51 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PP_4252 on replicon NC_002947
Organism: Pseudomonas putida KT2440



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002947  PP_4252  cytochrome c oxidase, cbb3-type, CcoQ subunit  100 
 
 		 64 aa  130  7.999999999999999e-30  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.784127 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1616  cytochrome c oxidase, cbb3-type, CcoQ subunit  96.88 
 
 		 64 aa  126  1.0000000000000001e-28  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0826042  normal  0.0408065 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3818  cytochrome c oxidase, cbb3-type, CcoQ subunit  93.75 
 
 		 64 aa  123  7e-28  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.849382  normal  0.922881 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3571  cytochrome c oxidase, cbb3-type, CcoQ subunit  84.38 
 
 		 63 aa  106  1e-22  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1825  cytochrome c oxidase, cbb3-type, CcoQ subunit  64.81 
 
 		 65 aa  77.8  0.00000000000005  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4257  Cbb3-type cytochrome oxidase component  61.29 
 
 		 63 aa  77  0.00000000000009  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.747274 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1611  Cbb3-type cytochrome oxidase component  61.29 
 
 		 63 aa  77  0.00000000000009  Pseudomonas putida F1  Bacteria  hitchhiker  0.00500182  normal  0.0106574 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3575  Cbb3-type cytochrome oxidase component  59.02 
 
 		 65 aa  76.6  0.0000000000001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3822  Cbb3-type cytochrome oxidase component  59.02 
 
 		 65 aa  75.9  0.0000000000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.337063  normal  0.946608 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1821  Cbb3-type cytochrome oxidase component  59.68 
 
 		 61 aa  73.2  0.000000000001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.780429  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3415  Cbb3-type cytochrome oxidase component  59.68 
 
 		 63 aa  70.5  0.000000000008  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.98935  normal  0.0256907 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_44390  putative cytochrome c oxidase subunit  50.79 
 
 		 64 aa  67.8  0.00000000004  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3779  cbb3-type cytochrome c oxidase subunit CcoQ  50.79 
 
 		 61 aa  67.8  0.00000000005  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2002  cytochrome c oxidase, cbb3-type, CcoQ subunit  75.56 
 
 		 63 aa  67.4  0.00000000007  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3775  cbb3-type cytochrome c oxidase subunit CcoQ  50 
 
 		 61 aa  67  0.00000000009  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2606  Cbb3-type cytochrome oxidase component  50 
 
 		 64 aa  65.9  0.0000000002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  decreased coverage  0.00000308016  normal  0.790893 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_19990  cytochrome c oxidase, cbb3-type, subunit IV  49.21 
 
 		 61 aa  64.7  0.0000000004  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.351215  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2601  Cbb3-type cytochrome oxidase component  50 
 
 		 59 aa  54.3  0.0000006  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  hitchhiker  0.000197802  normal  0.667935 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1849  Cbb3-type cytochrome oxidase component  34.48 
 
 		 58 aa  51.2  0.000004  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00273202  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1932  Cbb3-type cytochrome oxidase component  46.81 
 
 		 47 aa  51.6  0.000004  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0250723  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1786  Cbb3-type cytochrome oxidase component  40.98 
 
 		 61 aa  50.4  0.000009  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.569607  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2109  Cbb3-type cytochrome oxidase component  31.03 
 
 		 58 aa  48.9  0.00002  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0137364  normal  0.431544 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1967  Cbb3-type cytochrome oxidase component  31.03 
 
 		 58 aa  48.9  0.00002  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.000352913  hitchhiker  0.0072323 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2008  Cbb3-type cytochrome oxidase component  31.03 
 
 		 58 aa  48.9  0.00002  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0549622  hitchhiker  0.0000000168622 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2362  cytochrome c oxidase, cbb3-type, CcoQ subunit  31.03 
 
 		 58 aa  48.9  0.00002  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2213  Cbb3-type cytochrome oxidase component  42.59 
 
 		 55 aa  49.7  0.00002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2218  Cbb3-type cytochrome oxidase component  31.03 
 
 		 58 aa  48.5  0.00003  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.171973  normal  0.237009 
 
 
-
 
NC_009035  Sbal_4489  hypothetical protein  31.03 
 
 		 58 aa  48.5  0.00003  Shewanella baltica OS155  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2203  Cbb3-type cytochrome oxidase component  31.03 
 
 		 58 aa  48.5  0.00003  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000246119  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2216  Cbb3-type cytochrome oxidase component  34.48 
 
 		 58 aa  48.5  0.00003  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.000950787  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2216  Cbb3-type cytochrome oxidase component  31.03 
 
 		 58 aa  48.5  0.00003  Shewanella baltica OS223  Bacteria  decreased coverage  0.0000000274925  normal  0.372176 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2168  Cbb3-type cytochrome oxidase component  31.03 
 
 		 58 aa  48.5  0.00003  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0136382  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1957  Cbb3-type cytochrome oxidase component  31.03 
 
 		 58 aa  47.8  0.00006  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2012  Cbb3-type cytochrome oxidase component  31.03 
 
 		 58 aa  47.4  0.00007  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.000185273  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1793  cytochrome c oxidase, cbb3-type, CcoQ subunit  35.48 
 
 		 57 aa  47  0.00008  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0445991  normal  0.103844 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1987  Cbb3-type cytochrome oxidase component  43.48 
 
 		 55 aa  46.6  0.0001  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.00177371  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1051  cytochrome c oxidase, cbb3-type, CcoQ subunit  35.19 
 
 		 54 aa  45.8  0.0002  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.203141  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2423  Cbb3-type cytochrome oxidase component  40.74 
 
 		 55 aa  45.4  0.0003  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000524605  hitchhiker  0.0000560228 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02056  cytochrome c oxidase, subunit CcoQ  33.96 
 
 		 53 aa  45.4  0.0003  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  hitchhiker  0.00535448  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1880  Cbb3-type cytochrome oxidase component  31.58 
 
 		 63 aa  43.1  0.001  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1279  Cbb3-type cytochrome oxidase component  33.87 
 
 		 62 aa  43.5  0.001  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0641  cytochrome c oxidase, subunit CcoQ  35.85 
 
 		 54 aa  43.1  0.001  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  hitchhiker  0.000266851  normal  0.653768 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2476  hypothetical protein  38.78 
 
 		 56 aa  42.7  0.002  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.232324  normal  0.0729977 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003469  cytochrome c oxidase subunit CcoQ  33.33 
 
 		 57 aa  42.7  0.002  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.274679  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1565  Cbb3-type cytochrome oxidase component  30.77 
 
 		 60 aa  41.6  0.003  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2420  hypothetical protein  32 
 
 		 75 aa  41.6  0.003  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.437372  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1086  Cbb3-type cytochrome oxidase component  42.22 
 
 		 45 aa  41.2  0.005  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.529543  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1002  Cbb3-type cytochrome oxidase component  42.22 
 
 		 45 aa  41.2  0.005  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1525  Cbb3-type cytochrome oxidase component  39.58 
 
 		 59 aa  40.8  0.006  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.558646  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2777  Cbb3-type cytochrome oxidase component  44.44 
 
 		 45 aa  40.8  0.007  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.389087  normal  0.270279 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3780  Cbb3-type cytochrome oxidase component  37.5 
 
 		 48 aa  40.4  0.008  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.610701  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>