48 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shew_0542 on replicon NC_009092
Organism: Shewanella loihica PV-4



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009092  Shew_0542  hypothetical protein  100 
 
 		 323 aa  663    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.00442686  normal  0.62984 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0772  hypothetical protein  85.45 
 
 		 323 aa  579  1e-164  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  unclonable  0.0000000000918011 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3565  hypothetical protein  84.52 
 
 		 323 aa  576  1.0000000000000001e-163  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00000398757  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4197  hypothetical protein  86.07 
 
 		 323 aa  572  1.0000000000000001e-162  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.0000155191  hitchhiker  0.000366362 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0811  hypothetical protein  82.35 
 
 		 322 aa  555  1e-157  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.000000176131  normal  0.246096 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0779  hypothetical protein  82.35 
 
 		 322 aa  554  1e-157  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.0000000716166  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0804  hypothetical protein  82.35 
 
 		 322 aa  554  1e-157  Shewanella baltica OS223  Bacteria  unclonable  0.00000000289618  hitchhiker  0.0000000000814721 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0723  hypothetical protein  80.5 
 
 		 322 aa  551  1e-156  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00000352049  hitchhiker  0.00201119 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3906  hypothetical protein  80.5 
 
 		 322 aa  553  1e-156  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0751  hypothetical protein  80.5 
 
 		 322 aa  551  1e-156  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  decreased coverage  0.0000282854  normal  0.0187498 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3238  hypothetical protein  80.5 
 
 		 322 aa  551  1e-156  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000115985  hitchhiker  0.0000123678 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3050  hypothetical protein  82.66 
 
 		 323 aa  548  1e-155  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0197818  normal  0.708166 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0766  hypothetical protein  80.8 
 
 		 322 aa  550  1e-155  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.0000559534  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3227  hypothetical protein  78.95 
 
 		 323 aa  533  1e-150  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00830452  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3334  hypothetical protein  79.26 
 
 		 323 aa  530  1e-149  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.0113403  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03592  hypothetical protein  60.37 
 
 		 330 aa  407  1.0000000000000001e-112  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.374945  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4756  hypothetical protein  60.06 
 
 		 330 aa  395  1e-109  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.291792  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4041  hypothetical protein  59.25 
 
 		 328 aa  390  1e-107  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0818  hypothetical protein  56.13 
 
 		 357 aa  371  1e-102  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.000000421485  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1044  hypothetical protein  57.06 
 
 		 328 aa  374  1e-102  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.92323  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_06990  hypothetical protein  56.17 
 
 		 349 aa  349  5e-95  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.481755  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5562  hypothetical protein  53.94 
 
 		 356 aa  346  3e-94  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.586136  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_64030  hypothetical protein  53.94 
 
 		 356 aa  346  3e-94  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0624  hypothetical protein  53.63 
 
 		 355 aa  345  7e-94  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4839  hypothetical protein  52.65 
 
 		 359 aa  335  7.999999999999999e-91  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0603  hypothetical protein  53.37 
 
 		 355 aa  334  2e-90  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0609  hypothetical protein  52.45 
 
 		 355 aa  331  1e-89  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0757448 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4378  hypothetical protein  52.65 
 
 		 359 aa  330  1e-89  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0564  hypothetical protein  53.07 
 
 		 362 aa  331  1e-89  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0688358  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4601  hypothetical protein  52.15 
 
 		 355 aa  329  5.0000000000000004e-89  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.0841825 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0724  hypothetical protein  56.18 
 
 		 352 aa  325  5e-88  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2978  hypothetical protein  52.83 
 
 		 338 aa  322  4e-87  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.437522  normal  0.0483936 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3440  hypothetical protein  49.2 
 
 		 350 aa  313  1.9999999999999998e-84  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.491116  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2137  hypothetical protein  43.19 
 
 		 370 aa  296  4e-79  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.363757  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0862  hypothetical protein  45.37 
 
 		 376 aa  268  8.999999999999999e-71  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2282  hypothetical protein  36.45 
 
 		 361 aa  193  3e-48  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.935291  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0654  hypothetical protein  25.18 
 
 		 376 aa  87  4e-16  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  decreased coverage  0.0000103467  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3609  hypothetical protein  28.89 
 
 		 355 aa  80.5  0.00000000000004  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0004  hypothetical protein  25.75 
 
 		 240 aa  73.9  0.000000000003  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.766809  normal  0.6832 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1522  hypothetical protein  25.78 
 
 		 396 aa  67.4  0.0000000003  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.661871  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1575  hypothetical protein  25.78 
 
 		 398 aa  67.4  0.0000000003  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3276  hypothetical protein  24.29 
 
 		 369 aa  66.2  0.0000000006  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1590  hypothetical protein  27.17 
 
 		 424 aa  65.9  0.0000000009  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  hitchhiker  0.004836  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2205  hypothetical protein  24.21 
 
 		 374 aa  58.5  0.0000001  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3089  hypothetical protein  22.62 
 
 		 376 aa  57.8  0.0000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1348  hypothetical protein  22.16 
 
 		 306 aa  53.5  0.000004  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  unclonable  0.000000776472  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2299  hypothetical protein  21.48 
 
 		 406 aa  53.1  0.000007  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0499582  normal  0.188357 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2820  hypothetical protein  23.05 
 
 		 376 aa  48.9  0.0001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.0366551 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>