62 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sfri_2012 on replicon NC_008345
Organism: Shewanella frigidimarina NCIMB 400



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008345  Sfri_2012  Cbb3-type cytochrome oxidase component  100 
 
 		 58 aa  119  9.999999999999999e-27  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.000185273  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2216  Cbb3-type cytochrome oxidase component  68.97 
 
 		 58 aa  90.1  9e-18  Shewanella baltica OS223  Bacteria  decreased coverage  0.0000000274925  normal  0.372176 
 
 
-
 
NC_009035  Sbal_4489  hypothetical protein  68.97 
 
 		 58 aa  90.1  9e-18  Shewanella baltica OS155  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2203  Cbb3-type cytochrome oxidase component  68.97 
 
 		 58 aa  90.1  9e-18  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000246119  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2168  Cbb3-type cytochrome oxidase component  68.97 
 
 		 58 aa  90.1  9e-18  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0136382  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2218  Cbb3-type cytochrome oxidase component  68.97 
 
 		 58 aa  90.1  9e-18  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.171973  normal  0.237009 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2109  Cbb3-type cytochrome oxidase component  68.97 
 
 		 58 aa  89.4  2e-17  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0137364  normal  0.431544 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2362  cytochrome c oxidase, cbb3-type, CcoQ subunit  68.97 
 
 		 58 aa  89.4  2e-17  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1967  Cbb3-type cytochrome oxidase component  68.97 
 
 		 58 aa  89.4  2e-17  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.000352913  hitchhiker  0.0072323 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2008  Cbb3-type cytochrome oxidase component  68.97 
 
 		 58 aa  89.4  2e-17  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0549622  hitchhiker  0.0000000168622 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1849  Cbb3-type cytochrome oxidase component  70.69 
 
 		 58 aa  88.6  2e-17  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00273202  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2216  Cbb3-type cytochrome oxidase component  68.97 
 
 		 58 aa  87.4  5e-17  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.000950787  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1957  Cbb3-type cytochrome oxidase component  67.24 
 
 		 58 aa  85.9  1e-16  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1987  Cbb3-type cytochrome oxidase component  70.69 
 
 		 55 aa  82.4  0.000000000000002  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.00177371  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1793  cytochrome c oxidase, cbb3-type, CcoQ subunit  68.97 
 
 		 57 aa  82  0.000000000000002  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0445991  normal  0.103844 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2213  Cbb3-type cytochrome oxidase component  68.97 
 
 		 55 aa  81.6  0.000000000000003  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2423  Cbb3-type cytochrome oxidase component  68.97 
 
 		 55 aa  80.5  0.000000000000007  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000524605  hitchhiker  0.0000560228 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2606  Cbb3-type cytochrome oxidase component  57.14 
 
 		 64 aa  62.8  0.000000001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  decreased coverage  0.00000308016  normal  0.790893 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1051  cytochrome c oxidase, cbb3-type, CcoQ subunit  54.35 
 
 		 54 aa  60.8  0.000000007  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.203141  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2071  Cbb3-type cytochrome oxidase component  51.72 
 
 		 57 aa  60.1  0.00000001  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.309824  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3779  cbb3-type cytochrome c oxidase subunit CcoQ  51.02 
 
 		 61 aa  57  0.00000007  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_44390  putative cytochrome c oxidase subunit  51.02 
 
 		 64 aa  57.4  0.00000007  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02056  cytochrome c oxidase, subunit CcoQ  47.17 
 
 		 53 aa  57  0.00000008  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  hitchhiker  0.00535448  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003469  cytochrome c oxidase subunit CcoQ  50 
 
 		 57 aa  56.6  0.0000001  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.274679  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0641  cytochrome c oxidase, subunit CcoQ  44.83 
 
 		 54 aa  56.6  0.0000001  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  hitchhiker  0.000266851  normal  0.653768 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1786  Cbb3-type cytochrome oxidase component  49.02 
 
 		 61 aa  55.8  0.0000002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.569607  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02301  cytochrome c oxidase, subunit CcoQ  45.1 
 
 		 57 aa  55.8  0.0000002  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1565  Cbb3-type cytochrome oxidase component  47.83 
 
 		 60 aa  54.7  0.0000004  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3775  cbb3-type cytochrome c oxidase subunit CcoQ  46.94 
 
 		 61 aa  54.7  0.0000005  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3575  Cbb3-type cytochrome oxidase component  46.94 
 
