37 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_2820 on replicon NC_012791
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012791  Vapar_2820  Cbb3-type cytochrome oxidase component  100 
 
 		 46 aa  95.5  2e-19  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.110643  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1932  Cbb3-type cytochrome oxidase component  66.67 
 
 		 47 aa  68.2  0.00000000004  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0250723  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3780  Cbb3-type cytochrome oxidase component  63.04 
 
 		 48 aa  65.1  0.0000000003  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.610701  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2777  Cbb3-type cytochrome oxidase component  62.22 
 
 		 45 aa  63.9  0.0000000007  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.389087  normal  0.270279 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4303  Cbb3-type cytochrome oxidase component  60 
 
 		 45 aa  62.8  0.000000001  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0280822  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1525  Cbb3-type cytochrome oxidase component  65.22 
 
 		 59 aa  63.2  0.000000001  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.558646  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1168  Cbb3-type cytochrome oxidase component  57.78 
 
 		 45 aa  60.5  0.000000007  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1086  Cbb3-type cytochrome oxidase component  57.78 
 
 		 45 aa  58.5  0.00000003  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.529543  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1002  Cbb3-type cytochrome oxidase component  57.78 
 
 		 45 aa  58.5  0.00000003  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2777  Cbb3-type cytochrome oxidase component  52.27 
 
 		 68 aa  50.1  0.00001  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00010068 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0715  Cbb3-type cytochrome oxidase component  52.17 
 
 		 58 aa  49.7  0.00001  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.0000461704  normal  0.185395 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0641  cytochrome c oxidase, subunit CcoQ  54.29 
 
 		 54 aa  48.9  0.00002  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  hitchhiker  0.000266851  normal  0.653768 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2476  hypothetical protein  48.89 
 
 		 56 aa  49.3  0.00002  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.232324  normal  0.0729977 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2606  Cbb3-type cytochrome oxidase component  44.44 
 
 		 64 aa  48.5  0.00003  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  decreased coverage  0.00000308016  normal  0.790893 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_44390  putative cytochrome c oxidase subunit  45.65 
 
 		 64 aa  47.8  0.00006  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3779  cbb3-type cytochrome c oxidase subunit CcoQ  46.67 
 
 		 61 aa  47.4  0.00007  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0782  Cbb3-type cytochrome oxidase component  46.51 
 
 		 59 aa  47  0.00009  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.288371  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3775  cbb3-type cytochrome c oxidase subunit CcoQ  44.44 
 
 		 61 aa  45.8  0.0002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0776  cytochrome C, oxidase component  44.19 
 
 		 59 aa  45.8  0.0002  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.91259  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1051  cytochrome c oxidase, cbb3-type, CcoQ subunit  45.24 
 
 		 54 aa  45.1  0.0003  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.203141  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1746  Cbb3-type cytochrome oxidase component  42.22 
 
 		 60 aa  44.7  0.0004  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0477761 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02056  cytochrome c oxidase, subunit CcoQ  56.25 
 
 		 53 aa  44.3  0.0006  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  hitchhiker  0.00535448  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1279  Cbb3-type cytochrome oxidase component  44.44 
 
 		 62 aa  43.9  0.0007  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1849  Cbb3-type cytochrome oxidase component  44.44 
 
 		 58 aa  43.1  0.001  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00273202  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1987  Cbb3-type cytochrome oxidase component  42.22 
 
 		 55 aa  42  0.002  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.00177371  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2216  Cbb3-type cytochrome oxidase component  42.22 
 
 		 58 aa  42.7  0.002  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.000950787  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2213  Cbb3-type cytochrome oxidase component  40 
 
 		 55 aa  42  0.003  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1565  Cbb3-type cytochrome oxidase component  45.24 
 
 		 60 aa  42  0.003  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2012  Cbb3-type cytochrome oxidase component  37.78 
 
 		 58 aa  41.6  0.004  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.000185273  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0633  Cbb3-type cytochrome oxidase component  57.14 
 
 		 60 aa  40.8  0.006  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2071  Cbb3-type cytochrome oxidase component  53.12 
 
 		 57 aa  40.8  0.006  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.309824  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1793  cytochrome c oxidase, cbb3-type, CcoQ subunit  40 
 
 		 57 aa  40.4  0.007  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0445991  normal  0.103844 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1786  Cbb3-type cytochrome oxidase component  42.22 
 
 		 61 aa  40.4  0.008  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.569607  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1611  Cbb3-type cytochrome oxidase component  40 
 
 		 63 aa  40.4  0.009  Pseudomonas putida F1  Bacteria  hitchhiker  0.00500182  normal  0.0106574 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3575  Cbb3-type cytochrome oxidase component  40 
 
 		 65 aa  40.4  0.009  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4257  Cbb3-type cytochrome oxidase component  40 
 
 		 63 aa  40.4  0.009  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.747274 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003469  cytochrome c oxidase subunit CcoQ  42.86 
 
 		 57 aa  40  0.01  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.274679  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>