43 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pfl01_1825 on replicon NC_007492
Organism: Pseudomonas fluorescens Pf0-1



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007492  Pfl01_1825  cytochrome c oxidase, cbb3-type, CcoQ subunit  100 
 
 		 65 aa  132  1.9999999999999998e-30  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4252  cytochrome c oxidase, cbb3-type, CcoQ subunit  64.81 
 
 		 64 aa  77.8  0.00000000000005  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.784127 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3571  cytochrome c oxidase, cbb3-type, CcoQ subunit  57.38 
 
 		 63 aa  77  0.00000000000008  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1616  cytochrome c oxidase, cbb3-type, CcoQ subunit  62.96 
 
 		 64 aa  75.5  0.0000000000002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0826042  normal  0.0408065 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3818  cytochrome c oxidase, cbb3-type, CcoQ subunit  61.11 
 
 		 64 aa  75.1  0.0000000000003  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.849382  normal  0.922881 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1821  Cbb3-type cytochrome oxidase component  56.67 
 
 		 61 aa  72.4  0.000000000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.780429  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3575  Cbb3-type cytochrome oxidase component  68 
 
 		 65 aa  72  0.000000000002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4257  Cbb3-type cytochrome oxidase component  57.63 
 
 		 63 aa  70.9  0.000000000006  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.747274 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1611  Cbb3-type cytochrome oxidase component  57.63 
 
 		 63 aa  70.9  0.000000000006  Pseudomonas putida F1  Bacteria  hitchhiker  0.00500182  normal  0.0106574 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3822  Cbb3-type cytochrome oxidase component  68.09 
 
 		 65 aa  70.1  0.00000000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.337063  normal  0.946608 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_19990  cytochrome c oxidase, cbb3-type, subunit IV  51.72 
 
 		 61 aa  67  0.00000000009  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.351215  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3415  Cbb3-type cytochrome oxidase component  53.33 
 
 		 63 aa  66.2  0.0000000001  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.98935  normal  0.0256907 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_44390  putative cytochrome c oxidase subunit  46.67 
 
 		 64 aa  66.6  0.0000000001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3779  cbb3-type cytochrome c oxidase subunit CcoQ  46.67 
 
 		 61 aa  66.2  0.0000000001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2606  Cbb3-type cytochrome oxidase component  46.67 
 
 		 64 aa  64.7  0.0000000004  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  decreased coverage  0.00000308016  normal  0.790893 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3775  cbb3-type cytochrome c oxidase subunit CcoQ  43.33 
 
 		 61 aa  63.9  0.0000000006  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2002  cytochrome c oxidase, cbb3-type, CcoQ subunit  56.6 
 
 		 63 aa  64.3  0.0000000006  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2601  Cbb3-type cytochrome oxidase component  50.98 
 
 		 59 aa  60.1  0.00000001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  hitchhiker  0.000197802  normal  0.667935 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1565  Cbb3-type cytochrome oxidase component  41.07 
 
 		 60 aa  50.8  0.000006  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1051  cytochrome c oxidase, cbb3-type, CcoQ subunit  44.68 
 
 		 54 aa  50.1  0.00001  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.203141  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02056  cytochrome c oxidase, subunit CcoQ  38.46 
 
 		 53 aa  49.3  0.00002  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  hitchhiker  0.00535448  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003469  cytochrome c oxidase subunit CcoQ  44.68 
 
 		 57 aa  47.4  0.00006  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.274679  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1849  Cbb3-type cytochrome oxidase component  36.54 
 
 		 58 aa  47.8  0.00006  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00273202  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02301  cytochrome c oxidase, subunit CcoQ  44.68 
 
 		 57 aa  46.6  0.0001  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0641  cytochrome c oxidase, subunit CcoQ  37.5 
 
 		 54 aa  45.4  0.0003  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  hitchhiker  0.000266851  normal  0.653768 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1987  Cbb3-type cytochrome oxidase component  37.74 
 
 		 55 aa  43.9  0.0008  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.00177371  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1932  Cbb3-type cytochrome oxidase component  37.21 
 
 		 47 aa  43.5  0.0009  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0250723  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2216  Cbb3-type cytochrome oxidase component  32.69 
 
 		 58 aa  43.5  0.001  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.000950787  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1793  cytochrome c oxidase, cbb3-type, CcoQ subunit  33.33 
 
 		 57 aa  42.4  0.002  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0445991  normal  0.103844 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2213  Cbb3-type cytochrome oxidase component  39.13 
 
 		 55 aa  42.7  0.002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1957  Cbb3-type cytochrome oxidase component  32.76 
 
 		 58 aa  42.4  0.002  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2109  Cbb3-type cytochrome oxidase component  36.96 
 
 		 58 aa  42  0.003  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0137364  normal  0.431544 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2168  Cbb3-type cytochrome oxidase component  36.96 
 
 		 58 aa  42  0.003  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0136382  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2218  Cbb3-type cytochrome oxidase component  36.96 
 
 		 58 aa  42  0.003  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.171973  normal  0.237009 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1967  Cbb3-type cytochrome oxidase component  36.96 
 
 		 58 aa  42  0.003  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.000352913  hitchhiker  0.0072323 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2008  Cbb3-type cytochrome oxidase component  36.96 
 
 		 58 aa  42  0.003  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0549622  hitchhiker  0.0000000168622 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1525  Cbb3-type cytochrome oxidase component  36.36 
 
 		 59 aa  41.6  0.003  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.558646  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2420  hypothetical protein  43.18 
 
 		 75 aa  42  0.003  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.437372  normal  1 
 
 
-
 
NC_009035  Sbal_4489  hypothetical protein  36.96 
 
 		 58 aa  42  0.003  Shewanella baltica OS155  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2216  Cbb3-type cytochrome oxidase component  36.96 
 
 		 58 aa  42  0.003  Shewanella baltica OS223  Bacteria  decreased coverage  0.0000000274925  normal  0.372176 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2203  Cbb3-type cytochrome oxidase component  36.96 
 
 		 58 aa  42  0.003  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000246119  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2362  cytochrome c oxidase, cbb3-type, CcoQ subunit  36.96 
 
 		 58 aa  42  0.003  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2071  Cbb3-type cytochrome oxidase component  38.46 
 
 		 57 aa  40.8  0.007  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.309824  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>