 
 		 58 aa  116  9.999999999999999e-26  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0136382  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2218  Cbb3-type cytochrome oxidase component  96.55 
 
 		 58 aa  116  9.999999999999999e-26  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.171973  normal  0.237009 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2203  Cbb3-type cytochrome oxidase component  96.55 
 
 		 58 aa  116  9.999999999999999e-26  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000246119  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2216  Cbb3-type cytochrome oxidase component  96.55 
 
 		 58 aa  116  9.999999999999999e-26  Shewanella baltica OS223  Bacteria  decreased coverage  0.0000000274925  normal  0.372176 
 
 
-
 
NC_009035  Sbal_4489  hypothetical protein  96.55 
 
 		 58 aa  116  9.999999999999999e-26  Shewanella baltica OS155  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1957  Cbb3-type cytochrome oxidase component  94.83 
 
 		 58 aa  114  3.9999999999999997e-25  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1849  Cbb3-type cytochrome oxidase component  82.76 
 
 		 58 aa  103  7e-22  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00273202  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1793  cytochrome c oxidase, cbb3-type, CcoQ subunit  84.48 
 
 		 57 aa  100  6e-21  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0445991  normal  0.103844 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2216  Cbb3-type cytochrome oxidase component  74.14 
 
 		 58 aa  93.2  1e-18  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.000950787  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2213  Cbb3-type cytochrome oxidase component  75.86 
 
 		 55 aa  92.4  2e-18  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1987  Cbb3-type cytochrome oxidase component  74.14 
 
 		 55 aa  92  2e-18  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.00177371  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2012  Cbb3-type cytochrome oxidase component  68.97 
 
 		 58 aa  89.4  2e-17  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.000185273  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2423  Cbb3-type cytochrome oxidase component  68.97 
 
 		 55 aa  85.1  3e-16  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000524605  hitchhiker  0.0000560228 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2606  Cbb3-type cytochrome oxidase component  56.6 
 
 		 64 aa  65.5  0.0000000002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  decreased coverage  0.00000308016  normal  0.790893 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_19990  cytochrome c oxidase, cbb3-type, subunit IV  52.83 
 
 		 61 aa  64.7  0.0000000004  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.351215  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2071  Cbb3-type cytochrome oxidase component  50 
 
 		 57 aa  63.2  0.000000001  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.309824  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3775  cbb3-type cytochrome c oxidase subunit CcoQ  52 
 
 		 61 aa  62.8  0.000000001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_44390  putative cytochrome c oxidase subunit  50 
 
 		 64 aa  62.8  0.000000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3779  cbb3-type cytochrome c oxidase subunit CcoQ  50 
 
 		 61 aa  62.8  0.000000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02056  cytochrome c oxidase, subunit CcoQ  50.94 
 
 		 53 aa  62  0.000000003  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  hitchhiker  0.00535448  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1051  cytochrome c oxidase, cbb3-type, CcoQ subunit  52.17 
 
 		 54 aa  61.6  0.000000004  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.203141  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1786  Cbb3-type cytochrome oxidase component  50.98 
 
 		 61 aa  59.7  0.00000001  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.569607  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003469  cytochrome c oxidase subunit CcoQ  50 
 
 		 57 aa  58.5  0.00000003  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.274679  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02301  cytochrome c oxidase, subunit CcoQ  42.86 
 
 		 57 aa  57.4  0.00000006  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1565  Cbb3-type cytochrome oxidase component  47.17 
 
 		 60 aa  56.6  0.0000001  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3575  Cbb3-type cytochrome oxidase component  37.93 
 
 		 65 aa  56.2  0.0000001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4257  Cbb3-type cytochrome oxidase component  45.65 
 
 		 63 aa  55.5  0.0000002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.747274 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3822  Cbb3-type cytochrome oxidase component  45.65 
 
 		 65 aa  55.5  0.0000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.337063  normal  0.946608 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1611  Cbb3-type cytochrome oxidase component  45.65 
 
