47 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Lcho_2777 on replicon NC_010524
Organism: Leptothrix cholodnii SP-6



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010524  Lcho_2777  Cbb3-type cytochrome oxidase component  100 
 
 		 68 aa  141  3e-33  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00010068 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1932  Cbb3-type cytochrome oxidase component  55.32 
 
 		 47 aa  62  0.000000002  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0250723  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3780  Cbb3-type cytochrome oxidase component  60.42 
 
 		 48 aa  57  0.00000008  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.610701  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1279  Cbb3-type cytochrome oxidase component  48 
 
 		 62 aa  54.3  0.0000006  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2476  hypothetical protein  49.23 
 
 		 56 aa  53.1  0.000001  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.232324  normal  0.0729977 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02056  cytochrome c oxidase, subunit CcoQ  52.27 
 
 		 53 aa  52.4  0.000002  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  hitchhiker  0.00535448  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2606  Cbb3-type cytochrome oxidase component  43.14 
 
 		 64 aa  51.2  0.000005  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  decreased coverage  0.00000308016  normal  0.790893 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0715  Cbb3-type cytochrome oxidase component  46.81 
 
 		 58 aa  50.8  0.000006  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.0000461704  normal  0.185395 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1793  cytochrome c oxidase, cbb3-type, CcoQ subunit  45.1 
 
 		 57 aa  50.4  0.000009  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0445991  normal  0.103844 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2820  Cbb3-type cytochrome oxidase component  52.27 
 
 		 46 aa  50.1  0.00001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.110643  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2008  Cbb3-type cytochrome oxidase component  42.59 
 
 		 58 aa  48.9  0.00002  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0549622  hitchhiker  0.0000000168622 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1967  Cbb3-type cytochrome oxidase component  42.59 
 
 		 58 aa  48.9  0.00002  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.000352913  hitchhiker  0.0072323 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2109  Cbb3-type cytochrome oxidase component  42.59 
 
 		 58 aa  48.9  0.00002  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0137364  normal  0.431544 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2362  cytochrome c oxidase, cbb3-type, CcoQ subunit  42.59 
 
 		 58 aa  48.9  0.00002  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2216  Cbb3-type cytochrome oxidase component  42.59 
 
 		 58 aa  48.5  0.00003  Shewanella baltica OS223  Bacteria  decreased coverage  0.0000000274925  normal  0.372176 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2218  Cbb3-type cytochrome oxidase component  42.59 
 
 		 58 aa  48.5  0.00003  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.171973  normal  0.237009 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2168  Cbb3-type cytochrome oxidase component  42.59 
 
 		 58 aa  48.5  0.00003  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0136382  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3779  cbb3-type cytochrome c oxidase subunit CcoQ  45.1 
 
 		 61 aa  48.1  0.00003  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2203  Cbb3-type cytochrome oxidase component  42.59 
 
 		 58 aa  48.5  0.00003  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000246119  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1957  Cbb3-type cytochrome oxidase component  40.35 
 
 		 58 aa  48.5  0.00003  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1525  Cbb3-type cytochrome oxidase component  45.83 
 
 		 59 aa  48.1  0.00003  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.558646  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_44390  putative cytochrome c oxidase subunit  45.1 
 
 		 64 aa  48.5  0.00003  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009035  Sbal_4489  hypothetical protein  42.59 
 
 		 58 aa  48.5  0.00003  Shewanella baltica OS155  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_19990  cytochrome c oxidase, cbb3-type, subunit IV  40.68 
 
 		 61 aa  48.1  0.00004  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.351215  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1051  cytochrome c oxidase, cbb3-type, CcoQ subunit  41.18 
 
 		 54 aa  47.4  0.00006  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.203141  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2071  Cbb3-type cytochrome oxidase component  38.98 
 
 		 57 aa  47.4  0.00006  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.309824  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3775  cbb3-type cytochrome c oxidase subunit CcoQ  41.38 
 
 		 61 aa  47.4  0.00006  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2213  Cbb3-type cytochrome oxidase component  43.86 
 
 		 55 aa  47  0.00008  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003469  cytochrome c oxidase subunit CcoQ  43.14 
 
 		 57 aa  47  0.00009  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.274679  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4303  Cbb3-type cytochrome oxidase component  50 
 
 		 45 aa  46.6  0.0001  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0280822  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1849  Cbb3-type cytochrome oxidase component  42.31 
 
 		 58 aa  47  0.0001  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00273202  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2601  Cbb3-type cytochrome oxidase component  47.73 
 
 		 59 aa  45.1  0.0003  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  hitchhiker  0.000197802  normal  0.667935 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2216  Cbb3-type cytochrome oxidase component  35.09 
 
 		 58 aa  45.1  0.0004  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.000950787  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2777  Cbb3-type cytochrome oxidase component  45.45 
 
 		 45 aa  44.7  0.0004  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.389087  normal  0.270279 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02301  cytochrome c oxidase, subunit CcoQ  41.18 
 
 		 57 aa  44.7  0.0004  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1786  Cbb3-type cytochrome oxidase component  44.68 
 
 		 61 aa  44.7  0.0004  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.569607  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1987  Cbb3-type cytochrome oxidase component  40.43 
 
 		 55 aa  45.1  0.0004  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.00177371  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2012  Cbb3-type cytochrome oxidase component  36.54 
 
 		 58 aa  44.3  0.0005  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.000185273  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1565  Cbb3-type cytochrome oxidase component  36.21 
 
 		 60 aa  43.5  0.0008  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2423  Cbb3-type cytochrome oxidase component  40.35 
 
 		 55 aa  42.4  0.002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000524605  hitchhiker  0.0000560228 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1086  Cbb3-type cytochrome oxidase component  43.18 
 
 		 45 aa  41.6  0.003  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.529543  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1002  Cbb3-type cytochrome oxidase component  43.18 
 
 		 45 aa  41.6  0.003  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1168  Cbb3-type cytochrome oxidase component  45.45 
 
 		 45 aa  42  0.003  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0641  cytochrome c oxidase, subunit CcoQ  42.22 
 
 		 54 aa  41.6  0.004  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  hitchhiker  0.000266851  normal  0.653768 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1611  Cbb3-type cytochrome oxidase component  30.77 
 
 		 63 aa  40.4  0.009  Pseudomonas putida F1  Bacteria  hitchhiker  0.00500182  normal  0.0106574 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4257  Cbb3-type cytochrome oxidase component  30.77 
 
 		 63 aa  40.4  0.009  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.747274 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3575  Cbb3-type cytochrome oxidase component  33.85 
 
 		 65 aa  40  0.01  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>