 		 65 aa  53.9  0.0000006  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1279  Cbb3-type cytochrome oxidase component  43.75 
 
 		 62 aa  53.9  0.0000007  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4257  Cbb3-type cytochrome oxidase component  40.32 
 
 		 63 aa  51.6  0.000004  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.747274 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1932  Cbb3-type cytochrome oxidase component  44.44 
 
 		 47 aa  51.2  0.000004  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0250723  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1611  Cbb3-type cytochrome oxidase component  40.32 
 
 		 63 aa  51.6  0.000004  Pseudomonas putida F1  Bacteria  hitchhiker  0.00500182  normal  0.0106574 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3571  cytochrome c oxidase, cbb3-type, CcoQ subunit  36.36 
 
 		 63 aa  51.2  0.000004  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3822  Cbb3-type cytochrome oxidase component  45.83 
 
 		 65 aa  51.2  0.000004  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.337063  normal  0.946608 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_19990  cytochrome c oxidase, cbb3-type, subunit IV  44.44 
 
 		 61 aa  51.2  0.000004  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.351215  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4303  Cbb3-type cytochrome oxidase component  44.44 
 
 		 45 aa  50.8  0.000006  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0280822  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2002  cytochrome c oxidase, cbb3-type, CcoQ subunit  41.67 
 
 		 63 aa  50.8  0.000006  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0937  Cbb3-type cytochrome oxidase component  43.48 
 
 		 63 aa  50.1  0.00001  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.965722 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3415  Cbb3-type cytochrome oxidase component  43.75 
 
 		 63 aa  49.7  0.00001  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.98935  normal  0.0256907 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1821  Cbb3-type cytochrome oxidase component  43.75 
 
 		 61 aa  48.9  0.00002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.780429  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1086  Cbb3-type cytochrome oxidase component  42.22 
 
 		 45 aa  49.3  0.00002  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.529543  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1880  Cbb3-type cytochrome oxidase component  34.55 
 
 		 63 aa  49.3  0.00002  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1002  Cbb3-type cytochrome oxidase component  42.22 
 
 		 45 aa  49.3  0.00002  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1616  cytochrome c oxidase, cbb3-type, CcoQ subunit  31.03 
 
 		 64 aa  48.1  0.00003  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0826042  normal  0.0408065 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0776  cytochrome C, oxidase component  35.09 
 
 		 59 aa  48.1  0.00004  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.91259  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2777  Cbb3-type cytochrome oxidase component  37.78 
 
 		 45 aa  48.1  0.00004  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.389087  normal  0.270279 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0715  Cbb3-type cytochrome oxidase component  45.65 
 
 		 58 aa  47.8  0.00006  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.0000461704  normal  0.185395 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3818  cytochrome c oxidase, cbb3-type, CcoQ subunit  31.03 
 
 		 64 aa  47.4  0.00006  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.849382  normal  0.922881 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4252  cytochrome c oxidase, cbb3-type, CcoQ subunit  31.03 
 
 		 64 aa  47.4  0.00007  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.784127 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2601  Cbb3-type cytochrome oxidase component  36.54 
 
 		 59 aa  46.6  0.0001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  hitchhiker  0.000197802  normal  0.667935 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0782  Cbb3-type cytochrome oxidase component  33.33 
 
 		 59 aa  46.6  0.0001  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.288371  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1168  Cbb3-type cytochrome oxidase component  44.44 
 
 		 45 aa  46.2  0.0002  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1525  Cbb3-type cytochrome oxidase component  43.48 
 
 		 59 aa  45.8  0.0002  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.558646  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2777  Cbb3-type cytochrome oxidase component  36.54 
 
 		 68 aa  44.3  0.0005  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00010068 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3780  Cbb3-type cytochrome oxidase component  41.3 
 
 		 48 aa  44.3  0.0006  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.610701  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1993  cytochrome c oxidase, cbb3-type, CcoQ subunit  44.68 
 
 		 68 aa  43.1  0.001  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0633  Cbb3-type cytochrome oxidase component  45 
 
 		 60 aa  43.1  0.001  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2820  Cbb3-type cytochrome oxidase component  37.78 
 
 		 46 aa  41.6  0.004  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.110643  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1746  Cbb3-type cytochrome oxidase component  29.82 
 
 		 60 aa  41.2  0.005  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0477761 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2420  hypothetical protein  30.43 
 
 		 75 aa  40.4  0.008  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.437372  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>