 		 63 aa  55.5  0.0000002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  hitchhiker  0.00500182  normal  0.0106574 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2601  Cbb3-type cytochrome oxidase component  46.15 
 
 		 59 aa  54.7  0.0000004  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  hitchhiker  0.000197802  normal  0.667935 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0937  Cbb3-type cytochrome oxidase component  38.1 
 
 		 63 aa  54.3  0.0000005  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.965722 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3571  cytochrome c oxidase, cbb3-type, CcoQ subunit  36.36 
 
 		 63 aa  52.4  0.000002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3780  Cbb3-type cytochrome oxidase component  50 
 
 		 48 aa  52  0.000003  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.610701  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1279  Cbb3-type cytochrome oxidase component  41.67 
 
 		 62 aa  50.1  0.000009  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1880  Cbb3-type cytochrome oxidase component  40 
 
 		 63 aa  50.1  0.000009  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3818  cytochrome c oxidase, cbb3-type, CcoQ subunit  31.03 
 
 		 64 aa  49.7  0.00001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.849382  normal  0.922881 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1616  cytochrome c oxidase, cbb3-type, CcoQ subunit  31.03 
 
 		 64 aa  50.1  0.00001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0826042  normal  0.0408065 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2777  Cbb3-type cytochrome oxidase component  42.59 
 
 		 68 aa  48.9  0.00002  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00010068 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2002  cytochrome c oxidase, cbb3-type, CcoQ subunit  33.87 
 
 		 63 aa  48.9  0.00002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4252  cytochrome c oxidase, cbb3-type, CcoQ subunit  31.03 
 
 		 64 aa  48.9  0.00002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.784127 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1821  Cbb3-type cytochrome oxidase component  36.67 
 
 		 61 aa  48.5  0.00003  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.780429  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3415  Cbb3-type cytochrome oxidase component  39.13 
 
 		 63 aa  48.5  0.00003  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.98935  normal  0.0256907 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1932  Cbb3-type cytochrome oxidase component  47.62 
 
 		 47 aa  48.5  0.00003  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0250723  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0715  Cbb3-type cytochrome oxidase component  43.48 
 
 		 58 aa  48.5  0.00003  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.0000461704  normal  0.185395 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0776  cytochrome C, oxidase component  46.81 
 
 		 59 aa  48.9  0.00003  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.91259  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0782  Cbb3-type cytochrome oxidase component  42.86 
 
 		 59 aa  47  0.00008  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.288371  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0641  cytochrome c oxidase, subunit CcoQ  37.25 
 
 		 54 aa  47  0.00009  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  hitchhiker  0.000266851  normal  0.653768 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2476  hypothetical protein  43.48 
 
 		 56 aa  45.8  0.0002  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.232324  normal  0.0729977 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2420  hypothetical protein  35.29 
 
 		 75 aa  44.3  0.0005  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.437372  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0633  Cbb3-type cytochrome oxidase component  46.15 
 
 		 60 aa  43.9  0.0007  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2777  Cbb3-type cytochrome oxidase component  40 
 
 		 45 aa  42.7  0.002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.389087  normal  0.270279 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1993  cytochrome c oxidase, cbb3-type, CcoQ subunit  38.46 
 
 		 68 aa  42.7  0.002  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1825  cytochrome c oxidase, cbb3-type, CcoQ subunit  36.96 
 
 		 65 aa  42  0.003  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4303  Cbb3-type cytochrome oxidase component  42.22 
 
 		 45 aa  41.6  0.003  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0280822  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1168  Cbb3-type cytochrome oxidase component  42.22 
 
 		 45 aa  41.2  0.004  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1746  Cbb3-type cytochrome oxidase component  38.89 
 
 		 60 aa  40.8  0.006  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0477761 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1525  Cbb3-type cytochrome oxidase component  32.76 
 
 		 59 aa  40  0.009  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.558646  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>